AlignACE version 2.2 July 7, 1998 /home/amcguire/bin/alignACE -i00230_bbur_reg_300.orf -o00230_bbur_300.ace -a/home/amcguire/genomes/ORF_borburg.txt -z/home/amcguire/genomes/borburg.fna -g0.28 -x5 -e Parameter values: expect = 5 ncols = 10 npass = 1000 maxnpass = 100 nruns = 1000 maxnruns = 100 repeat = 15 maxreps = 3 nread = 500 ncycles = 1 fragment = 1 psfact = 0.1 gcback = 0.28 maxlen = 30 weight = 0.8 exclude = 1 Purged sequences: BB0416 24 pheromone shutdown protein (traB) BB0481 21 ribosomal protein L2 (rplB) Input sequences: #1 BB0196 300 peptide chain release factor 1 (prfA) #2 BB0239 300 deoxyguanosine/deoxyadenosine kinase(I) subunit 2 (dck) #3 BB0347 183 fibronectin/fibrinogen-binding protein, putative #4 BB0348 97 pyruvate kinase (pyk) #5 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #6 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #7 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #8 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #9 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #10 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #11 BB0398 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0398 #12 BB0414 248 chemotaxis protein methyltransferase (cheR-2) #13 BB0415 32 protein-glutamate methylesterase (cheB-1) #14 BB0417 36 adenylate kinase (adk) #15 BB0437 172 chromosomal replication initiator protein (dnaA) #16 BB0438 240 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #17 BB0461 300 DNA polymerase III, subunits gamma and tau (dnaX) #18 BB0463 170 nucleoside-diphosphate kinase (ndk) #19 BB0476 300 translation elongation factor TU (tuf) #20 BB0477 50 ribosomal protein S10 (rpsJ) #21 BB0478 35 ribosomal protein L3 (rplC) #22 BB0488 21 ribosomal protein L14 (rplN) #23 BB0541 283 B. burgdorferi predicted coding region BB0541 #24 BB0542 214 B. burgdorferi predicted coding region BB0542 #25 BB0543 114 B. burgdorferi predicted coding region BB0543 #26 BB0544 202 phosphoribosyl pyrophosphate synthetase (prs) #27 BB0551 220 chemotaxis response regulator (cheY-1) #28 BB0577 115 B. burgdorferi predicted coding region BB0577 #29 BB0578 252 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1) #30 BB0579 88 DNA polymerase III, subunit alpha (dnaE) #31 BB0776 178 B. burgdorferi predicted coding region BB0776 #32 BB0777 61 adenine phosphoribosyltransferase (apt) #33 BB0797 163 DNA mismatch repair protein (mutS) #34 BB0799 49 conserved hypothetical protein #35 BB0804 198 ribosomal protein S15 (rpsO) #36 BBK17 77 adenine deaminase (adeC) #37 BBB17 24 IMP dehydrogenase (guaB) #38 BBB18 184 GMP synthase (guaA) Motif number 1 AAAAAAATCAATTATATTTTTTCATGTTTTT 1 125 0 ATTTATTTTT 0.914563 -176 TTATTTTAACATTCTTTTTTAAAACTGCTTT 1 183 0 ATTTTTTTTA 0.798748 -118 CCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCTTTT 1 196 0 GTTTATTTTA 0.72818 -105 TTATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAGACT 1 251 0 TTTGATTTTT 0.840157 -50 AATTTTATTTTGTTTTTTGCAAGATGGT 2 8 1 TTTGTTTTTT 0.836475 -293 TGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTCTCTTTT 2 35 1 TTTTTATTTT 0.938631 -266 TAGAAAAATTAATTTTTTTTAATAAAAGAGA 2 58 0 AATTTTTTTA 0.530409 -243 TAAGATATTAAATATAATTTTAATAAGGCTT 2 93 0 AATTAATTTT 0.747115 -208 TTATATTTAATATCTTATTTTTAATTAAGAT 2 107 1 TATTTATTTT 0.813183 -194 TAATTTAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGA 2 147 1 ATTTAATTTT 0.912151 -154 TGTTTAAGGATTTTTTGTTTTATATTAAAAT 2 195 1 TTTTTGTTTT 0.863493 -106 AAATTTTTACATTGGATTTTTTCATTAATGA 2 222 1 ATTGATTTTT 0.776413 -79 TTCGTTAGTAGTTCTTTTTTTTAGCTTATAT 2 260 1 GTTTTTTTTT 0.8725 -41 TTTAGCTTATATTTGAATTTATTTAAGTTAT 2 279 1 ATTGAATTTA 0.562027 -22 AAATAGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCT 3 37 0 AATTAGTTTT 0.549975 -147 TAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAA 3 135 0 ATTTTATTTT 0.909949 -49 CAAAGTAAAGTTTTGAATTTTTTACAAAATA 4 24 1 TTTGAATTTT 0.836021 -74 CTTTGATATATTTTTAATTTT 5 1 0 TTTTAATTTT 0.940178 -82 ACAAGTACTAAATTTAATTTTC 10 2 0 AATTAATTTT 0.747153 -172 ATTTTTTTATATTGGAGTTTTATGCTAAATT 11 125 1 ATTGAGTTTT 0.582122 -176 AGGCTTTAGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTA 11 164 1 TTTTTGTTTT 0.863493 -137 GTGATGTTAAGTTAGTATTTATAAAAATTTT 11 218 1 GTTGTATTTA 0.450656 -83 GTTTTTGTTTATTTTAATTTATTTGCAGCAA 12 85 0 ATTTAATTTA 0.798214 -164 CTTAGGTAAGAATATTTTTTTTGAAAAAAAA 12 167 0 AATTTTTTTT 0.747778 -82 TGTTTAAATATTTGTTATTTTAAGGGT 14 7 0 TTTTTATTTT 0.938631 -30 TGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAG 15 39 0 ATTTTTTTTT 0.912416 -134 TTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTAT 16 54 0 GTTTATTTTT 0.875492 -187 TAAATTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTT 16 65 0 GTTTTTTTTT 0.8725 -176 GGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATA 16 172 0 TTTTATTTTT 0.941869 -69 TTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCAT 17 182 1 ATTTATTTTT 0.914563 -119 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTA 18 1 1 TTTTAATTTT 0.940178 -170 AAAAGTTATATTTTGATTTTTCAATACAATG 18 24 1 TTTGATTTTT 0.840157 -147 TAATTAATCAGATATAATTTTTGTATTGAAT 18 92 1 GATTAATTTT 0.659988 -79 TTGAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATT 18 117 1 ATTTTATTTA 0.793803 -54 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTG 19 4 1 TTTTTTTTTA 0.857294 -297 AAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTT 19 200 1 TTTTATTTTT 0.941869 -101 TTGTAGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATA 19 229 1 TTTTTATTTT 0.938631 -72 TTTTGATTTTTCTAAAGGAGG 22 1 1 TTTGATTTTT 0.840157 -21 ATTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAATCTATC 23 63 1 ATTTTTTTTA 0.798748 -221 ATTTAGTAGATTTTGATTTTATTGATTAAAA 23 208 1 TTTGATTTTA 0.666942 -76 AAAGCTTTAATTTGTTTTTTAGATAGTATTA 24 26 1 TTTTTTTTTA 0.857294 -189 TAGAGTAATAAATTTTGTTTTATAATCATCA 24 111 1 AATTTGTTTT 0.543242 -104 CAAGATGGTTTATTTAATTTTAAAATTCAAC 24 140 1 TATTAATTTT 0.817276 -75 AGCATTGAAGTTTTGTATTTTGATTATTATT 24 171 1 TTTGTATTTT 0.832262 -44 TTTTTAAGTTTTTTTGTTTACTTTTTGCTT 25 10 1 TTTTTGTTTA 0.706739 -105 TATAAACCCTGTTTTATTTTTCATAAATTTT 25 83 1 GTTTATTTTT 0.875492 -32 TTTATTTAATTTTATTTTTAGGATTATGT 26 9 1 ATTTATTTTT 0.914563 -194 TTTTGCTATTAATAGAATTTTTAGATTTTTA 26 52 1 AATGAATTTT 0.489428 -151 AATTTTTAGATTTTTATTTTTATTATTAAAG 26 67 1 TTTTATTTTT 0.941869 -136 CCAGCTCCTCGTTCTTTTTTAGAAAATCTTA 26 182 0 GTTTTTTTTA 0.722769 -21 TAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAAT 27 22 1 TTTTTATTTT 0.938631 -199 AAATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATT 27 103 1 TATTTATTTA 0.623826 -118 AAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTA 27 179 1 ATTTATTTTA 0.803079 -42 TTTAATAAAATTTGTATTTTATTATATTTAT 28 53 1 TTTTATTTTA 0.860586 -63 CTCCTCATTTAATTTAATTTAATTTAATTTA 29 31 0 AATTAATTTA 0.529584 -222 TGTAAAAATATTTTTTGTTTATTGATGTATT 29 145 1 TTTTTGTTTA 0.706739 -108 TATTATGACTTTTTTAATTTTTATTTATTTG 30 60 1 TTTTAATTTT 0.940178 -29 TTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGT 31 37 1 TTTTATTTTT 0.941869 -142 TACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAG 31 74 0 TTTTAATTTT 0.940178 -105 TCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCAA 32 26 0 TATTATTTTT 0.821783 -36 AATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTT 33 60 1 AATTTTTTTT 0.747778 -104 TTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTC 33 80 1 TTTTTATTTT 0.938631 -84 AATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAAT 33 116 1 TATTATTTTA 0.637254 -48 ATTGTAATTCAATATTATTTAGGAAGCAT 33 145 1 AATTTATTTA 0.522769 -19 ATATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTT 35 19 1 ATTTAATTTT 0.912151 -180 TAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTA 35 33 1 TTTTTTTTTT 0.940364 -166 ATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAA 35 95 1 TTTTTATTTT 0.938631 -104 TCTCCATTTTTTTCTTATTTTCTAAAAAATT 36 35 0 TTTTTATTTT 0.938631 -43 CCCAAAAGATTTGTTATTTTTTTGTCAAAT 38 10 1 TTTTTATTTT 0.938631 -175 TGATAATTTGGTTCTTTTTTTAAGAGATTTT 38 73 1 GTTTTTTTTT 0.8725 -112 TTTTAAGAGATTTTTAATTTTAAATTTCTTG 38 90 1 TTTTAATTTT 0.940178 -95 TAATTTTAAATTTCTTGTTTTAATGAGATTG 38 104 1 TTTTTGTTTT 0.863493 -81 GATTGGGTCAGTTATTATTTTACCCCCAGTG 38 130 1 GTTTTATTTT 0.869071 -55 *** ******* Masking position 8 Map Score: 83.0519 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 3663 Number in coding regions = 2328 Number in noncoding regions = 1335 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 203 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0326052 Motif number 2 ACTTAATAACATTTATTATATAAAAAAACA 1 102 1 ATTTATTATA 0.878775 -199 TTAAAACTGCTTTTATTAAATAAATAGAAT 1 166 0 TTTTATTAAA 0.932275 -135 TCTACACAAAACTTATTAAAAAGTCTAACA 1 230 1 ACTTATTAAA 0.85962 -71 TTTTAGTCTCTTTTATTAAAAAAAATTAAT 2 52 1 TTTTATTAAA 0.932275 -249 TAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGAATTT 2 152 1 AATTTTTAAA 0.887895 -149 TTTTATTATAAGAAGGGTAA 8 1 1 TTTTATTATA 0.883667 -23 TTAAATTAACATTTATTATAGGTCATTATA 11 38 1 ATTTATTATA 0.878775 -263 ATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTT 11 116 1 TTTTTTTATA 0.854043 -185 AAGTTGTCAAAATTTTTATAAATACTAACT 11 227 0 AATTTTTATA 0.812608 -74 AATTTTGACAACTTTTTAAATTGAGGTGTG 11 243 1 ACTTTTTAAA 0.824153 -58 TTGATCTTTTTAAAATGCATATTA 12 5 1 TCTTTTTAAA 0.831727 -244 ATATAAGTAATTTTATTATAAGACATAGGT 12 126 0 TTTTATTATA 0.883667 -123 TACCTAAGAGATTTATTATAAATAGGCAAT 12 190 1 ATTTATTATA 0.878775 -59 ATTGTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGT 15 78 0 AATTTTTAAA 0.887895 -95 TTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATAGT 16 168 0 ATTTTTTATA 0.847294 -73 TAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGT 17 178 1 TTTTATTATA 0.883667 -123 CTAATATTTTACTTATTAAAGCATAGGGAG 17 270 1 ACTTATTAAA 0.85962 -31 TTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCCT 18 134 1 TATTTTTAAA 0.893076 -37 ACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAAAT 19 237 0 TCTTATTAAA 0.865904 -64 TTTGTTAAAAATTTTTTAAAGAGATTAAAT 19 262 1 ATTTTTTAAA 0.910186 -39 TTACAAAATTTTTTTTTAAAAATCTATCTT 23 66 1 TTTTTTTAAA 0.914432 -218 TATCGTTTTATATTATTAAATATTTGGAAG 23 97 1 TATTATTAAA 0.915578 -187 ACTCTTACTTTATTATTATACTCCTAAGAT 23 258 1 TATTATTATA 0.856282 -26 TCTTTATGGTAATTATTATATAATAAGGTG 25 48 1 AATTATTATA 0.849977 -67 TTTTTATTTTTATTATTAAAGCTAAAATAT 26 77 1 TATTATTAAA 0.915578 -126 TATGACTAAAATTTTTTAAAGCAAGGTCAT 26 111 0 ATTTTTTAAA 0.910186 -92 AATCAAAATATTTTATTATATACTAATTAT 28 21 0 TTTTATTATA 0.883667 -95 AAAATACAAATTTTATTAAAGAAATCAAAA 28 43 0 TTTTATTAAA 0.932275 -73 AAAATTTGTATTTTATTATATTTATATAAT 28 59 1 TTTTATTATA 0.883667 -57 AAGTCATAATAATTTTTAAATCTCTAATTT 30 41 0 AATTTTTAAA 0.887895 -48 GTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCCT 31 112 1 AATTTTTAAA 0.887895 -67 ATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGT 31 143 0 TTTTTTTAAA 0.914432 -36 AACGCTATTTAATTATTAAAAAGCCTAATG 33 29 0 AATTATTAAA 0.911876 -135 TTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATA 35 37 1 TTTTTTTAAA 0.914432 -162 TTTAATAATAAATTATTAAATTGTTTAAAA 35 50 0 AATTATTAAA 0.911876 -149 TTTAATAATTTATTATTAAAAATAACCCGA 35 60 1 TATTATTAAA 0.915578 -139 TTTTCTAAAAAATTTTTAAATCTTTCTACT 36 19 0 AATTTTTAAA 0.887895 -59 ********** Masking position 6 Map Score: 57.7074 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1350 Number in coding regions = 853 Number in noncoding regions = 497 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 113 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0181497 Motif number 3 AATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAA 1 114 0 TTTATTTTTT 0.900552 -187 TTTATATTAATTTTAGATTTTTTTGTTAGACTT 1 250 0 TTTATTTTTT 0.900552 -51 TGCAAGATGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTCT 2 28 1 TTAATTTTTT 0.877094 -273 ATGTCAATAATTTAAGAATTTTAATTTTTAAAT 2 140 1 TTTAATTTTA 0.800085 -161 CTAAAATTTGTTTAAGGATTTTTTGTTTTATAT 2 187 1 TTTAATTTTT 0.925679 -114 TTTTGTTTTATATTAAAATTTTTACATTGGATT 2 207 1 TATAATTTTT 0.855508 -94 CAAAACTACATTTAAACTATTTATTGTCAATAA 3 46 1 TTTATATTTA 0.622494 -138 AAAGTAAAGTTTTGAATTTTTTACAAAATATTG 4 25 1 TTTATTTTTA 0.744231 -73 CTTCCTCCACTTTTATAAATTTTATGCTTTTTG 4 69 0 TTTAAATTTT 0.875904 -29 GAATAACAACTTTGATATATTTTTAATTTT 5 8 0 TTTATATTTT 0.836914 -75 AATGTTAATTTAATACCTATTTAAAAAGCAATC 11 18 0 TAAATATTTA 0.381853 -283 TAGGTCATTATAAGATTATTTTTCAACGTTTTT 11 56 1 TAAAATTTTT 0.82346 -245 ATGAAATGATTTTTACTATTTTTTTATATTGGA 11 108 1 TTTAATTTTT 0.925679 -193 AGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGT 11 171 1 TTTAATTTTT 0.925679 -130 AAGTTAGTATTTATAAAAATTTTGACAACTTTT 11 226 1 TTAAAATTTT 0.847615 -75 GTAAAATTAATATAAGTAATTTTATTATAAGAC 12 132 0 TATAAATTTT 0.770394 -117 CTTATATTAATTTTACAATTTTTTTTCAAAAAA 12 149 1 TTTAATTTTT 0.925679 -100 ATCTCTTAGGTAAGAATATTTTTTTTGAAAAAA 12 169 0 TAAAATTTTT 0.823473 -80 ACCCTTAAAATAACAAATATTTAAACAGGAGTA 14 11 1 TAAATATTTA 0.381837 -26 ATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGA 15 38 0 TATATTTTTT 0.811489 -135 GTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCA 16 18 0 TTAAAATTTT 0.847615 -223 CTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATA 17 181 1 TATATTTTTT 0.811489 -120 AGCTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATA 17 203 0 TTAAAATTTT 0.847615 -98 TTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATAT 18 128 1 TTTAATTTTT 0.925678 -43 AATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATT 19 48 1 TTAAAATTTT 0.847615 -253 ATTTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACA 19 145 1 TATAATTTTT 0.855508 -156 TTTAATCTCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTA 19 258 0 TTAAATTTTT 0.907501 -43 AGTATATGAATTTGAGGTATTTTA 21 22 1 TTTATATTTT 0.836914 -14 CTTAGTAATTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAAT 23 56 1 TTAAATTTTT 0.907539 -228 TATTTGGAAGTTTAAACTATTTTATATGAAATT 23 117 1 TTTATATTTT 0.836914 -167 ATTTTATTGATTAAAACTTTTTATTTAGTGAAT 23 223 1 TTAATTTTTA 0.691731 -61 TTTTTAAGTTTTTTTGTTTACTTTT 25 3 1 TTTATTTTTT 0.900552 -112 CTGTTTTATTTTTCATAAATTTTTGTAGGAGAG 25 91 1 TTTAAATTTT 0.875904 -24 TTTTTGCTATTAATAGAATTTTTAGATTTTTAT 26 51 1 TAAAATTTTT 0.823506 -152 AGCAAGGTCATTAAAATATTTTAGCTTTAATAA 26 89 0 TTAAATTTTA 0.754242 -114 ATGACCTTGCTTTAAAAAATTTTAGTCATATTT 26 111 1 TTTAAATTTT 0.875904 -92 TTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAG 27 197 1 TTAATATTTT 0.80175 -24 TAATTTAATTTAAAACTAATTTTAAATTAAAT 29 10 0 TAAAAATTTT 0.725589 -243 CATTTAAATGTAAAAATATTTTTTGTTTATTGA 29 137 1 TAAAATTTTT 0.818057 -116 GATTCTATCATAAAAACTTTTTTTTGAATAGGG 29 225 0 TAAATTTTTT 0.767225 -28 TAAAAATTATTATGACTTTTTTAATTTTTATTT 30 53 1 TATATTTTTA 0.5804 -36 TTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT 31 36 1 TTTATTTTTT 0.900552 -143 ATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGA 31 73 0 TTTAATTTTA 0.800085 -106 TTTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTT 33 57 1 TAAATTTTTT 0.765347 -107 TTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCT 33 79 1 TTTAATTTTA 0.800085 -85 TTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATATCAA 33 113 1 TTAATATTTT 0.80175 -51 TATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTATT 35 41 1 TTTAAATTTA 0.694002 -158 CTACGATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAAT 35 111 0 TTAAATTTTT 0.907539 -88 AGTAGAAAGATTTAAAAATTTTTTAGAAAATAA 36 19 1 TTTAATTTTT 0.925678 -59 GTTCTTTTTTTAAGAGATTTTTAATTTTAAATT 38 83 1 TAAATTTTTA 0.521495 -102 *** * ****** Masking position 5 Map Score: 78.2755 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 2050 Number in coding regions = 1350 Number in noncoding regions = 700 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 136 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0218439 Motif number 4 TTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTGTGTAGATT 1 228 0 TTTTAAGTTT 0.510697 -73 ATAGTAATAGTTTATATTAATTTTAGATTTTTTT 1 259 0 TTTTAATTTT 0.916093 -42 ATAACAATATTTTGTAAAAAATTCAAAACTTTAC 4 28 0 TTTTAAATTC 0.330909 -70 ATATTGGAGTTTTATGCTAAATTTTAAATTTAGG 11 133 1 TTTTAAATTT 0.891659 -168 TAAGTTAGTATTTATAAAAATTTTGACAACTTTT 11 225 1 TTTTAATTTT 0.916093 -76 TATAAAAAGGTTTTTGTTTATTTTAATTTATTTG 12 91 0 TTTTTATTTT 0.911674 -158 CGTTACTTTTTTCCCATTTTATTCTTGTTA 13 13 0 TTTTCATTTT 0.680574 -20 GGTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCA 16 18 0 TTTAAATTTT 0.76652 -223 TAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTA 16 55 0 TTTGTATTTT 0.782388 -186 TAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCA 17 178 1 TTTATATTTT 0.756318 -123 GAGCTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATA 17 203 0 TTTAAATTTT 0.76652 -98 ATAGTATATATTTACTAATATTTTACTTATTAAA 17 256 1 TTTCTATTTT 0.451864 -45 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCT 19 8 1 TTTTTATTTT 0.911674 -293 TAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATT 19 47 1 TTTTAATTTT 0.916093 -254 ACTACGTGTTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCTTT 19 150 0 TTTTAAATTT 0.891659 -151 AAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACCCGCACTA 19 180 0 TTTTAAATTG 0.635219 -121 TTTTTGATTATTTGTAGCTATTTTCTTATTTTAA 19 218 1 TTTTTATTTT 0.911674 -83 CTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTA 19 249 0 TTTTAAATTT 0.891659 -52 ATCTTAGTAATTTTACAAAATTTTTTTTTAAAAA 23 54 1 TTTAAATTTT 0.76652 -230 TTTAAACTATTTTATATGAAATTTGACAGTTTGC 23 127 1 TTTTAAATTT 0.891659 -157 TATTATTAGATTTAGTGTTATTTTGCTGCT 24 195 1 TTTGTATTTT 0.782388 -20 TTTTTAAGTTTTTTTGTTTACTTTTTGCTTGTGG 25 11 1 TTTTTACTTT 0.496658 -104 CCCTGTTTTATTTTTCATAAATTTTTGTAGGAGA 25 89 1 TTTTAAATTT 0.891659 -26 TTTATTTAATTTTATTTTTAGGATTATG 26 5 1 TTTATATTTT 0.756318 -198 TTTAAAAAATTTTAGTCATATTTGTGTGTATAAG 26 121 1 TTTGTATTTG 0.43205 -82 AGCATGTATTTTTGGTGGTATTTTACAGTTTGTA 27 80 0 TTTGTATTTT 0.782388 -141 ATAGCTTTAATTTTTGGCAATTTTTATCAGGAGG 28 87 1 TTTTAATTTT 0.916093 -29 TTTAATTTAATTTAAAACTAATTTTAAATTAAAT 29 11 0 TTTATAATTT 0.700565 -242 AATTAATTACTTTGAAATAAATTTAAGCTTTCAT 29 98 0 TTTAAAATTT 0.712213 -155 ACTTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGGT 30 67 1 TTTTTATTTG 0.685921 -22 GCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTT 31 25 1 TTTTTAATTT 0.886113 -154 TATAATGATGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGC 31 103 1 TTTTTAATTT 0.886113 -76 TTTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATTT 33 97 1 TTTTTAATTG 0.622109 -67 TATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATAATTTAT 35 39 1 TTTTCAATTT 0.616283 -160 AATTTATCCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATAAA 35 68 0 TTTGTATTTT 0.782388 -131 TTTTTCTTATTTTCTAAAAAATTTTTAAATCTTT 36 24 0 TTTTAAATTT 0.891659 -54 ATTTGTTATTTTTTTGTCAAATTTTTACAAGAGT 38 19 1 TTTTAAATTT 0.891659 -166 *** * ****** Masking position 10 Map Score: 47.1519 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1112 Number in coding regions = 710 Number in noncoding regions = 402 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 77 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0123675 Motif number 5 AATATCCAACTTAATAACATTTATTATATAAAA 1 94 1 TTAATAATTA 0.940878 -207 ATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCTATTTAT 1 144 1 TTAATAGTTA 0.887454 -157 AAATATAATTTTAATAAGGCTTTTATTAGAAAA 2 82 0 TTAATAGTTT 0.790135 -219 TATCTTATTTTTAATTAAGATTAATGTCAATAA 2 117 1 TTAATAGTTA 0.887438 -184 GATTTTTTCATTAATGAAGTTTTGTTCGTTAGT 2 236 1 TTAATAGTTT 0.790135 -65 ACTAGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGA 3 103 0 TTAATAATTT 0.885009 -81 TTGAGGGCTTTTATTGGTAGTTAGGAGTTTTGT 10 148 1 TTATTGATTA 0.598673 -26 AGGTTTTTGTTTATTTTAATTTATTTGCAGCAA 12 85 0 TTATTTATTA 0.551069 -164 GTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATG 16 115 0 TTAATGATTA 0.83719 -126 ACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTGGATTTTG 16 195 0 TTAATAATTT 0.885 -46 TTATATCTGATTAATTACATTTATATGGAATAA 18 76 0 TTAATAATTA 0.940878 -95 TTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATC 18 129 1 TTAATATTTA 0.549519 -42 GCAGGAGGGCTTATTTATGTTTATGACTAGCTT 24 77 1 TTATTAGTTA 0.695706 -138 TTTATTTAATTTTATTTTTAGGATTATG 26 6 1 TTAATTATTT 0.670355 -197 GTTTTTGCTATTAATAGAATTTTTAGATTTTTA 26 50 1 TTAATGATTT 0.710648 -153 AATTTACTAATTAATAAAACTTATACACACAAA 26 141 0 TTAATAATTA 0.941574 -62 TAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATT 27 188 0 TTAACAATTA 0.583757 -33 TGATTTAATTATAATTAGTATATAATA 28 5 1 TTAATAATTA 0.94138 -111 TTTGATTTCTTTAATAAAATTTGTATTTTATTA 28 44 1 TTAATAATTG 0.671499 -72 CTCATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAAAACT 29 26 0 TTAATTATTA 0.807576 -227 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGG 33 3 1 TTAATAATTA 0.940878 -161 ATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAGG 35 137 1 TTATTTATTA 0.552176 -62 TTAAATTTGATTATTGATAATTTGGTTCTTTTT 38 59 1 TTATTAATTT 0.69059 -126 ***** * * *** Masking position 11 Map Score: 19.4635 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 353 Number in coding regions = 185 Number in noncoding regions = 168 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 47 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00754899 Motif number 6 TAAATTGAGCTTTACGTATTATTATTTGCGGTGTGTTT 1 24 0 TTTTTTATTG 0.72741 -277 TTCATGTTTTTTTATATAATAAATGTTATTAAGTTGGA 1 98 0 TTTTTATTTA 0.728901 -203 ATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTATTCTATTTAT 1 139 1 TTTTTAGTTA 0.315804 -162 ATTTAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGAATTTCTTTT 2 149 1 TTTTTATATG 0.272274 -152 AAATTATGAATTTCTTTTCTAAAATTTGTTTAAGGATT 2 169 1 TTTTTAATTG 0.949409 -132 TTGTTTTATATTAAAATTTTTACATTGGATTTTTTCAT 2 209 1 TTATTAATGG 0.316275 -92 AGTAGTTCTTTTTTTTAGCTTATATTTGAATTTATTTA 2 266 1 TTTATAATTG 0.572959 -35 CATGACAGTGTTAGTCTTAATTTTTGAGTGCATGCT 6 9 1 TGTTTATTTG 0.356717 -62 TTTTTCAACGTTTTTGTGGTCATAATTGTCAGTTATGA 11 74 1 TTTTTAATTG 0.949409 -227 TTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGTTAATGTA 11 173 1 TTATTAATGG 0.316275 -128 TAAAAAGGTTTTTGTTTATTTTAATTTATTTGCAGCAA 12 85 0 TTTTTTATTA 0.429933 -164 CGTTACTTTTTTCCCATTTTATTCTTGTTAAA 13 6 0 TTTATATTTG 0.404822 -27 TTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATAT 16 171 0 TTTTTATTTT 0.605293 -70 CTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGTGGATTTTG 16 195 0 TTATTAATTT 0.402716 -46 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTATATTTTGATT 18 4 1 TTATTAATTA 0.541736 -167 AGTATTTTTATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATC 18 124 1 TTTTTATTTA 0.728901 -47 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCT 19 4 1 TTTTTAATTT 0.751554 -297 AATTTGACAGTTTGCTTGATTAAATTTGCATTAATGTA 23 146 1 TTTTTAATTG 0.949409 -138 AAATTAAAGCTTTTCTTGGTCATATTTG 24 1 0 TTTTTAATTG 0.949409 -214 TGACTAGCTTTTAGAGTAATAAATTTTGTTTTATAATC 24 100 1 TTATTATTTG 0.679535 -115 GCATTGAAGTTTTGTATTTTGATTATTATTAGATTTAG 24 172 1 TTTTTATTTA 0.728904 -43 TTTTTAAGTTTTTTTGTTTACTTTTTGCTTGTGGTA 25 9 1 TTTTTATTTT 0.605293 -106 AATTTTTAGATTTTTATTTTTATTATTAAAGCTAAAAT 26 67 1 TTTTTATTTA 0.728904 -136 TAAAGTCGGTTTTTGCTTGTTAGAATTGTTTGATAAAA 27 39 0 TTTTTAATTG 0.949409 -182 AATATTTTGATTTCTTTAATAAAATTTGTATTTTATTA 28 39 1 TTTTTAATTG 0.949409 -77 TATTTTTACATTTAAATGGTAAAAATTAATTACTTTGA 29 117 0 TTTTTAATTA 0.841364 -136 GATGTATTTGATTTGATATTAAAAGTTGAAATAATGTG 29 168 1 ATTTTAATTG 0.66487 -85 TTATTTTGATAAGATTTGTTGCAATAAT 30 1 1 TTATTAATTG 0.807054 -88 TTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAA 31 57 1 TTTTTAATTA 0.841364 -122 ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTTGAAAAATATAT 32 8 1 TTTTTAATTG 0.949409 -54 ATTATTTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATTT 33 93 1 ATTTTTATTG 0.220034 -71 AATTATATTTATTTTATAATATCAATTGTAATTCAATA 33 121 1 ATTTTTATTG 0.220034 -43 AATAATCAAATTTAATTCATCACTCTTGTAAAAATTTG 38 36 0 TTTTTATTTG 0.904884 -149 ATGAATTAAATTTGATTATTGATAATTTGGTTCTTTTT 38 54 1 TTTTTAATTT 0.751554 -131 *** * * * * *** Masking position 10 Map Score: 31.142 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 779 Number in coding regions = 507 Number in noncoding regions = 272 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 81 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.01301 Motif number 7 CATGAAAAAATATAATTGATTTTTTTAATCACGCTTA 1 130 1 TATTATTTTA 0.938836 -171 TTTTAGATTTTTTTGTTAGACTTTTTAATAAGTTTTG 1 236 0 TTTTGTTTTA 0.708928 -65 ATTTTTTGTTTTATATTAAAATTTTTACATTGGATTT 2 204 1 TTTTATTTTA 0.873089 -97 CTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAACAAAACTACA 3 19 1 TATTATTTAA 0.848379 -165 TTAACAAAACTACATTTAAACTATTTATTGTCAATAA 3 42 1 TATTATTTTA 0.938836 -142 TGTTTATATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTAT 3 139 0 TATTATTTTA 0.938836 -45 TAGCAAAGTAAAGTTTTGAATTTTTTACAAAATATTG 4 21 1 AATTATTTTA 0.914797 -77 TTTAGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGTT 11 168 1 TTTTATTTTA 0.873089 -133 TGATAAATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTT 16 28 0 TTTTATTTTA 0.873089 -213 AGTAGTAAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTA 16 125 0 TATTGTTTTA 0.844581 -116 TATATTTACTAATATTTTACTTATTAAAGCATAGGGA 17 262 1 AATTATTTAA 0.796493 -39 ATATAGTCAATACGCTTAAACTTTTAAACTCAATTCA 19 91 0 TATTATTTAA 0.848379 -210 TCAATTTCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGAT 19 189 1 AATTATTTTA 0.914797 -112 AATAGCTACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTTT 19 268 0 TATTATTTTA 0.938836 -33 AGTATTAATATATCCTTAAAGTCTTAAC 20 2 0 TATTATTTAA 0.848379 -49 GCTATTAATAGAATTTTTAGATTTTTATTTTTATTAT 26 56 1 GATTATTTTA 0.691273 -147 ACAATTAAAATATAATTCACATTTTTATAATATTGTC 27 168 0 TATTATTTTA 0.938836 -53 ATATAATAAAATATTTTGATTTCTTTAATAAAATTTG 28 30 1 ATTTATTTTA 0.827945 -86 AAATGAGGAGAATGATTTGTATCTTTAGATGGTTTTA 29 52 1 AATTGTTTTA 0.791714 -201 AATTTGACACATTATTTCAACTTTTAATATCAAATCA 29 176 0 ATTTATTTAA 0.636911 -77 AACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACC 31 65 0 ATTTATTTAA 0.636911 -114 ATTAAATTTAAAACATTAGGCTTTTTAATAATTAAAT 33 16 1 AATTGTTTTA 0.791714 -148 TTTAATAATAAATTATTAAATTGTTTAAAAAAACAAA 35 43 0 AATTATTTTA 0.914797 -156 ** ** * * **** Masking position 7 Map Score: 27.6424 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 457 Number in coding regions = 291 Number in noncoding regions = 166 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 44 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00706714 Motif number 8 TAAAAGACTCCTTTTTTAAGACATAACAA 5 64 0 CTCCTTTTAA 0.972367 -19 ATTAACTCCTTATATATTTTCATTTCA 6 54 0 CTCCTTATAT 0.88744 -17 ATATACTCCTGTTTAAATATTTGTTAT 14 20 0 CTCCTTTAAA 0.948054 -17 TTTAGATAGAATCCTAATTTAACATTATACTA 15 107 1 ATCCTTTTAA 0.830196 -66 GATGCCTCCTTATATATTCTATTACAT 16 224 0 CTCCTTATAT 0.88744 -17 AAATCCTCCTAAAATTTAGGATAT 18 157 0 ATCCTTAAAA 0.717175 -14 TATTATTATACTCCTAAGATAATTAT 23 268 1 CTCCTGATAA 0.868882 -16 TAAATAAGCCCTCCTGCTTTAAAAGCAAAAGG 24 62 0 CTCCTTTTAA 0.972367 -153 ACTCTCCTACAAAAATTTATGAAAA 25 100 0 CTCCTAAAAA 0.6987 -15 TCAATCCTCCTGATAAAAATTGCCAAAA 28 98 0 CTCCTTAAAA 0.948054 -18 ACAAATCATTCTCCTCATTTAATTTAATTTAA 29 40 0 CTCCTTTTAA 0.972367 -213 CAAATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATG 31 144 0 CTCTTTTTAA 0.7163 -35 ***** ***** Masking position 11 Map Score: 7.56039 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 65 Number in coding regions = 36 Number in noncoding regions = 29 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 13 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00208802 Motif number 9 GATATTAAAGTTAAATTAGGTTTTGTTGTATTTAT 1 65 0 TTAATATTTG 0.567813 -236 TAATTTAACTTTAATATCCAACTTAATAACATTTA 1 82 1 TTAATCCTTA 0.437774 -219 AAAAAGAATGTTAAAATAAAACATAAATATGGGAA 1 195 1 TTAATACATA 0.23843 -106 AAAAGCCTTATTAAAATTATATTTAATATCTTATT 2 91 1 TTAATTTTTA 0.458502 -210 ATCTAAGCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAAC 3 134 0 TAAATTTTTA 0.46198 -50 TTGTTAGAATTAAAGTGAGGCTTTAAA 9 92 1 TAAAGATTTA 0.356114 -17 TAATTCCCTATAAAACTCTTTATTATCTTAGTTGA 10 47 0 TAAATCATTA 0.166566 -127 TAAATAGGTATTAAATTAACATTTATTATAGGTCA 11 28 1 TTAATATTTA 0.830392 -273 AACTAAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAAAACT 11 140 0 TAAATATTTA 0.588713 -161 TGTGGTGATGTTAAGTTAGTATTTATAAAAATTTT 11 214 1 TTAATATTTA 0.895822 -87 AAATGTCGATTTAATATGCATTTTAAAAAGATCAA 12 11 0 TTAATGTTTA 0.62123 -238 AACCTTTTTATAAACCTATGTCTTATAATAAAATT 12 113 1 TAAATACTTA 0.613743 -136 TATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTA 15 23 0 TTAATATTTA 0.895822 -150 GTTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCAAT 16 16 0 TTAATATTTG 0.567405 -225 ATGATGCAAGTAAATATCTTGTTAAATTGTAGGTT 16 83 0 TAAATCTTAA 0.144562 -158 CAAAATCTTATTAAGATAAAATGTAATAGAATATA 16 204 1 TTAATATGTA 0.335229 -37 GGTTCAAAATTAAACCTAAGACTTACGTACTCATC 17 96 0 TAAATACTTA 0.609126 -205 ACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCATAA 17 180 1 TTATTATTTA 0.233165 -121 AAAATATTAGTAAATATATACTATACAACATATTT 17 245 0 TAAATATATA 0.423946 -56 TTGAAAAATCAAAATATAACTTTTACAAAATTAAA 18 13 0 AAAATATTTA 0.165155 -158 TTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTT 19 36 1 TTAATATTTA 0.830392 -265 TTAGAGAGTATTAATATATCCTTAAAGTCTTAAC 20 10 0 TTAATATTAA 0.44758 -41 AATTTTTTTTTAAAAATCTATCTTATATCGTTTTA 23 72 1 TAAATCCTTA 0.338375 -212 ATTTGGAAGTTTAAACTATTTTATATGAAATTTGA 23 118 1 TTAATATATA 0.52844 -166 AAGAAAAGCTTTAATTTGTTTTTTAGATAGTATTA 24 22 1 TTAATGTTTA 0.630526 -193 TTTATTTAATTTTATTTTTAGGATTATGTT 26 6 1 TTAATTTTTA 0.458502 -197 GTTTTTGCTATTAATAGAATTTTTAGATTTTTATT 26 50 1 TTAAGATTTA 0.428657 -153 CTTAACAATCTTAATTTACTAATTAATAAAACTTA 26 151 0 TTAATAATTA 0.485928 -52 AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATC 27 11 1 TTAATATTTA 0.895822 -210 TATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAATA 27 122 1 TTAATATTTA 0.830392 -99 GACAATATTATAAAAATGTGAATTATATTTTAATT 27 168 1 TAAATGATTA 0.109381 -53 TCTAGCATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAA 27 197 0 TTAATATTAA 0.44758 -24 TGCCAAAAATTAAAGCTATTATATAAATATAATAA 28 71 0 TAAATATATA 0.423946 -45 ATTTAATTTAAAATTAGTTTTAAATTAAATTA 29 8 1 TTAATTTTTA 0.458502 -245 TACTTTGAAATAAATTTAAGCTTTCATCTTAAACC 29 90 0 TAAATATTTC 0.241703 -163 CATTTAAATGTAAAAATATTTTTTGTTTATTGATG 29 137 1 TAAATATTTG 0.463179 -116 TAATAATTTTTAAATCTCTAATTTAAATTATTGCA 30 30 0 TAAATCTTTA 0.640682 -59 AGTGTTAACCTTGACTTAAGGTTTAGTTT 34 31 1 TTGATATTTA 0.310428 -19 **** ** **** Masking position 4 Map Score: 19.3661 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 724 Number in coding regions = 429 Number in noncoding regions = 295 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 68 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0109219 Motif number 10 TATATATAAATTGAGCTTTACGTATTATTATTT 1 35 0 TTGCTTTAGT 0.868332 -266 ATTATATTTTTTCATGTTTTTTTATATAATAAA 1 113 0 TTTGTTTTTT 0.452024 -188 GATTCCCATATTTATGTTTTATTTTAACATTCT 1 199 0 TTTGTTTTTT 0.452024 -102 ATAATTTTAATAAGGCTTTTATTAGAAAAATTA 2 78 0 TAGCTTTTTT 0.539188 -223 TAAAATTTGTTTAAGGATTTTTTGTTTTATATT 2 188 1 TTGGATTTTT 0.636821 -113 AGTTCTTTTTTTTAGCTTATATTTGAATTTATT 2 269 1 TTGCTTATTT 0.412417 -32 TTTATAAATTTTATGCTTTTTGTCATTGAATAA 4 58 0 TTGCTTTTGT 0.937328 -40 AAAGTTGTTATTCCGCATGTCGTTATGATGTGC 5 28 1 TTGCATGTGT 0.517085 -55 AATTTTAAATTTAGGCTTTAGTTTTGTTGTTTT 11 152 1 TTGCTTTATT 0.803522 -149 ACTCATTAAATTCCTCATTTATTGCTGCAAATA 12 64 1 TTTCATTTTT 0.344197 -185 TAATAAGATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTT 16 184 0 TTGGATTTGT 0.738741 -57 AAATGCAATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGG 17 132 1 TTGCTTTAGT 0.868332 -169 AAGATATGGATTTGTCTTTTTGTAACTTTCAAT 17 156 1 TTTCTTTTGT 0.709326 -145 TTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGT 19 20 1 TTGCTTTTTT 0.902672 -281 AAAAACAAATTAAAGCTTTTCTTGGTCATATTT 24 12 0 TAGCTTTTTT 0.539188 -203 TTTGTTTACTTTTTGCTTGTGGTAATCTTTATG 25 23 1 TTGCTTGTGT 0.755337 -92 TAATTTTATTTTTAGGATTATGTTATAGTATTT 26 17 1 TTGGATTAGT 0.55493 -186 TTAGATGGTTTTATGGTTTAAGATGAAAGCTTA 29 76 1 TTGGTTTAGA 0.196065 -177 ATTTGGCTTTTGGTCTTGATATTT 32 2 1 TTGCTTTTGT 0.937328 -60 TAACCTTGACTTAAGGTTTAGTTT 34 36 1 TTGGTTTATT 0.690335 -14 ** ****** ** Masking position 8 Map Score: 7.85247 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 506 Number in coding regions = 323 Number in noncoding regions = 183 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 42 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0067459 Motif number 11 TATGGTTTCTCCTGAAAGATAGTAATA 1 284 0 TCTCCTGAAA 0.670813 -17 ATTAACTCCTTATATATTTTCATT 6 57 0 ACTCCTTATA 0.733534 -14 ATAATCTCCTTATGGTAGTAACGC 7 38 0 TCTCCTTATG 0.819483 -14 AATTTACCCTTCTTATAATAAAA 8 7 0 CCTTCTTATA 0.688718 -17 GATGCCTCCTTATATATTCTATTA 16 227 0 CCTCCTTATA 0.965612 -14 TAACTTTTTACCTCCCTATGCTTTAATAAG 17 281 0 CCTCCCTATG 0.831802 -20 AAATCCTCCTAAAATTTAGGATAT 18 157 0 CCTCCTAAAA 0.747918 -14 CCTCCTTTAGAAAAATCAAA 22 12 0 CCTCCTTTAG 0.662996 -10 AGACTTTGTCCCTCCTGATGATATGTGGGT 23 12 1 CCTCCTGATG 0.949226 -272 TCAATCCTCCTGATAAAAATTGCCA 28 101 0 CCTCCTGATA 0.952364 -15 TCCTCCTTAAAACCAAATTAT 31 168 0 CCTCCTTAAA 0.94304 -11 ********** Masking position 3 Map Score: 5.54608 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 39 Number in coding regions = 18 Number in noncoding regions = 21 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 12 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0019274 Motif number 12 TCCTGAAAGATAGTAATAGTTTATATTAATTT 1 270 0 TAGTATATTT 0.914281 -31 GCAAGATGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTCT 2 29 1 TAGAATTTTT 0.639812 -272 TTTTGTTCGTTAGTAGTTCTTTTTTTTAGCTT 2 255 1 TAGTATTTTT 0.943477 -46 CTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACATAAA 3 116 1 TAGTATATTT 0.914281 -68 ATGACAGTGTTAGTCTTAATTTTTGAGTGCAT 6 12 1 TAGTCTATTT 0.646772 -59 AAGCTCCCATTAGTATTAAATT 7 1 0 TAGTATAATT 0.531628 -51 AAATTAAATTTAGTACTTGTTTTTTTCTAAAC 10 13 1 TAGTATTTTT 0.943477 -161 AAATGATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGT 11 111 1 TACTATTTTT 0.639655 -190 ATGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAG 15 39 0 TATTATTTTT 0.544976 -134 ATATGTTGTATAGTATATATTTACTAATATTT 17 247 1 TAGTAATTTT 0.639812 -54 TTATTAGATTTAGTGTTATTTTGCTGCT 24 197 1 TAGTGTATTT 0.646772 -18 GATTATGTTATAGTATTTGTTTTTGCTATTAA 26 32 1 TAGTATTTTT 0.943477 -171 TAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGG 35 131 1 TAGTATTTTT 0.943477 -68 ***** ** *** Masking position 2 Map Score: 7.3709 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 81 Number in coding regions = 53 Number in noncoding regions = 28 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 15 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00240925 Motif number 13 ATTCTATTTATTTAATAAAAGCAGTTTTAA 1 166 1 TTTAATAAAA 0.62579 -135 ATAAAAGCAGTTTTAAAAAAGAATGTTAAA 1 180 1 TTTTAAAAAA 0.568363 -121 TATTAAAAAGTCTAACAAAAAAATCTAAAA 1 243 1 TCTAACAAAA 0.407003 -58 TTATTTTGTTTTTTGCAAGATGGTTAGAAT 2 15 1 TTTTGCAAGA 0.244982 -286 ATTAATTTTTTTTAATAAAAGAGACTAAAA 2 52 0 TTTAATAAAA 0.62579 -249 CTTAAACAAATTTTAGAAAAGAAATTCATA 2 173 0 TTTTAGAAAA 0.788094 -128 AGCTTAAGCTATTAACAAAACTACATTTAA 3 31 1 ATTAACAAAA 0.316697 -153 GTTTTGAATTTTTTACAAAATATTGTTATT 4 33 1 TTTTACAAAA 0.821724 -65 AAGAGTATTTTACAATATAAACTACAC 11 284 0 TTTTACAATA 0.514544 -17 TAATATGCATTTTAAAAAGATCAA 12 5 0 TTTAAAAAGA 0.482866 -244 TTTACAATTTTTTTTCAAAAAAAATATTCT 12 160 1 TTTTTCAAAA 0.5653 -89 TTTAACAAGAATAAAATGGG 13 1 1 TTTAACAAGA 0.822836 -32 AACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAA 16 48 1 TTTATCAAAA 0.636269 -193 CAACCTACAATTTAACAAGATATTTACTTG 16 82 1 TTTAACAAGA 0.822836 -159 AAAATATAACTTTTACAAAATTAAAAA 18 8 0 TTTTACAAAA 0.821724 -163 TATATTTTGATTTTTCAATACAATGTTAAG 18 30 1 TTTTTCAATA 0.148048 -141 ATTCTACACATTTTACAAAATATAGTCAAT 19 117 0 TTTTACAAAA 0.821724 -184 TATTAAAATTTTTTAGAAAAACACGTAGTG 19 155 1 TTTTAGAAAA 0.788094 -146 ATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAATTTGT 19 237 1 TTTAATAAGA 0.430746 -64 TTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTAT 19 251 0 TTTAACAAAT 0.316697 -50 ATCTTAGTAATTTTACAAAATTTTTTTTTA 23 54 1 TTTTACAAAA 0.821724 -230 TAAGATAGATTTTTAAAAAAAAATTTTGTA 23 67 0 TTTTAAAAAA 0.568363 -217 CCTACAAAAATTTATGAAAAATAAAACAGG 25 90 0 TTTATGAAAA 0.401709 -25 CCTCGTTCTTTTTTAGAAAATCTTAACAAT 26 177 0 TTTTAGAAAA 0.788094 -26 TTTTGATTTCTTTAATAAAATTTGTATTTT 28 43 1 TTTAATAAAA 0.62579 -73 ACATGAGTAATTTAAAAAAAGAGCTATAAT 31 143 1 TTTAAAAAAA 0.681204 -36 TATTAAATTGTTTAAAAAAACAAATATAAA 35 37 0 TTTAAAAAAA 0.681204 -162 TTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATATTATAA 35 104 1 TTTAAGAAAA 0.803772 -95 TTTAAAAATTTTTTAGAAAATAAGAAAAAA 36 29 1 TTTTAGAAAA 0.788094 -49 CTTGTAAAAATTTGACAAAAAAATAACAAA 38 20 0 TTTGACAAAA 0.575549 -165 TTTGTCAAATTTTTACAAGAGTGATGAATT 38 31 1 TTTTACAAGA 0.816218 -154 ********** Masking position 7 Map Score: 29.5613 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 434 Number in coding regions = 289 Number in noncoding regions = 145 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 36 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0057822 Motif number 14 TTAAAAAGTCTAACAAAAAAATCTAAAATT 1 245 1 TAACAAAAAA 0.703584 -56 TTTTAATATAAAACAAAAAATCCTTAAACA 2 195 0 AAACAAAAAA 0.777884 -106 AAATTAAAATAAACAAAAACCTTTTTATAA 12 96 1 AAACAAAAAC 0.891381 -153 ACATAGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAAT 15 67 1 TACCAAAAAC 0.631193 -106 TTAATTGAAGAATCAAAAATTATTTTAAAC 16 13 1 AATCAAAAAT 0.561805 -228 CCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAAA 16 50 1 TATCAAAAAT 0.464942 -191 AGCAAAAAGTAAACAAAAAAACTTAAAAA 25 10 0 AAACAAAAAA 0.777884 -105 AGATTACCACAAGCAAAAAGTAAACAAAAA 25 21 0 AAGCAAAAAG 0.716322 -94 ATTCTATTAATAGCAAAAACAAATACTATA 26 40 0 TAGCAAAAAC 0.899014 -163 TTTATTATTAAAGCTAAAATATTTTAATGA 26 85 1 AAGCTAAAAT 0.339123 -118 CAATTCTAACAAGCAAAAACCGACTTTACT 27 49 1 AAGCAAAAAC 0.929253 -172 ATACATCAATAAACAAAAAATATTTTTACA 29 145 0 AAACAAAAAA 0.777884 -108 ATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGGCC 31 24 0 AAGCAAAAAC 0.929253 -155 GGTTAACACTTAGCAAAAATAATGTCAACA 34 11 0 TAGCAAAAAT 0.791629 -39 TTCTTAAAAATAACAAAAGCAATTTATCCT 35 92 0 TAACAAAAGC 0.43009 -107 ********** Masking position 6 Map Score: 5.71098 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 651 Number in coding regions = 427 Number in noncoding regions = 224 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 51 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00819146 Motif number 15 TATATAAATACAACAAAACCTAATTTAACT 1 62 1 CAACAAAACC 0.801916 -239 AACTACTAACGAACAAAACTTCATTAATGA 2 243 0 GAACAAAACT 0.859263 -58 CTTAAGCTATTAACAAAACTACATTTAAAC 3 33 1 TAACAAAACT 0.952021 -151 ATAACAAAACTCCTAACTACC 10 163 0 TAACAAAACT 0.952021 -11 AATATTAAAACAACAAAACTAAAGCCTAAA 11 161 0 CAACAAAACT 0.95555 -140 TGCCTATTTATAATAAATCTCTTAGGTAAG 12 188 0 TAATAAATCT 0.608332 -61 AAAAAGTAAACAAAAAAACTTAAAAA 25 7 0 CAAAAAAACT 0.678196 -108 ATTTACTAATTAATAAAACTTATACACACA 26 143 0 TAATAAAACT 0.774273 -60 TAAATTATTGCAACAAATCTTATCAAAATA 30 12 0 CAACAAATCT 0.906839 -77 AGCAAAGCTCTAACAAACCTCTTGCCATAA 35 157 0 TAACAAACCT 0.840516 -42 GACAAAAAAATAACAAATCTTTTGGG 38 7 0 TAACAAATCT 0.899846 -178 ********** Masking position 5 Map Score: 7.56127 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 47 Number in coding regions = 33 Number in noncoding regions = 14 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 11 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00176678