AlignACE version 2.2 July 7, 1998 /home/amcguire/bin/alignACE -i00240_bbur_reg_300.orf -o00240_bbur_300.ace -a/home/amcguire/genomes/ORF_borburg.txt -z/home/amcguire/genomes/borburg.fna -g0.28 -x5 -e Parameter values: expect = 5 ncols = 10 npass = 1000 maxnpass = 100 nruns = 1000 maxnruns = 100 repeat = 15 maxreps = 3 nread = 500 ncycles = 1 fragment = 1 psfact = 0.1 gcback = 0.28 maxlen = 30 weight = 0.8 exclude = 1 Purged sequences: BB0478 35 ribosomal protein L3 (rplC) BB0481 21 ribosomal protein L2 (rplB) BB0488 21 ribosomal protein L14 (rplN) BB0573 55 ABC transporter, ATP-binding protein BB0782 39 conserved hypothetical protein Input sequences: #1 BB0008 96 conserved hypothetical protein #2 BB0016 122 glpE protein (glpE) #3 BB0132 37 transcription elongation factor (greA) #4 BB0133 162 B. burgdorferi predicted coding region BB0133 #5 BB0239 300 deoxyguanosine/deoxyadenosine kinase(I) subunit 2 (dck) #6 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #7 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #8 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #9 BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) #10 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #11 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #12 BB0398 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0398 #13 BB0437 172 chromosomal replication initiator protein (dnaA) #14 BB0438 240 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #15 BB0461 300 DNA polymerase III, subunits gamma and tau (dnaX) #16 BB0463 170 nucleoside-diphosphate kinase (ndk) #17 BB0476 300 translation elongation factor TU (tuf) #18 BB0477 50 ribosomal protein S10 (rpsJ) #19 BB0508 77 GTP-binding protein #20 BB0511 91 B. burgdorferi predicted coding region BB0511 #21 BB0515 70 thioredoxin reductase (trxB) #22 BB0551 220 chemotaxis response regulator (cheY-1) #23 BB0572 199 glycosyl transferase (lgtD) #24 BB0575 183 CTP synthase (pyrG) #25 BB0577 115 B. burgdorferi predicted coding region BB0577 #26 BB0578 252 methyl-accepting chemotaxis protein (mcp-1) #27 BB0579 88 DNA polymerase III, subunit alpha (dnaE) #28 BB0618 87 cytidine deaminase (cdd) #29 BB0776 178 B. burgdorferi predicted coding region BB0776 #30 BB0777 61 adenine phosphoribosyltransferase (apt) #31 BB0778 56 ribosomal protein L21 (rplU) #32 BB0781 54 GTP-binding protein (obg) #33 BB0785 115 stage V sporulation protein G #34 BB0786 63 general stress protein (ctc) #35 BB0791 105 thymidine kinase (tdk) #36 BB0797 163 DNA mismatch repair protein (mutS) #37 BB0799 49 conserved hypothetical protein #38 BB0804 198 ribosomal protein S15 (rpsO) #39 BB0813 74 B. burgdorferi predicted coding region BB0813 #40 BB0814 77 pantothenate permease (panF) Motif number 1 TCAAAAACAATTTAATTTAATAATTACAAA 1 15 1 TTTAATTTAA 0.516454 -82 TTTATATATTTTATATTATACTAATATAGG 1 54 1 TTATATTATA 0.795388 -43 TATTCACTTTTTTTATTTTTTTTGATATCA 2 90 1 TTTTATTTTT 0.848812 -33 AAATAAAATCTTATATTATAATATTAAAAA 4 18 0 TTATATTATA 0.795388 -145 TAATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAAT 4 30 1 TTTTATTTTA 0.890593 -133 AATTTTATTTTGTTTTTTGCAA 5 3 1 TTTTATTTTG 0.79601 -298 GTTAGAATTTTTTTATTTTAGTCTCTTTTA 5 37 1 TTTTATTTTA 0.890593 -264 TTTTAGTCTCTTTTATTAAAAAAAATTAAT 5 52 1 TTTTATTAAA 0.853811 -249 CTTATTAAAATTATATTTAATATCTTATTT 5 97 1 TTATATTTAA 0.836883 -204 ATTTAATATCTTATTTTTAATTAAGATTAA 5 111 1 TTATTTTTAA 0.699962 -190 ATTAAAATTCTTAAATTATTGACATTAATC 5 135 0 TTAAATTATT 0.651733 -166 ATTTAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGAA 5 149 1 TTTAATTTTT 0.796696 -152 ATTTTTTGTTTTATATTAAAATTTTTACAT 5 204 1 TTATATTAAA 0.790277 -97 TTAGTAGTTCTTTTTTTTAGCTTATATTTG 5 264 1 TTTTTTTTAG 0.636039 -37 TATATTTGAATTTATTTAAGTTATT 5 286 1 TTTATTTAAG 0.476561 -15 AGTGTTAGTCTTAATTTTTGAGTGCATGCT 7 17 1 TTAATTTTTG 0.423003 -54 TTTTATTATAAGAAGGGTAA 9 1 1 TTTTATTATA 0.858659 -23 GAAAATTAAATTTAGTACTTGTTTT 11 6 1 TTAAATTTAG 0.641923 -168 ATAATAAATGTTAATTTAATACCTATTTAA 12 27 0 TTAATTTAAT 0.455966 -274 ATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTT 12 116 1 TTTTTTTATA 0.718785 -185 ATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAGTTT 12 146 1 TTAAATTTAG 0.641923 -155 TGACAACTTTTTAAATTGAGGTGTGCATTT 12 248 1 TTAAATTGAG 0.457725 -53 GAGGTGTGCATTTTATTATGTGTAGTTTAT 12 265 1 TTTTATTATG 0.744404 -36 TATGTGTAGTTTATATTGTAAAATACTCTT 12 281 1 TTATATTGTA 0.703259 -20 AGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTT 13 34 0 TTTTTTTTAA 0.78476 -139 GAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACC 14 22 1 TTATTTTAAA 0.635185 -219 TTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGA 14 62 0 TTTTTTTGTT 0.517868 -179 AAATATCTTGTTAAATTGTAGGTTGTTTTT 14 77 0 TTAAATTGTA 0.62321 -164 TGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTA 14 119 0 TTTAATTGTA 0.721056 -122 GATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATA 14 172 0 TTTTATTTTT 0.848812 -69 CGGTAAGCGATTTTTTTGATGAGTACGTAA 15 79 1 TTTTTTTGAT 0.533518 -222 AAGTCTTAGGTTTAATTTTGAACCCAAATG 15 107 1 TTTAATTTTG 0.731458 -194 TAACTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGT 15 178 1 TTTTATTATA 0.858659 -123 TTTTTAATTTTGTAAAAGTTAT 16 3 1 TTTAATTTTG 0.731458 -168 TTTGTAAAAGTTATATTTTGATTTTTCAAT 16 19 1 TTATATTTTG 0.714028 -152 GAATAAGTATTTTTATTTATTTAATTATTT 16 119 1 TTTTATTTAT 0.856666 -52 ATTTATTTAATTATTTTTAAATATATATCC 16 133 1 TTATTTTTAA 0.699962 -38 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTG 17 5 1 TTATTTTTTA 0.686646 -296 TGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAGTTTA 17 31 1 TTTAATTAAT 0.746214 -270 AATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCT 17 48 1 TTATATTAAT 0.740538 -253 AAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTT 17 201 1 TTTTATTTTT 0.848812 -100 AGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAAT 17 233 1 TTATTTTAAT 0.545603 -68 AATACACCTCTTTATTTATTCCGATATTTC 19 54 0 TTTATTTATT 0.551633 -24 CTATAATATATTTTATTTAACAAAAAAGCA 20 31 0 TTTTATTTAA 0.888322 -61 AAAGAATATGTTAAATTTTACCCT 22 5 0 TTAAATTTTA 0.774743 -216 ATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTA 22 105 1 TTTTATTTAT 0.856666 -116 TCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAA 22 121 0 TTATTTTAAT 0.545603 -100 AAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTA 22 180 1 TTATATTTTA 0.838935 -41 TTGATGTTTTTTAAATTTTTTACTTTTAAT 23 29 1 TTAAATTTTT 0.714892 -171 TGTTTCAAACTTATTTTAATGAAAAGTTTA 23 76 0 TTATTTTAAT 0.545603 -124 TATATTACAATTTAATTGTTATGCAAAAAA 23 124 1 TTTAATTGTT 0.640654 -76 AACAAATTCTTTTAATTTTTTGCATAACAA 23 139 0 TTTAATTTTT 0.796696 -61 TAATTTTTATTTTAATTTAATGTTTTTGTT 24 68 1 TTTAATTTAA 0.516454 -116 TGCAAGTATATTTTATTATGATTTGTGAAT 24 106 1 TTTTATTATG 0.744404 -78 AATTTAAAGTTTTAATTTTGGGGTATAC 24 166 1 TTTAATTTTG 0.731458 -18 TGATTTAATTATAATTAGTATAT 25 4 1 TTTAATTATA 0.797738 -112 AATCAAAATATTTTATTATATACTAATTAT 25 21 0 TTTTATTATA 0.858659 -95 AAAATACAAATTTTATTAAAGAAATCAAAA 25 43 0 TTTTATTAAA 0.853811 -73 AAAATTTGTATTTTATTATATTTATATAAT 25 59 1 TTTTATTATA 0.858659 -57 ATATAATAGCTTTAATTTTTGGCAATTTTT 25 82 1 TTTAATTTTT 0.796696 -34 ATTTAATTTAAAATTAGTTTT 26 2 1 TTTAATTTAA 0.516454 -251 TTTAATTTAATTTAATTTAAAACTAATTTT 26 20 0 TTTAATTTAA 0.516454 -233 CCTCATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAA 26 30 0 TTTAATTTAA 0.516454 -223 AGATGAAAGCTTAAATTTATTTCAAAGTAA 26 96 1 TTAAATTTAT 0.718642 -157 TTCAAAGTAATTAATTTTTACCATTTAAAT 26 116 1 TTAATTTTTA 0.604677 -137 CATAAAAACTTTTTTTTGAATAGGGTCACC 26 220 0 TTTTTTTGAA 0.623881 -33 TTATTTTGATAAGATTTGTT 27 1 1 TTATTTTGAT 0.422568 -88 AATCTCTAATTTAAATTATTGCAACAAATC 27 23 0 TTAAATTATT 0.651733 -66 CTTTTTTAATTTTTATTTATTTGATTAAGG 27 68 1 TTTTATTTAT 0.856666 -21 TTGTGGTTTATTTTATTGAAATATTGTAAT 28 38 0 TTTTATTGAA 0.797665 -50 TTCCCACCTGTTATATTTTATTAGCCATTG 28 65 0 TTATATTTTA 0.838935 -23 TTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGT 29 38 1 TTATATTTTT 0.782245 -141 ATTTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAA 29 67 0 TTTAATTATT 0.7452 -112 ATTATACAACTTATTTTATAATTTTAATTA 29 79 0 TTATTTTATA 0.620561 -100 ATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGT 29 143 0 TTTTTTTAAA 0.731262 -36 GACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACAATGT 31 21 1 TTTTATTAAA 0.853811 -36 TTTTAATTGAAAAGATTGGAG 32 2 1 TTTAATTGAA 0.716888 -53 GATTTTTGGTTTTAATTGAAAAATTGGAGA 32 31 1 TTTAATTGAA 0.716888 -24 TTTAATTAATTTTAATTAAACTAAGTAA 33 9 0 TTTAATTAAA 0.483575 -107 TTTTAGTTTTTTTAATTAATTTTAATTAAA 33 19 0 TTTAATTAAT 0.746214 -97 TCCTAAATTATTAATTTTTAGGCTTTTAAT 35 25 1 TTAATTTTTA 0.604677 -81 TTTTTGTTGTTTTTATTTATATAATTGAAT 35 63 1 TTTTATTTAT 0.856666 -43 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGGC 36 7 1 TTAAATTTAA 0.478941 -157 TTAAACGCTATTTAATTATTAAAAAGCCTA 36 32 0 TTTAATTATT 0.7452 -132 GCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTTTA 36 64 1 TTTTTTTTAT 0.715447 -100 TTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTT 36 79 1 TTTTATTATT 0.80733 -85 ATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATATTTAT 36 103 1 TTTAATTGAA 0.716888 -61 TTTAATTGAATTATATTTATTTTATAATAT 36 113 1 TTATATTTAT 0.792715 -51 ATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTT 38 21 1 TTTAATTTTA 0.84256 -178 TTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATA 38 37 1 TTTTTTTAAA 0.731262 -162 CCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTA 38 65 0 TTATTTTTAA 0.699962 -134 ATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATAT 38 99 1 TTATTTTTAA 0.699962 -100 ATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAG 38 137 1 TTATTTTAAA 0.635185 -62 ATTGATATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTT 40 34 1 TTTTATTTTT 0.848812 -44 CCTCTATTTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAA 40 51 0 TTTTTTTAAG 0.566027 -27 ********** Masking position 6 Map Score: 94.8969 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 4219 Number in coding regions = 2563 Number in noncoding regions = 1656 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 272 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0436878 Motif number 2 AAATTCAAAAACAATTTAATTTAATAA 1 7 1 AAAAAAATTT 0.554112 -90 CTGTGCTTATTTATATATTTTATATTATACT 1 45 1 TTATAATTTT 0.787927 -52 ATTTTGCAAAAAAAACAATTTTATTCACTTT 2 69 1 AAAAAAATTT 0.554112 -54 AATTTTCTTTTTAATATTATAATATAAGAT 4 10 1 TTTAAATTAT 0.822422 -153 AATATTATAATATAAGATTTTATTTTAAAAG 4 23 1 TATAAATTTT 0.848727 -140 ATTAGGGCAAAATAACAATATTTCATTTATT 4 57 0 AATAAAATAT 0.538147 -106 TCCCACCATTTTAAACAATATATACAAACCC 4 140 0 TTAAAAATAT 0.748475 -23 TAAAAGCCTTATTAAAATTATATTTAATATC 5 90 1 ATTAAATTAT 0.614887 -211 ATGTCAATAATTTAAGAATTTTAATTTTTAA 5 140 1 TTTAAAATTT 0.848727 -161 GAATTTTAATTTTTAAATTATGAATTTCTTT 5 155 1 TTTTAATTAT 0.776954 -146 TTTGTTTTATATTAAAATTTTTACATTGGAT 5 208 1 ATTAAATTTT 0.693645 -93 AAAATTAAAAATATATCAAAGTTG 6 4 1 ATTAAAATAT 0.576982 -79 ATTAACTCCTTATATATTTTCATTTCACAG 7 51 0 TTATAATTTT 0.787927 -20 TATAGGTCATTATAAGATTATTTTTCAACGT 12 54 1 TATAAATTAT 0.798241 -247 TAAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAAAAC 12 141 0 ATTTAAATTT 0.592634 -160 GTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTG 12 172 1 TTTAAATTTT 0.867859 -129 AGTTAGTATTTATAAAAATTTTGACAACTTT 12 227 1 TATAAAATTT 0.827376 -74 AAGAGTATTTTACAATATAAACTACACA 12 283 0 TTTTAAATAT 0.748475 -18 ACATTAAAAAAAAAATAATATCTATTACATA 13 41 1 AAAAAAATAT 0.467045 -132 AGAATCCTAATTTAACATTATACTATATAAT 13 114 1 TTTAAATTAT 0.822422 -59 GCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAAT 13 130 0 TTTAAATTAT 0.822422 -43 TTCAATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTC 14 19 0 TAAAAAATTT 0.782841 -222 ATTTTATCTTAATAAGATTTTGTGGATTTTG 14 195 0 AATAAATTTT 0.659194 -46 TTATATATTCTATTACATTTTATCTTAATAA 14 211 0 TATTAATTTT 0.808425 -30 CTTTCAATTTTATTATATTTTTTATGTTTCA 15 181 1 TATTAATTTT 0.808425 -120 GCTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACAT 15 204 0 TAAAAAATTT 0.782841 -97 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCT 17 11 1 TTTAAATTTT 0.867859 -290 CGTGTTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTA 17 149 0 TAAAAATTTT 0.808425 -152 AATAAATTTGTTAAAAATTTTTTAAAGAGAT 17 256 1 TTAAAATTTT 0.831643 -45 AATTTGACTATAATATATTTTATTTAACAAA 20 37 0 TAATAATTTT 0.760417 -55 TGATAAAATAATAAAGAATATGTTAAATTTT 22 16 0 ATAAAAATAT 0.506377 -205 ATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGA 22 127 0 TTAAAATTAT 0.776954 -94 TAATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTG 22 162 0 TTTTAAATAT 0.748475 -59 TAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTT 22 178 1 AATTAATTTT 0.592634 -43 TCTAGCATATTAAAATATCTTTAACGAC 22 203 0 TATTAAATAT 0.717681 -18 GGTTGATGTTTTTTAAATTTTTTACTTTTAA 23 27 1 TTTTAATTTT 0.831643 -173 ATTTTTTACTTTTAATAATATAGCAATTTCT 23 43 1 TTTAAAATAT 0.798241 -157 GTTAATTATATATTACAATTTAATTGTTATG 23 116 1 TATTAAATTT 0.782841 -84 TGCAAAAAATTAAAAGAATTTGTTGTGAAGT 23 145 1 TAAAAAATTT 0.782841 -55 TTAGCTAAGCATTAATAATTTTTATTTTAAT 24 53 1 ATTAAAATTT 0.659194 -131 TCACAAATCATAATAAAATATACTTGCATTA 24 103 0 TAATAAATAT 0.656593 -81 TAGTATATAATAAAATATTTTGATTTCTTTA 25 26 1 TAAAAATTTT 0.808425 -90 TTGATTTCTTTAATAAAATTTGTATTTTATT 25 45 1 TAATAAATTT 0.730559 -71 ATTTAAATGTAAAAATATTTTTTGTTTATTG 26 138 1 AAAAAATTTT 0.592614 -115 TAAATCTCTAATTTAAATTATTGCAACAAAT 27 24 0 ATTTAATTAT 0.545638 -65 AATTAGAGATTTAAAAATTATTATGACTTTT 27 42 1 TTAAAATTAT 0.776954 -47 ACATTGACTATATTACAATATTTCAATAAAA 28 27 1 TATTAAATAT 0.717681 -61 CCACAATGGCTAATAAAATATAACAGGTGGG 28 62 1 TAATAAATAT 0.656593 -26 TTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGG 29 36 1 TTTTAATTTT 0.831643 -143 ATACAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAA 29 75 0 TTTTAAATTT 0.808425 -104 ATCTATATGTTTATATATTTTTCAAATATCA 30 27 0 TTATAATTTT 0.787927 -35 AACTTAAATCTAAAATATTTTCTATTTTTTG 33 69 0 TAAAAATTTT 0.808425 -47 AAGCCTAAAAATTAATAATTTAGGATCTTAT 35 19 0 ATTAAAATTT 0.659194 -87 TTTAATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTC 36 57 1 TAAAAATTTT 0.808425 -107 ATTATATTTATTTTATAATATCAATTGTAAT 36 122 1 TTTTAAATAT 0.748475 -42 TTATAAATATATTATGACATTTTAA 38 5 1 AAATAATTAT 0.435524 -194 TTTTAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAA 38 50 1 TTTAAAATTT 0.848727 -149 TACGATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAA 38 112 0 TATAAATTTT 0.848727 -87 GTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAGAGGT 38 140 1 TTTTAATTAT 0.776954 -59 ATAATATATATTATATAATATACATTATATT 39 11 1 TTATAAATAT 0.691183 -64 ATATTTGAATTTATAAATTTTGATGTCCTTT 39 37 1 TTATAATTTT 0.787927 -38 AATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTA 40 28 0 TAAAAAATAT 0.717681 -50 ATTTTTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAA 40 40 1 TTTTAATTTT 0.831643 -38 ***** ***** Masking position 5 Map Score: 70.5354 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 2940 Number in coding regions = 1854 Number in noncoding regions = 1086 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 203 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0326052 Motif number 3 TTCTATATTAATTTTGCAAAAAAAACAATTTT 2 59 1 ATTTCAAAAA 0.418692 -64 TGATATCAAAAAAAATAAAAAAAGTGAATAAA 2 88 0 AAAAAAAAAA 0.346436 -35 AATTCTAACCATCTTGCAAAAAACAAAATAAA 5 14 0 ATTTCAAAAA 0.419622 -287 AAATTTTAATATAAAACAAAAAATCCTTAAAC 5 196 0 ATAACAAAAA 0.885576 -105 TAAATTCAAATATAAGCTAAAAAAAAGAACTA 5 268 0 TAAACTAAAA 0.143287 -33 CAAAACTCCTAACTACCAATAAAAGCCCTCAA 11 148 0 AATACAATAA 0.590667 -26 CAATATAAAAAAATAGTAAAAATCATTTCATA 12 107 0 AATATAAAAA 0.693615 -194 ATTACATAGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAA 13 64 1 AATACAAAAA 0.94208 -109 ACTTAATTGAAGAATCAAAAATTATTTTAAA 14 10 1 AAAACAAAAA 0.955059 -231 GAACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAA 14 47 1 ATTACAAAAA 0.855561 -194 AATACAATTAAACAATCAAACAGTAGCTTACT 14 127 1 AAAACAAACA 0.518547 -114 ATATATCTATAAAAAATAAAAATACAAAATCC 14 171 1 AAAATAAAAA 0.747339 -70 AGACTTACGTACTCATCAAAAAAATCGCTTAC 15 81 0 ACCACAAAAA 0.395814 -220 ATATCTTAACATAAAGCAAAACATTGCATTTG 15 131 0 ATAACAAAAC 0.287117 -170 ATAAAATTGAAAGTTACAAAAAGACAAATCCA 15 162 0 AATTCAAAAA 0.665033 -139 AAAGAATTTTATGAAACATAAAAAATATAATA 15 191 0 ATAACATAAA 0.205035 -110 CATTGTATTGAAAAATCAAAATATAACTTTTA 16 23 0 AAAACAAAAT 0.427318 -148 AAAATAATTAAATAAATAAAAATACTTATTCA 16 118 0 AAAATAAAAA 0.747339 -53 GAAAAGCACAAAATATTAAAAAATAAAGCT 17 9 0 AATATAAAAA 0.693615 -292 AATAGCTACAAATAATCAAAAAAATAAAAAAA 17 208 0 AAAACAAAAA 0.955059 -93 AATATATTTTATTTAACAAAAAAGCACACCGA 20 25 0 ATTACAAAAA 0.855541 -67 AAACAATTCTAACAAGCAAAAACCGACTTTAC 22 46 1 AAAACAAAAA 0.955059 -175 AACTGTAAAATACCACCAAAAATACATGCTAT 22 84 1 TACACAAAAA 0.315293 -137 AAAGAAAAATATCAATCAAAAAGACAATATTA 22 146 1 ATAACAAAAA 0.885577 -75 CTTGCATTAAAACAAACAAAAACATTAAATTA 24 80 0 AAAACAAAAA 0.955059 -104 TCCTGATAAAAATTGCCAAAAATTAAAGCTAT 25 87 0 AATGCAAAAA 0.472122 -29 CAAATACATCAATAAACAAAAAATATTTTTAC 26 146 0 AAAACAAAAA 0.955059 -107 ACCTTAATCAAATAAATAAAAATTAAAAAAGT 27 67 0 AAAATAAAAA 0.747339 -22 GTCAATGTAAAATAAGCTAAAAAC 28 3 0 AAAACTAAAA 0.653422 -85 CTATATTACAATATTTCAATAAAATAAACCAC 28 34 1 ATTTCAATAA 0.0602783 -54 AAAATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGGC 29 25 0 ATAACAAAAA 0.885571 -154 ATTTTTCAATTAAAACCAAAAATCTCCAATCT 32 23 0 TAAACAAAAA 0.653423 -32 AAATTAATTAAAAAAACTAAAAATATCATAAA 33 27 1 AAAACTAAAA 0.653423 -89 ATATAAATAAAAACAACAAAAAACATTAACAT 35 53 0 AACACAAAAA 0.838462 -53 AACGCTATTTAATTATTAAAAAGCCTAATGTT 36 27 0 AATATAAAAA 0.693615 -137 AAAGAATATAAAATAATAAAAAGACCATAAAA 36 78 0 AATATAAAAA 0.693615 -86 CAAGGTTAACACTTAGCAAAAATAATGTCAAC 37 12 0 ACTACAAAAA 0.672445 -38 AAATTGTTTAAAAAAACAAATATAAAATTAAA 38 31 0 AAAACAAATA 0.420858 -168 TTTTTCTTAAAAATAACAAAAGCAATTTATCC 38 93 0 AATACAAAAG 0.458415 -106 AAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATCAAGT 40 22 0 AATACAATAA 0.590667 -56 ** ** ****** Masking position 9 Map Score: 31.8302 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1247 Number in coding regions = 810 Number in noncoding regions = 437 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 88 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0141343 Motif number 4 GAACATGATATCAAAAAAAATAAAAAAAGTGAATAAAA 2 87 0 TAAAAAAAAA 0.882966 -36 TCCCACCATTTTAAACAATATATACAAACCCCCGTTAC 4 133 0 TAAACTAAAA 0.462436 -30 GAGACTAAAATAAAAAAATTCTAACCATCTTGCAAAAA 5 24 0 TAAAATACAT 0.67794 -277 TTAATCTTAATTAAAAATAAGATATTAAATATAATTTT 5 103 0 TAAAAAATAA 0.32423 -198 AAATCCAATGTAAAAATTTTAATATAAAACAAAAAATC 5 203 0 TAAAATAAAA 0.950468 -98 AAAATTAAAAATATATCAAAGTTGTTATTCCG 6 5 1 TAAAAAAAGT 0.308193 -78 AAATGTTAATTTAATACCTATTTAAAAAGCAATCGTCT 12 14 0 TAATATAAAA 0.361959 -287 AACTCCAATATAAAAAAATAGTAAAAATCATTTCATAA 12 106 0 TAAAATAAAT 0.86694 -195 AAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAAAACTCCAATAT 12 133 0 TTAAATAAAA 0.605918 -168 AACACCAATGTAAAAATATTAAAACAACAAAACTAAAG 12 167 0 TAAAATAAAC 0.527968 -134 ACACCTCAATTTAAAAAGTTGTCAAAATTTTTATAAAT 12 234 0 TAAAATAAAT 0.86694 -67 TTAATTAAAATCTAGACACAGATAAATTCTAC 13 5 1 TAAAATAAGA 0.769433 -168 CCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAACAATTTAGATAGA 13 79 1 TAAAATACAA 0.861104 -94 AAATAATTTATCAAAAATACAACAAAAAAACAACCTAC 14 52 1 TAAAAAAAAA 0.882966 -189 TTATGAAACATAAAAAATATAATAAAATTGAAAGTTAC 15 177 0 TAAAAAAAAT 0.719231 -124 GATATATATTTAAAAATAATTAAATAAATAAAAATACT 16 124 0 TAAAAAAAAA 0.882966 -47 TTTAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACACGTAGTG 17 147 1 TAAAATGAAA 0.456767 -154 CTACAAATAATCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTTTA 17 197 0 TAAAAAAAAT 0.719231 -104 CTTATTAAAATAAGAAAATAGCTACAAATAATCAAAAA 17 218 0 TAGAATAAAA 0.462436 -83 TTAATCTCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTA 17 252 0 TAAAATAAAA 0.950468 -49 GCTATTATAATGGAAATATCGGAATAAATAAAGAGGTG 19 42 1 TGAAATAAAA 0.474208 -36 AACTTATCGCTAAAAATTTGACTATAATATATTTTATT 20 44 0 TAAAATAAAT 0.86694 -48 AGGCCTCTCTTAAAAATTTGAATATTAATCTTAACATT 21 32 0 TAAAATATAA 0.549709 -39 TCTAGCATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAAT 22 194 0 TAAAATACGA 0.518806 -27 TTATTAAAAGTAAAAAATTTAAAAAACATCAACCCAAA 23 23 0 TAAAATAACA 0.486595 -177 CTTATTTTAATGAAAAGTTTAGCAGAAATTGCTATATT 23 59 0 TAAAATAAAA 0.950468 -141 AATAGTTTAAAAGATTTAAAACAATGGCTTAGAA 24 7 1 TAAAATACAA 0.861104 -177 AAGCTTATGCTTAAAAAGAATTCACAAATCATAATAAA 24 117 0 TAAAAAAAAA 0.882966 -67 AATCTCTAATTTAAATTATTGCAACAAATCTTATCAAA 27 15 0 TAAATTAAAA 0.367255 -74 AAATAAAAATTAAAAAAGTCATAATAATTTTTAAATCT 27 48 0 TAAAATAAAT 0.86694 -41 ATTGACTATATTACAATATTTCAATAAAATAAACCACA 28 29 1 TACAATAAAA 0.462436 -59 GACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGGC 29 25 0 TTAAATAAAA 0.605919 -154 ATTATTAAGATAAAAACCTAGACAAAAAAATATAAAAT 29 45 0 TAAAATAAAA 0.950468 -134 GGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACATCATTATA 29 103 0 TAAAATAAAA 0.950468 -76 TCTTGATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATGGGA 30 24 1 TAAAAAACAT 0.452839 -38 AACTAAACATTGTAAATTTAATAAAAAAGAAAAGTCAA 31 19 0 TTAAATAAAA 0.605919 -38 TGGTTTTAATTGAAAAATTGGAGAAAGT 32 37 1 TAAAATAAGT 0.531195 -18 CTTAGTTTAATTAAAATTAATTAAAAAAACTAAAAATA 33 14 1 TAAAAAAAAA 0.882966 -102 AAAAATATCATAAAAACGTGTTTACAAAAAATAGAAAA 33 45 1 TAAAATAAAA 0.950468 -71 TATAAAATAATAAAAAGACCATAAAAAAAATATTTTAC 36 66 0 TAAAACAAAA 0.686511 -98 AAATATAAAATTAAAATGTCATAATATATTTATAA 38 8 0 TAAAATAATA 0.390049 -191 TTAAATTGTTTAAAAAAACAAATATAAAATTAAAATGT 38 27 0 TAAAACAAAA 0.68651 -172 TATTTTTTCTTAAAAATAACAAAAGCAATTTATCCTTT 38 90 0 TAAAAAACAA 0.709089 -109 TTAAAACAACCTTAACAAAAGGACATCA 39 57 0 TAAAAAACAA 0.709089 -18 AATCTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATCAAGTT 40 21 0 TAAAATAAAT 0.86694 -57 * **** * * *** Masking position 1 Map Score: 55.0301 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1298 Number in coding regions = 849 Number in noncoding regions = 449 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 91 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0146161 Motif number 5 TTATTTATATATTTTATATTATACTAATATA 1 51 1 ATTTATATTA 0.915044 -46 ATTTACTTGAATTCTATATTAATTTTGCAAA 2 48 1 ATTTATATTA 0.915044 -75 GATGCTAAAAAATCGATATTAGGAGAGTTTA 3 17 1 AATGATATTA 0.897375 -21 AATTTAATACTAATGGGAGCTT 8 2 1 ATTAATACTA 0.704324 -50 TTGCTTTTTAAATAGGTATTAAATTAACATT 12 20 1 AATGGTATTA 0.657026 -281 TTTCCTATGTAATAGATATTATTTTTTTTTT 13 46 0 AATGATATTA 0.897375 -127 GTTTAATTGTATTTAATACTATATGATGCAA 14 109 0 ATTAATACTA 0.704324 -132 AATATTAGTAAATATATACTATACAACATAT 15 247 0 AATTATACTA 0.821199 -54 AGTGCTTTATAATTTGTATTATTCCATATAA 16 58 1 AATTGTATTA 0.678061 -113 ATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATG 17 45 1 AGTTATATTA 0.691949 -256 GCATTGAATATTAGTTTTAGCAA 21 3 1 ATTAATATTA 0.83295 -68 AAACTTGTTAATTATATATTACAATTTAATT 23 110 1 ATTTATATTA 0.915044 -90 AAAATATTTTATTATATACTAATTATAATTA 25 16 0 ATTTATACTA 0.83728 -100 GATGTATTTGATTTGATATTAAAAGTTGAAA 26 168 1 ATTGATATTA 0.907378 -85 ATTGAATTACAATTGATATTATAAAATAAAT 36 127 0 AATGATATTA 0.897375 -37 ATCAATTGTAATTCAATATTATTTAGGAAGC 36 141 1 ATTAATATTA 0.83295 -23 TATATTATATAATATATATTAT 39 2 0 AATTATATTA 0.905783 -73 ATTCAAATATAATGTATATTATATAATATAT 39 16 0 AATTATATTA 0.905783 -59 *** ******* Masking position 7 Map Score: 17.1536 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 222 Number in coding regions = 120 Number in noncoding regions = 102 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 35 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00562159 Motif number 6 GTATAATATAAAATATATAAATAAGCACAGT 1 44 0 AAAATATAAA 0.804262 -53 TTAATTTTGCAAAAAAAACAATTTTATTCAC 2 66 1 AAAAAAACAA 0.726142 -57 CATGATATCAAAAAAAATAAAAAAAGTGAAT 2 91 0 AAAAAATAAA 0.819827 -32 TCTTTTATTAAAAAAAATTAATTTTTCTAAT 5 60 1 AAAAAATTAA 0.756572 -241 AAAATTAAAAATATATCAAAGTTGTTATT 6 9 1 AAAATATCAA 0.941651 -74 ACACCAATGTAAAAATATTAAAACAACAAAA 12 173 0 AAAATATTAA 0.737294 -128 AATTTATCAAAAATACAACAAAAAAACAACC 14 56 1 AAAACAACAA 0.722021 -185 AAAAATAATTAAATAAATAAAAATACTTATT 16 120 0 AAAAAATAAA 0.819827 -51 TCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTTTAGAA 17 194 0 AAAAAATCAA 0.947011 -107 CGATAAGTTTAAAAAACTCAAGCCATATC 20 73 1 AAAAACTCAA 0.588033 -19 ATCTTTAAAGAAAAATATCAATCAAAAAGAC 22 140 1 AAAATATCAA 0.941651 -81 AAAAAATTTAAAAAACATCAACCCAAATAAG 23 19 0 AAAACATCAA 0.945966 -181 TAAAACAAACAAAAACATTAAATTAAAATAA 24 74 0 AAAACATTAA 0.752752 -110 AAATTTTATTAAAGAAATCAAAATATTTTAT 25 35 0 AAAAAATCAA 0.947011 -81 ATATCAAATCAAATACATCAATAAACAAAAA 26 156 0 AAAACATCAA 0.945966 -97 ACCTTAATCAAATAAATAAAAATTAAAAAA 27 69 0 AAAAAATAAA 0.819827 -20 ACCTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAA 29 37 0 AAAATATAAA 0.804262 -142 GATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATG 30 28 1 AAAATATAAA 0.804262 -34 TAAAAAAACTAAAAATATCATAAAAACGTGT 33 35 1 AAAATATCAT 0.465141 -81 AAAAACAACAAAAAACATTAACATTAAAAGC 35 46 0 AAAACATTAA 0.752752 -60 ATCCTCCCTAAAGTAAATCAAATTCAATTAT 35 83 0 AAGAAATCAA 0.806552 -23 ATTTTTTCTTAAAAATAACAAAAGCAATTTA 38 96 0 AAAATAACAA 0.705393 -103 ACCTTAACAAAAGGACATCAAAATTTATAAA 39 46 0 AAGACATCAA 0.803313 -29 CTAAAAATAAAAAAATATCAATAATGTATCA 40 25 0 AAAATATCAA 0.941651 -53 TTCTTTTTTTAAGAAAATCTAAAAATAAAAA 40 43 0 AAGAAATCTA 0.183457 -35 *** ******* Masking position 5 Map Score: 28.7876 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 233 Number in coding regions = 163 Number in noncoding regions = 70 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 25 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00401542 Motif number 7 GTAACGGGGGTTTGTATATATTGTTTAAAAT 4 133 1 TTTGATATAT 0.603722 -30 TGCAAGATGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGT 5 28 1 TTAGATTTTT 0.900947 -273 GTTTTGTTCGTTAGTAGTTCTTTTTTTTAGC 5 254 1 TTAGAGTTCT 0.688011 -47 TTAGCTTATATTTGAATTTATTTAAGTTATT 5 280 1 TTTGATTTAT 0.890335 -21 TTATTGGTAGTTAGGAGTTTTGTTAT 11 158 1 TTAGAGTTTT 0.857774 -16 TGATGTTAAGTTAGTATTTATAAAAATTTTG 12 219 1 TTAGATTTAT 0.934359 -82 TTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGTCTAG 13 22 0 GTAGATTTAT 0.867558 -151 TTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTAT 14 54 0 GTTGATTTTT 0.704782 -187 TTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATA 14 178 0 TTTGATTTTT 0.83839 -63 CTCCTAAAATTTAGGATATATATTTAAAAAT 16 145 0 TTAGATATAT 0.727603 -26 ATAGCAAATATTAGTATTTATGCCAATTACA 19 16 0 TTAGATTTAT 0.934359 -62 TTGATTTTGCTTAGCAGTTTTTATT 23 185 1 TTAGAGTTTT 0.857774 -15 ATAATCTATCGTAGTAGTTATTTTAAATTAT 38 130 1 GTAGAGTTAT 0.812856 -69 ATACATTATATTTGAATTTATAAATTTTGAT 39 30 1 TTTGATTTAT 0.890335 -45 **** ****** Masking position 6 Map Score: 8.55906 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 236 Number in coding regions = 175 Number in noncoding regions = 61 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 25 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00401542 Motif number 8 ATTAACTCCTTATATATTTTCAT 7 58 0 AACTCCTTAT 0.940219 -13 ATAATCTCCTTATGGTAGTAACG 8 39 0 ATCTCCTTAT 0.899185 -13 TTCCCTATAAAACTCTTTATTATCTTAGTT 11 49 0 AACTCTTTAT 0.782481 -125 GATGCCTCCTTATATATTCTATT 14 228 0 GCCTCCTTAT 0.925165 -13 TAACTTTTTACCTCCCTATGCTTTAATAA 15 282 0 ACCTCCCTAT 0.925165 -19 AGCAAATACACCTCTTTATTTATTCCGAT 19 59 0 ACCTCTTTAT 0.914134 -19 TCAAGCTCCTTATTTGGGTTGAT 23 4 1 AGCTCCTTAT 0.929673 -196 AACCTACTTATCCCATCTATA 30 51 0 ACCTACTTAT 0.838649 -11 ********** Masking position 9 Map Score: 2.72452 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 44 Number in coding regions = 23 Number in noncoding regions = 21 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 16 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00256987 Motif number 9 TAGAAAAATTAATTTTTTTTAATAAAAGAGACTAAAATAAA 5 48 0 AATTTAAAAA 0.76881 -253 TATAATTTTAATAAGGCTTTTATTAGAAAAATTAATTTTTT 5 71 0 ATATTAAAAA 0.768816 -230 AAAAATCCTTAAACAAATTTTAGAAAAGAAATTCATAATTT 5 169 0 AAATTAAAAA 0.956224 -132 CTAACGAACAAAACTTCATTAATGAAAAAATCCAATGTAAA 5 227 0 AAATTAAAAT 0.617091 -74 AAAAATAGTAAAAATCATTTCATAACTGACAATTATGACCA 12 90 0 AAATTAATAA 0.803812 -211 AAGAGTATTTTACAATATAAACTACACATAA 12 280 0 AAGTTAAAAA 0.599697 -21 AGGAAATACCAAAAACTTTTAAAAATTCACAAACAATTTAG 13 71 1 AAATTAATAA 0.803777 -102 ATATAGTATTAAATACAATTAAACAATCAAACAGTAGCTTA 14 116 1 AAATTAATAA 0.803812 -125 CTATTACTTTAAAAGAATTTTATGAAACATAAAAAATATAA 15 193 0 AAATTAAAAA 0.956224 -108 AAAAATCAAAATATAACTTTTACAAAATTAAAAA 16 4 0 ATATTAAATA 0.384147 -167 TATTCCATATAAATGTAATTAATCAGATATAATTTTTGTAT 16 77 1 AAATTAAAAA 0.956224 -94 AATAAATAAAAATACTTATTCAATACAAAAATTATATCTGA 16 99 0 AATTTAAAAA 0.768793 -72 ATATATATTTAAAAATAATTAAATAAATAAAAATACTTATT 16 120 0 AAATTAAAAA 0.956224 -51 TTAAACTTTTAAACTCAATTCACTACACATATAATAGCATT 17 72 0 AAATTAAAAA 0.956224 -229 TAATCTCTTTAAAAAATTTTTAACAAATTTATTCTTATTAA 17 248 0 AAATTAAATA 0.800481 -53 TAACAAGCAAAAACCGACTTTACTATACAAACTGTAAAATA 22 55 1 AAATTAAAAA 0.956224 -166 TTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAATATCAATCAAAA 22 126 1 AATTTAAAAA 0.768791 -95 TAGCATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATT 22 188 0 AAATTAAATA 0.803812 -33 CTTTTCATTAAAATAAGTTTGAAACAATACAAACTTGTTAA 23 80 1 AAATTACAAA 0.567593 -120 AATAAAAACTGCTAAGCAAAATCAACGCTAAAAC 23 176 0 AAACTAAATA 0.325681 -24 GCTTATGCTTAAAAAGAATTCACAAATCATAATAAAATATA 24 112 0 AAATTAATAA 0.803812 -72 ATATAATAAAATACAAATTTTATTAAAGAAATCAAAATATT 25 39 0 ATATTAAAAA 0.768816 -77 CTTAAACCATAAAACCATCTAAAGATACAAATCATTCTCCT 26 57 0 AAACTAAAAA 0.720288 -196 ATTTCAAAGTAATTAATTTTTACCATTTAAATGTAAAAATA 26 114 1 AATTTAATAA 0.384145 -139 CCTATTCAAAAAAAAGTTTTTATGATAGAATCCCTTT 26 226 1 AAATTAAAAT 0.617058 -27 AGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGGCCA 29 23 0 ATATTAAAAA 0.768816 -156 TTGATATTTGAAAAATATATAAACATATAGATGGGATAAGT 30 26 1 AAAATAAAAA 0.485621 -36 TAGTTTAATTAAAATTAATTAAAAAAACTAAAAATATCATA 33 16 1 AAATTAAATA 0.803786 -100 AAATATCATAAAAACGTGTTTACAAAAAATAGAAAATATTT 33 47 1 AAATTAAAAA 0.956224 -69 AAAGTAAATCAAATTCAATTATATAAATAAAAACAACAAAA 35 64 0 AAATTTAAAA 0.469679 -42 AAAATAAATATAATTCAATTAAAAAGAAAGAATATAAAATA 36 95 0 TAATTAAAAA 0.61709 -69 AATAAATTATTAAATTGTTTAAAAAAACAAATATAAAATTA 38 33 0 TAATTAAAAA 0.616833 -166 TTTTATTTTTAGATTTTCTTAAAAAAAGAAATAGAGGTAGG 40 44 1 AGATTAAAAA 0.599388 -34 *** ** * * * * * Masking position 10 Map Score: 41.9468 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 238 Number in coding regions = 133 Number in noncoding regions = 105 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 39 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00626405 Motif number 10 AATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATA 4 31 1 TTTATTTTAA 0.810596 -132 ATTATTGACATTAATCTTAATTAAAAATAA 5 121 0 TTAATCTTAA 0.812532 -180 GATTTTTTGTTTTATATTAAAATTTTTACA 5 203 1 TTTATATTAA 0.571652 -98 TGCGGCTTGTTATGTCTTAAAAAAGGAGTC 6 58 1 TATGTCTTAA 0.601775 -25 CATGACAGTGTTAGTCTTAATTTTTGAGTG 7 11 1 TTAGTCTTAA 0.81028 -60 AAAGCTCCCATTAGTATTAAATT 8 4 0 TTAGTATTAA 0.507796 -48 TGACCTATAATAAATGTTAATTTAATACCT 12 33 0 TAAATGTTAA 0.509849 -268 AGTTTTATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTT 12 140 1 TAAATTTTAA 0.515003 -161 TATTTTTACATTGGTGTTAATGTAAAATGT 12 187 1 TTGGTGTTAA 0.681736 -114 TATCTGTGTCTAGATTTTAATTAA 13 5 0 TAGATTTTAA 0.413253 -168 TCTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTG 14 204 0 TTTATCTTAA 0.847231 -37 AATGTTTTGCTTTATGTTAAGATATGGATT 15 138 1 TTTATGTTAA 0.807411 -163 TAATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGC 17 47 1 TTTATATTAA 0.571652 -254 TCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAATATA 20 25 1 TTTTTGTTAA 0.372737 -67 AATTTGAATATTAATCTTAACATTGCTAAA 21 26 0 TTAATCTTAA 0.812532 -45 AAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAA 22 181 1 TATATTTTAA 0.559129 -40 ATTAATAATTTTTATTTTAATTTAATGTTT 24 63 1 TTTATTTTAA 0.810596 -121 AATGTTTTTGTTTGTTTTAATGCAAGTATA 24 86 1 TTTGTTTTAA 0.797469 -98 TAATTTAAAATTAGTTTTAAATTAAATTAA 26 14 1 TTAGTTTTAA 0.76721 -239 AATTTAAGCTTTCATCTTAAACCATAAAAC 26 83 0 TTCATCTTAA 0.466757 -170 TGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAAT 29 59 1 TTTATCTTAA 0.847231 -120 GAGCTATAATTTGGTTTTAAGGAGGA 29 163 1 TTGGTTTTAA 0.686195 -16 TTGGAGATTTTTGGTTTTAATTGAAAAATT 32 26 1 TTGGTTTTAA 0.686195 -29 GTTTTTTTAATTAATTTTAATTAAACTAAG 33 14 0 TTAATTTTAA 0.772076 -102 TTTTAGGCTTTTAATGTTAATGTTTTTTGT 35 40 1 TTAATGTTAA 0.768584 -66 TTATTTTTGCTAAGTGTTAACCTTGACTTA 37 19 1 TAAGTGTTAA 0.488899 -31 ATTATAATATTTTTTCTTAAAAATAACAAA 38 105 0 TTTTTCTTAA 0.44016 -94 ********** Masking position 5 Map Score: 19.7487 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 757 Number in coding regions = 479 Number in noncoding regions = 278 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 79 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0126887 Motif number 11 AAAAAAATAAAAAAAGTGAATAAAATTGTTTTT 2 79 0 AAAAATAAAA 0.677364 -44 GCTTGATGCTAAAAAATCGATATTAGGAGAGTT 3 13 1 AAAAATGAAT 0.414849 -25 CTTGTTTGACTAAAAATTGATAAATGATATAAT 4 90 1 TAAAATGAAA 0.776237 -73 AATATAAAACAAAAAATCCTTAAACAAATTTTA 5 188 0 AAAAATCTAA 0.545209 -113 AATCCAATGTAAAAATTTTAATATAAAACAAAA 5 207 0 AAAAATTATA 0.535847 -94 TATGACCACAAAAACGTTGAAAAATAATCTTAT 12 65 0 AAAACTGAAA 0.754969 -236 CTCCAATATAAAAAAATAGTAAAAATCATTTCA 12 109 0 AAAAATGTAA 0.737926 -192 AAATTTAGCATAAAACTCCAATATAAAAAAATA 12 124 0 TAAAATCATA 0.38413 -177 ACCTCAATTTAAAAAGTTGTCAAAATTTTTATA 12 237 0 AAAAATGTAA 0.737926 -64 CAAAAACTTTTAAAAATTCACAAACAATTTAGA 13 80 1 TAAAATCAAA 0.596279 -93 CTATAAAAAATAAAAATACAAAATCCACAAAAT 14 177 1 TAAAATCAAA 0.596279 -64 GTACTCATCAAAAAAATCGCTTACCGCTGCTAC 15 72 0 AAAAATGCTA 0.348813 -229 TATGAAACATAAAAAATATAATAAAATTGAAAG 15 181 0 AAAAATTATA 0.535847 -120 TGTTTTTCTAAAAAATTTTAATAGCTTTAAAAT 17 145 0 AAAAATTATA 0.535847 -156 CAAATAATCAAAAAAATAAAAAAATCAATTTTT 17 199 0 AAAAATAAAA 0.677364 -102 ACTTATCGCTAAAAATTTGACTATAATATATTT 20 48 0 AAAAATGATA 0.841957 -44 GGCCTCTCTTAAAAATTTGAATATTAATCTTAA 21 36 0 AAAAATGATA 0.841957 -35 TATTAAAAGTAAAAAATTTAAAAAACATCAACC 23 27 0 AAAAATTAAA 0.732173 -173 TCAAATAAATAAAAATTAAAAAAGTCATAATAA 27 59 0 AAAAATAAAA 0.677364 -30 TATTAAGATAAAAACCTAGACAAAAAAATATAA 29 48 0 AAAACTGAAA 0.754969 -131 TTACCTCAACTAAACATTGTAAATTTAATAAAA 31 31 0 TAAACTGTAA 0.159035 -26 GTTTTAATTGAAAAATTGGAGAAAGT 32 39 1 AAAAATGAAA 0.926553 -16 ACGTGTTTACAAAAAATAGAAAATATTTTAGAT 33 60 1 AAAAATGAAA 0.926553 -56 AGCCTCCCGCAAAAAGTACATAACTTAAATCTA 33 88 0 AAAAATCAAA 0.843039 -28 ***** * ** ** Masking position 7 Map Score: 15.8333 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1370 Number in coding regions = 939 Number in noncoding regions = 431 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 94 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.015098 Motif number 12 TAAACTCTCCTAATATCGATTTTTT 3 23 0 AATCTCCTTA 0.78594 -15 TAACGCCTTCAAAGCTCCCATTAGTATTAAATT 8 11 0 AAGCTCCCTA 0.914467 -41 TTTAAAGCCTCACTTTAATTCTAACAA 10 92 0 AACCTCACTA 0.863627 -17 GATGCCTCCTTATATATTCTATTA 14 227 0 ATCCTCCTTA 0.838269 -14 AAATCCTCCTAAAATTTAGGATAT 16 157 0 AACCTCCTAA 0.945197 -14 TCAATCCTCCTGATAAAAATTGCCA 25 101 0 AACCTCCTTA 0.970483 -15 TTATAAGCCTCCCGCAAAAAGTACATA 33 99 0 AACCTCCCAA 0.971335 -17 AAATCCTCCCTAAAGTAAATCAAA 35 92 0 AACCTCCCAA 0.971335 -14 AAACCTACCTCTATTTCTTTTTT 40 65 0 AACCTACCTA 0.863627 -13 ** ****** ** Masking position 6 Map Score: 3.14485 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 38 Number in coding regions = 16 Number in noncoding regions = 22 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 17 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00273049 Motif number 13 AAATAAGATATTAAATATAATTTTAATAAG 5 97 0 TTAAATATAA 0.827716 -204 TTAAATAAATTCAAATATAAGCTAAAAAAA 5 275 0 TCAAATATAA 0.839427 -26 AAGCCTCACTTTAATTCTAACAACAGGTCA 10 85 0 TTAATTCTAA 0.641073 -24 ATTATTCCATATAAATGTAATTAATCAGAT 16 75 1 ATAAATGTAA 0.743902 -96 TTTAAAGAGATTAAATGTAAGTAGCTATTT 17 276 1 TTAAATGTAA 0.84593 -25 ATTTTATCAAACAATTCTAACAAGCAAAAA 22 38 1 ACAATTCTAA 0.451221 -183 TGATTTAATTATAATTAGTATATA 25 5 1 TTAATTATAA 0.71493 -111 AAGCTATTATATAAATATAATAAAATACAA 25 64 0 ATAAATATAA 0.71493 -52 TTTTTACCATTTAAATGTAAAAATATTTTT 26 130 1 TTAAATGTAA 0.84593 -123 AGTACATAACTTAAATCTAAAATATTTTCT 33 77 0 TTAAATCTAA 0.778153 -39 TGTATGCTTGTCAATTGTAAGTATTAATAA 34 39 1 TCAATTGTAA 0.740207 -25 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGGC 36 7 1 TTAAATTTAA 0.369637 -157 ATATTATAAAATAAATATAATTCAATTAAA 36 113 0 ATAAATATAA 0.71493 -51 TTTTATAATATCAATTGTAATTCAATATTA 36 132 1 TCAATTGTAA 0.740207 -32 GTTTAAAAAAACAAATATAAAATTAAAATG 38 28 0 ACAAATATAA 0.710951 -171 ATTTATAAATTCAAATATAATGTATATTAT 39 25 0 TCAAATATAA 0.839427 -50 ********** Masking position 6 Map Score: 10.3052 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 189 Number in coding regions = 111 Number in noncoding regions = 78 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 27 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00433665 Motif number 14 TACCTCCCTATGCTTTAATAAGTAAAATAT 15 273 0 TGCTTTAATA 0.848222 -28 TAATTTTTAATGCTATTATATGTGTAGTGA 17 64 1 TGCTATTATA 0.94756 -237 TACTAATATTTGCTATTATAATGGAAATAT 19 31 1 TGCTATTATA 0.94756 -47 AGAATCGGTGTGCTTTTTTGTTAAATAAAA 20 21 1 TGCTTTTTTG 0.614347 -71 CAAAAATACATGCTATTTTATTTATGTTCA 22 100 1 TGCTATTTTA 0.891089 -121 TAGCAGAAATTGCTATATTATTAAAAGTAA 23 48 0 TGCTATATTA 0.848201 -152 CAAAAATTAAAGCTATTATATAAATATAAT 25 73 0 AGCTATTATA 0.833967 -43 TAGCTTTAATAAGATCCTAAA 35 2 1 AGCTTTAATA 0.608382 -104 GAATTACAATTGATATTATAAAATAAATAT 36 125 0 TGATATTATA 0.612202 -39 GTTAGAGCTTTGCTATAATGGTATAGGAGT 38 173 1 TGCTATAATG 0.841444 -26 ********** Masking position 6 Map Score: 1.62868 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 128 Number in coding regions = 85 Number in noncoding regions = 43 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 21 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00337295 Motif number 15 ********** No masking Map Score: 8.45789e-12 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 0 Number in coding regions = 0 Number in noncoding regions = 0 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 0 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0