AlignACE version 2.2 July 7, 1998 /home/amcguire/bin/alignACE -i03010_bbur_reg_300.orf -o03010_bbur_300.ace -a/home/amcguire/genomes/ORF_borburg.txt -z/home/amcguire/genomes/borburg.fna -g0.28 -x5 -e Parameter values: expect = 5 ncols = 10 npass = 1000 maxnpass = 100 nruns = 1000 maxnruns = 100 repeat = 15 maxreps = 3 nread = 500 ncycles = 1 fragment = 1 psfact = 0.1 gcback = 0.28 maxlen = 30 weight = 0.8 exclude = 1 Purged sequences: BB0394 23 transcription antitermination factor (nusG) BB0488 21 ribosomal protein L14 (rplN) BB0481 21 ribosomal protein L2 (rplB) BB0694 53 signal recognition particle protein (ffh) Input sequences: #1 BB0115 139 ribosomal protein S6 (rpsF) #2 BB0116 173 PTS system, maltose and glucose-specific IIABC component (malX) #3 BB0123 214 ribosomal protein S2 (rpsB) #4 BB0125 56 B. burgdorferi predicted coding region BB0125 #5 BB0132 37 transcription elongation factor (greA) #6 BB0133 162 B. burgdorferi predicted coding region BB0133 #7 BB0189 22 ribosomal protein L35 (rpmI) #8 BB0190 89 translation initiation factor 3 (infC) #9 BB0229 60 ribosomal protein L31 (rpmE) #10 BB0230 79 transcription termination factor Rho (rho) #11 BB0235 32 conserved hypothetical protein #12 BB0236 148 B. burgdorferi predicted coding region BB0236 #13 BB0254 275 single-stranded-DNA-specific exonuclease (recJ) #14 BB0339 49 ribosomal protein L13 (rplM) #15 BB0346 183 B. burgdorferi predicted coding region BB0346 #16 BB0351 106 B. burgdorferi predicted coding region BB0351 #17 BB0386 24 ribosomal protein S7 (rpsG) #18 BB0387 67 ribosomal protein S12 (rpsL) #19 BB0389 82 DNA-directed RNA polymerase (rpoB) #20 BB0390 70 ribosomal protein L7/L12 (rplL) #21 BB0393 51 ribosomal protein L11 (rplK) #22 BB0395 108 preprotein translocase subunit (secE) #23 BB0396 173 ribosomal protein L33 (rpmG) #24 BB0398 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0398 #25 BB0437 172 chromosomal replication initiator protein (dnaA) #26 BB0438 240 DNA polymerase III, subunit beta (dnaN) #27 BB0439 90 conserved hypothetical protein #28 BB0440 91 ribosomal protein L34 (rpmH) #29 BB0476 300 translation elongation factor TU (tuf) #30 BB0477 50 ribosomal protein S10 (rpsJ) #31 BB0478 35 ribosomal protein L3 (rplC) #32 BB0503 21 ribosomal protein L17 (rplQ) #33 BB0615 165 ribosomal protein S4 (rpsD) #34 BB0616 121 conserved hypothetical integral membrane protein #35 BB0690 51 neutrophil activating protein (napA) #36 BB0691 73 translation elongation factor G (fus-2) #37 BB0693 158 xylose operon regulatory protein (xylR-1) #38 BB0700 79 B. burgdorferi predicted coding region BB0700 #39 BB0701 179 B. burgdorferi predicted coding region BB0701 #40 BB0703 63 ribosomal protein L32 (rpmF) #41 BB0776 178 B. burgdorferi predicted coding region BB0776 #42 BB0777 61 adenine phosphoribosyltransferase (apt) #43 BB0778 56 ribosomal protein L21 (rplU) #44 BB0797 163 DNA mismatch repair protein (mutS) #45 BB0799 49 conserved hypothetical protein #46 BB0804 198 ribosomal protein S15 (rpsO) Motif number 1 TAAGGTATTATATATTTTTTATAAATAAGT 2 31 0 TATATTTTTT 0.904192 -143 AATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTTTCTC 2 52 1 TTTAATTGTA 0.512548 -122 AAGAATGATTTTTAAAAGAGTTG 3 4 1 AATGATTTTT 0.731398 -211 TTTAGCTTTTAATATTTTTTTATTAATATA 3 42 1 AATATTTTTT 0.924852 -173 GAGAATTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGA 3 94 1 TTTATTTTTA 0.877112 -121 TATTAATTGGATTGTTTTATTATATTCTTA 3 126 1 ATTGTTTTAT 0.65721 -89 GGGGAGGTTTTATAATTTTTTTTATCTTAT 4 23 1 TATAATTTTT 0.863246 -34 AATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATA 6 31 1 TTTATTTTAA 0.706893 -132 TTCTTCCCCTTTAATTTAATAT 7 4 0 TTTAATTTAA 0.617514 -19 AACATTAATAATTAATTTTATTATACATTC 8 35 0 ATTAATTTTA 0.861665 -55 AATGTTAATTATTAATTGATTTAGGAGTAT 8 59 1 ATTAATTGAT 0.460788 -31 TTTAGGAGTATATATTTTTTAG 8 78 1 TATATTTTTT 0.904192 -12 ATTTCTTTTTGATTTTATTAGAGGTTT 11 8 1 TTTGATTTTA 0.612281 -25 CATTATCATTAATAATTTTATATGATAGTA 12 61 1 AATAATTTTA 0.816925 -88 ATATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATT 12 80 1 ATTAATTTTT 0.919894 -69 ATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTA 12 94 1 ATTATTTTTT 0.944963 -55 TAACAAAACAAATATTTTATGGAAATTCAT 13 38 1 AATATTTTAT 0.806146 -238 TTCATTTAATAATAATTTTTTTTATTATAA 13 63 1 AATAATTTTT 0.891554 -213 TTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAAA 13 79 0 ATTATTTTAT 0.852975 -197 CCATAGATTAATTAATTTTAAGTAGTAGTT 13 197 0 ATTAATTTTA 0.861665 -79 CTATACCCTTTATAATTTTATGCATAAATC 14 23 0 TATAATTTTA 0.773948 -27 GCTTTAAATTTTTATTTTATGTATTAAACT 15 42 1 TTTATTTTAT 0.816475 -142 ATAAATTATGTATAATTTTTATAGTTATAT 16 31 1 TATAATTTTT 0.863246 -76 ACAACTTTGATATATTTTTAATTTT 19 6 0 TATATTTTTA 0.836497 -77 TCAGTTATGAAATGATTTTTACTATTTTTT 24 102 1 AATGATTTTT 0.731398 -199 TTGTTGTTTTAATATTTTTACATTGGTGTT 24 175 1 AATATTTTTA 0.869651 -126 TGTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTA 25 40 0 ATTATTTTTT 0.944963 -133 AATTGTTTAAAATAATTTTTGATTCTTCAA 26 17 0 AATAATTTTT 0.891554 -224 AATTGAACCAAATAATTTATCAAAAATACA 26 43 1 AATAATTTAT 0.735491 -198 TGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTA 26 119 0 TTTAATTGTA 0.512548 -122 ATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATAT 26 171 0 TTTATTTTTT 0.92941 -70 TTTATTCAATATTGTTTTTTGCATTGTGGT 27 58 1 ATTGTTTTTT 0.850166 -33 GCAGCATAAAATTGTTTTTAATGGAGGAGC 28 69 1 ATTGTTTTTA 0.754656 -23 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGT 29 4 1 TTTATTTTTT 0.92941 -297 TAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTA 29 52 1 ATTAATTTTT 0.919894 -249 AATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTG 29 202 1 TTTATTTTTT 0.92941 -99 TATTTTTTTGATTATTTGTAGCTATTTTCT 29 214 1 ATTATTTGTA 0.671939 -87 TTTGTTTATTATTAATTTAA 33 1 0 ATTAATTTAA 0.677946 -165 ATGAGTGTCAATTATTTGTTTATTATTAAT 33 15 0 ATTATTTGTT 0.79072 -151 CCTGCTATGCTTTATTTTTAATATGTGAGG 33 144 1 TTTATTTTTA 0.877112 -22 TATGATGTAAAATGTTTTTTAGCCTTATAA 37 38 1 AATGTTTTTT 0.80265 -121 AAACCAATACAATATTTTATCTATTCTTAA 37 83 0 AATATTTTAT 0.806146 -76 GATATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAA 37 122 1 AATATTTTTT 0.924852 -37 ATACACCTCCTTTATTTTTAAAATAAAAAA 37 138 0 TTTATTTTTA 0.877112 -21 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGC 38 7 1 ATTATTTTAA 0.758748 -73 GATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTT 39 69 1 TTTGATTTTT 0.744447 -111 TTTGTTCTTAAATATTTGTTTTTATTTTTT 39 117 1 AATATTTGTT 0.73033 -63 AATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGTAA 39 127 1 TTTATTTTTT 0.92941 -53 AGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGG 39 150 1 TTTATTTTTT 0.92941 -30 CAACAGGCCAATTAATTGTTAT 41 3 0 ATTAATTGTT 0.716623 -176 TGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCTAGGTT 41 39 1 TATATTTTTT 0.904192 -140 CAACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGA 41 73 0 TATAATTTTA 0.773948 -106 TAAAAAGCCTAATGTTTTAAATTTAATTAA 44 13 0 AATGTTTTAA 0.426931 -151 AATTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTT 44 60 1 AATATTTTTT 0.924852 -104 TGGTCTTTTTATTATTTTATATTCTTTCTT 44 83 1 ATTATTTTAT 0.852975 -81 TTGAATTATATTTATTTTATAATATCAATT 44 118 1 TTTATTTTAT 0.816475 -46 ATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTT 46 21 1 TTTAATTTTA 0.826921 -178 TAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTT 46 33 1 TTTGTTTTTT 0.813121 -166 TAAACAATTTAATAATTTATTATTAAAAAT 46 53 1 AATAATTTAT 0.735491 -146 GATAGATTATAATATTTTTTCTTAAAAATA 46 110 0 AATATTTTTT 0.924852 -89 ********** Masking position 6 Map Score: 69.5104 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 3186 Number in coding regions = 1974 Number in noncoding regions = 1212 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 212 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0340508 Motif number 2 TACATTTTGTATATTATAAAAATTTTTATT 1 32 1 ATATTATAAA 0.819141 -108 TATTATATATTTTTTATAAATAAGTGATAA 2 26 0 TTTTTATAAA 0.819974 -148 ACACTATTTTATTATAAAGCTTTTTTTG 2 156 0 TTATTATAAA 0.913101 -18 TTTTAATATTTTTTTATTAATATAATTTGT 3 48 1 TTTTTATTAA 0.886944 -167 TTTGTTGATAATTTTATTAAAGAGAATTAC 3 73 1 ATTTTATTAA 0.771833 -142 AGAATTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGAC 3 95 1 TTATTTTTAA 0.91991 -120 TTTTATTATATTCTTATAAAAGGGGGGATA 3 140 1 TTCTTATAAA 0.810162 -75 AAGATAAAAAAAATTATAAAACCTCCCCCA 4 21 0 AAATTATAAA 0.610741 -36 AATTTTCTTTTTAATATTATAATA 6 5 1 TTCTTTTTAA 0.821699 -158 ATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAA 6 32 1 TTATTTTAAA 0.86855 -131 ATAATAAAATTAATTATTAATGTTAATTAT 8 41 1 TAATTATTAA 0.864983 -49 TTATTAATGTTAATTATTAATTGATTTAGG 8 54 1 TAATTATTAA 0.864983 -36 GGTCAGTGTTTTTTATTAATTAATAATAA 10 10 1 TTTTTATTAA 0.886944 -70 AAAAATCTACTTATTATTAATTAATAAAAA 10 20 0 TTATTATTAA 0.946348 -60 AATAAGTAGATTTTTATAAAATCCTTTCTT 10 35 1 TTTTTATAAA 0.819974 -45 TCTACGAATTAAATTTTTAAGAAAGGATTT 10 53 0 AAATTTTTAA 0.628834 -27 CTATCATATAAAATTATTAATGATAATGTT 12 59 0 AAATTATTAA 0.731742 -90 ATAAAAAAAATTATTATTAAATGAATTTCC 13 58 0 TTATTATTAA 0.946348 -218 ATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAAAAT 13 74 1 TTATTATAAA 0.913101 -202 TTTATGCATAAAATTATAAAGGGTATAGCG 14 25 1 AAATTATAAA 0.610741 -25 TGGAAATAAACTATTATTAATAGTACTAGT 15 69 0 CTATTATTAA 0.483836 -115 CTATGAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTA 15 163 0 TTATTATTAA 0.946348 -21 GAAAGGTGGGTTAATATTAAAT 17 13 1 TTAATATTAA 0.260917 -12 ATTTGCTACCATTTTATTAATAGTTTCAAG 18 29 1 ATTTTATTAA 0.771833 -39 CAACTTTGATATATTTTTAATTTT 19 5 0 ATATTTTTAA 0.830245 -78 GTTGTCAAAATTTTTATAAATACTAACTTA 24 225 0 TTTTTATAAA 0.819974 -76 AAATTTTGACAACTTTTTAAATTGAGGTGT 24 242 1 AACTTTTTAA 0.404638 -59 AGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTT 25 34 0 TTTTTTTTAA 0.831508 -139 GAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACC 26 22 1 TTATTTTAAA 0.86855 -219 AATCCACAAAATCTTATTAAGATAAAATGT 26 198 1 ATCTTATTAA 0.759553 -43 AGCTTTATTTTTTAATATTTTGTGC 29 6 1 TATTTTTTAA 0.63094 -295 AAGTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATA 29 54 1 TAATTTTTAA 0.799176 -247 AACAAATTTATTCTTATTAAAATAAGAAAA 29 238 0 TTCTTATTAA 0.881214 -63 TTTGTTAAAAATTTTTTAAAGAGATTAAAT 29 262 1 ATTTTTTAAA 0.547212 -39 AATTATTTGTTTATTATTAATTTAA 33 6 0 TTATTATTAA 0.946348 -160 CTGCTATGCTTTATTTTTAATATGTGAGGA 33 145 1 TTATTTTTAA 0.91991 -21 CAATTTTATTAAAAGGTTTAAC 36 3 1 ATTTTATTAA 0.771833 -71 AATAAAAAAAATATTATAAAATATCATATC 37 117 0 ATATTATAAA 0.819141 -42 TACACCTCCTTTATTTTTAAAATAAAAAAA 37 137 0 TTATTTTTAA 0.91991 -22 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCA 38 8 1 TTATTTTAAA 0.86855 -72 CCATTCTTATTAAATTTCAATGA 39 4 1 TTCTTATTAA 0.881214 -176 GTTAATATATATATTATTAAGATAATTTAA 40 15 1 ATATTATTAA 0.887305 -49 TTCTCCTAACTACTTTTAAACTACATTAAA 40 40 0 TACTTTTAAA 0.478689 -24 TTTATAATTTTAATTATTAAGATAAAAACC 41 65 0 TAATTATTAA 0.864983 -114 TTAATAATTAAAATTATAAAATAAGTTGTA 41 75 1 AAATTATAAA 0.610741 -104 TGTTTGTGGCTAATTTTTAAATTAGCTGCC 41 111 1 TAATTTTTAA 0.799176 -68 ATTATAGCTCTTTTTTTAAATTACTCATGT 41 143 0 TTTTTTTAAA 0.739493 -36 TGACTTTTCTTTTTTATTAAATTTACAATG 43 20 1 TTTTTATTAA 0.886944 -37 AAACGCTATTTAATTATTAAAAAGCCTAAT 44 30 0 TAATTATTAA 0.864983 -134 TTTATATTCTTTCTTTTTAATTGAATTATA 44 98 1 TTCTTTTTAA 0.821699 -66 ATTACAATTGATATTATAAAATAAATATAA 44 123 0 ATATTATAAA 0.819141 -41 TTTATATTTGTTTTTTTAAACAATTTAATA 46 37 1 TTTTTTTAAA 0.739493 -162 ATTTAATAATTTATTATTAAAAATAACCCG 46 59 1 TTATTATTAA 0.946348 -140 ATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAAAAATAT 46 99 1 TTATTTTTAA 0.91991 -100 ATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAG 46 137 1 TTATTTTAAA 0.86855 -62 ********** Masking position 5 Map Score: 81.2487 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1314 Number in coding regions = 784 Number in noncoding regions = 530 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 145 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0232894 Motif number 3 TAAGTAACCTTTGTTGCATATTTTGCAATGCGATAGACC 1 95 1 TTGTTATTAT 0.762047 -45 CTTTTAATATTTTTTTATTAATATAATTTGTTGATAATT 3 47 1 TTTTTATTTT 0.882282 -168 TTTATAATTTTTTTTATCTTATATTTTGTATTTTGT 4 31 1 TTTTTTTTGT 0.859656 -26 AATATTGTTATTTTGCCCTAATTTCTTGTTTGACTAAAA 6 66 1 TTTTTATTGT 0.790953 -97 TAGAATTTACTTTTTAGTGAATGTATAATAAAATTAATT 8 17 1 TTTTGATTAT 0.910782 -73 TTTTCCTCTTTTTTACTATTATTAGTAAC 12 1 1 TTTTTTTTAT 0.950483 -148 ATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTTGGAAAAGTTA 12 85 1 TTTTTATTTT 0.882282 -64 AATGGTATAGTTTTAGCGGATTGTAATTTTTACTATAAT 13 142 0 TTTTGATTTT 0.865827 -134 TTTAATCGATTTTTCAAGGATTATTCTTTACTAACTTCA 13 227 0 TTTTGATTTT 0.865827 -49 GTTTTTTCTTTTATTTTACAATAAATTATGTA 16 4 1 TTTTTATTAT 0.922219 -103 TATGTATAATTTTTATAGTTATATTAATTTCCATGCTTA 16 37 1 TTTTTTTTTT 0.92386 -70 ATAAGATTATTTTTCAACGTTTTTGTGGTCATAATTGTC 24 65 1 TTTTGTTTGT 0.840609 -236 ATGAAATGATTTTTACTATTTTTTTATATTGGAGTTTTA 24 108 1 TTTTTTTTAT 0.950483 -193 TAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTATCTGTGT 25 26 0 TTTTTATTAT 0.922219 -147 GTTTGTGAATTTTTAAAAGTTTTTGGTATTTCCTATGTA 25 66 0 TTTTGTTTAT 0.942944 -107 AGCACTATACTTTTAACATTATATAGTATAATGTTAAAT 25 123 0 TTTTTTTTAT 0.950482 -50 GTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATAAATTATTTG 26 51 0 TTTTGTTTAT 0.942944 -190 TACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTAATACTATATGAT 26 113 0 TTGTTTTTAT 0.838308 -128 ATTTTGTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATAT 26 171 0 TTTTTTTTTT 0.92386 -70 TAAAATAAGCTTTTCTAGGTTTATTCAATATTGTTTTTT 27 39 1 TTTTGTTTAT 0.942944 -52 TTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTTTAATTAATGTAAAG 29 18 1 TTTTTTTTAT 0.950483 -283 AAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATTATTTGTAGCT 29 198 1 TTTTTTTTTT 0.92386 -103 TAAATATCCTTTTTATTTATTATGGTATTAAAACCATA 35 10 1 TTTTTATTAT 0.922219 -42 AGATAAAATATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTT 37 91 1 TTGTGTTTAT 0.816981 -68 GCCTGTTGTGTTTTTGCTTAATTTTATATTTTTTTGTCT 41 25 1 TTTTTATTAT 0.922219 -154 TTATATTTTTTTGTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAA 41 48 1 TTGTGTTTTT 0.738341 -131 TAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTTTATTATTTTATATT 44 67 1 TTTTGTTTTT 0.912641 -97 TATTATGACATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACA 46 20 1 TTTTTTTTTT 0.92386 -179 CAATTTATCCTTTTCGGGTTATTTTTAATAATAAATTAT 46 64 0 TTTTTTTTAT 0.950483 -135 **** ** * * ** Masking position 12 Map Score: 48.1301 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1170 Number in coding regions = 782 Number in noncoding regions = 388 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 97 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0155798 Motif number 4 AATGTAACTGAAAAATAATCTTAAACC 1 5 0 AAAATAATTA 0.811279 -135 ACACAAGCCAAATAATAAGGTTAGATAAATCAA 2 102 0 AATATAATTA 0.640329 -72 TTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTACTTACTACAC 2 131 0 AAAAAAATTA 0.848869 -43 TAATAAAAAAATATTAAAAGCTAAATCAATATC 3 34 0 ATATAAACTA 0.74842 -181 AAAATATAAGATAAAAAAAATTATAAAACCTCC 4 25 0 ATAAAAATTA 0.747075 -32 TATTCTTTTAAAATAAAATCTTATATTATAATA 6 25 0 AAAAAAATTA 0.848869 -138 CATTCACTAAAAAGTAAATTCTAGGAATA 8 7 0 AAATAAACTA 0.849781 -83 ATTAACATTAATAATTAATTTTATTATACATTC 8 35 0 ATATTAATTA 0.811281 -55 AAATCAATTAATAATTAACATTAATAATTAATT 8 48 0 ATATTAATTA 0.811281 -42 TTTCTAATGTAAATTAAACTTTATTGAAGATTA 9 25 1 AAATAAATTA 0.914389 -36 ATGGTGTAATATATTTAACATTATCATTAATAA 12 43 1 ATATTAATTA 0.811281 -106 ATAATACAAAAAAATTAATACTATCATATAAAA 12 76 0 AAATTAACTA 0.812371 -73 TTATTTTATAATAAAAAAAATTATTATTAAATG 13 65 0 ATAAAAATTA 0.747075 -211 AATTTGGATTATAGTAAAAATTACAATCCGCTA 13 135 1 ATATAAATTA 0.848869 -141 AAATCGATTAAAAATGAATTCTAGAGAAGTAA 13 254 1 AAATGAACTA 0.340114 -22 ATAAAATAAAAATTTAAAGCTTAGATATAAACA 15 29 0 AATTAAATTA 0.815608 -155 ATGAACTCTTATTATTAAGCTTAAGCTATTAAC 15 158 0 ATTTTAATTA 0.640329 -26 CATGCACTCAAAAATTAAGACTAACACTGTCAT 20 12 0 AAATTAACTA 0.812371 -59 GAAAATTAAATTTAGTACTTGTTT 23 2 1 AAATTAATTA 0.891 -172 ATAATGACCTATAATAAATGTTAATTTAATACC 24 34 0 ATATAAATTA 0.848869 -267 AAAAACGTTGAAAAATAATCTTATAATGACCTA 24 56 0 AAAATAATTA 0.811279 -245 CTAAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATAAAACT 24 140 0 AATTAAATTA 0.815608 -161 TAAAACAACAAAACTAAAGCCTAAATTTAAAAT 24 153 0 AAATAAACTA 0.849781 -148 GCCAAGCTACAAATTAAACACTAACATGGTATA 28 38 0 AAATAAACTA 0.849781 -54 TTCTTTAATTAATGTAAAGTTTATATTAATTTT 29 38 1 AATTAAATTA 0.815608 -263 GTTTATATTAATTTTTAATGCTATTATATGTGT 29 56 1 ATTTTAACTA 0.485314 -245 AAATGTGTAGAATTTTAAAGCTATTAAAATTTT 29 134 1 AATTTAACTA 0.64197 -167 GCGTCTTACAATTTAAAATGTTAACACAACTTT 33 48 0 ATTAAAATTA 0.550206 -118 TCACATATTAAAAATAAAGCATAGCAGGGATAG 33 139 0 AAATAAAATA 0.33076 -27 ATAAATGATAAAATTTAACATTACTGCTAATAT 34 62 1 AAATTAATTA 0.891004 -60 TTTTTAAAATAAAAAAAATATTATAAAATATCA 37 121 0 AAAAAAATTA 0.848869 -38 TTTTTCAAAAAATCAAAACTTTAAATCTTCAGC 39 63 0 AATAAAATTA 0.699347 -117 CTAGACAAAAAAATATAAAATTAAGCAAAAACA 41 33 0 AAAATAATTA 0.811278 -146 TTTTATCTTAATAATTAAAATTATAAAATAAGT 41 68 1 ATATTAATTA 0.811281 -111 TAAGGCAGCTAATTTAAAAATTAGCCACAAACA 41 111 0 AATTAAATTA 0.815608 -68 AGTTAATTAAATTTAAAACATTAGGCTTTTTAA 44 11 1 ATTAAAATTA 0.550206 -153 AAACTAAACCTTAAGTCAAGGTT 45 37 0 AAATAAATTA 0.914389 -13 TTAAAAAAACAAATATAAAATTAAAATGTCATA 46 23 0 AAAATAATTA 0.811278 -176 *** **** *** Masking position 7 Map Score: 49.2595 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1055 Number in coding regions = 614 Number in noncoding regions = 441 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 122 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0195952 Motif number 5 TGAAAAAAATTAGTCTCTTTTATATACTAAC 1 64 1 TATCTCTTTT 0.539756 -76 TACTAAAACTCCTTATGGTCTATCG 1 125 0 AAACTCCTTA 0.960172 -15 AAATAAACGTAATTCTCTTTAATAAAATTAT 3 80 0 AATCTCTTTA 0.91637 -135 TAAACTCTCCTAATATCGATTTT 5 25 0 AATCTCCTAA 0.960172 -13 CTAAAAAATATATACTCCTAAATCAATTAAT 8 69 0 TAACTCCTAA 0.886909 -21 GATTTTATAAAAATCTACTTATTATTAATTA 10 27 0 AATCTACTTA 0.72012 -53 AAAACTTGAAATCTCCTAAGCTAATTATA 13 9 1 AATCTCCTAA 0.960172 -267 TAAAAGACTCCTTTTTTAAGACAT 19 69 0 AAACTCCTTT 0.818969 -14 ATAATCTCCTTATGGTAGTAAC 21 40 0 TATCTCCTTA 0.960172 -12 AATTCCCTATAAAACTCTTTATTATCTTAGT 23 50 0 AAACTCTTTA 0.86206 -124 ATAACAAAACTCCTAACTACCAATAA 23 158 0 AAACTCCTAA 0.932204 -16 TACTTACATTTAATCTCTTTAAAAAATTTTT 29 268 0 TATCTCTTTA 0.862061 -33 TTTATTCTCCTAAACTTTAGAGA 30 38 0 TATCTCCTAA 0.932204 -13 AATTAACTCTCCTTAACTATAAAAA 39 165 0 AATCTCCTTA 0.976888 -15 ** ******** Masking position 2 Map Score: 14.0011 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 115 Number in coding regions = 66 Number in noncoding regions = 49 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 20 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00321234 Motif number 6 TAAGGTATTATATATTTTTTATAAATAAGTG 2 30 0 TTATTTTTTA 0.799373 -144 TCTCCTAATATCGATTTTTTAGCATCAAGCA 5 12 0 TGATTTTTTA 0.897992 -26 GGGGTTTGTATATATTGTTTAAAATGGTGGG 6 139 1 TTATTGTTTA 0.754651 -24 TTTAGGAGTATATATTTTTTAG 8 78 1 TTATTTTTTA 0.799373 -12 AGTACTATTAATAATAGTTTATTTCCATGAT 15 72 1 AAATAGTTTA 0.6373 -112 TTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGTTT 15 126 1 TAATAGTTTA 0.813078 -58 ATTATCTTAGTTGATTGTTTAGAAAAAAACA 23 30 0 TGATTGTTTA 0.871723 -144 GGATTCTATCTAAATTGTTTGTGAATTTTTA 25 90 0 TAATTGTTTG 0.642685 -83 ATTATTTGGTTCAATTGTTTAAAATAATTTT 26 28 0 TAATTGTTTA 0.88518 -213 AAGCTACTGTTTGATTGTTTAATTGTATTTA 26 125 0 TGATTGTTTA 0.871723 -116 ATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATATATA 26 170 0 TTATTTTTTA 0.799385 -71 ATCAATTTTTTATACCACAATG 27 79 0 TAATTTTTTA 0.908978 -12 GCTTTATTTTTTAATATTTTGTGCTTTTCTT 29 12 1 TAATATTTTG 0.570827 -289 TAAAGCTATTAAAATTTTTTAGAAAAACACG 29 149 1 AAATTTTTTA 0.799487 -152 AATAAAAAAATCAATTTTTTAGAAATTGACC 29 187 0 TAATTTTTTA 0.908978 -114 AAATTTGTTAAAAATTTTTTAAAGAGATTAA 29 259 1 AAATTTTTTA 0.799487 -42 ATGATATTTTAAGTATATGAA 31 1 1 AGATATTTTA 0.667348 -35 GTTTTTGATATTTTATGAATGTGAT 37 5 1 TGATATTTTA 0.834023 -154 AAAAACCAATACAATATTTTATCTATTCTTA 37 84 0 AAATATTTTA 0.694764 -75 TTTTTTTGATATGATATTTTATAATATTTTT 37 110 1 AGATATTTTA 0.667348 -49 TTAATTATTTTAAATATTTTAGCAAATTAGG 38 14 1 TAATATTTTA 0.84892 -66 ATTTAAAGTTTTGATTTTTTGAAAAACTTTC 39 70 1 TGATTTTTTG 0.672528 -110 AGAGTAAATATTTATTTTTTATAGTTAAGGA 39 150 1 TTATTTTTTA 0.799385 -30 GACCATAAAAAAAATATTTTACGCAATTAAA 44 57 0 AAATATTTTA 0.694743 -107 AATAAATTATTAAATTGTTTAAAAAAACAAA 46 43 0 TAATTGTTTA 0.88409 -156 * ********* Masking position 5 Map Score: 26.6316 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 720 Number in coding regions = 463 Number in noncoding regions = 257 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 58 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00931577 Motif number 7 TAATAAAAAAATATTAAAAGCTAAATCAATATCC 3 33 0 ATATAAATAA 0.617384 -182 TTTCTTTTTAATATTATAATATAAGATTTTATTT 6 14 1 ATATATATAA 0.874623 -149 ACTTTATATAATTATATCATTTATCAATTTTTAG 6 99 0 ATTTATATAT 0.832346 -64 AAAAAAATTAATACTATCATATAAAATTATTAAT 12 68 0 ATATATATAA 0.874623 -81 TAAAATTCTCATTTTATTATTTTATAATAAAAAA 13 80 0 ATTTATATTA 0.650193 -196 TAAAATGAGAATTTTAACAGTTAAAATTATGACC 13 98 1 ATTTAAATAA 0.597181 -178 ACTATTATTAATAGTACTAGTTTAATACATAAAA 15 56 0 ATATACATTA 0.623843 -128 CTTTATTTCCATAATACTACATATCATGGAAATA 15 91 0 ATATACATAT 0.815828 -93 TGAGGTGTGCATTTTATTATGTGTAGTTTATATT 24 264 1 ATTTATATGT 0.344884 -37 AAGAGTATTTTACAATATAAACTACACATA 24 281 0 ATTTACATAA 0.840107 -20 CTAATTTAACATTATACTATATAATGTTAAAAGT 25 120 1 ATTTACATAA 0.840107 -53 CTTGCATCATATAGTATTAAATACAATTAAACAA 26 108 1 ATATATATAC 0.504362 -133 CTCCTTATATATTCTATTACATTTTATCTTAATA 26 212 0 ATTTATATTT 0.590126 -29 AAAGCACAAAATATTAAAAAATAAAGCT 29 5 0 ATATAAATAA 0.617377 -296 AATTCTACACATTTTACAAAATATAGTCAATACG 29 114 0 ATTTACATAT 0.802749 -187 GTAATGTTAAATTTTATCATTTATTAAATTTAAG 34 52 0 ATTTATATAT 0.832346 -70 TTGTTGCATAATTTTACTATATTAGCAGTAATGT 34 79 0 ATTTACATTA 0.603763 -43 TATGAATGTGATATTATGATGTAAAATGTTTTTT 37 24 1 ATATATATAA 0.874623 -135 AATAAAAAAAATATTATAAAATATCATATCAAAA 37 113 0 ATATATATAT 0.843098 -46 AATTTGATTCATCTTATGACCTAATTTGCTAAAA 38 30 0 ATCTATATAA 0.523871 -50 CACAAACATCATTATACAACTTATTTTATAATTT 41 85 0 ATTTACATAT 0.802758 -94 ATTACAATTGATATTATAAAATAAATATAATTCA 44 119 0 ATATATATAA 0.874613 -45 TTATAAATATATTATGACATTTTAATTTTATA 46 9 1 ATATATATTT 0.610452 -190 TTAAGAAAAAATATTATAATCTATCGTAGTAGTT 46 115 1 ATATATATAT 0.843829 -84 *** *** * *** Masking position 5 Map Score: 16.669 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 244 Number in coding regions = 109 Number in noncoding regions = 135 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 58 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00931577 Motif number 8 TGCTAAAAAATCGATATTAGGAGAGTTTA 5 19 1 TCATTAGGAG 0.884944 -19 TTTTGTTATAATTAGCTTAGGAGATTTCAAGTT 13 13 0 ATAGTAGGAG 0.86593 -263 ATTAATAGTTTCAAGAAAAGGAGAGCGTTGATA 18 44 1 TCAGAAGGAG 0.726775 -24 GTGAAATGAAAATATATAAGGAGTTAAT 20 53 1 AAATTAGGAG 0.937706 -18 TAAATAATAGGTCAGTAGTTCCAACGGT 22 6 1 AAAGTAGTAG 0.863239 -103 ACCCCCAGCATACAGTTTTGGAGACTGTCGTTC 22 40 0 TAAGTTGGAG 0.860846 -69 TAATTCTAACAACAGGTCAGGAGGGATTCGAAC 22 71 0 AAAGTAGGAG 0.976174 -38 AATGTAATAGAATATATAAGGAGGCATC 26 223 1 AAATTAGGAG 0.937706 -18 TTAAAGAGATTAAATGTAAGTAGCTATTTAGAA 29 277 1 TAATTAGTAG 0.733744 -24 TAATACTCTCTAAAGTTTAGGAGAATAAA 30 32 1 TAAGTAGGAG 0.979874 -19 ATTTATTTTTTATAGTTAAGGAGAGTTAATT 39 159 1 TAAGTAGGAG 0.979874 -21 ** ** * ***** Masking position 4 Map Score: 6.71307 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 43 Number in coding regions = 20 Number in noncoding regions = 23 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 16 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00256987 Motif number 9 AACTGAAAAATAATCTTAAACC 1 3 0 TAATCTTAAA 0.479112 -137 ATATAATACCTTACTTTAATTGTAGCTTTT 2 48 1 TTACTTTAAT 0.576556 -126 TATCAACAAATTATATTAATAAAAAAATAT 3 53 0 TTATATTAAT 0.751399 -162 ATATAAGATTTTATTTTAAAAGAATAATAA 6 32 1 TTATTTTAAA 0.822113 -131 TTCTTCCCCTTTAATTTAATAT 7 3 0 TTAATTTAAT 0.853536 -20 ATTTTTATAGTTATATTAATTTCCATGCTT 16 45 1 TTATATTAAT 0.751399 -62 ATGACAGTGTTAGTCTTAATTTTTGAGTGC 20 12 1 TAGTCTTAAT 0.273056 -59 AAACAAGTACTAAATTTAATTTTC 23 5 0 TAAATTTAAT 0.714929 -169 ATAATAAATGTTAATTTAATACCTATTTAA 24 27 0 TTAATTTAAT 0.853536 -274 AACTAAAGCCTAAATTTAAAATTTAGCATA 24 145 0 TAAATTTAAA 0.474416 -156 TTTAGTTTTGTTGTTTTAATATTTTTACAT 24 168 1 TTGTTTTAAT 0.653658 -133 GATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAATTTA 25 33 0 TTTTTTTAAT 0.408961 -140 GAATCAAAAATTATTTTAAACAATTGAACC 26 22 1 TTATTTTAAA 0.822113 -219 CTATTACATTTTATCTTAATAAGATTTTGT 26 203 0 TTATCTTAAT 0.855873 -38 CTAGAAAAGCTTATTTTAATATTCAAAATA 27 27 0 TTATTTTAAT 0.927748 -64 AATGTAAAGTTTATATTAATTTTTAATGCT 29 48 1 TTATATTAAT 0.751399 -253 AGCTATTTTCTTATTTTAATAAGAATAAAT 29 233 1 TTATTTTAAT 0.927748 -68 TTAAATTAATAATAAACAAA 33 1 1 TTAAATTAAT 0.578371 -165 AGATTGAGCTTAAATTTAATAAATGATAAA 34 44 1 TAAATTTAAT 0.714929 -78 AATATTTTTTTTATTTTAAAAATAAAGGAG 37 132 1 TTATTTTAAA 0.822113 -27 TTTTTAATTATTTTAAATATTTTAGCA 38 8 1 TTATTTTAAA 0.822113 -72 CTACATTAAATTATCTTAATAATATATATA 40 20 0 TTATCTTAAT 0.855873 -44 GTCTAGGTTTTTATCTTAATAATTAAAATT 41 60 1 TTATCTTAAT 0.855873 -119 ACTTATTTTATAATTTTAATTATTAAGATA 41 71 0 TAATTTTAAT 0.846763 -108 CTAAACATTGTAAATTTAATAAAAAAGAAA 43 25 0 TAAATTTAAT 0.714929 -32 CCTAATGTTTTAAATTTAATTAACT 44 6 0 TAAATTTAAT 0.714929 -158 ATCGTAGTAGTTATTTTAAATTATGGCAAG 46 137 1 TTATTTTAAA 0.822113 -62 ********** Masking position 6 Map Score: 29.4954 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 526 Number in coding regions = 304 Number in noncoding regions = 222 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 78 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0125281 Motif number 10 AGACTAATTTTTTTCAACAATAAAAATTTT 1 50 0 TTTTCAACAA 0.830587 -90 CATTGCAAAATATGCAACAAAGGTTACTTA 1 95 0 TATGCAACAA 0.827921 -45 TAAAGCTTTTTTTGCAAAAAAAAACTTTAC 2 140 0 TTTGCAAAAA 0.925847 -34 TTTAATAAAATTATCAACAAATTATATTAA 3 64 0 TTATCAACAA 0.814034 -151 TATCGATTTTTTAGCATCAAGCAA 5 5 0 TTAGCATCAA 0.697231 -33 TAAGCATAACTTTTCCAAAAAATAATACAA 12 100 0 TTTTCCAAAA 0.595013 -49 TTTATAATTTTATGCATAAATCTCATTCAT 14 15 0 TATGCATAAA 0.554818 -35 AATTTAAAATTTAGCATAAAACTCCAATAT 24 133 0 TTAGCATAAA 0.720582 -168 ACCAAATAATTTATCAAAAATACAACAAAA 26 49 1 TTATCAAAAA 0.830534 -192 CACTACGTGTTTTTCTAAAAAATTTTAATA 29 155 0 TTTTCTAAAA 0.487318 -146 TAGCTACAAATAATCAAAAAAATAAAAAAA 29 208 0 TAATCAAAAA 0.678923 -93 ATAGTAAAATTATGCAACAACTAGGAGAAT 34 93 1 TATGCAACAA 0.827921 -29 TATGACCTAATTTGCTAAAATATTTAAAAT 38 20 0 TTTGCTAAAA 0.684304 -60 GCCTGAAAGTTTTTCAAAAAATCAAAACTT 39 75 0 TTTTCAAAAA 0.84477 -105 AATATAAAATTAAGCAAAAACACAACAGGC 41 25 0 TAAGCAAAAA 0.827861 -154 AATTTAAAAATTAGCCACAAACATCATTAT 41 104 0 TTAGCCACAA 0.727721 -75 AGGTTAACACTTAGCAAAAATAATGTCAAC 45 12 0 TTAGCAAAAA 0.917689 -38 ********** Masking position 9 Map Score: 10.0196 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 724 Number in coding regions = 530 Number in noncoding regions = 194 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 37 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00594282 Motif number 11 AAAGCTACAATTAAAGTAAGGTATTATATAT 2 46 0 TTAAGTAAGG 0.694482 -128 TTACGTTTATTTTTAATGAGGTGGACTTATT 3 99 1 TTTAATGAGG 0.899025 -116 TCTGTATTTTTGGGGGAGGTTTTATAATT 4 9 1 TTTGGGGAGG 0.766146 -48 TAATTGGAAATTAGAGTAAGGTGGCTTAAGA 16 74 1 TTAAGTAAGG 0.694482 -33 GTTGTTAGAATTAAAGTGAGGCTTTAAA 22 91 1 TTAAGTGAGG 0.942398 -18 ATGCTAAATTTTAAATTTAGGCTTTAGTTTT 24 146 1 TTAATTTAGG 0.50032 -155 TGACAACTTTTTAAATTGAGGTGTGCATTTT 24 248 1 TTAATTGAGG 0.927048 -53 GTAATAGAATATATAAGGAGGCATC 26 226 1 ATAAAGGAGG 0.44629 -15 TAAAATTGTTTTTAATGGAGGAGCGTT 28 75 1 TTTATGGAGG 0.88956 -17 ATGAATCAAATTAGATTGAGGTTAAAAATTG 38 52 1 TTAATTGAGG 0.927048 -28 TCTTATTAAATTTCAATGAGGGTTTAATTGT 39 15 1 TTTAATGAGG 0.899024 -165 TATAATTTGGTTTTAAGGAGGA 41 167 1 TTTAAGGAGG 0.867336 -12 ATTTACAATGTTTAGTTGAGGTAATAT 43 40 1 TTTGTTGAGG 0.776062 -17 *** ******* Masking position 9 Map Score: 6.93745 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 66 Number in coding regions = 38 Number in noncoding regions = 28 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 17 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00273049 Motif number 12 ATTAATTGGATTGTTTTATTATATTCTTATAA 3 127 1 TTTTTTATTT 0.736791 -88 CATTAATAATTAATTTTATTATACATTCACTA 8 31 0 TATTTTATTT 0.776435 -59 ATGATAGTATTAATTTTTTTGTATTATTTTTT 12 82 1 TATTTTTTTT 0.80093 -67 CATAAAATATTTGTTTTGTTATAATTAGCTTA 13 27 0 TTTTTTGTTT 0.890103 -249 TAATAATAATTTTTTTTATTATAAAATAATAA 13 69 1 TTTTTTATTT 0.736791 -207 AGTTTAAATGTAGTTTTGTTAATAGCTTAAGC 15 141 1 TATTTTGTTA 0.360911 -43 GTTTTTTCTTTTATTTTACAATAAATT 16 6 1 TTTTTTATTT 0.736791 -101 AATTTAGTACTTGTTTTTTTCTAAACAATCAA 23 19 1 TTTTTTTTTT 0.764311 -155 TGGTAGTTAGGAGTTTTGTTAT 23 162 1 GATTTTGTTT 0.455633 -12 ATTTAGGCTTTAGTTTTGTTGTTTTAATATTT 24 160 1 TATTTTGTTT 0.909492 -141 GTAATAGATATTATTTTTTTTTTAATGTAGAA 25 37 0 TTTTTTTTTT 0.764311 -136 TTGTAGGTTGTTTTTTTGTTGTATTTTTGATA 26 60 0 TTTTTTGTTT 0.890103 -181 GTGGATTTTGTATTTTTATTTTTTATAGATAT 26 173 0 TATTTTATTT 0.776435 -68 TCTAAAAAATTGATTTTTTTATTTTTTTGATT 29 195 1 TGTTTTTTTT 0.79762 -106 ATCCCTGCTATGCTTTATTTTTAATATGTGAG 33 141 1 TGTTTATTTT 0.18793 -25 ATTGTATTGGTTTTTTTGATATGATATTTTAT 37 100 1 TTTTTTGATT 0.312799 -59 TATTTTATAATATTTTTTTTATTTTAAAAATA 37 124 1 TATTTTTTTT 0.80093 -35 GGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAAAGCTG 39 35 1 TGTTTTGTCT 0.450521 -145 GCTATGTGAGTGATTTTGTTCTTAAATATTTG 39 103 1 TGTTTTGTTT 0.907779 -77 CTTAAATATTTGTTTTTATTTTTTTGAAGAGT 39 123 1 TGTTTTATTT 0.772833 -57 AAAAGAGCTATAATTTGGTTTTAAGGAGGA 41 159 1 TATTTGGTTT 0.466528 -20 TTGCGTAAAATATTTTTTTTATGGTCTTTTTA 44 62 1 TATTTTTTTT 0.80093 -102 ATTTTAATTTTATATTTGTTTTTTTAAACAAT 46 29 1 TAATTTGTTT 0.360911 -170 AAGGATAAATTGCTTTTGTTATTTTTAAGAAA 46 91 1 TGTTTTGTTT 0.907779 -108 ** ******* * Masking position 6 Map Score: 20.6238 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1072 Number in coding regions = 686 Number in noncoding regions = 386 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 92 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0147767 Motif number 13 TAACCTTATTATTTGGCTTGTGTAGTAAGTA 2 112 1 ATTTGGCTTT 0.964102 -62 TTGGATATTGATTTAGCTTTTAATATTTTTT 3 31 1 ATTTAGCTTT 0.840979 -184 TGGACTTATTAATTGGATTGTTTTATTATAT 3 120 1 AATTGGATTT 0.726016 -95 ATGACCATTAATTTGGATTATAGTAAAAATT 13 126 1 ATTTGGATTT 0.869325 -150 AGTAGTAGTTATTATGCTTATTATCGAATGG 13 176 0 ATTATGCTTT 0.783142 -100 ATAATGTTAAATTAGGATTCTATCTAAATTG 25 104 0 ATTAGGATTT 0.819624 -69 TGAATATTAAAATAAGCTTTTCTAGGTTTAT 27 32 1 AATAAGCTTT 0.589965 -59 TGAGGGTTTAATTGTGCTTTTGTCTTTAAAA 39 31 1 ATTGTGCTTT 0.619373 -149 ATAACAATTAATTGGCCTGTTGTGTTTTTG 41 10 1 AATTGGCCTT 0.668277 -169 ATTTGGCTTTTGGTCTTGATA 42 1 1 ATTTGGCTTT 0.9641 -61 AATTTAAAACATTAGGCTTTTTAATAATTAA 44 20 1 ATTAGGCTTT 0.948217 -144 ********* * Masking position 1 Map Score: 2.62343 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 75 Number in coding regions = 46 Number in noncoding regions = 29 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 9 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00144555 Motif number 14 ATCCGCTAAAACTATACCATTCGATAATAA 13 160 1 ACTATACCAT 0.870254 -116 AATAGCGCTATACCCTTTATAATTTT 14 34 0 GCTATACCCT 0.966688 -16 CCATGGTGGTGCTCTACCAACTGAGCTATA 23 89 0 GCTCTACCAA 0.877437 -85 GCATTTATATGCTATACCATGTTAGTGTTT 28 26 1 GCTATACCAT 0.972224 -66 GCTACCAACTGCTCTACCCTGCGTCTTACA 33 71 0 GCTCTACCCT 0.960092 -95 AAAGCAACTCCTATACCATTATAGCAAAG 46 180 0 CCTATACCAT 0.908602 -19 ********** Masking position 5 Map Score: 1.32858 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 11 Number in coding regions = 7 Number in noncoding regions = 4 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 4 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.000642467 Motif number 15 GCGATAGACCATAAGGAGTTTTAGTA 1 124 1 ATAAGGAGTT 0.959744 -16 TTAATTAATAATAAGTAGATTTTTATAAAA 10 26 1 ATAAGTAGAT 0.840736 -54 TTTATTGACAATAAATAGTTTAAATGTAGT 15 125 1 ATAAATAGTT 0.704967 -59 ATGAAAATATATAAGGAGTTAAT 20 58 1 ATAAGGAGTT 0.959744 -13 CGTTACTACCATAAGGAGATTAT 21 39 1 ATAAGGAGAT 0.91206 -13 AACTAAGATAATAAAGAGTTTTATAGGGAA 23 49 1 ATAAAGAGTT 0.824395 -125 AATAGAATATATAAGGAGGCATC 26 228 1 ATAAGGAGGC 0.789398 -13 AATGTAGTTTAAAAGTAGTTAGGAGAAAGT 40 43 1 AAAAGTAGTT 0.6567 -21 TATAGATGGGATAAGTAGGTT 42 51 1 ATAAGTAGGT 0.890895 -11 ********** Masking position 4 Map Score: 3.6088 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 39 Number in coding regions = 20 Number in noncoding regions = 19 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 12 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0019274