AlignACE version 2.2 July 7, 1998 alignACE -a/home/amcguire/genomes/ORF_borburg.txt -z/home/amcguire/genomes/borburg.fna -icrp_bbur_opreg_100.orf -g0.282 -x5 Parameter values: expect = 5 ncols = 10 npass = 1000 maxnpass = 100 nruns = 1000 maxnruns = 100 repeat = 15 maxreps = 3 nread = 500 ncycles = 1 fragment = 1 psfact = 0.1 gcback = 0.282 maxlen = 30 weight = 0.8 exclude = 0 Input sequences: #1 BB0151 76 N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase (nagA) #2 BB0152 26 glucosamine-6-phosphate isomerase (nagB) #3 BB0158 153 antigen, S2, putative #4 BB0159 23 B. burgdorferi predicted coding region BB0159 #5 BB0160 47 alanine racemase (alr) #6 BB0240 300 glycerol uptake facilitator (glpF) #7 BB0241 42 glycerol kinase (glpK) #8 BB0242 53 B. burgdorferi predicted coding region BB0242 #9 BB0243 71 glycerol-3-phosphate dehydrogenase, anaerobic (glpA) #10 BB0351 106 B. burgdorferi predicted coding region BB0351 #11 BB0404 165 B. burgdorferi predicted coding region BB0404 #12 BB0557 138 phosphocarrier protein HPr (ptsH-2) #13 BB0564 207 B. burgdorferi predicted coding region BB0564 #14 BB0618 87 cytidine deaminase (cdd) #15 BB0642 78 spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA) #16 BB0643 154 conserved hypothetical protein #17 BB0665 42 B. burgdorferi predicted coding region BB0665 #18 BB0668 70 flagellar filament outer layer protein (flaA) #19 BB0683 93 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase Motif number 1 TTTAAAATAAAAAATATAAGCTTTAA 1 3 1 TAAAAAAATA 0.949085 -74 AATATAAGCTTTAAAAAAGATTAATGCTTATAGT 1 23 1 TTAAAAGAAA 0.866103 -54 ATGCTTATAGTAAAATAAAATAAATAAAAGGAAA 1 46 1 TAAAAAAAAA 0.973464 -31 TAAAATAAATAAAAGGAAAATAAAAA 1 61 1 AAAAAAAAAA 0.943652 -16 TATTGAAAGATTAAAAATAAAAATGCAATTTTAA 3 13 1 TTAAATAAAT 0.873694 -141 AAATGCAATTTTAAATAAAACCAAAAGCGACTTG 3 33 1 TTAAAAAAAA 0.979983 -121 TTAAATGGTATAAAGGAAGAAGATCTA 3 137 1 TAAAAAGAAT 0.577114 -17 ATAAAAACAAAAGGAAATATCTT 4 3 1 AAAAAAAAAA 0.943651 -21 CAAAAAATCCTTAAACAAATTTTAGAAAAGAAAT 6 15 1 TTAAAAATTA 0.833593 -286 GACATTAATCTTAATTAAAAATAAGATATTAAAT 6 82 1 TTAAAAAAAA 0.978686 -219 AAATAAGATATTAAATATAATTTTAATAAGGCTT 6 100 1 TTAAATAATT 0.505395 -201 GTCTCTTTTATTAAAAAAAATTAATTTTTCTAAT 6 136 0 TTAAAAAAAA 0.979695 -165 TAAAAGAGACTAAAATAAAAAAATTCTAACCATC 6 160 1 TAAAAAAAAT 0.911561 -141 CCATCTTGCAAAAAACAAAATAAAATTTAATTAA 6 189 1 AAAAAAAAAA 0.943647 -112 AAAATAAAATTTAATTAAAAGATTTAATATTATT 6 205 1 TTAAAAAATT 0.873692 -96 TTCAGATTAAAAAATCAAAAATTAAAACTTCTTA 6 237 1 AAAAAAAATA 0.894331 -64 TTAAAACTTCTTAATAAAAAATAAAATAGTTATA 6 258 1 TTAAAAAAAA 0.979975 -43 CCTTTTTCCTTTAATAAAGATAAATATTTTTTCT 7 12 0 TTAAAAGAAA 0.86635 -31 CTTTAAGATTATAACAAAAATATACTGGTAACAA 8 26 1 ATAAAAAATA 0.918294 -28 AATCTAGTATTTAACTAAAAAGAAAAGAAATTAA 9 43 1 TTAAAAAAAA 0.979985 -29 TAATTTATTGTAAAATAAAAGAAAAAAC 10 5 0 TAAAAAAAAA 0.973598 -102 GGAAATTAATATAACTATAAAAATTATACATAAT 10 35 0 ATAAATAAAT 0.758525 -72 TATAAGTTTAATAACAATAAATTATCTACTAAAT 11 19 1 ATAAATAATA 0.85032 -147 TAAGGCTAAATTAATTATAAATAAGATTTAGTAG 11 44 0 TTAAATAAAA 0.833943 -122 AGCCTTACTTAAAATAATATCAAAACAGCATTTC 11 71 1 AAAAATATAA 0.636688 -95 TTTTTAATCTATAAACAAATAGTATATCAAAGTT 11 113 0 ATAAAAATTA 0.699404 -53 ATTATAATACATAAAAATAAATTATATATTCCCT 12 63 0 ATAAATAATA 0.850269 -76 ATGTAAAAAGTTAATCAAAAAAAACAATATTCAT 12 95 1 TTAAAAAAAA 0.979984 -44 AAATTAGAAGTTAATAAAATTTAATTTACCAAAA 13 92 1 TTAAAAATAA 0.908907 -116 TAATTTACCAAAAACAATAAAAAACATAATTTTA 13 113 1 AAAAATAAAA 0.894348 -95 CTTTCTACCTTAAATTATAAGATAGAATTCTGTT 13 146 0 TAAAATAATA 0.903597 -62 AGTTGTAGGTTAAATTAAATTTAATATAAAAAAG 13 178 1 TAAAAAATAA 0.816385 -30 AATAATAATATTAAGTATAATCTTGATTTGTATT 15 27 1 TTAAATAATT 0.777184 -52 TTTATTTTCTTAAAAAATATAAAAACTTAAATAC 16 24 1 TAAAATATAA 0.7942 -131 TATTTTTTATTTAAAAAAAAACAATTCTTTTAAA 16 64 1 TTAAAAAAAA 0.979985 -91 AACAATTCTTTTAAAGAAAACTAACATAAACTAA 16 83 1 TTAAAAAAAA 0.979983 -72 AAAACTAACATAAACTAAAAACAAAAACAATTTA 16 99 1 TAAAAAAAAA 0.973599 -56 TTATTATAATTTAATTATAAGGATTTTAAAAGTA 17 15 1 TTAAATAAAT 0.873168 -28 TAAATTAAATTTTACTAATAAAAA 18 1 1 TAAAAAATTA 0.746769 -70 AATTTTACTAATAAAAATAATTAAAAAACGAAAA 18 18 1 ATAAATAAAA 0.908162 -53 AAATAATTAAAAAACGAAAATTTTATAAAAGATT 18 32 1 AAAAAAAATT 0.702906 -39 CTAATTTTTGTAAATTATAATATAATACTTAAGG 19 48 1 TAAAATAATA 0.849563 -46 **** **** ** Masking position 7 Map Score: 78.9064 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 2624 Number in coding regions = 1579 Number in noncoding regions = 1045 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 180 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.028911 Motif number 2 ACTATAAGCATTAATCTTTTTTAAAGCTTATA 1 25 0 TTAATTTTTT 0.937403 -52 ATTTTTATTTTTAATCTTTCAATATC 3 5 0 TTAATTTCAA 0.63733 -149 AGGCGGTAATTAAAATTTACATTAAATCATAG 3 95 0 TAAATTACAT 0.69681 -59 CTTAGAGAAGTAAAAATCTTTTTTCTATTAAT 5 18 0 TAAATCTTTT 0.720677 -30 AAAATTTGTTTAAGGATTTTTTGTTTT 6 6 0 TAAGTTTTTT 0.881431 -295 GTCAATAATTTAAGAATTTTAATTTTTAAATT 6 53 0 TAAGTTTTAA 0.710894 -248 AAAATTATATTTAATATCTTATTTTTAATTAA 6 92 0 TTAATCTTAT 0.76641 -209 AAAAGCCTTATTAAAATTATATTTAATATCTT 6 104 0 TTAATTATAT 0.91194 -197 ATAATTTTAATAAGGCTTTTATTAGAAAAATT 6 116 1 TAAGTTTTAT 0.875309 -185 ATTAGAAAAATTAATTTTTTTTAATAAAAGAG 6 136 1 TTAATTTTTT 0.937403 -165 TTTTTTTATTTTAGTCTCTTTTATTAAAAAAA 6 151 0 TTAGTCTTTT 0.648418 -150 TGCAAGATGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTC 6 167 0 TTAGTTTTTT 0.886792 -134 ATCTTTTAATTAAATTTTATTTTGTTTTTTGC 6 196 0 TAAATTATTT 0.912722 -105 TGAATAATATTAAATCTTTTAATTAAATTTTA 6 209 0 TAAATTTTAA 0.875843 -92 TTAATAAAGATAAATATTTTTTCTT 7 4 0 TAAATTTTTT 0.933134 -39 AAACAAAGCTTTAAGATTATAACAAAAATATA 8 18 1 TTAATTATAA 0.83067 -36 TTTGGTTAATTTCTTTTCTTTTTAGTT 9 55 0 TTAATCTTTT 0.777438 -17 AATATAACTATAAAAATTATACATAATTTATT 10 30 0 TAAATTATAC 0.776499 -77 TTTATTGTTATTAAACTTATACAAAGCTT 11 8 0 TTAATTATAC 0.787333 -158 AATTATCTACTAAATCTTATTTATAATTAATT 11 38 1 TAAATTATTT 0.912722 -128 TATAATTAATTTAGCCTTACTTAAAATAATAT 11 59 1 TTAGTTACTT 0.577477 -107 AATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACA 11 130 0 TTAATTTTAA 0.868877 -36 AAGATAGTAATTAAACTTATTCTAACAA 12 7 0 TTAATTATTC 0.797127 -132 TTTTTTTTGATTAACTTTTTACATTATAATAC 12 87 0 TTAATTTTAC 0.833215 -52 TTTGGTAAATTAAATTTTATTAACTTCTAATT 13 93 0 TAAATTATTA 0.848099 -115 TGTTAACTTTTTTATATTAAATTT 13 194 0 TTAATTTTTA 0.888225 -14 AAGATTATACTTAATATTATTATTTATGTAAA 15 19 0 TTAATTATTA 0.854829 -60 ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAA 16 9 1 TAAATTATTT 0.912715 -146 TAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAG 16 32 0 TTAATTTTAT 0.933684 -123 AATTTAATTATAAGGATTTTAAAAGTAATTT 17 22 1 TAAGTTTTAA 0.767256 -21 TAAATTAAATTTTACTAATAAAAATAA 18 6 1 TAAATTACTA 0.565656 -65 CTTATATATATAAATCTTTTATAAAATTTTCG 18 46 0 TAAATTTTAT 0.930046 -25 TTAATGGCCTTAAGTATTATATTATAATTTAC 19 57 0 TAAGTTATAT 0.838768 -37 **** ****** Masking position 7 Map Score: 42.9563 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 2858 Number in coding regions = 1823 Number in noncoding regions = 1035 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 173 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0277867 Motif number 3 TTAATCTTTTTTAAAGCTTATATTTTTTATTTTA 1 13 0 TTAATTAATT 0.941609 -64 TATTTTCCTTTTATTTATTTTATTTTACTATAAG 1 49 0 TTTTTTTATT 0.867261 -28 TTTGGTTTTATTTAAAATTGCATTTTTATTTTTA 3 24 0 TTAATTGATT 0.711975 -130 TAGGCGGTAATTAAAATTTACATTAAATCATAGT 3 94 0 TTAATTAATT 0.941609 -60 GTAAAAATCTTTTTTCTATTAATTTGTAGT 5 7 0 TTTTATTATT 0.488616 -41 CTAAAATTTGTTTAAGGATTTTTTGTTTT 6 6 0 TTAAATTTTT 0.38748 -295 TTTAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGAATTTCT 6 43 0 TTATTTAATT 0.857495 -258 AATATCTTATTTTTAATTAAGATTAATGTCAATA 6 78 0 TTTATAAATT 0.574685 -223 TAAAAGCCTTATTAAAATTATATTTAATATCTTA 6 103 0 ATAATTAATT 0.696389 -198 AATCTTTTAATTAAATTTTATTTTGTTTTTTGCA 6 195 0 TTAATTATTT 0.853482 -106 ATTAAGAAGTTTTAATTTTTGATTTTTTAATCTG 6 239 0 TTAATTTATT 0.92293 -62 TTTATAACTATTTTATTTTTTATTAAGAAGTTTT 6 260 0 TTTATTTATT 0.945974 -41 TGTTATAATCTTAAAGCTTTGTTTTGAACTT 8 8 0 TTAATTTTTT 0.812232 -46 TTCTTTTTAGTTAAATACTAGATTGAAGAAATTC 9 33 0 TTAACTAATT 0.463027 -39 TTTGGTTAATTTCTTTTCTTTTTAGT 9 56 0 TGTTTTTTTT 0.478945 -16 TTTTCTTTTATTTTACAATAAATTATGTATAATT 10 14 1 TTTAATAATT 0.775189 -93 ATGTATAATTTTTATAGTTATATTAATTTCCATG 10 38 1 TTATTTAATT 0.857495 -69 CTAAATCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTACTT 11 47 1 TTATTTATTT 0.6849 -119 GATTAAAAACTTAATATTTAAATTTTTGGGATAA 11 138 1 TTATTTAATT 0.857495 -28 TAAAGGGAATATATAATTTATTTTTATGTATTAT 12 60 1 ATTATTATTT 0.547953 -79 TTGATTAACTTTTTACATTATAATACATAAAAAT 12 79 0 TTTATTAAAT 0.427824 -60 TTATGAATATTGTTTTTTTTGATTAACTTTTTAC 12 97 0 TGTTTTTATT 0.717883 -42 TCTATTTGCGATTTAAATTACATTCAAAGGGGCG 13 14 0 ATTATTAATT 0.770416 -194 TTTTATTAACTTCTAATTTGTATTTATCAATATA 13 77 0 TTTATTGATT 0.783285 -131 TTATTGTTTTTGGTAAATTAAATTTTATTAACTT 13 99 0 TGTATTAATT 0.901799 -109 TCTGTTAAAATTATGTTTTTTATTGTTTTTGGTA 13 118 0 TTTGTTTATT 0.528661 -90 ACCTACAACTTTCTACCTTAAATTATAAGATAGA 13 154 0 TTTATTAATT 0.959314 -54 AGGTAGAAAGTTGTAGGTTAAATTAAATTTAATA 13 170 1 TTTATTAATT 0.959314 -38 TGTTAACTTTTTTATATTAAATTTAATTTAACC 13 185 0 TTTATTAATT 0.959314 -23 GTTTTTAGCTTATTTTACATTGACTA 14 3 1 TTTATTATTT 0.894928 -85 TTAGCCATTGTGGTTTATTTTATTGAAATATTGT 14 41 0 TGTTTTTATT 0.717883 -47 ATTTCCCACCTGTTATATTTTATTAGCCATTGTG 14 63 0 TGTATTTATT 0.872113 -25 CAAATCAAGATTATACTTAATATTATTATTTATG 15 23 0 TTTATAAATT 0.574685 -56 ACCTCCTGTAAAATTTATTTTCTTAAAAAA 16 7 1 TGAATTTTTT 0.627523 -148 TAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAAAA 16 51 1 TTTATTTATT 0.945974 -104 TTTTAGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTG 16 85 0 TGTATTTTTT 0.711262 -70 TTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTTT 16 117 0 TTAAATAATT 0.702228 -38 ATGATTATTATAATTTAATTATAAGGATTT 17 7 1 ATATTTTATT 0.388364 -36 TATTTTTATTAGTAAAATTTAATTTA 18 3 0 AGAATTTATT 0.39889 -68 AAATTTTCGTTTTTTAATTATTTTTATTAGTAAA 18 21 0 TTTTTTATTT 0.760659 -50 AAACTTCCATTTTTAGGTTTTATTATATAAGATT 19 11 1 TTTATTTATT 0.945974 -83 GCCTTAAGTATTATATTATAATTTACAAAAATTA 19 49 0 TTTAATATTT 0.554679 -45 ** ** *** *** Masking position 14 Map Score: 55.4254 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 2648 Number in coding regions = 1651 Number in noncoding regions = 997 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 180 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.028911 Motif number 4 TTTTTAAAGCTTATATTTTTTATTTTAAA 1 7 0 TTTATTTTAT 0.887364 -70 TATTTTCCTTTTATTTATTTTATTTTACTATAA 1 50 0 TTTTTTTTAT 0.780616 -27 AAAATTGCATTTTTATTTTTAATCTTTCAATAT 3 12 0 TTTATTTAAT 0.926704 -142 AAAATAAAAATGCAATTTTAAATAAAACCAAAA 3 26 1 TGAATTAAAT 0.639776 -128 TATGATTTAATGTAAATTTTAATTACCGCCTAA 3 96 1 TGAATTTAAT 0.625465 -58 GTAAAAATCTTTTTTCTATTAATTTGTAGT 5 8 0 TTTTATTAAT 0.478417 -40 TTTAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGAATTTC 6 44 0 TTATTTAAAT 0.715652 -257 ATATTTAATATCTTATTTTTAATTAAGATTAAT 6 85 0 TCTATTTAAT 0.510496 -216 AAGATATTAAATATAATTTTAATAAGGCTTTTA 6 104 1 ATTATTTAAT 0.535452 -197 GTTTTAATTTTTGATTTTTTAATCTGAATAATA 6 232 0 TTATTTTAAT 0.703507 -69 TTTATAACTATTTTATTTTTTATTAAGAAGTTT 6 261 0 TTTATTTTAT 0.882486 -40 AGTTTTTCCTTTTTCCTTTAATAAAGATAAAT 7 21 0 TTTTTTTAAT 0.865775 -22 ATTTCTTTTCTTTTTAGTTAAATACTAGATTGA 9 41 0 TTTTTTAAAT 0.870644 -31 TTTTCTTTTATTTTACAATAAATTATGTATAAT 10 14 1 TTTAATAAAT 0.694829 -93 ATGTATAATTTTTATAGTTATATTAATTTCCAT 10 38 1 TTATTTATAT 0.580307 -69 ACTAAATCTTATTTATAATTAATTTAGCCTTAC 11 46 1 ATTAATTAAT 0.217888 -120 TACTATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAATATT 11 123 1 TTTATTAAAA 0.624598 -43 GATTAAAAACTTAATATTTAAATTTTTGGGATA 11 138 1 TTATTTAAAT 0.714954 -28 TTGATTAACTTTTTACATTATAATACATAAAAA 12 80 0 TTTATTATAA 0.476929 -59 GCCCCTTTGAATGTAATTTAAATCGCAAATAGA 13 15 1 ATTATTAAAT 0.675932 -193 TTTTATTAACTTCTAATTTGTATTTATCAATAT 13 78 0 TTTATTGTAT 0.49974 -130 TTATTGTTTTTGGTAAATTAAATTTTATTAACT 13 100 0 TGTATTAAAT 0.8284 -108 ACCTACAACTTTCTACCTTAAATTATAAGATAG 13 155 0 TTTATTAAAT 0.941633 -53 AGGTAGAAAGTTGTAGGTTAAATTAAATTTAAT 13 170 1 TTTATTAAAT 0.941633 -38 TGTTAACTTTTTTATATTAAATTTAATTTAAC 13 186 0 TTTATTAAAT 0.91133 -22 TTAGCCATTGTGGTTTATTTTATTGAAATATTG 14 42 0 TGTTTTTTAT 0.515648 -46 ATTTCCCACCTGTTATATTTTATTAGCCATTGT 14 64 0 TGTATTTTAT 0.715037 -24 ATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAG 16 32 0 TTAATTTTAT 0.754675 -123 AAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAATATA 16 62 0 TTTTTTAAAT 0.872276 -93 TTAATGTGTATTGAATGATAAATTGTTTTTGTT 16 118 0 TTAAATAAAT 0.457594 -37 ATGATTATTATAATTTAATTATAAGGATTT 17 8 1 TTTATTAATT 0.387753 -35 CCTTATATATATAAATCTTTTATAAAATTTTCG 18 46 0 ATAATTTTAT 0.290029 -25 AAACTTCCATTTTTAGGTTTTATTATATAAGAT 19 11 1 TTTATTTTAT 0.892716 -83 TTGCTAATTTTTGTAAATTATAATATAATACTT 19 45 1 TTTATTATAA 0.474243 -49 ** ** ****** Masking position 9 Map Score: 37.3788 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 2569 Number in coding regions = 1551 Number in noncoding regions = 1018 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 187 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0300353 Motif number 5 TTTTTAAAGCTTATATTTTTTATTTTAAA 1 8 0 TTATTTTTTA 0.969482 -69 CTATAAGCATTAATCTTTTTTAAAGCTTATAT 1 24 0 TAATTTTTTA 0.8352 -53 TATTTTCCTTTTATTTATTTTATTTTACTATA 1 51 0 TTATTATTTA 0.899037 -26 AAAATTGCATTTTTATTTTTAATCTTTCAATA 3 13 0 TTTTTTTTAA 0.681214 -141 CTTATTAAAATTATATTTAATATCTTATTTTT 6 98 0 TTATTTTATA 0.770693 -203 TAAAAAAAATTAATTTTTCTAATAAAAGCCTT 6 127 0 TAATTTTTAA 0.681567 -174 TGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTCTCTTTTA 6 160 0 TTTTTATTTA 0.582213 -141 TTTATAACTATTTTATTTTTTATTAAGAAGTT 6 262 0 TTTTTTTTTA 0.835151 -39 TTATATCTCCTTATCTTTATAACTATTTTATT 6 277 0 TTATTTTTAA 0.931746 -24 GAAAAAATATTTATCTTTATTAAAGGAAAAAG 7 13 1 TTATTTTTTA 0.97017 -30 TGTTACCAGTATATTTTTGTTATAATCTTAAA 8 27 0 ATATTTTTTA 0.667338 -27 AGTAGATAATTTATTGTTATTAAACTTATACA 11 17 0 TTATGTTTTA 0.731042 -149 AATTTAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACA 11 130 0 TTAATTTTAA 0.587909 -36 AGTTTAATTACTATCTTTATTATGCTATATTT 12 22 1 CTATTTTTTA 0.84548 -117 CTTTATTATGCTATATTTCTTATGTAAAGGGA 12 36 1 CTATTTTTTA 0.84548 -103 TAATTTATTTTTATGTATTATAATGTAAAAAG 12 73 1 TTATTATATA 0.481575 -66 TCTGTTAAAATTATGTTTTTTATTGTTTTTGG 13 120 0 TTATTTTTTA 0.970257 -88 TGTTAACTTTTTTATATTAAATTT 13 194 0 TTAATTTTTA 0.771621 -14 CTTAATATTATTATTTATGTAAATGCCTTTT 15 10 0 TTATTATTAA 0.790681 -69 ATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAAATAAA 16 24 0 TTATTTTTTA 0.969482 -131 TAAATACAGATTATATTTTTTATTTAAAAAAA 16 51 1 TTATTTTTTA 0.969482 -104 CGTTTTTTAATTATTTTTATTAGTAAAATTTA 18 16 0 TTATTTTTTA 0.97017 -55 TATAAAAGATTTATATATATAAGGAG 18 55 1 TTATTATTAA 0.478204 -16 AAGATTTTGCTAATTTTTGTAAATTATAATAT 19 39 1 TAATTTTTAA 0.681567 -55 **** *** *** Masking position 8 Map Score: 45.7534 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 406 Number in coding regions = 234 Number in noncoding regions = 172 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 41 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00658529 Motif number 6 TTAATCTTTTTTAAAGCTTATATTTTTTAT 1 17 0 TTAAAGCTTA 0.967232 -60 TTAAAAAAGATTAATGCTTATAGTAAAATA 1 33 1 TTAATGCTTA 0.77371 -44 CATTTTTATTTTTAATCTTTCAATATC 3 8 0 TTTAATCTTT 0.680226 -146 TTTATACCATTTAAAGCCTTTTTTAGGCGG 3 121 0 TTAAAGCCTT 0.910957 -33 ATTTTTCTAATAAAAGCCTTATTAAAATTA 6 117 0 TAAAAGCCTT 0.542328 -184 CTGAATAATATTAAATCTTTTAATTAAATT 6 212 0 TTAAATCTTT 0.803975 -89 TGTTATAATCTTAAAGCTTTGTTTTGAACT 8 12 0 TTAAAGCTTT 0.967234 -42 TACTATTTGTTTATAGATTAAAAACTTAAT 11 123 1 TTATAGATTA 0.572204 -43 GTTTTTAGCTTATTTTACATTG 14 3 1 TTTTAGCTTA 0.888152 -85 ATAATCTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTT 16 35 0 TTTAAGTTTT 0.702264 -120 TTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGTTAGTTTT 16 99 0 TTTTAGTTTA 0.550225 -56 GCCTAAATTATAGCTTAATGTGTATTG 16 138 0 TTATAGCTTA 0.938688 -17 ********** Masking position 9 Map Score: 5.4718 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 962 Number in coding regions = 641 Number in noncoding regions = 321 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 68 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0109219 Motif number 7 CTTTGACATTAGCATTCTATATTATTACTA 3 68 1 AGCATTCTAT 0.942091 -86 CAAGATGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTC 6 167 0 AGAATTTTTT 0.623197 -134 ATAATCTTAAAGCTTTGTTTTGAACTT 8 8 0 AGCTTTGTTT 0.917437 -46 AAGCTTTGTATAAGTTTAATA 11 2 1 AGCTTTGTAT 0.942091 -164 TCTTGATATTAGCATTCTATTTGCGATTTA 13 33 0 AGCATTCTAT 0.942091 -175 TAATTTTAACAGAATTCTATCTTATAATTT 13 139 1 AGAATTCTAT 0.926666 -69 AGTATAATCTTGATTTGTATTAATACAGCC 15 40 1 TGATTTGTAT 0.640032 -39 TTTCTTTAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAAT 16 72 0 AGAATTGTTT 0.896169 -83 AGTTTATGTTAGTTTTCTTTAAAAGAATTG 16 85 0 AGTTTTCTTT 0.680442 -70 ATTTTATAAAAGATTTATATATATAAGGAG 18 51 1 AGATTTATAT 0.70772 -20 ********** Masking position 5 Map Score: 5.50986 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 219 Number in coding regions = 141 Number in noncoding regions = 78 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 23 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.00369419 Motif number 8 AATCAATTTTAAGGAGATCTCA 2 15 1 AAGGAGATCT 0.980185 -12 GGTATAAAGGAAGAAGATCTA 3 143 1 AAGAAGATCT 0.904573 -11 ATAAAAACAAAAGGAAATATCTT 4 11 1 AAGGAAATAT 0.953136 -13 TTATAAAGATAAGGAGATATAATT 6 287 1 AAGGAGATAT 0.978644 -14 TTCTTATGTAAAGGGAATATATAATTTATT 12 52 1 AAGGGAATAT 0.901594 -87 ********** Masking position 7 Map Score: 1.78821 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 19 Number in coding regions = 13 Number in noncoding regions = 6 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 4 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.000642467 Motif number 9 TAAAGCTTATATTTTTTATTTTAAA 1 5 0 ATTTTTATTT 0.714746 -72 TTAAAATTGCATTTTTATTTTTAATCTTTCA 3 16 0 ATTTTTTTTT 0.830653 -138 AGTCAAGTCGCTTTTGGTTTTATTTAAAATT 3 39 0 CTTTTGTTTT 0.748559 -115 AAGATATTTCCTTTTGTTTTTAT 4 3 0 CTTTTGTTTT 0.748559 -21 AGTAAAAATCTTTTTTCTATTAATTTGTAGT 5 11 0 TTTTTTTATT 0.592053 -37 TGTTTAAGGATTTTTTGTTTT 6 1 0 TTTTTTTTTT 0.799249 -300 TAATTTAAGAATTTTAATTTTTAAATTATGA 6 49 0 ATTTTATTTT 0.498858 -252 ATGGTTAGAATTTTTTTATTTTAGTCTCTTT 6 162 0 TTTTTTATTT 0.670377 -139 ATTAAATTTTATTTTGTTTTTTGCAAGATGG 6 189 0 ATTTTGTTTT 0.752309 -112 TTATTAAGAAGTTTTAATTTTTGATTTTTTA 6 244 0 GTTTTATTTT 0.801365 -57 CTTTATAACTATTTTATTTTTTATTAAGAAG 6 264 0 ATTTTATTTT 0.498858 -37 AGTTTTTCCTTTTTCCTTTAAT 7 31 0 GTTTTTCTTT 0.878498 -12 TTAAAGCTTTGTTTTGAACTT 8 1 0 GTTTTGACTT 0.564841 -53 GTTTTTTCTTTTATTTTACAA 10 1 1 GTTTTTCTTT 0.878498 -106 TTGAAATGCTGTTTTGATATTATTTTAAGTA 11 76 0 GTTTTGTATT 0.817758 -90 GTATATCAAAGTTTTGAATTTGAAATGCTGT 11 95 0 GTTTTGATTT 0.862791 -71 TAAATATTAAGTTTTTAATCTATAAACAAAT 11 127 0 GTTTTTATCT 0.447834 -39 TTTTGATTAACTTTTTACATTATAATACATA 12 84 0 CTTTTTCATT 0.38929 -55 TTAAAATTATGTTTTTTATTGTTTTTGGTAA 13 117 0 GTTTTTATTG 0.458243 -91 TGTTAACTTTTTTATATTAAATTTAATT 13 190 0 TTTTTTTATT 0.592053 -18 GTTTTTAGCTTATTTTACATT 14 1 1 GTTTTTGCTT 0.357642 -87 CTGTATTTAAGTTTTTATATTTTTTAAGAAA 16 29 0 GTTTTTTATT 0.878737 -126 TAAAAGAATTGTTTTTTTTTAAATAAAAAAT 16 65 0 GTTTTTTTTA 0.527677 -90 ATGATAAATTGTTTTTGTTTTTAGTTTATGT 16 106 0 GTTTTTTTTT 0.952106 -49 TAAAATTTTCGTTTTTTAATTATTTTTATTA 18 26 0 GTTTTTAATT 0.787314 -45 ****** **** Masking position 5 Map Score: 23.8053 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 1616 Number in coding regions = 1074 Number in noncoding regions = 542 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 106 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0.0170254 Motif number 10 ********** No masking Map Score: 1.71484e-12 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 0 Number in coding regions = 0 Number in noncoding regions = 0 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 0 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0 Motif number 11 ********** No masking Map Score: 1.71484e-12 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 0 Number in coding regions = 0 Number in noncoding regions = 0 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 0 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0 Motif number 12 ********** No masking Map Score: 1.71484e-12 Number of sites scoring better than the average of aligned sites = 0 Number in coding regions = 0 Number in noncoding regions = 0 Number of orfs with sites within 600 bp upstream = 0 Fraction of orfs with sites within 600 bp upstream = 0