AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234422
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	fadD	300	long-chain-fatty-acid CoA ligase
#1	efp	187	elongation factor P
#2	fabG	59	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#3	acs	300	acetyl-coenzyme A synthetase

Motif 1
TACTAATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAG	3	181	0
TTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTT	3	217	1
AGTGTTAAGGTTAAAACTTTTTGTGTAAAAG	3	165	1
CAGATTTAGCTTTAAAGTATTTAT       	0	286	1
ATTGAAATTGTTAAAAATTTGTTTCAGTATT	3	64	0
TTAAAAGGAATTTAAGGTTTTACTAATATTT	3	201	0
GTGTTTTATTTTAAAACTATTGAAATTGTTA	3	82	0
TAAAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCC	3	237	1
TTTCTATATATTAATAATTTGGCAACGCGGG	1	111	0
CACACCTCCCTTGGAATTTTGTTATGTAAAT	3	36	1
          ****** ****
MAP Score: 10.7815

Motif 2
TGCCTGTGTCTAAAAAATAACGCTTTATCAACAAC	0	38	0
GGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCAT	0	78	1
GGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTT	0	144	1
AGTTACGCCCTAACAATAAGGGATTGTTCCTTGGA	0	210	1
AAACACCGTTTTAAAAACGATGGTTATGTCTTGAG	3	107	1
TTGAGCTTGTTAATACACAAGGATTTCAAGTGTTA	3	137	1
TTTTAAACTTTTACACAAAAAGTTTTAACCTTAAC	3	168	0
TTTTGAGGAATAAAATTAAGTGATTAAAAAGGAGG	3	268	1
          *** * * ** * **
MAP Score: 10.3331

Motif 3
TACTAATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAGTT	3	179	0
TAAAAATTTGTTTCAGTATTTACATAACAAAAT	3	51	0
TTAAAAGGAATTTAAGGTTTTACTAATATTTTT	3	199	0
CTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTTTGAGGA	3	244	1
TGAAACAAATTTTTAACAATTTCAATAGTTTTA	3	69	1
TTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTT	3	217	1
TACACAAGGATTTCAAGTGTTAAGGTTAAAACT	3	150	1
CAGATTTAGCTTTAAAGTATTTAT         	0	286	1
CCACCTCCTTTTTAATCACTTAATTTTATTCCT	3	273	0
AAAATTTCCTTTTGAGGAATAAAATTAAGTGAT	3	259	1
 GGGATTTTATTTTATTAGATACTGGTGATATG	1	9	1
          *** ** * ****
MAP Score: 9.20335

Motif 4
GCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATT	0	70	1
CTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATT	0	136	1
CTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGATT	0	202	1
CTTATCCAGATTTAGCTTTAAAGTATTTAT   	0	280	1
CTGAGTAACTTTTTGCTATAATGACAAAAGCAT	2	35	1
CCAGCTTTTCTTTATCCATAACACACCTCCCTT	3	15	1
CACAAAAAGTTTTAACCTTAACACTTGAAATCC	3	157	0
TCACTTAATTTTATTCCTCAAAAGGAAATTTTT	3	258	0
          *** *** *** *
MAP Score: 8.89382

Motif 5
GGTGTCTAATAAGTTGTTGATAAAGCGTTATT	0	26	1
GAGAAACGATAGCGTATTTCCAAGGAACAATC	0	231	0
CCGCGTTGCCAAATTATTAATATATAGAAAAA	1	112	1
TGACGAGATAAGATTTTTTCTATATATTAATA	1	126	0
CAATCTGAGTAACTTTTTGCTATAATGACAAA	2	31	1
ATACTGAAACAAATTTTTAACAATTTCAATAG	3	65	1
AAAATAAAACACCGTTTTAAAAACGATGGTTA	3	101	1
TTATGTCTTGAGCTTGTTAATACACAAGGATT	3	130	1
TTTTACACAAAAAGTTTTAACCTTAACACTTG	3	163	0
AATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAGTTTTA	3	176	0
AAAGGAATTTAAGGTTTTACTAATATTTTTAA	3	197	0
AATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTTGA	3	220	1
CCTCAAAAGGAAATTTTTCAAAATTCAAAAAG	3	244	0
          ******** * *
MAP Score: 8.11263

Motif 6
CGGGAGGATCGGGTGTCTAATAAGTTGTTGATAAAGCGTTATT	0	15	1
GCGTGCCTGTGTCTAAAAAATAACGCTTTATCAACAACTTATT	0	33	0
GCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCATTTCT	0	74	1
GACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTTGATG	0	140	1
TGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGATTGTTCCTTGGAAATA	0	206	1
ACCCCGCGTTGCCAAATTATTAATATATAGAAAAAATCTTATC	1	109	1
TAAAAATATAGCAATCTGAGTAACTTTTTGCTATAATGACAAA	2	20	1
TTCCTTTTGAGGAATAAAATTAAGTGATTAAAAAGGAGGTGGT	3	264	1
          **      * ***    ***  *
MAP Score: 5.25447

Motif 7
TAGGGCGTAACCCTGCGTGCCTGTGTCTAA	0	60	0
CAAATCCCGCCCCCGCAACCATATCACCAG	1	31	0
CGGGATTTGAACCCGCGACCTCCGGGTTAT	1	52	1
GGGTTATGAGCCCGGCGAGCTACCAGGCTG	1	75	1
GGCTGCTCCACCCCGCGTTGCCAAATTATT	1	100	1
          **********
MAP Score: 4.24535