AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions005_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234437
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	fadD	300	long-chain-fatty-acid CoA ligase
#1	efp	187	elongation factor P
#2	fabG	59	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#3	acs	300	acetyl-coenzyme A synthetase

Motif 1
CTAAAAAATAACGCTTTATCAACAACTTATTAGACACCCGA	0	23	0
ACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCAT	0	72	1
TGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTT	0	138	1
GGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGATTGTTCCTTGGA	0	204	1
TGGTAGCTCGCCGGGCTCATAACCCGGAGGTCGCGGGTTCA	1	59	0
CTGCTCCACCCCGCGTTGCCAAATTATTAATATATAGAAAA	1	102	1
      AGCCCCTCACTAAAAATATAGCAATCTGAGTAACT	2	4	1
CCATAACACACCTCCCTTGGAATTTTGTTATGTAAATACTG	3	30	1
AAGACATAACCATCGTTTTTAAAACGGTGTTTTATTTTAAA	3	98	0
AATTTTTAAAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTTT	3	231	1
   GTCACCACCTCCTTTTTAATCACTTAATTTTATTCCTC	3	272	0
          **** **   **    *   *
MAP Score: 14.3213

Motif 2
GTCTAAAAAATAACGCTTTATCAACAACTTATTAGACACCCGAT	0	22	0
GCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCATT	0	70	1
CTGTTTCTTCTGATGGAACAACTTGGACCGGTTACGCCCTAATA	0	115	1
CTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTTG	0	136	1
CTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGATTGTTCCTTGGAA	0	202	1
ATAAGAAAAGTTATGCGAGAAAGAGAAACGATAGCGTATTTCCA	0	241	0
CTCCACCCCGCGTTGCCAAATTATTAATATATAGAAAAAATCTT	1	105	1
CTTTTGTCATTATAGCAAAAAGTTACTCAGATTGCTATATTTTT	2	21	0
GTTTTTAAAACGGTGTTTTATTTTAAAACTATTGAAATTGTTAA	3	81	0
TTAAAACTTTTTGTGTAAAAGTTTAAAAATATTAGTAAAACCTT	3	175	1
AAATTTCCTTTTGAGGAATAAAATTAAGTGATTAAAAAGGAGGT	3	260	1
          *   **   *      *  *****
MAP Score: 10.2194

Motif 3
CAGATTTAGCTTTAAAGTATTTAT          	0	286	1
TTTCTATATATTAATAATTTGGCAACGCGGGGTG	1	108	0
CACACCTCCCTTGGAATTTTGTTATGTAAATACT	3	36	1
ATTGAAATTGTTAAAAATTTGTTTCAGTATTTAC	3	61	0
GTGTTTTATTTTAAAACTATTGAAATTGTTAAAA	3	79	0
AGTGTTAAGGTTAAAACTTTTTGTGTAAAAGTTT	3	165	1
TACTAATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAGTTT	3	178	0
TTAAAAGGAATTTAAGGTTTTACTAATATTTTTA	3	198	0
TTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTTG	3	217	1
TAAAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTT	3	237	1
          ** *** ****  *
MAP Score: 9.76667

Motif 4
GGCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGG	0	69	1
ACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGG	0	135	1
ATAGTGAGGGATTGCGACCTTTTGATGGGA	0	156	1
TGGGACTTGTGATAGGACCTGCTGGTGTCA	0	181	1
GCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGG	0	201	1
          GTCACCACCTCCTTTTTAAT	3	290	0
          **********
MAP Score: 8.87736

Motif 5
TGAGTAACTTTTTGCTATAATGACAAAAGCATA  	2	36	1
CTCCAGCTTTTCTTTATCCATAACACACCTCCCTT	3	13	1
TTAAAAATTTGTTTCAGTATTTACATAACAAAATT	3	50	0
CTGAAACAAATTTTTAACAATTTCAATAGTTTTAA	3	68	1
ATTTCAATAGTTTTAAAATAAAACACCGTTTTAAA	3	87	1
TACACAAAAAGTTTTAACCTTAACACTTGAAATCC	3	157	0
TTACTAATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAGTTT	3	178	0
CTTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTTG	3	216	1
TTAAAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTT	3	236	1
AAAAATTTCCTTTTGAGGAATAAAATTAAGTGATT	3	258	1
          **** *   ** ***
MAP Score: 5.74003

Motif 6
ATCCATAACACACCTCCCTTGGAATTTTGT	3	28	1
CTTATCTCGTCAAGTCCCCTTTCCCCTCCA	1	146	1
GGGTTCAAATCCCGCCCCCGCAACCATATC	1	36	0
AGTCCCCTTTCCCCTCCACTTGAGTTAAAA	1	158	1
     GTCACCACCTCCTTTTTAATCACTT	3	285	0
GGTCCTATCACAAGTCCCATCAAAAGGTCG	0	170	0
TACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTTGCCAAA	1	95	1
CTGACACCAGCAGGTCCTATCACAAGTCCC	0	182	0
TAGGGCGTAACCGGTCCAAGTTGTTCCATC	0	126	0
          **********
MAP Score: 2.94429

Motif 7
TCCATAACACACCTCCCTTGGAATTTTGTTATG	3	29	1
TAAATACTGAAACAAATTTTTAACAATTTCAAT	3	62	1
TTTAAAATAAAACACCGTTTTAAAAACGATGGT	3	98	1
GTAAAACCTTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAA	3	209	1
TCAAAATTCAAAAAGCGTTTTAAAAATTTAAAA	3	226	0
AATTTTGAAAAATTTCCTTTTGAGGAATAAAAT	3	251	1
    GTCACCACCTCCTTTTTAATCACTTAATT	3	281	0
          ** * * ******
MAP Score: 2.14096

Motif 8
GCGACACCATTTCTGTTTCTTCTGATGGAACAACT	0	103	1
      GGGATTTTATTTTATTAGATACTGGTGAT	1	4	1
ATAAGATTTTTTCTATATATTAATAATTTGGCAAC	1	116	0
GGCCTCCAGCTTTTCTTTATCCATAACACACCTCC	3	10	1
AAAAATTTGTTTCAGTATTTACATAACAAAATTCC	3	48	0
TTTAAAACTATTGAAATTGTTAAAAATTTGTTTCA	3	69	0
TGGTTATGTCTTGAGCTTGTTAATACACAAGGATT	3	127	1
ACTAATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAGTTTTA	3	176	0
TAAAAGGAATTTAAGGTTTTACTAATATTTTTAAA	3	196	0
CTTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTTG	3	216	1
TTAAAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTT	3	236	1
          ** ** ** ** * *
MAP Score: 1.94296

Motif 9
AGAAATGGTGTCGCAATCCCTCACTATTAG	0	87	0
CATCAAAAGGTCGCAATCCCTCACTATTAG	0	153	0
GCAGGTCCTATCACAAGTCCCATCAAAAGG	0	173	0
ATCTAATAAAATAAAATCCC          	1	0	0
TTTATCCATAACACACCTCCCTTGGAATTT	3	25	1
TATTTACATAACAAAATTCCAAGGGAGGTG	3	38	0
ACCTTAACACTTGAAATCCTTGTGTATTAA	3	146	0
AGGAAATTTTTCAAAATTCAAAAAGCGTTT	3	239	0
          **********
MAP Score: 0.346234