AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions006_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234454
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	aq_438	238	hypothetical protein
#1	aq_439	40	putative protein
#2	aq_1630	71	hypothetical protein
#3	aq_1631	52	putative protein
#4	aq_1632	167	hypothetical protein
#5	guaB	300	inosine monophosphate dehydrogenase
#6	pcnB2	49	poly A polymerase

Motif 1
AGCCGATATTTTCTTCAAACGTCCAGCCATTTAA	0	142	1
    TTAACTTTATTATAACTTTCGGGCGTTATA	1	20	0
          TTCTTCAACCCTCCAAGCTTTTTA	2	57	0
TTTTCCCTTTTTCTTTTCCCTTCTTTTGAAAGGT	3	12	1
TCTTAAAAAATTCTTAACACTTTCTTTTAAAAAA	4	122	1
CTCGTCAACTTCCTTAATTCTTTCGGGCTTATTC	5	19	0
CCTTAATGGGTCCTTACGACTTCCTGAACGTTGT	5	96	1
GCAGTAAAAATCCTTTCCTCCTTTTTCCTTTTAA	5	253	1
TCCTCCTTTTTCCTTTTAACCTTTGAGTAATATA	5	268	1
          *****   ** ***
MAP Score: 12.7719

Motif 2
AATAATAGAAGTCCCTTTTGAAAAAGACCT	0	42	0
AGCGTTTTTGGTTCCGTTTACGGATTTCAG	0	114	1
TTTTCTTTTCCCTTCTTTTGAAAGGTATAA	3	20	1
ATTTCAACCTGCCCCTTATAATTTAGAATT	4	40	0
ATTCTTAACACTTTCTTTTAAAAAAATCCC	4	131	1
    ACTTCACCTCCTTTTAGGGATTTTTT	4	151	0
ACTCACGATGCCCGCTTTTGATATTGACAC	5	199	1
TTTTACTGCTGTTCCTTTAAGTCCTTAATG	5	232	0
AAAATCCTTTCCTCCTTTTTCCTTTTAACC	5	259	1
         TGCTTCTTTTGCTCTTAATCA	6	1	1
AAAATATATACGCCCTTTTGTATGATTAAG	6	23	0
          **********
MAP Score: 10.8522

Motif 3
CGGAGGTCTTTTTCAAAAGGGACTTCTATTA	0	39	1
CCGTAAACGGAACCAAAAACGCTGTAAGCTA	0	106	0
AAAGAAGGGAAAAGAAAAAGGGAAAATT   	3	7	0
ATGAATTCTAAATTATAAGGGGCAGGTTGAA	4	37	1
TTTAAAAAAATCCCTAAAAGGAGGTGAAGT 	4	147	1
TTTCGGGCTTATTCTTAAGGGTC        	5	2	0
AGTCGTAAGGACCCATTAAGGCGTACTGAGC	5	86	0
ACGACACTATACTCAAAATGGCAATTGAACT	5	144	1
ACTCCAGAGGAACCATAAGGACACTCACGAT	5	177	1
AGTGTGTCAATATCAAAAGCGGGCATCGTGA	5	201	0
ATATTGACACACTCATTAAGGACTTAAAGGA	5	219	1
CAAAGGTTAAAAGGAAAAAGGAGGAAAGGAT	5	262	0
GCTCTTAATCATACAAAAGGGCGTATATATT	6	20	1
          ** ********
MAP Score: 7.37258

Motif 4
GTGCGGAGGTCTTTTTCAAAAGGGACTTCT	0	36	1
CAGCCGATATTTTCTTCAAACGTCCAGCCA	0	141	1
ATTAAATCAACTTCTTTAAATGGCTGGACG	0	161	0
TGATTTAATAATTCTTTTACGTACGCGGGT	0	182	1
ATTTTCCCTTTTTCTTTTCCCTTCTTTTGA	3	11	1
TTTCTTTTCCCTTCTTTTGAAAGGTATAAT	3	21	1
TATTAATCGGTTTCTTAAAAAATTCTTAAC	4	110	1
TTCTTAACACTTTCTTTTAAAAAAATCCCT	4	132	1
   ACTTCACCTCCTTTTAGGGATTTTTTT	4	150	0
TTGTCGGGAGCTTCTACAACGTTCAGGAAG	5	115	0
TTTACTGCTGTTCCTTTAAGTCCTTAATGA	5	231	0
TTCCTCCTTTTTCCTTTTAACCTTTGAGTA	5	267	1
        TGCTTCTTTTGCTCTTAATCAT	6	2	1
          **********
MAP Score: 6.2127

Motif 5
GAAGTCCCTTTTGAAAAAGACCTCCGCACTG	0	34	0
AAGAAGTTGATTTAATAATTCTTTTACGTAC	0	175	1
TATGATTTTTTACAAATAAAC          	2	0	0
TATTATTTGATAAAAATTTTCAGTAGATTAA	2	29	1
   AATGAATTTAAATTATACCTTTCAAAAG	3	34	0
CCGCACCCAGTATAAAAAATCTCATGAATTC	4	14	1
AAGGGGCAGGTTGAAATTTTCAACTTCAGCG	4	53	1
ACGTGCTGTCTAAAAATATACACGCTGAAGT	4	75	0
AATCGGTTTCTTAAAAAATTCTTAACACTTT	4	114	1
ACACTTTCTTTTAAAAAAATCCCTAAAAGGA	4	138	1
AAAATGGCAATTGAACTAAACTCCAGAGGAA	5	158	1
      GTCTTTAAAATATATACGCCCTTTT	6	34	0
          ** ********
MAP Score: 6.16942

Motif 6
AGACCATGATCCCGAGCTTTATAGCCTCAGTTG	0	73	1
TAGTATAACGCCCGAAAGTTATAATAAAGTTAA	1	17	1
       CTTCCCGCACCCAGTATAAAAAATCT	4	3	1
AAAATTTCAACCTGCCCCTTATAATTTAGAATT	4	40	0
CTTACGACTTCCTGAACGTTGTAGAAGCTCCCG	5	108	1
TGTAGAAGCTCCCGACAACGACACTATACTCAA	5	127	1
ACTCACGATGCCCGCTTTTGATATTGACACACT	5	199	1
          ***** * * ***
MAP Score: 5.08708

Motif 7
TTCTACAACGTTCAGGAAGTCGTAAGGACCCAT	5	101	0
TTGCGCACTCTTTACGAGGGTTTAC        	0	223	1
CTTTAAGTCCTTAATGAGTGTGTCAATATCAAA	5	215	0
CCCGAAAGAATTAAGGAAGTTGACGAGGAACTC	5	26	1
GTCCAGCCATTTAAAGAAGTTGATTTAATAATT	0	162	1
TAATTTAGAATTCATGAGATTTTTTATACTGGG	4	19	0
TTAAGAATTTTTTAAGAAACCGATTAATATAAG	4	106	0
TTCACCTCCTTTTAGGGATTTTTTTAAAAGAAA	4	142	0
GGCTGGACGTTTGAAGAAAATATCGGCTGAAAT	0	137	0
TCAGTACGCCTTAATGGGTCCTTACGACTTCCT	5	88	1
ATCATATTATTTGATAAAAATTTTCAGTAGATT	2	25	1
GGGATTTTTTTAAAAGAAAGTGTTAAGAATTTT	4	128	0
          ** * **** ***
MAP Score: 4.07614