AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions011_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234549
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	aq_142	300	putative protein
#1	sucC1	67	succinyl-CoA ligase beta subunit
#2	aq_1618	43	putative protein
#3	sucC2	29	succinyl-CoA ligase beta subunit
#4	sucD1	53	succinyl-CoA ligase alpha subunit

Motif 1
TTATATTATTAGTTTTTAAAGCTGGTGAGG	2	17	0
AACATTTTATTGTATTTTAATTAAAATAAA	1	16	0
AAGATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTC	0	32	1
TAAATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACT	0	169	0
AGCTTGTTCTAGTACTTTAAACTTTCCTTT	0	246	1
AATAAAATGTTGTTTTAAAATTAAGTTTCA	1	35	1
    ACTTGATTTATTTTAATTAAAATACA	1	6	1
CGATGTTAATAGTACATAAAGACTTGAGAG	0	105	1
TCCGTTAAGAATTTATTAAATAGGCGCTGT	4	18	1
CCATAGGGAATTTTTATTAAGTATAAAGGA	0	270	0
CACCTCCGAAAGTAAAAAAATGTT      	3	4	0
          **********
MAP Score: 5.71172

Motif 2
TCCCATAGGGAATTTTTATTAAGTATAAAGGA	0	270	0
TGGAAGATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCT	0	29	1
         AACATTTTTTTACTTTCGGAGGT	3	1	1
CCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTTCC	0	160	0
ACCTCCGTTAAGAATTTATTAAATAGGCGCTG	4	15	1
ATACAATAAAATGTTGTTTTAAAATTAAGTTT	1	31	1
GTATTATATTATTAGTTTTTAAAGCTGGTGAG	2	18	0
TCAAGTCTTTATGTACTATTAACATCGTTCCC	0	100	0
      ACTTGATTTATTTTAATTAAAATACA	1	4	1
ACAACATTTTATTGTATTTTAATTAAAATAAA	1	16	0
          *  *********
MAP Score: 3.58283