AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions011_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234555
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	aq_142	300	putative protein
#1	sucC1	67	succinyl-CoA ligase beta subunit
#2	aq_1618	43	putative protein
#3	sucC2	29	succinyl-CoA ligase beta subunit
#4	sucD1	53	succinyl-CoA ligase alpha subunit

Motif 1
         TACATTCAAGAATAAGGAGTGGAAGATGG	0	1	1
TTATTAAAAATACCTCTCGAAAAGGAAAAGTATGAGAT	0	44	1
GAGATAAAGGAATATCCTGAAACGGGAACGATGTTAAT	0	77	1
ATGTTAATAGTACATAAAGACTTGAGAGGAGAGCCAGA	0	107	1
GAGCCAGATTACTCTATAGAAGGGGAAGGTTTAGTAAT	0	137	1
TTTAGTAATAGAATTTAAAAACGGGGAGATTTACACAA	0	166	1
TACACAATAGACGTTTATGATCCGGAAGTGGCAAGAAA	0	197	1
TTTAAAATTAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA         	1	48	1
TTAGTTTTTAAAGCTGGTGAGGTGATAGC         	2	1	0
AACATTTTTTTACTTTCGGAGGTGGATGT         	3	10	1
CCTATTTAATAAATTCTTAACGGAGGTGATGA      	4	4	0
          **  *   **   *****
MAP Score: 8.51664

Motif 2
GGAACGATGTTAATAGTACATAAAGACTTGAGAG	0	101	1
GAAGGTTTAGTAATAGAATTTAAAAACGGGGAGA	0	161	1
AAAGGAAAGTTTAAAGTACTAGAACAAGCTCCTG	0	242	0
AAACTTTCCTTTATACTTAATAAAAATTCCCTAT	0	264	1
TGTATTTTAATTAAAATAAATCAAGT        	1	2	0
TTTATTTTAATTAAAATACAATAAAATGTTGTTT	1	16	1
TCCTGAAACTTAATTTTAAAACAACATTTTATTG	1	34	0
CTTTAAAAACTAATAATATAATACGAG       	2	26	1
TCACCTCCGTTAAGAATTTATTAAATAGGCGCTG	4	13	1
          *** * ** ** **
MAP Score: 5.69319

Motif 3
GATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTCGAAAAGG	0	34	1
AACGGGAACGATGTTAATAGTACATAAAGACTTGA	0	97	1
AGGGGAAGGTTTAGTAATAGAATTTAAAAACGGGG	0	157	1
AACAAGCTCCTGCTTAATTTTTCTTGCCACTTCCG	0	219	0
TTGTTCTAGTACTTTAAACTTTCCTTTATACTTAA	0	249	1
CTTTCCTTTATACTTAATAAAAATTCCCTATGGGA	0	267	1
TATTGTATTTTAATTAAAATAAATCAAGT      	1	4	0
TGATTTATTTTAATTAAAATACAATAAAATGTTGT	1	13	1
CTGAAACTTAATTTTAAAACAACATTTTATTGTAT	1	31	0
TCCACCTCCGAAAGTAAAAAAATGTT         	3	1	0
TTACAGCGCCTATTTAATAAATTCTTAACGGAGGT	4	15	0
          *  ****** **  *
MAP Score: 3.91916

Motif 4
 TACATTCAAGAATAAGGAGTGGAAGATGG	0	9	1
ATAAGGAGTGGAAGATGGAGCTGTTATTAA	0	21	1
TACCTCTCGAAAAGGAAAAGTATGAGATAA	0	54	1
AGATTACTCTATAGAAGGGGAAGGTTTAGT	0	142	1
TAGAATTTAAAAACGGGGAGATTTACACAA	0	174	1
CAAGAAAAATTAAGCAGGAGCTTGTTCTAG	0	228	1
TAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA         	1	56	1
ATTAGTTTTTAAAGCTGGTGAGGTGATAGC	2	10	0
TTTTTTTACTTTCGGAGGTGGATGT     	3	14	1
ATAAATTCTTAACGGAGGTGATGA      	4	4	0
          **********
MAP Score: 2.07033

Motif 5
GATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTCGA	0	34	1
GGAAGGTTTAGTAATAGAATTTAAAAACGG	0	160	1
TCCTTTATACTTAATAAAAATTCCCTATGG	0	270	1
TATTGTATTTTAATTAAAATAAATCAAGT 	1	9	0
ATAAAATGTTGTTTTAAAATTAAGTTTCAG	1	36	1
       CTCGTATTATATTATTAGTTTTT	2	30	0
ACCTCCGAAAGTAAAAAAATGTT       	3	3	0
CAGCGCCTATTTAATAAATTCTTAACGGAG	4	17	0
          **********
MAP Score: 1.73845