AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions014_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234599
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	pstB	149	phosphate transport ATP binding protein
#1	abcT3	206	ABC transporter (ABC-2 subfamily)
#2	mtfA	263	mannosyltransferase A
#3	cysM	41	cysteine synthase, O-acetylserine (thiol) lyase B
#4	aq_1558	27	putative protein
#5	hemN	300	oxygen-independent coproporphyrinogen II

Motif 1
CGCCTTTGCAGAATATATTATACTTCAAAT	0	12	0
AAATTTTACAGGAATTTTTATTAAGCGCTA	0	120	0
TTAGCCATGTTGATTTATTATAA       	1	3	0
TTTTCTATGCTGAAAAACTAAAGGAAGTGC	1	170	1
AGGAAGTGCTGAGTAAATTAGAAGA     	1	191	1
     AATTAGGTTATTTTAAGCTATAATT	2	5	1
TGCCCATAATTGAAAAATTATAGCTTAAAA	2	20	0
TAAATATGCTTGAAAATTTAGCATTATAAA	2	65	0
CCCTTAATAAGGGAATTTTATTTGCTGTTG	2	107	0
CCTTATTAAGGGATAAATTAAAAGAATACG	2	125	1
    AATGTAGGATATTCTAATAAAAACTT	4	11	0
CTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCTCTA	5	12	1
ACTGGGGATAGGATTTATTATTGCTTTAAT	5	43	1
TTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTAT	5	99	1
          **********
MAP Score: 8.61155

Motif 2
TTGAAGTATAATATATTCTGCAAAGGCGCGTAGC	0	14	1
ACAGGAATTTTTATTAAGCGCTAATTAAGATGGT	0	109	0
TGCAAGAATTTTCTATGCTGAAAAACTAAAGGAA	1	162	1
   AATTAGGTTATTTTAAGCTATAATTTTTCAA	2	7	1
GGGCAAGCTGTTCTTTTTGGTTTATAATGCTAAA	2	45	1
ATTTTCAAGCATATTTAGGGTAATTATAACAACA	2	78	1
TAAGGGAATTTTATTTGCTGTTGTTATAATTACC	2	96	0
TAAAATTCCCTTATTAAGGGATAAATTAAAAGAA	2	117	1
ATACGTGTTTATATATTTAGTAAAAACTTGGAAA	2	150	1
ACCTTCAAGATTCTTAATGGAAAAGCTTTTTTCT	2	189	0
TTTAATAAGTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATT	5	67	1
AAACCGTATGATCTTTGAGGGTGAAAAGGCATTA	5	120	1
TGCTCTTTTCATATTTATTGTAGTATTAGGTGGG	5	168	1
TGGGGCTGCCTTATTTCTTGCAAATAAACAATTA	5	198	1
          ******   * ***
MAP Score: 7.54006

Motif 3
AAATCCACAGCTTCTTTCGGAAGCTTTTCGG	1	62	0
GCCGTTAAGACTTTTTTCTGGTTTTCAAGTC	1	131	0
AATTTTCAAGCATATTTAGGGTAATTATAAC	2	77	1
ATAAAATTCCCTTATTAAGGGATAAATTAAA	2	116	1
AATGGAAAAGCTTTTTTCTTTTCCTTTCCAA	2	177	0
TAATAAGTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTAT	5	69	1
TTGCTCTTTTCATATTTATTGTAGTATTAGG	5	167	1
GTGGGGCTGCCTTATTTCTTGCAAATAAACA	5	197	1
TCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCTTTTAA	5	229	0
          *** *******
MAP Score: 6.89781

Motif 4
GCGCTTAATAAAAATTCCTGTAAAATTTCTAAAT	0	122	1
GGCTAAGGTAAATATAGACGGAAAGGAGTACGAC	1	27	1
TACTGAGCTTCAAAGACTTGAAAACCAGAAAAAA	1	117	1
AATTACCCTAAATATGCTTGAAAATTTAGCATTA	2	69	0
ATATATTTAGTAAAAACTTGGAAAGGAAAAGAAA	2	160	1
TGCACTTATTAATACGAGTGATAAATTATAAACC	5	91	1
CTAATACTACAATAAATATGAAAAGAGCAAGGTA	5	163	0
GAAAGAAGTAAAAATAGATGATAACTCTATTATC	5	242	1
 TATGAGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATT	5	277	0
          **** *  ** ***
MAP Score: 6.42338

Motif 5
GGCTAAGGTAAATATAGACGGAAAGGAGTACGACAC	1	27	1
AATTTTCTATGCTGAAAAACTAAAGGAAGTGCTGAG	1	168	1
AAAATTTAGCATTATAAACCAAAAAGAACAGCTTGC	2	47	0
TCCCTTATTAAGGGATAAATTAAAAGAATACGTGTT	2	123	1
CCAAGTTTTTACTAAATATATAAACACGTATTCTTT	2	145	0
AAAACTTGGAAAGGAAAAGAAAAAAGCTTTTCCATT	2	172	1
TACCTTCAAGATTCTTAATGGAAAAGCTTTTTTCTT	2	188	0
GTATTAATAAGTGCAACACCAAAAAAGATACTTATT	5	70	0
CTAATACTACAATAAATATGAAAAGAGCAAGGTATA	5	161	0
ATTTCTTGCAAATAAACAATTAAAAGCCTCAGGAAA	5	210	1
TAAAAGCCTCAGGAAAGAAGTAAAAATAGATGATAA	5	230	1
          * * ** *   *****
MAP Score: 5.57225

Motif 6
CCTACCATCTTAATTAGCGCTTAATAAAAATTCCTGTAAA	0	106	1
TTATAATAAATCAACATGGCTAAGGTAAATATAGACGGAA	1	10	1
CAGAAAAAAGTCTTAACGGCTGCAAGAATTTTCTATGCTG	1	142	1
ATATTTAGGGTAATTATAACAACAGCAAATAAAATTCCCT	2	88	1
AAAATTCCCTTATTAAGGGATAAATTAAAAGAATACGTGT	2	118	1
AAAGAATACGTGTTTATATATTTAGTAAAAACTTGGAAAG	2	145	1
TAGTAAAAACTTGGAAAGGAAAAGAAAAAAGCTTTTCCAT	2	167	1
AGAAATAATCTACTCAAAGCTTAAGAACATAAA       	2	240	1
AAAAAGATACTTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCA	5	45	0
TCACTCGTATTAATAAGTGCAACACCAAAAAAGATACTTA	5	72	0
GCCTTATTTCTTGCAAATAAACAATTAAAAGCCTCAGGAA	5	205	1
ATTAAAAGCCTCAGGAAAGAAGTAAAAATAGATGATAACT	5	228	1
          *    *  ***  *  ****
MAP Score: 4.39351

Motif 7
GCTTGCCCATAATTGAAAAATTATAGCTTA	2	23	0
TTCCCTTATTAAGGGATAAATTAAAAGAAT	2	122	1
AAAAACTTGGAAAGGAAAAGAAAAAAGCTT	2	171	1
CAAGATTCTTAATGGAAAAGCTTTTTTCTT	2	188	0
 GCCTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCT	5	9	1
TTATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCG	5	96	1
TGATCTTTGAGGGTGAAAAGGCATTACTAA	5	128	1
ACTACAATAAATATGAAAAGAGCAAGGTAT	5	162	0
AGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATTG	5	276	0
          **********
MAP Score: 3.25764

Motif 8
CGCGCCTACCATCTTAATTAGCGCTTAATAAAAATTCCTGT	0	102	1
GCAGCCGTTAAGACTTTTTTCTGGTTTTCAAGTCTTTGAAG	1	124	0
AACGGCTGCAAGAATTTTCTATGCTGAAAAACTAAAGGAAG	1	156	1
      AATTAGGTTATTTTAAGCTATAATTTTTCAATTAT	2	4	1
TTATGGGCAAGCTGTTCTTTTTGGTTTATAATGCTAAATTT	2	41	1
TAATAAGGGAATTTTATTTGCTGTTGTTATAATTACCCTAA	2	92	0
AAGAAGAAATAATCTACTCAAAGCTTAAGAACATAAA    	2	236	1
ACTGGGGATAGGATTTATTATTGCTTTAATAAGTATCTTTT	5	43	1
TGCTTTAATAAGTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATTAATA	5	64	1
TATAAACCGTATGATCTTTGAGGGTGAAAAGGCATTACTAA	5	117	1
          *   *  **   *** **  *
MAP Score: 0.974067