AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234617
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	flgM	81	anti sigma factor FlgM
#1	dinG	63	ATP-dependent helicase (DinG family)
#2	dnaQ	230	DNA polymerase III epsilon subunit
#3	uvrC	300	repair excision nuclease subunit C

Motif 1
TTTCCTATTTTATTATTCCTATC       	0	3	0
CAATCGTTAAAACTTTTCCTATTTTATTAT	0	17	0
GTAAGGATATAATTTAGGATTTTTTAAAGA	1	41	0
CGAGTTCAACAACTTTTCCTACTCTCACGT	2	135	0
GGATAGGATTTATTATTGCTTTAATAAGTA	3	66	0
AGAGAGATCCAATTTATCCTTCGCCAGAGG	3	103	1
TTTTGATAGCAACTTTTGTTCAGCCTCTGG	3	126	0
ATTCTTTATCAACTTAGCCTTAGCGATTTT	3	152	0
TGGGTACTAAAATTTTTGATTGCAGACATC	3	235	1
GTGGAGAGAAAATTATTCATAAGATAGCAA	3	268	1
   ATATATTAATTTTTGCTATCTTATGAA	3	283	0
          **********
MAP Score: 13.359

Motif 2
TTGTTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGC	0	44	1
          TATAACAAATCCCTTATAAGAC	1	0	1
ATTACTCATCTTTAAAAAATCCTAAATTATAT	1	33	1
TACGAGCTTCATAAAAACCTCCTTCCCTTAAA	2	12	0
TCGTAAGGGTAATAATAATGCCGAAAGAGGGG	2	39	1
GCCGTTTTCCTTTAACATCTCCTCAACGGCTC	2	90	0
TATCACTCGTATTAATAAGTGCAACACCAAAA	3	30	1
TTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGT	3	69	1
GGCTAAGTTGATAAAGAATTTCCCAAGCTCAA	3	163	1
GTACCCAGAAAATAATAATTGCATGAGGCTTT	3	210	0
          ***** ** ***
MAP Score: 10.3685

Motif 3
ATCGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATC	0	42	0
      TATAACAAATCCCTTATAAGACTATTACTCAT	1	4	1
ATTTAAGGGAAGGAGGTTTTTATGAAGCTCGTAAGGGT	2	11	1
ATAATGCCGAAAGAGGGGCTTCTGGACCCTCAGGGCAG	2	53	1
GCTTTCTGAGATCGGTGTCTTCTGAAACTTCGAGTTCA	2	157	0
AAGCTTGTAGAAAAGTACCTCATCAACCCGTTAATAGA	2	191	1
TATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGATCT 	3	9	0
GCAACACCAAAAAAGATACTTATTAAAGCAATAATAAA	3	50	1
AGGCTTTCGAAGAATGCACTTCTTGAGCTTGGGAAATT	3	179	0
          *  **   *** * ** *
MAP Score: 4.51678

Motif 4
GGCTCTGCCCTGAGGGTCCAGAAGCCCCTCTTTC	2	61	0
AATAATTGCATGAGGCTTTCGAAGAATGCACTTC	3	195	0
TTGTTGAACTCGAAGTTTCAGAAGACACCGATCT	2	153	1
GAGGTTTTTATGAAGCTCGTAAGGGTAATAATAA	2	23	1
ACCCGTTAATAGAGGATTACGAGA          	2	216	1
ATCGCTAAGGCTAAGTTGATAAAGAATTTCCCAA	3	155	1
AGAGCCGTTGAGGAGATGTTAAAGGAAAACGGCT	2	89	1
AAAATTATTCATAAGATAGCAAAAATTAATATAT	3	276	1
AATGCACTTCTTGAGCTTGGGAAATTCTTTATCA	3	171	0
       AATTTAAGGGAAGGAGGTTTTTATGAA	2	3	1
ATCCTTCGCCAGAGGCTGAACAAAAGTTGCTATC	3	118	1
TTAACGATTGTTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATA	0	37	1
GTATCAAACGTGAGAGTAGGAAAAGTTGTTGAAC	2	128	1
GATAGGAATAATAAAATAGGAAAAGTTTTAACGA	0	10	1
          ***** *   ****
MAP Score: 4.32094

Motif 5
ATAATAAAATAGGAAAAGTTTTAACGATTGTTA	0	17	1
CGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACA	0	45	0
CTTCTTATAAAAGCCGATTATAATAATTG    	0	62	1
ATAGTCTTATAAGGGATTTGTTATA        	1	2	0
GGATTTTTTAAAGATGAGTAATAGTCTTATAAG	1	22	0
     AGGTAAGGATATAATTTAGGATTTTTTA	1	45	0
AATTTAAGGGAAGGAGGTTTTTATGAAGCTCGT	2	10	1
GAAGCTCGTAAGGGTAATAATAATGCCGAAAGA	2	34	1
AGAGCCGTTGAGGAGATGTTAAAGGAAAACGGC	2	89	1
ATGTTAAAGGAAAACGGCTTTAACGTATCAAAC	2	104	1
AACACCAAAAAAGATACTTATTAAAGCAATAAT	3	52	1
AATTATTCATAAGATAGCAAAAATTAATATAT 	3	278	1
          **** *  *****
MAP Score: 0.855106