AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_fusions015_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234629
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	flgM	81	anti sigma factor FlgM
#1	dinG	63	ATP-dependent helicase (DinG family)
#2	dnaQ	230	DNA polymerase III epsilon subunit
#3	aq_935	49	putative protein
#4	uvrC	300	repair excision nuclease subunit C

Motif 1
       GATAGGAATAATAAAATAGGAAA	0	3	1
ATAATAAAATAGGAAAAGTTTTAACGATTG	0	17	1
TCTTTAAAAAATCCTAAATTATATCCTTAC	1	41	1
ACGTGAGAGTAGGAAAAGTTGTTGAACTCG	2	135	1
TACTTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCC	4	66	1
CCTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCTCT	4	103	0
CCAGAGGCTGAACAAAAGTTGCTATCAAAA	4	126	1
AAAATCGCTAAGGCTAAGTTGATAAAGAAT	4	152	1
GATGTCTGCAATCAAAAATTTTAGTACCCA	4	235	0
TTGCTATCTTATGAATAATTTTCTCTCCAC	4	268	0
TTCATAAGATAGCAAAAATTAATATAT   	4	283	1
          **********
MAP Score: 12.6806

Motif 2
TTGTTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGC	0	44	1
          TATAACAAATCCCTTATAAGAC	1	0	1
ATTACTCATCTTTAAAAAATCCTAAATTATAT	1	33	1
TACGAGCTTCATAAAAACCTCCTTCCCTTAAA	2	12	0
TCGTAAGGGTAATAATAATGCCGAAAGAGGGG	2	39	1
GCCGTTTTCCTTTAACATCTCCTCAACGGCTC	2	90	0
TATCACTCGTATTAATAAGTGCAACACCAAAA	4	30	1
TTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGT	4	69	1
GGCTAAGTTGATAAAGAATTTCCCAAGCTCAA	4	163	1
GTACCCAGAAAATAATAATTGCATGAGGCTTT	4	210	0
          ***** ** ***
MAP Score: 9.77446

Motif 3
AATAATAAAATAGGAAAAGTTTTAACGATTGTTAA	0	16	1
TTGTTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGA	0	44	1
ATTACTCATCTTTAAAAAATCCTAAATTATATCCT	1	33	1
AACGTGAGAGTAGGAAAAGTTGTTGAACTCGAAGT	2	134	1
GAAGATTACTTTTAAAAAATAGTTAAACTGCAAAA	3	21	1
CAAAAGTTGCTATCAAAATCGCTAAGGCTAAGTTG	4	138	1
CTTCTTGAGCTTGGGAAATTCTTTATCAACTTAGC	4	164	0
ATTTTCTGGGTACTAAAATTTTTGATTGCAGACAT	4	229	1
ATTCATAAGATAGCAAAAATTAATATAT       	4	282	1
          **  **** *  ***
MAP Score: 5.20666

Motif 4
GGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACA	0	45	0
CAATTATTATAATCGGCTTTTATAAGAAGTTT	0	59	0
AAAGATGAGTAATAGTCTTATAAGGGATTTGT	1	14	0
GATATAATTTAGGATTTTTTAAAGATGAGTAA	1	34	0
ATTTAAGGGAAGGAGGTTTTTATGAAGCTCGT	2	11	1
TGTTAAAGGAAAACGGCTTTAACGTATCAAAC	2	105	1
TTGCAGTTTAACTATTTTTTAAAAGTAATCTT	3	22	0
     AGATCATACGGTTTATAATTTATCACT	4	5	1
          *  *********
MAP Score: 3.32327

Motif 5
TTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGATTATAAT	0	47	1
TAAGGATATAATTTAGGATTTTTTAAAGATGAGTAATAG	1	31	0
AATTTAAGGGAAGGAGGTTTTTATGAAGCTCGTAAGGGT	2	10	1
AAAGTTGTTGAACTCGAAGTTTCAGAAGACACCGATCTC	2	149	1
CTATTTTTTAAAAGTAATCTTCAGGAGGAGGTC      	3	4	0
GCAACACCAAAAAAGATACTTATTAAAGCAATAATAAAT	4	50	1
CAAAATCGCTAAGGCTAAGTTGATAAAGAATTTCCCAAG	4	151	1
CAAGCTCAAGAAGTGCATTCTTCGAAAGCCTCATGCAAT	4	186	1
          **     * **   *****
MAP Score: 2.86615