AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AA/AA_operons002_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944234734 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 pyrD 125 dihydroorotase dehydrogenase #1 trpD1 53 phosphoribosylanthranilate transferase #2 nirB 120 nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit #3 guaA 45 GMP synthase #4 carA 300 carbamoyl phosphate synthetase small subunit #5 gua 126 glutaredoxin-like protein #6 nuoD1 43 NADH dehydrogenase I chain D #7 frdB1 35 fumarate reductase iron-sulfur subunit #8 trpE 300 anthranilate synthase component I #9 trpB1 30 tryptophan synthase beta subunit #10 aq_811 66 putative protein #11 dhaT 25 1,3 propanediol dehydrogenase #12 aq_1148 300 putative protein #13 carB1 300 carbamoyl-phosphate synthase large subunit #14 accA 62 acetyl-CoA carboxylase alpha subunit #15 pyrDB 67 dihydroorotate dehydrogenase electron transfer subunit #16 efp 187 elongation factor P #17 accC2 300 biotin carboxylase #18 icd 113 isocitrate dehydrogenase #19 aq_1515 25 putative protein #20 aq_1516 58 putative protein #21 pycA 23 pyruvate carboxylase c-terminal domain #22 aq_1549 38 hypothetical protein #23 cycB2 48 cytochrome c552 #24 aq_1554 41 hypothetical protein #25 mutL 32 DNA mismatch repair protein MutL #26 oadA 43 oxaloacetate decarboxylase alpha chain #27 aq_1666 252 hypothetical protein #28 argF 44 ornithine carbamoyltransferase #29 aq_1791 40 putative protein #30 ntrC2 209 transcriptional regulator (NtrC family) #31 putative 27 putative protein #32 serA 27 D-3-phosphoglycerate dehydrogenase #33 carB2 26 carbamoyl-phosphate synthase large subunit Motif 1 GGTTTCACCTCCCTTTATTCAT 3 2 1 TTTCTACCTCCGAGACCTTTA 24 30 0 TCAAGTCCCCTTTCCCCTCCACTTGAGTTA 16 155 1 GGTCTTTACCTCCGAGAAATTTA 32 14 0 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACT 28 3 1 CTATATTACCTCCTTTAAAGTTT 21 10 0 ATGGAAGAAGTTTTAACTCCACACGGTACA 4 55 0 CTCAAACCTGTTTTAACTCCACACGGTACA 4 122 0 CAAAACCTTGTTTTAACTCCACACGGTACA 4 187 0 ACAATCTGCGTTTTAACTCCACACGGTACA 4 252 0 CCCTCCCTCCCCCCACCTCCCTCCACCGAT 27 189 1 AATACCACCTCCTGAAATTTAA 0 2 1 GATACCACCTCCTTAACAAACT 23 36 0 ACTTAAAGATTTTACCTCTAGAGATTTAT 18 9 1 TCTCCTTCCTCCTGAAACTTAA 15 2 1 AATTCACCTCCCCTATGTTTG 12 289 0 TCTCTTCCTCCCTGAAATTAA 6 32 0 GTGAGAAAGCCCCTCCCTCCCCCCACCTCC 27 179 1 AAGTAGTATTTTTTCCCTCTGAGTCCTTTC 8 220 1 TTATAAAAATTTTCACCGCCGAGTAGTAAA 0 48 0 GGAGGGGCTTTCTCACCTCTCTACTATTAA 27 165 0 TTATTAGACTTCTTACCTTCACGAAACGAA 17 52 1 CTTTCACTCCTCCTGAGGAA 2 110 0 TCTCCCCTCTTTTCCCGCTT 27 0 1 GATTATACTTATTCTCCTCCGTACTCCACG 13 273 0 CTTCGTCAAGCTTTACCTCAAAAGTCCTCT 4 150 0 CTTCACAGCCTTCTTCCTTCACAACATCGT 13 62 0 TGCTAAAGAGTTCTTCCTTCAAAGGTCCGT 12 99 0 CAAGTTTATTTTAACTTCCTAACCTTTA 0 107 0 CTCATTGTTTTTTTCACTCTTTTAAGTATT 12 247 1 GCTATCACCTCACCAGCTTTAA 26 31 0 GAGGAGATATTTTAACTCAAGTGGAGGGG 16 168 0 TTGCAAGTTCTCCTAACTTCTTCATTCTCC 27 114 0 ********** MAP Score: 41.3585 Motif 2 CTGAACTTCATACAACCTCTTTTAAGCGAAAAG 8 151 0 AGTTTAAGAATAAAACTTCTTTTTAGGAGGTTA 14 14 0 CTTCTTATTTTAAAATATCTTTT 28 31 1 CAATTTGTGCTTCAAGCTCTTTTATCTTCTTCT 8 48 1 GAGTTTTTATTTTAATTTCTTTTTACAATCTGC 4 273 0 CCTTTATTTCTTTAATGTCTTTTTTGAGTATTT 13 194 0 TCCATTAAATTTTAAAATTTTTTGT 8 285 1 ATTAATAAGTTTAAAATTTTTTTAGGTATAATT 17 276 0 ATTTATGCAATTGAAATTTTTTTGCAAGTTCTC 27 132 0 CAAGTTAATTTAAAACACTTTTTGATTTTTGTT 18 39 0 TTGCAAAGGTTACAAATTCCTTTATTTCTTTAA 13 212 0 CTTTTCACTGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTT 30 135 0 AAAATTATAATATTCTTTTATAAGAAAG 23 5 1 GACTTGACGAGATAAGATTTTTTCTATATATTA 16 129 0 CCAATATTTCTACAACTTTTCTTGCTGCATTTT 12 183 0 GGAGAATAAGTATAATCTTTCTTA 13 286 1 TTCGGGCGGGTATAATCCTCTTT 22 25 1 CAAATTAAGATAAAATACTTCTTCTA 31 3 0 GGAATAGGGCGAAAAGCCTTTTTTTATAATTAT 17 249 1 TCTCTTTTCCTTAAATTTTCCTTATCCG 25 14 1 CGATAATTCCGTCAAGCCCCTTTTTCATTCCTG 30 73 1 TAAAATACAATAAAATGTTGTTTTAAAATTAAG 15 27 0 ACCGTGTGGAGTTAAAACTTCTTCCATTTCACA 4 58 1 ATCTTATCTCGTCAAGTCCCCTTTCCCCTCCAC 16 144 1 ** ** ****** MAP Score: 25.4073 Motif 3 AAAATTATCAATTTAAAATAAGGCTT 9 14 1 GTAGTTCTCTATTTAAAATATTCACTAACT 10 24 0 CCTCCACTTGAGTTAAAATATCTCCTC 16 170 1 AAGGTTAGGAAGTTAAAATAAACTTG 0 109 1 TGTCAAGTTAATTTAAAACACTTTTTGATT 18 45 0 TACCGTGTGGAGTTAAAACAAGGTTTTGAA 4 189 1 TACCGTGTGGAGTTAAAACAGGTTTGAGAG 4 124 1 AACCATTGACAGTTATAATAATATTACAAT 27 74 0 ATTGTATTTTAATTAAAATAAATCAAGT 15 49 1 TGTAAAAAGAAATTAAAATAAAAACTCTAA 4 279 1 GAAAAGCTAAATTAAAAATAA 30 198 1 GAACTTCTTATTTTAAAATATCTTTT 28 28 1 ACCTCTAGAGATTTATAACAAAAATCAAAA 18 23 1 TGAAACTTAATTTTAAAACAACATTTTATT 15 22 1 AAAATTATAATATTCTTTTATA 23 2 1 TTAAACCTTTATTAATAATAACGACT 6 6 0 CTTATTAATAATATTTCTACAAG 1 3 1 ACACTTTTATAATAGCCTTTAAAA 1 39 0 TTTGTTATCTTTTAAAAATACTTAAAAGAG 12 263 0 CCTCCGAGACCTTTAAAATAGTATCATACC 24 15 0 ********** MAP Score: 22.1864 Motif 4 TTTGGTTTACTTAAATTTCAGGAGGTGGTATT 0 2 0 CAAACTATATTTTACTACTCGGCGGTGAAAATTTTTATAA 0 38 1 TTTTTGCAAGAGTTTCCTCAGGAGGAGTGAAAG 2 97 1 ATATAGATGGATGAATAAAGGGAGGTGAAACC 3 2 0 GTTCTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTCTTC 4 42 1 TTATTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGGTTT 4 109 1 ACGAAGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAGGTT 4 174 1 AGATGGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCAGAT 4 239 1 TAATAAAGGTTTAATTTCAGGGAGGAAGAGA 6 22 1 GAGACTAAGGATTTATCTCTTGAGGAATTACTAAATATA 8 9 0 GAAACTGAGCTCATGGAGCTAGTGGAAGAAATTAAAGAAC 12 23 1 TGTTTTAAAATTAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA 15 2 0 GGAGATATTTTAACTCAAGTGGAGGGGAAAGGGGACTTGA 16 155 0 GATTTTTGTTATAAATCTCTAGAGGTAAAATCTTTAAGT 18 9 0 AAACTTTAAAGGAGGTAATATAG 21 0 1 TTTATAAGAAAGTTTGTTAAGGAGGTGGTATC 23 26 1 GATACTATTTTAAAGGTCTCGGAGGTAGAAA 24 20 1 TTATTAGTTTTTAAAGCTGGTGAGGTGATAGC 26 21 1 GCGGGAGGCCAAAAATCGGTGGAGGGAGGTGGGGGGAGGG 27 193 0 TAAAATAAGAAGTTCTAAAAGGAGGAGAAATCC 28 3 0 AGTTTCTTTACGTGATTTGCGGAGTTATCCTTTCAAT 30 7 1 AATTTAAATTTCTCGGAGGTAAAGACC 32 4 1 * * * ***** * * MAP Score: 19.8795 Motif 5 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCTTATTTTAAAAT 28 10 1 ATGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTCTTCCATTTCACA 4 54 1 CGTTTCTTATTGGTTCTTTAATTTCTTCCACTAGCTC 12 38 0 CAAATTCCTTTATTTCTTTAATGTCTTTTTTGAGTAT 13 196 0 GCAATTGAAATTTTTTTGCAAGTTCTCCTAACTTCTT 27 122 0 CCCTCTCCATTAAATTTTAAAATTTTTTGT 8 280 1 AAATTGAGTATGCCTTTATAAAGTTTTCATACTTGAT 17 112 1 AATTAATAAGTTTAAAATTTTTTTAGGTATAAT 17 277 0 ATTTTTAATTTAGCTTTTCAAGAACTTTCTTCGGAAC 30 180 0 TAGTCTCAATTTGTGCTTCAAGCTCTTTTATCTTCTT 8 42 1 TCCCCTCCACTTGAGTTAAAATATCTCCTC 16 167 1 CGTATAACTTTCATTTTACAACCTCTGTAAGGACTTA 2 27 1 GCGGTATGATACTATTTTAAAGGTCTCGGAGGTAGAA 24 13 1 GTGTGTCAAGTTAATTTAAAACACTTTTTGATTTTTG 18 41 0 CTTTTCTTGCTGCATTTTTGAGTTCTTCGGGGTTTGA 12 164 0 GTTTTCATACTTGATTTTCAGTCTCTTAAAGCTTGCA 17 134 1 GTGTTGCCCTTAAGTTTTCAAGCTCCTCTTCCAGTTT 8 111 1 TTACCTTTTCACTGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTT 30 135 0 CCGGGTAGTTATGTTTTGTAAGTCCTTACAGAGGTTG 2 45 0 ATTAGAGTTTTTATTTTAATTTCTTTTTACAATCT 4 275 0 TATGTTTGTTATCTTTTAAAAATACTTAAAAGAGTGA 12 260 0 CATATTCAAGTTCAGCTTCAAAACCTTGTTTTAACTC 4 198 0 AGTTATCCAATATTTCTACAACTTTTCTTGCTGCATT 12 185 0 AATTCCGTTTGAAAAATTTATCCCCCAGA 7 2 1 CGGCGGTGAAAATTTTTATAAAAATTTCGTTATATAT 0 57 1 GTTCTATTGCAAAGGTTACAAATTCCTTTATTTCTTT 13 214 0 * *** ** **** MAP Score: 14.6292 Motif 6 AATACCACCTCCTGAAATTTAAGTA 0 5 1 CTTTCACTCCTCCTGAGGAAACTCTT 2 104 0 GGTTTCACCTCCCTTTATTCATCCA 3 5 1 TTATACAATCCTTCTCCTGTCCCACCATGC 5 24 1 TCTCTTCCTCCCTGAAATTAA 6 32 0 AGTTTTCAAGCTCCTCTTCCAGTTTTCTCT 8 123 1 TTCCAGTTTTCTCTTTTCGCTTAAAAGAGG 8 139 1 TTTCCATAGTCCCCTCTCCATTAAATTTTA 8 269 1 TTTAGCCCCTCCTGTTTAAAATGTA 10 51 0 CCTTCTCCTTTTATATTTATT 11 1 1 AATTCACCTCCCCTATGTTTGTTA 12 286 0 ACTTCACAGCCTTCTTCCTTCACAACATCG 13 63 0 TATACTTATTCTCCTCCGTACTCCACGCTG 13 270 0 TCTCCTTCCTCCTGAAACTTA 15 1 1 CTCGTCAAGTCCCCTTTCCCCTCCACTTGA 16 151 1 TAACTTGACACACTTCTTCAAAATGAATAA 18 65 1 GATACCACCTCCTTAACAAACTTTC 23 33 0 TCCCTCTCTTTTCCTTAAATTTTCCTT 25 7 1 TCTCCCCTCTTTTCCCGCTTTTA 27 3 1 GGTGAGAAAGCCCCTCCCTCCCCCCACCTC 27 178 1 TCCCTCCCCCCACCTCCCTCCACCGATTTT 27 192 1 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCT 28 6 1 TTCCGTCAAGCCCCTTTTTCATTCCTGCGC 30 79 1 GGTCTTTACCTCCGAGAAATTTA 32 14 0 ********** MAP Score: 11.9068 Motif 7 TAGTTTGGTTTACTTAAATTTCAGGAGGTGGTATT 0 5 0 GCACGTTTTTTGCAAGAGTTTCCTCAGGAGGAGTGAAAG 2 91 1 AGAGTTCTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTC 4 39 1 TGATTATTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGG 4 106 1 TTGACGAAGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAG 4 171 1 TGCAGATGGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCA 4 236 1 TATACAATCCTTCTCCTGTCCCACCATGCGAAGGCTATGA 5 25 1 TGTTGTTTTAAAATTAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA 15 5 0 TTCCGAACCTCCGTTTCGTGTGGTGGACTAATATA 29 15 0 * * ** ** * ** * MAP Score: 11.7427 Motif 8 TAAAGGTTAGGAAGTTAAAATAAACTTG 0 107 1 CTCCACACGGTACATTAGAAACAGAACTCT 4 39 0 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTCTTCCAT 4 55 1 CTCCACACGGTACATTAGAAACAATAATCA 4 106 0 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGGTTTGAG 4 122 1 CTCCACACGGTACATTAGAAACTTCGTCAA 4 171 0 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAGGTTTTG 4 187 1 CTCCACACGGTACATTAGAAACCATCTGCA 4 236 0 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCAGATTGT 4 252 1 ATTGTAAAAAGAAATTAAAATAAAAACTCT 4 277 1 CTCTGGAGAAGAAGATAAAAGAGCTTGAAG 8 57 0 GCTAGTGGAAGAAATTAAAGAACCAATAAG 12 40 1 TTTTTGAGAAGAAGATAGAAATACCACCCG 13 164 1 TTGTAACCTTTGCAATAGAACAATTTATGG 13 230 1 TTAATTAAAATACAATAAAATGTTGTTTTA 15 35 0 CAGTATCTAATAAAATAAAATCCC 16 4 0 CCCCTCCACTTGAGTTAAAATATCTCCTC 16 168 1 ATTAAATTTATGCAATTGAAATTTTTTTGC 27 140 0 AAAGAGCGCAGGAATGAAAAAGGGGCTTGA 30 84 0 CTTGAAAAGCTAAATTAAAAATAA 30 195 1 ACAAATTAAGATAAAATACTTCTTCT 31 11 0 TTACCTCCGAGAAATTTAAATT 32 2 0 ********** MAP Score: 11.4553 Motif 9 AGTTAAAACTTCTTCCATTTCACAAAATCAA 4 67 1 ATCTGCAACATATTCAAGTTCAGCTTCAAAA 4 212 0 CTCAATTTGTGCTTCAAGCTCTTTTATCTTC 8 46 1 TGCCCTTAAGTTTTCAAGCTCCTCTTCCAGT 8 115 1 TTCAAGCTCCTCTTCCAGTTTTCTCTTTTCG 8 127 1 CTATTTAAAATATTCACTAACTTATAATTAT 10 15 0 CTCATTGTTTTTTTCACTCTTTTAAGTATTT 12 247 1 GACCGGTAAGTCTTCCAGTTC 13 0 0 TTCACAGCCTTCTTCCTTCACAACATCGTCA 13 60 0 TTGTAAACGATCTTCACGTACGGATACTGAG 13 116 0 TCATACTTGATTTTCAGTCTCTTAAAGCTTG 17 138 1 CTTTTCGCCCTATTCCGGCTCCTTGGCAACT 17 234 0 TTATTCCCTAACAAGGAGGTCA 19 1 1 TTTCCTTAAATTTTCCTTATCCG 25 19 1 TCTCCCCTCTTTTCCCGCTTTTATTAATCC 27 9 1 TCTCCTAACTTCTTCATTCTCCGTAGTTTTC 27 105 0 TTAATTTAGCTTTTCAAGAACTTTCTTCGGA 30 182 0 ****** **** MAP Score: 9.15928 Motif 10 GATACCACCTCCTTAACAAACTTTCTTATAAAA 23 25 0 TATTCAAGTTCAGCTTCAAAACCTTGTTTTAACTC 4 198 0 AATTCCGTTTGAAAAATTTATCCCCCAGA 7 4 1 AAAAAAATTTCAATTGCATAAATTTAATAGTAGAG 27 142 1 AATACCACCTCCTGAAATTTAAGTAAACCA 0 5 1 TTTATAATTATACCTAAAAAAATTTTAAACTTATT 17 271 1 GGTGTTAAGTCAACTTCACAGCCTTCTTCCTTCAC 13 70 0 TTTAATTTAGCTTTTCAAGAACTTTCTTCGGAACG 30 179 0 TCCCTCTCTTTTCCTTAAATTTTCCTTATCCG 25 7 1 TGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTTCGGATAGGCT 30 125 0 TATAACGAAATTTTTATAAAAATTTTCACCGCCGA 0 56 0 TCTCCTTCCTCCTGAAACTTAATTTTAAAA 15 5 1 CATTTTACAACCTCTGTAAGGACTTACAAAACATA 2 38 1 TTTCATTAAACCATTCAAAGAATTTTCCATAGTCC 8 246 1 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCTTATTTTAA 28 9 1 TTAAAGATTTTACCTCTAGAGATTTATAACAAAAA 18 12 1 AACTTCCTAACCTTTAATTAACTTTATGTATATAT 0 88 0 AAATTGAGTATGCCTTTATAAAGTTTTCATACTTG 17 112 1 ATCACCTCACCAGCTTTAAAAACTAATAATATAAT 26 15 0 AGTTATCCAATATTTCTACAACTTTTCTTGCTGCA 12 187 0 GCTCTATCAATAACTTATTAGACTTCTTACCTTCA 17 38 1 * ** * ****** MAP Score: 7.87825 Motif 11 GGTTTCACCTCCCTTTATTCATCCATCTATATATTATT 3 4 1 TCTCTTCCTCCCTGAAATTAAACCTTTATTAATAATAAC 6 14 0 AAGTTTTCAAGCTCCTCTTCCAGTTTTCTCTTTTCGCTTAAAAG 8 122 1 CCTTCTCCTTTTATATTTATTCCTT 11 0 1 AATTCACCTCCCCTATGTTTGTTATCTTTTAAAAATACTT 12 270 0 TTATACTTATTCTCCTCCGTACTCCACGCTGTCTATTTCTTCCA 13 257 0 ACGCTAACCTCCTAAAAAGAAGTTTTATTCTTAAACTT 14 4 1 AAGTCCCCTTTCCCCTCCACTTGAGTTAAAATATCTCCTC 16 157 1 CGCTCTCCTCCGAAAGTAGAGTGTAATTTTATTCATT 18 86 0 GGAGGTGCTCGTGTCTTTCTTTCGGACTCTTTTTGTTTTATA 20 8 1 GATACCACCTCCTTAACAAACTTTCTTATAAAAGAATA 23 20 0 TCTCCCCTCTTTTCCCGCTTTTATTAATCCTCTT 27 0 1 AGGGGCTTTCTCACCTCTCTACTATTAAATTTATGCAATTGAAA 27 149 0 AGGTGAGAAAGCCCCTCCCTCCCCCCACCTCCCTCCACCGATTT 27 177 1 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCTTATTTTAAAATAT 28 5 1 ** ***** * * * MAP Score: 4.09917