AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AA/AA_operons002_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944234763 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 pyrD 125 dihydroorotase dehydrogenase #1 trpD1 53 phosphoribosylanthranilate transferase #2 nirB 120 nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit #3 guaA 45 GMP synthase #4 carA 300 carbamoyl phosphate synthetase small subunit #5 gua 126 glutaredoxin-like protein #6 nuoD1 43 NADH dehydrogenase I chain D #7 frdB1 35 fumarate reductase iron-sulfur subunit #8 trpE 300 anthranilate synthase component I #9 trpB1 30 tryptophan synthase beta subunit #10 aq_811 66 putative protein #11 dhaT 25 1,3 propanediol dehydrogenase #12 aq_1148 300 putative protein #13 carB1 300 carbamoyl-phosphate synthase large subunit #14 accA 62 acetyl-CoA carboxylase alpha subunit #15 pyrDB 67 dihydroorotate dehydrogenase electron transfer subunit #16 efp 187 elongation factor P #17 accC2 300 biotin carboxylase #18 icd 113 isocitrate dehydrogenase #19 aq_1515 25 putative protein #20 aq_1516 58 putative protein #21 pycA 23 pyruvate carboxylase c-terminal domain #22 aq_1549 38 hypothetical protein #23 cycB2 48 cytochrome c552 #24 aq_1554 41 hypothetical protein #25 mutL 32 DNA mismatch repair protein MutL #26 oadA 43 oxaloacetate decarboxylase alpha chain #27 aq_1666 252 hypothetical protein #28 thrS 36 threonyl-tRNA synthetase #29 argF 44 ornithine carbamoyltransferase #30 aq_1791 40 putative protein #31 ntrC2 209 transcriptional regulator (NtrC family) #32 putative 27 putative protein #33 serA 27 D-3-phosphoglycerate dehydrogenase #34 carB2 26 carbamoyl-phosphate synthase large subunit Motif 1 ATGAATAAAGGGAGGTGAAACC 3 2 0 TAAAGGTCTCGGAGGTAGAAA 24 30 1 TAACTCAAGTGGAGGGGAAAGGGGACTTGA 16 155 0 TAAATTTCTCGGAGGTAAAGACC 33 14 1 AGTTCTAAAAGGAGGAGAAATCC 29 3 0 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTCTTCCAT 4 55 1 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGGTTTGAG 4 122 1 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAGGTTTTG 4 187 1 TGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCAGATTGT 4 252 1 AAACTTTAAAGGAGGTAATATAG 21 10 1 TTAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA 15 2 0 ATCGGTGGAGGGAGGTGGGGGGAGGGAGGG 27 189 0 ATAAATCTCTAGAGGTAAAATCTTTAAGT 18 9 0 TTAAATTTCAGGAGGTGGTATT 0 2 0 AGTTTGTTAAGGAGGTGGTATC 23 36 1 TTAATTTCAGGGAGGAAGAGA 6 32 1 CAAACATAGGGGAGGTGAATT 12 289 1 GGAGGTGGGGGGAGGGAGGGGCTTTCTCAC 27 179 0 TTCGTTTCGTGAAGGTAAGAAGTCTAATAA 17 52 0 GAAAGGACTCAGAGGGAAAAAATACTACTT 8 220 0 TTAATAGTAGAGAGGTGAGAAAGCCCCTCC 27 165 1 TTTACTACTCGGCGGTGAAAATTTTTATAA 0 48 1 TTCCTCAGGAGGAGTGAAAG 2 110 1 AAGCGGGAAAAGAGGGGAGA 27 0 0 TAAAGGTTAGGAAGTTAAAATAAACTTG 0 107 1 ACGATGTTGTGAAGGAAGAAGGCTGTGAAG 13 62 1 ACGGACCTTTGAAGGAAGAACTCTTTAGCA 12 99 1 CGTGGAGTACGGAGGAGAATAAGTATAATC 13 273 1 AATACTTAAAAGAGTGAAAAAAACAATGAG 12 247 0 GGAGAATGAAGAAGTTAGGAGAACTTGCAA 27 114 1 AGAGGACTTTTGAGGTAAAGCTTGACGAAG 4 150 1 CCCCTCCACTTGAGTTAAAATATCTCCTC 16 168 1 TTAAAGCTGGTGAGGTGATAGC 26 31 1 ********** MAP Score: 41.0823 Motif 2 AAGAGTTTCCTCAGGAGGAGTGAAAG 2 104 1 TACTTAAATTTCAGGAGGTGGTATT 0 5 0 TTTGGCAACGCGGGGTGGAGCAGCCTGGTA 16 95 0 TGGATGAATAAAGGGAGGTGAAACC 3 5 0 TAACAAACATAGGGGAGGTGAATT 12 286 1 TACATTTTAAACAGGAGGGGCTAAA 10 51 1 TTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTC 4 49 1 TTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGG 4 116 1 TTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAG 4 181 1 TTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCA 4 246 1 AGAAGTTCTAAAAGGAGGAGAAATCC 29 6 0 GAAAGTTTGTTAAGGAGGTGGTATC 23 33 1 AAAATCGGTGGAGGGAGGTGGGGGGAGGGA 27 192 0 AACCTCCGTTTCGTGTGGTGGACTAATATA 30 15 0 GAGGTGGGGGGAGGGAGGGGCTTTCTCACC 27 178 0 TTTTTAAAGCTGGTGAGGTGATAGC 26 28 1 GGTTTAATTTCAGGGAGGAAGAGA 6 29 1 TTATACGTATACGGGAGGTAACCT 2 4 0 AAATTAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA 15 5 0 TTTGAGTATTTCGGGTGGTATTTCTATCTT 13 175 0 AATTTAATAGTAGAGAGGTGAGAAAGCCCC 27 162 1 CAGCGTGGAGTACGGAGGAGAATAAGTATA 13 270 1 ATATTTTAACTCAAGTGGAGGGGAAAGGGG 16 161 0 TAAAATTTAATGGAGAGGGGACTATGGAAA 8 269 0 AAGAAATAGACAGCGTGGAGTACGGAGGAG 13 260 1 AAACTTTAAAGGAGGTAATATAG 21 7 1 ********** MAP Score: 26.5615 Motif 3 GCAGATTGTAAAAAGAAATTAAAATAAAAACTC 4 273 1 CTTTTCGCTTAAAAGAGGTTGTATGAAGTTCAG 8 151 1 AAATACTCAAAAAAGACATTAAAGAAATAAAGG 13 194 1 AAAAGATATTTTAAAATAAGAAG 29 31 0 AGAAGAAGATAAAAGAGCTTGAAGCACAAATTG 8 48 0 TAACCTCCTAAAAAGAAGTTTTATTCTTAAACT 14 14 1 ACAAAAAATTTTAAAATTTAATGGA 8 285 0 AATTATACCTAAAAAAATTTTAAACTTATTAAT 17 276 1 GAGAACTTGCAAAAAAATTTCAATTGCATAAAT 27 132 1 AACTTTGTGAAAAAGGTTTTAAACAGTGAAAAG 31 135 1 AACAAAAATCAAAAAGTGTTTTAAATTAACTTG 18 39 1 TTAAAGAAATAAAGGAATTTGTAACCTTTGCAA 13 212 1 CTTTCTTATAAAAGAATATTATAATTTT 23 5 0 TAATATATAGAAAAAATCTTATCTCGTCAAGTC 16 129 1 AAAATGCAGCAAGAAAAGTTGTAGAAATATTGG 12 183 1 TAAGAAAGATTATACTTATTCTCC 13 286 0 AAAGAGGATTATACCCGCCCGAA 22 25 0 ATAATTATAAAAAAAGGCTTTTCGCCCTATTCC 17 249 0 TAGAAGAAGTATTTTATCTTAATTTG 32 3 1 CGGATAAGGAAAATTTAAGGAAAAGAGA 25 14 0 CAGGAATGAAAAAGGGGCTTGACGGAATTATCG 31 73 0 CTTAATTTTAAAACAACATTTTATTGTATTTTA 15 27 1 TGTGAAATGGAAGAAGTTTTAACTCCACACGGT 4 58 0 GTGGAGGGGAAAGGGGACTTGACGAGATAAGAT 16 144 0 CCAGTTTTGTAAACGATCTTCACGTACGGATAC 13 120 0 ****** ** ** MAP Score: 25.7449 Motif 4 AAGCCTTATTTTAAATTGATAATTTT 9 14 0 AGTTAGTGAATATTTTAAATAGAGAACTAC 10 24 1 GAGGAGATATTTTAACTCAAGTGGAGG 16 170 0 CAAGTTTATTTTAACTTCCTAACCTT 0 109 0 AATCAAAAAGTGTTTTAAATTAACTTGACA 18 45 1 TTCAAAACCTTGTTTTAACTCCACACGGTA 4 189 0 CTCTCAAACCTGTTTTAACTCCACACGGTA 4 124 0 ATTGTAATATTATTATAACTGTCAATGGTT 27 74 1 ACTTGATTTATTTTAATTAAAATACAAT 15 49 0 TTAGAGTTTTTATTTTAATTTCTTTTTACA 4 279 0 TTATTTTTAATTTAGCTTTTC 31 198 0 AAAAGATATTTTAAAATAAGAAGTTC 29 28 0 TTTTGATTTTTGTTATAAATCTCTAGAGGT 18 23 0 AATAAAATGTTGTTTTAAAATTAAGTTTCA 15 22 0 TATAAAAGAATATTATAATTTT 23 2 0 CTTGTAGAAATATTATTAATAAG 1 3 0 AGTCGTTATTATTAATAAAGGTTTAA 6 6 1 TTTTAAAGGCTATTATAAAAGTGT 1 39 1 CTCTTTTAAGTATTTTTAAAAGATAACAAA 12 263 1 ********** MAP Score: 21.8439 Motif 5 AGCCCCTCCTGTTTAAAATGTAGTTCTCTATT 10 41 0 ATAAAATGTTGTTTTAAAATTAAGTTTCAGGA 15 19 0 ACTGTCAATGGTTTGAAAACTACGGAGAATGA 27 91 1 GCTTGACGAAGTTTCTAATGTACCGTGTGGAG 4 169 1 GTTGCAGATGGTTTCTAATGTACCGTGTGGAG 4 234 1 TGAGAGTTCTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAG 4 37 1 GTTGATTATTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAG 4 104 1 TCTCAAACCTGTTTTAACTCCACACGGTACAT 4 121 0 TCAAAACCTTGTTTTAACTCCACACGGTACAT 4 186 0 AATGGAAGAAGTTTTAACTCCACACGGTACAT 4 54 0 TACAATCTGCGTTTTAACTCCACACGGTACAT 4 251 0 CTCACTGTTTATACTATATACTTTAA 34 6 1 TTATAATAGCCTTTAAAAAGTAAGCTTGTAGA 1 25 0 TGTTTGTTATCTTTTAAAAATACTTAAAAGAG 12 263 0 ACCTCACCAGCTTTAAAAACTAATAATATAAT 26 15 0 AATTAATAAGTTTAAAATTTTTTTAGGTATA 17 279 0 AATTCCGTTTGAAAAATTTATCCCCCAG 7 6 1 ATCAAAAAGTGTTTTAAATTAACTTGACACAC 18 46 1 CCGGGAGGCCCTTTCTAAAATAAATAGCG 27 233 1 GTTCTTCGGGGTTTGAAAACTCCCTGAACTCC 12 148 0 ACAAAAAATTTTAAAATTTAATGGAGAGGG 8 280 0 **** **** ** MAP Score: 21.2716 Motif 6 AATACCACCTCCTGAAATTTAAGTAAAC 0 7 1 CAAAACATAACTACCCGGAACTTTTTGGCAC 2 64 1 AGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAAACA 4 46 0 TGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAAACA 4 113 0 TGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAAACT 4 178 0 CGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAAACC 4 243 0 TCTCTTCCTCCCTGAAATTAAACCTTTA 6 25 0 GATAGAAATACCACCCGAAATACTCAAAAAA 13 177 1 TCTCCTTCCTCCTGAAACTTAATTTTAA 15 7 1 GACTTCTTACCTTCACGAAACGAATGTTAAT 17 58 1 TATTAGTCCACCACACGAAACGGAGGTTCGG 30 17 1 ** ******** MAP Score: 17.7994 Motif 7 TAGTTTGGTTTACTTAAATTTCAGGAGGTGGTATT 0 4 0 AACCAAACTATATTTTACTACTCGGCGGTGAAAATTTTTAT 0 35 1 TACATAAAGTTAATTAAAGGTTAGGAAGTTAAAATAAACTT 0 93 1 AAAATGAAAGTTATACGTATACGGGAGGTAACCT 2 3 0 TTTTTGCAAGAGTTTCCTCAGGAGGAGTGAAAG 2 97 1 AATATATAGATGGATGAATAAAGGGAGGTGAAACC 3 4 0 GTTCTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTCTTCC 4 42 1 TTATTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGGTTTG 4 109 1 ACGAAGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAGGTTT 4 174 1 AGATGGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCAGATT 4 239 1 GATTAAGATATACTCTATAACCTGAAGGAGGTTAGCAA 5 98 1 GAAACTGAGCTCATGGAGCTAGTGGAAGAAATTAAAGAACC 12 23 1 TTTTAAAAGATAACAAACATAGGGGAGGTGAATT 12 276 1 TTTATGGAAGAAATAGACAGCGTGGAGTACGGAGGAGAATA 13 253 1 GAGGAGATATTTTAACTCAAGTGGAGGGGAAAGGGGACTT 16 157 0 TTATTCCCTAACAAGGAGGTCATAA 19 1 1 TTCCTTTCACCCGCCTTCGGGCGGGTATAATCCTCTT 22 6 1 TATGATACTATTTTAAAGGTCTCGGAGGTAGAAA 24 17 1 ATATTATTAGTTTTTAAAGCTGGTGAGGTGATAGC 26 18 1 CAATTGCATAAATTTAATAGTAGAGAGGTGAGAAAGCCCCT 27 152 1 AATTTAAATTTCTCGGAGGTAAAGACC 33 1 1 * * * ****** * MAP Score: 16.3076 Motif 8 AAAAGTAAGCTTGTAGAAATATTATTAATAAG 1 0 0 ACACTTTTATAATAGCCTTTAAAAAGTAAGCTTGTA 1 27 0 TGAGAGTTCTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACTTC 4 37 1 GTTGATTATTGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAGG 4 104 1 GCTTGACGAAGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACAAG 4 169 1 GTTGCAGATGGTTTCTAATGTACCGTGTGGAGTTAAAACGCA 4 234 1 AATTCCGTTTGAAAAATTTATCCCCCAGACTAAAA 7 6 1 TTCTCTTTTCGCTTAAAAGAGGTTGTATGAAGTTCAGCCATA 8 147 1 ACAAAAAATTTTAAAATTTAATGGAGAGGGGACTATGG 8 272 0 ACAGGATAAAGTTTGGAAACGGACCTTTGAAGGAAGAACTCT 12 81 1 CGTGAAGATCGTTTACAAAACTGGAGACGGAGACCTTTTTGA 13 129 1 TAAAATGTTGTTTTAAAATTAAGTTTCAGGAGGAAGGAGA 15 8 0 AAAAGCCTTTTTTTATAATTATACCTAAAAAAATTTTAAACT 17 260 1 ACCTCTAGAGATTTATAACAAAAATCAAAAAGTGTTTTAAAT 18 23 1 TATAATATTCTTTTATAAGAAAGTTTGTTAAGGAGGTGGTAT 23 15 1 TTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCTTATTTTAAAATATCTTTT 29 13 1 CCTTTTCACTGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTTCGGATAGG 31 127 0 TTATTTTTAATTTAGCTTTTCAAGAACTTTCTTC 31 185 0 **** ** * *** MAP Score: 14.6654 Motif 9 GAACTTTTTGGCACGTTTTTTGCAAGAGTT 2 81 1 CTTTCACTCCTCCTGAGGAAACT 2 107 0 GGTTTCACCTCCCTTTATTCATCC 3 4 1 ATACAATCCTTCTCCTGTCCCACCATGCGA 5 26 1 TCTCTTCCTCCCTGAAATTA 6 33 0 AAGTTTTCAAGCTCCTCTTCCAGTTTTCTC 8 122 1 TTTTCCATAGTCCCCTCTCCATTAAATTTT 8 268 1 ATTGTTTTTTTCACTCTTTTAAGTATTTTT 12 250 1 AATTCACCTCCCCTATGTTTGTT 12 287 0 TTATACTTATTCTCCTCCGTACTCCACGCT 13 271 0 TCTCCTTCCTCCTGAAACTT 15 0 1 CGGGTTCAAATCCCGCCCCCGCAACCATAT 16 37 0 CTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTTGCCAA 16 94 1 TCTTATCTCGTCAAGTCCCCTTTCCCCTCC 16 145 1 TCAAGTCCCCTTTCCCCTCCACTTGAGTTA 16 155 1 CGCTCTCCTCCGAAAGTAGAG 18 102 0 GGAGGTGCTCGTGTCTTTCTTTCGGA 20 6 1 TTCCTTTCACCCGCCTTCGGGCGGGT 22 6 1 GCTATCACCTCACCAGCTTTAAAA 26 29 0 TCTCCCCTCTTTTCCCGCTT 27 0 1 AGGGGCTTTCTCACCTCTCTACTATTAAAT 27 163 0 AGGTGAGAAAGCCCCTCCCTCCCCCCACCT 27 177 1 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACTTC 29 5 1 ********** MAP Score: 6.90306 Motif 10 TCTCTTCCTCCCTGAAATTAAA 6 31 0 TCTCCTTCCTCCTGAAACTTAA 15 1 1 GGGTTCAAATCCCGCCCCCGCAACCATATCA 16 35 0 TACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTTGCCAAAT 16 95 1 GTCAAGTCCCCTTTCCCCTCCACTTGAGTTA 16 154 1 CGCTCTCCTCCGAAAGTAGAG 18 102 0 GGTGAGAAAGCCCCTCCCTCCCCCCACCTCC 27 178 1 CCCTCCCTCCCCCCACCTCCCTCCACCGATT 27 189 1 **** ****** MAP Score: 2.09067 Motif 11 AGAAGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAA 4 49 0 ACCTGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAA 4 116 0 CCTTGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAA 4 181 0 CTGCGTTTTAACTCCACACGGTACATTAGAA 4 246 0 TTATGGCTGAACTTCATACAACCTCTTTTAA 8 159 0 CAGCCTTCTTCCTTCACAACATCGTCAAAAC 13 56 0 TGTTAAGTCAACTTCACAGCCTTCTTCCTTC 13 72 0 TGTGAAGTTGACTTAACACCCGGTTACAAAC 13 85 1 TCTCCTCCGTACTCCACGCTGTCTATTTCTT 13 260 0 TTATTCTTAAACTTAATACCGTAGGTTTTTT 14 34 1 CTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTTGCCAAA 16 94 1 TGAGAAAGCCCCTCCCTCCCCCCACCTCCCT 27 180 1 CCTCCCCCCACCTCCCTCCACCGATTTTTGG 27 194 1 ATATATTAGTCCACCACACGAAACGGAGGTT 30 14 1 ********* * MAP Score: 1.59606