AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons004_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234866
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	nuoG	139	NADH dehydrogenase I chain G
#1	nuoD1	43	NADH dehydrogenase I chain D
#2	frdB1	35	fumarate reductase iron-sulfur subunit
#3	stpK	30	ser/thr protein kinase
#4	nuoL2	54	NADH dehydrogenase I chain L
#5	rpsU	285	ribosomal protein S21
#6	nuoA2	300	NADH dehydrogenase I chain A
#7	nuoH2	75	NADH dehydrogenase I chain H

Motif 1
TTAATAACATTTTTAATGGTTTTCAACCTGGTCT	5	184	0
ATTAAAAATGTTATTAAGATTATGTACTTGAACA	5	201	1
GAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGT	6	38	1
TAAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACTT	6	71	1
AACAGCTCTGTTTTATTGTTTTTGATTAAGTTTT	6	162	0
TTCCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACCATTT	6	201	1
ACCATTTAAGTTGGCTCGTTTTTCTTGACACAAT	6	228	1
TGGTATATCTTTACATAGTTTTTGCGGAGGGCAC	6	272	1
     GCAGTTTTTATGGCTTTTCTTATTTACCC	7	5	1
          ** * * * *****
MAP Score: 14.314

Motif 2
TAAACCTTTATTAATAATAACGACT         	1	1	0
TAATTGAGGGTAAATAAGAAAAGCCATAAAAACT	7	12	0
GTATATAAAGTAAACAACAAAAGCTAAATAAATA	6	78	0
AGAAACATTTTAAATTAAAAAGCCT         	3	15	1
GAAGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAA	6	194	0
TAAAATTGTGTCAAGAAAAACGAGCCAACTTAAA	6	232	0
ATTATAAAATTTAATAATAAAAAGCGGGCGTAGC	0	95	0
       AACTGATAAAAAACATCTTTCCTTTTT	4	3	1
CAACAAAAGCTAAATAAATAAGACTTACTATAAA	6	64	0
AAATTTTTGTTAAACTTAAAAATCACTTCGGGAG	7	45	1
AAACAAAGGGGAAAATACAACAGCTCTGTTTTAT	6	180	0
TTAGAGATGTTCAAGTACATAATCTTAATAACAT	5	208	0
          * ** ** **** *
MAP Score: 10.0373

Motif 3
TTTATAGTAAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTAC	6	64	1
CAGAGCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTC	6	186	1
TACTTCAGGAGTTTTCTGTAATTAATCCTCTCGTGAACT	5	51	1
CAACAGCTCTGTTTTATTGTTTTTGATTAAGTTTTTCCA	6	158	0
GAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAGTC	6	38	1
ACATCTTTCCTTTTTCTCCCTTTCCCCTTATAATACCCT	4	22	1
CCGCTCCAAATTTTTGTACAATTTTGCTT          	0	0	0
AGATATACCAGTGTTTTAAAATTGTGTCAAGAAAAACGA	6	243	0
AGCTACGCCCGCTTTTTATTATTAAATTTTATAATGGTG	0	94	1
CAGTTTTTATGGCTTTTCTTATTTACCCTCAATTAAATT	7	11	1
TTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCGTG	6	139	0
AATGTTATTAAGATTATGTACTTGAACATCTCTAAAATA	5	207	1
CCTCCCGAAGTGATTTTTAAGTTTAACAAAAATTTAATT	7	41	0
TTAATAACATTTTTAATGGTTTTCAACCTGGTCTATTCA	5	179	0
          ** ** *    **   ***
MAP Score: 8.23587

Motif 4
CTTTTTATTATTAAATTTTATAATGGTGTTTTAAGGAGGTTG	0	105	1
        AGTCGTTATTATTAATAAAGGTTTAATTTCAGGG	1	2	1
AATAACATTTTTAATGGTTTTCAACCTGGTCTATTCAATCTA	5	174	0
ATTATGTACTTGAACATCTCTAAAATAGATTTTAATTTGGTA	5	219	1
ATCGTTTGGTGAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATA	6	28	1
GTCTTTATAGTAAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTAC	6	61	1
CAGCTCTGTTTTATTGTTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCT	6	152	0
TTAAGTTGGCTCGTTTTTCTTGACACAATTTTAAAACACTGG	6	233	1
TTTAAAACACTGGTATATCTTTACATAGTTTTTGCGGAGGGC	6	262	1
ATGGCTTTTCTTATTTACCCTCAATTAAATTTTTGTTAAACT	7	19	1
          * *    *  * *   ** ***
MAP Score: 8.23158

Motif 5
GAGCTACGCCCGCTTTTTATTATTAAATTTTATAATGGTGT	0	93	1
       AGTCGTTATTATTAATAAAGGTTTAATTTCAGGG	1	3	1
GTGAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAGTC	6	36	1
TTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACTTTATATACTGGCTT	6	77	1
TTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCGTGCA	6	137	0
AATAAAACAGAGCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTTTAGC	6	179	1
TAAGTTGGCTCGTTTTTCTTGACACAATTTTAAAACACTGG	6	234	1
ATCTTTACATAGTTTTTGCGGAGGGCACTTTT         	6	278	1
        GCAGTTTTTATGGCTTTTCTTATTTACCCTCAA	7	2	1
          **** **     *     ***
MAP Score: 5.78738