AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons004_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944234880
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	nuoG	139	NADH dehydrogenase I chain G
#1	nuoD1	43	NADH dehydrogenase I chain D
#2	frdB1	35	fumarate reductase iron-sulfur subunit
#3	stpK	30	ser/thr protein kinase
#4	nuoL2	54	NADH dehydrogenase I chain L
#5	rpsU	285	ribosomal protein S21
#6	nadC	145	quinolinate phosphoribosyl transferase
#7	nuoA2	300	NADH dehydrogenase I chain A
#8	nuoH2	75	NADH dehydrogenase I chain H

Motif 1
TGTACAAAAATTTGGAGCGGGCGACGGGACT	0	19	1
ACCTCCTGCTTGGGAAGCAGGTGCTCTACCT	0	60	1
TATAATGGTGTTTTAAGGAGGTTGAT     	0	123	1
GGTTTAATTTCAGGGAGGAAGAGA       	1	29	1
GTATTATAAGGGGAAAGGGAGAAAAAGGAAA	4	27	0
ACATGTTGCTTATGAAGGAAGTTCACGAGAG	5	78	0
CCCTGAGGGTGTGGAAGGAGTACACTGAAAG	5	141	0
TTACGAATCCGATAAAGGAGGTGATGCAAGC	5	264	1
GGGTGGTGGGGGTGGAGGGAGTCGAACCCTC	6	120	0
TGTTGCACGATATAAAGAAGGAATTGGAAAA	7	134	1
CAACTTAAATGGTGAAGAAAGGCTAAAAAAC	7	210	0
AAAAATCACTTCGGGAGGAAGGT        	8	62	1
          * *********
MAP Score: 9.57142

Motif 2
GGTTCGAGTCCCGTCGCCCGCTCCAAATTTTTG	0	23	0
GGGACTCGAACCGGCGACCTCCTGCTTGGGAAG	0	44	1
CTACCTCTGAGCTACGCCCGCTTTTTATTATTA	0	85	1
          TCTCTTCCTCCCTGAAATTAAAC	1	30	0
AAACATCTTTCCTTTTTCTCCCTTTCCCCTTAT	4	20	1
TCAGTGTACTCCTTCCACACCCTCAGGGAGTAG	5	144	1
CTGGTCTATTCAATCTACTCCCTGAGGGTGTGG	5	158	0
      GCTTGCATCACCTCCTTTATCGGATTC	5	268	0
TGCCAATTCCGCCACACCCCCTAACTAAAGAAA	6	48	0
TTTTAAGTCCCCCGCGTCTGCCAATTCCGCCAC	6	66	0
CCGTGAGGGTTCGACTCCCTCCACCCCCACCAC	6	116	1
ACTCCCTCCACCCCCACCACCCAACC       	6	129	1
TTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCGTGC	7	138	0
          **  * *******
MAP Score: 9.35182

Motif 3
CCGCTTTTTATTATTAAATTTTATAATGGTGTTTTAA	0	102	1
TCGTTATTATTAATAAAGGTTTAATTTCAGGGAGGAA	1	12	1
       GAGTTAGAAACATTTTAAATTAAAAAGCCT	3	3	1
    AACTGATAAAAAACATCTTTCCTTTTTCTCCCT	4	6	1
GTACATAATCTTAATAACATTTTTAATGGTTTTCAAC	5	191	0
TGAACATCTCTAAAATAGATTTTAATTTGGTATAATT	5	229	1
   GATTTCTTGAGAAAAGTTCTTTCTATAAGTATAA	6	7	1
TCTATAAGTATAATATATTTCTTTAGTTAGGGGGTGT	6	31	1
GAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAG	7	38	1
TAAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACTTTAT	7	71	1
TTATTGTTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTT	7	147	0
TGGTATATCTTTACATAGTTTTTGCGGAGGGCACTTT	7	272	1
TTATTTACCCTCAATTAAATTTTTGTTAAACTTAAAA	8	29	1
          * * ***  ****   *
MAP Score: 8.44743

Motif 4
GCTCCAAATTTTTGTACAATTTTGCTT     	0	5	0
TTAAAACACCATTATAAAATTTAATAATAAAA	0	107	0
GTCGTTATTATTAATAAAGGTTTAATTTCAGG	1	11	1
   AATTCCGTTTGAAAAATTTATCCCCCAGA	2	7	1
       GAGTTAGAAACATTTTAAATTAAAA	3	3	1
ATAGACCAGGTTGAAAACCATTAAAAATGTTA	5	182	1
GTACATAATCTTAATAACATTTTTAATGGTTT	5	196	0
    GATTTCTTGAGAAAAGTTCTTTCTATAA	6	6	1
AAAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAAC	7	147	1
CTCGTTTTTCTTGACACAATTTTAAAACACTG	7	242	1
ATTTTTAAGTTTAACAAAAATTTAATTGAGGG	8	36	0
          **** **** **
MAP Score: 7.00126

Motif 5
AAAAAACATCTTTCCTTTTTCTCCCTTTCCCCT	4	17	1
AAGTATAATATATTTCTTTAGTTAGGGGGTGTG	6	36	1
GCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAA	7	41	1
GTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACTTTA	7	74	1
AGCTCTGTTTTATTGTTTTTGATTAAGTTTTTC	7	160	0
GCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTTTAGCCTT	7	190	1
CCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACCATTTAA	7	204	1
ATTTAAGTTGGCTCGTTTTTCTTGACACAATTT	7	231	1
AAAACACTGGTATATCTTTACATAGTTTTTGCG	7	265	1
  GCAGTTTTTATGGCTTTTCTTATTTACCCTC	8	8	1
TTACCCTCAATTAAATTTTTGTTAAACTTAAAA	8	33	1
          * *  ********
MAP Score: 6.99099

Motif 6
ATTATAAAATTTAATAATAAAAAGCGGGCGTA	0	97	0
TAAACCTTTATTAATAATAACGACT       	1	3	0
AGAAACATTTTAAATTAAAAAGCCT       	3	15	1
TCACACCTCGTAAAGGAAAACATGTTGCTTAT	5	96	0
ACCCCCTAACTAAAGAAATATATTATACTTAT	6	34	0
AGACTTACTATAAAGACAAAAACAAAATAATG	7	46	0
CAACAAAAGCTAAATAAATAAGACTTACTATA	7	66	0
GTATATAAAGTAAACAACAAAAGCTAAATAAA	7	80	0
TGGAAAAACTTAATCAAAAACAATAAAACAGA	7	158	1
GAAGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGGAAAATAC	7	196	0
TAAAATTGTGTCAAGAAAAACGAGCCAACTTA	7	234	0
TAATTGAGGGTAAATAAGAAAAGCCATAAAAA	8	14	0
          **** ** ****
MAP Score: 6.85675

Motif 7
 ATCAACCTCCTTAAAACACCATTATAAAATTT	0	117	0
AAACATCTTTCCTTTTTCTCCCTTTCCCCTTAT	4	20	1
TCCCTTTCCCCTTATAATACCCTTCC       	4	38	1
TCAGTGTACTCCTTCCACACCCTCAGGGAGTAG	5	144	1
CTGGTCTATTCAATCTACTCCCTGAGGGTGTGG	5	158	0
ACGCGGGGGACTTAAAATCCCCTGGGCGAAAAG	6	82	1
AGCCCGTGAGGGTTCGACTCCCTCCACCCCCAC	6	113	1
ACAGAGCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTTTA	7	185	1
GTTTTTTAGCCTTTCTTCACCATTTAAGTTGGC	7	210	1
TTATGGCTTTTCTTATTTACCCTCAATTAAATT	8	17	1
          * *** ** ****
MAP Score: 6.17315

Motif 8
      AGGCTTTTTAATTTAAAATGTTTCTAACTC   	3	7	0
TTTTTCTCCCTTTCCCCTTATAATACCCTTCC       	4	32	1
GTTCACGAGAGGATTAATTACAGAAAACTCCTGAAGTAC	5	50	0
TGAGTAGAAGTAGAAACTTTCAGTGTACTCCTTCCACAC	5	125	1
TTATTAAGATTATGTACTTGAACATCTCTAAAATAGATT	5	211	1
TTCGTAATTATACCAAATTAAAATCTATTTTAGAGATGT	5	232	0
TGGCAGACGCGGGGGACTTAAAATCCCCTGGGCGAAAAG	6	76	1
ACGATATAAAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAAC	7	140	1
TTAGCCTTTCTTCACCATTTAAGTTGGCTCGTTTTTCTT	7	215	1
CGTTTTTCTTGACACAATTTTAAAACACTGGTATATCTT	7	244	1
TTAAATTTTTGTTAAACTTAAAAATCACTTCGGGAGGAA	8	43	1
          *    ****  ***   **
MAP Score: 2.36295

Motif 9
         AAGCAAAATTGTACAAAAATTTG	0	1	1
CGCTTTTTATTATTAAATTTTATAATGGTGTT	0	103	1
TTAGTCTGGGGGATAAATTTTTCAAACGGAAT	2	11	0
     GAGTTAGAAACATTTTAAATTAAAAAG	3	5	1
  AACTGATAAAAAACATCTTTCCTTTTTCTC	4	8	1
ACATAATCTTAATAACATTTTTAATGGTTTTC	5	194	0
AACATCTCTAAAATAGATTTTAATTTGGTATA	5	231	1
TTATACTTATAGAAAGAACTTTTCTCAAGAAA	6	12	0
CTAACTAAAGAAATATATTATACTTATAGAAA	6	29	0
CTACAGAAAAAGCTAGATCGTTTGGTGAAGCA	7	12	1
AAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAACA	7	148	1
TTTAAAACACTGGTATATCTTTACATAGTTTT	7	262	1
ATTTACCCTCAATTAAATTTTTGTTAAACTTA	8	31	1
          ** ** ******
MAP Score: 0.938836