AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944235051
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	dmsB2	232	dimethylsulfoxide reductase chain B
#1	nirB	120	nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit
#2	fhp	133	flavohemoprotein
#3	trxB	142	thioredoxin reductase
#4	lpdA	85	dihydrolipoamide dehydrogenase
#5	nox	43	NADH oxidase
#6	aq_1035	149	hypothetical protein
#7	aq_1036	97	putative protein
#8	aq_1037	50	putative protein
#9	fdoG	212	formate dehydrogenase alpha subunit
#10	dmsA	23	DMSO reductase chain A
#11	cysM	41	cysteine synthase, O-acetylserine (thiol) lyase B
#12	aq_1558	27	putative protein
#13	gltB	30	glutamate synthase large subunit
#14	gltD	39	glutamate synthase small subunit gltD
#15	pepA	26	leucine aminopeptidase

Motif 1
ATGAAAGTAAGAAGGATGAGGAGCTGAATG	0	35	0
TTTCCCGAGGTAAGGAGAAGTAAAATTTAC	0	84	1
GGATAAGTATTAAGGGGGAAAAGTCAATGC	0	181	0
ATAGAGAGTATAAGGATAAGTATTAAGGGG	0	194	0
CTGAGTATCCTCAGGAGGATAGAGAGTATA	0	212	0
TTATACGTATACGGGAGGTAACCT      	1	4	0
AAGAGTTTCCTCAGGAGGAGTGAAAG    	1	104	1
TGTTAAAACAGAACGGGGAGAATTTGGCAC	2	76	1
TAGTTTGAGTGAAGGAGGTGAAAAG     	2	118	1
TCAACTGTCGCAAGGAGGTACGAAA     	3	127	1
ATTTGCCTTAAAAGGAGGAAGCGA      	4	4	0
AAACCCCTTTTCAGGAGGAGCTTC      	4	71	1
TAAGTACCTAGAGGGAGGTGGTT       	5	3	0
TTTCCCTCGGTAGGGAGGTGTTTCGTGGAT	6	48	0
GTTAAAGAGATAGCGATGAGGATAACCGAA	6	79	1
          **********
MAP Score: 19.0736

Motif 2
TCCCGAGGTAAGGAGAAGTAAAATTTACTGGT	0	86	1
GAGTATCCTCAGGAGGATAGAGAGTATAAGGA	0	208	0
TAAGTCCTTACAGAGGTTGTAAAATGAAAGTT	1	32	0
GAGTTTCCTCAGGAGGAGTGAAAG        	1	106	1
GTTTGAGTGAAGGAGGTGAAAAG         	2	120	1
AGAGATTTTTTAGAGGTGGGAACTTGGGTTTA	3	23	0
AACTGTCGCAAGGAGGTACGAAA         	3	129	1
TTGCCTTAAAAGGAGGAAGCGA          	4	0	0
TCCTCCTGAAAAGGGGTTTTAATTGCCTTTAA	4	58	0
CAAGTTCCTTAGGAGTTTTAAAATC       	6	3	0
GGAAAGGTTAAAGAGATAGCGATGAGGATAAC	6	73	1
TATTTATATTTAGAGTTTCGAAGAAAAAATTT	7	55	1
TAGTTCACAAAAGAGATGATAAGAGAATATAA	8	25	1
CATGATTTGAAAGGGGAATAAACTAAAAACTA	9	174	1
TTAAAGGTCTCGGAGGTAGAAA          	11	0	0
GCCACCCCTTAAGAGTTTTGAGAGTAT     	13	5	0
CAAAACTCTTAAGGGGTGGCAGA         	13	17	1
          ********  **
MAP Score: 15.8126

Motif 3
ATGTACCAGTAAATTTTACTTCTCCTTACCT	0	91	0
ACTTATCCTTATACTCTCTATCCTCCTGAGG	0	203	1
CAATCAGAGAAAAGTTTCCAAGAACTGTTAA	2	51	1
     TTAACAAATTCTTTAAACCCAAGTTC	3	5	1
ACCTATATCAATATGTTAAAAGATAGAAAAT	3	86	0
CGACAGTTGAAAATTTTACAACCTATATCAA	3	106	0
TAGTATATCAAAATGCTAAAATTAAAGGCAA	4	37	1
 GTTAAGCTTAAATTTTAAAATAAGTACCTA	5	23	0
 GAACCTCCCATATTTTACATTTATAAAATA	7	9	1
TTTTTCTTCGAAACTCTAAATATAAATATCT	7	52	0
CGAAAGTTTAAAATTCTCCAAATTTTTTCTT	7	75	0
     AGCTTATATTCTCTTATCATCTCTTT	8	34	0
TATTCAATGAAAATGTTCGAAAAA       	9	3	0
CACAATAAAAAAATGTTCATATGCCTATTTT	9	100	1
TTTCAAAACAATATTTTAAAAATAGGCATAT	9	118	0
AAAAAAGACAAAATTTTCAAAACAATATTTT	9	132	0
AATCATGAAAAAATTTAAAAAAAAGACAAAA	9	150	0
  AATGTAGGATATTCTAATAAAAACTTA  	12	8	0
          ATACTCTCAAAACTCTTAAGG	13	0	1
TTAAGATGATAAACTCTCCTTTAAGATATTC	14	15	0
          ******** **
MAP Score: 15.7692

Motif 4
ATAATAAAACTCGTTAAAGTCTTCATTCAGCTC	0	12	1
TAACTTTCATTTTACAACCTCTGTAAGGACTTA	1	31	1
GGTAGTTATGTTTTGTAAGTCCTTACAGAGGTT	1	46	0
CCCGGAACTTTTTGGCACGTTTTTTGCAAGAGT	1	77	1
TCACTCCTCCTGAGGAAACTCTTGCAAAAAACG	1	94	0
TTTAACAGTTCTTGGAAACTTTTCTCTGATTGT	2	50	0
          CTTTTCACCTCCTTCACTCAAAC	2	120	0
          TTAACAAATTCTTTAAACCCAAG	3	0	1
AGTTCCCACCTCTAAAAAATCTCTCTTCATCTA	3	31	1
ATTGATATAGGTTGTAAAATTTTCAACTGTCGC	3	105	1
          TTTCGTACCTCCTTGCGACAGTT	3	129	0
        GATTTTAAAACTCCTAAGGAACTTG	6	2	1
CATCGCTATCTCTTTAACCTTTCCCTCGGTAGG	6	64	0
ATAAATATCTTTTAATAATTTTTATTTTATAAA	7	29	0
AGTTTAAAATTCTCCAAATTTTTTCTTCGAAAC	7	69	0
ATTTGGAGAATTTTAAACTTTCGT         	7	83	1
        TTTTTCGAACATTTTCATTGAATAA	9	2	1
ATATTGCATGTTAATAAATTCCTTATATTCAAA	9	58	0
CATATGCCTATTTTTAAAATATTGTTTTGAAAA	9	117	1
TAAAATATTGTTTTGAAAATTTTGTCTTTTTTT	9	131	1
ATTTTGTCTTTTTTTTAAATTTTTTCATGATTT	9	149	1
      ATACTCTCAAAACTCTTAAGGGGTGGC	13	4	1
          ***  *** ****
MAP Score: 8.96239

Motif 5
TTCAGCTCCTCATCCTTCTTACTTTCATTC	0	37	1
CTGGATAGTGTCTCCCTTTTTAGAGCCGAT	0	125	1
CATTGACTTTTCCCCCTTAATACTTATCCT	0	182	1
    AGGTTACCTCCCGTATACGTATAACT	1	6	1
TTCTCCCCGTTCTGTTTTAACAGTTCTTGG	2	68	0
   CTTTTCACCTCCTTCACTCAAACTAAT	2	116	0
AACCCAAGTTCCCACCTCTAAAAAATCTCT	3	25	1
CTCTAAAAAATCTCTCTTCATCTATATGTT	3	40	1
TATGCAATTTTCTATCTTTTAACATATTGA	3	80	1
    TCGCTTCCTCCTTTTAAGGCAAATTA	4	6	1
GCAATTAAAACCCCTTTTCAGGAGGAGCTT	4	64	1
     AACCACCTCCCTCTAGGTACTTATT	5	5	1
TCCTCATCGCTATCTCTTTAACCTTTCCCT	6	71	0
TAAATATAAATATCTTTTAATAATTTTTAT	7	37	0
ATTCTCTTATCATCTCTTTTGTGAACTACC	8	23	0
TGTTCATATGCCTATTTTTAAAATATTGTT	9	113	1
TTAGTTTATTCCCCTTTCAAATCATGAAAA	9	170	0
     TCTGCCACCCCTTAAGAGTTTTGAG	13	15	0
GATGATAAACTCTCCTTTAAGATATTCAAG	14	12	0
GTTTATACTATATACTTTAA          	15	0	0
          **********
MAP Score: 2.73141

Motif 6
TAACTTTCATTTTACAACCTCTGTAAGGACTTAC	1	31	1
TGGCACGTTTTTTGCAAGAGTTTCCTCAGGAGGA	1	89	1
CAGAGAAAAGTTTCCAAGAACTGTTAAAACAGAA	2	55	1
TGGCACGCTTTTTGCAATTAGTTTGAGTGAAGGA	2	100	1
GGTTGTAAAATTTTCAACTGTCGCAAGGAGGTAC	3	114	1
AGGTACTTATTTTAAAATTTAAGCTTAAC     	5	24	1
AAATAAAAATTATTAAAAGATATTTATATTTAGA	7	35	1
ATTTGGAGAATTTTAAACTTTCGT          	7	83	1
ATATGCCTATTTTTAAAATATTGTTTTGAAAATT	9	118	1
AAAATATTGTTTTGAAAATTTTGTCTTTTTTTTA	9	132	1
TTTGTCTTTTTTTTAAATTTTTTCATGATTTGAA	9	151	1
CTCCGAGACCTTTAAAATAGTATCATACCGCCCT	11	17	1
          *** ***   ****
MAP Score: 0.99658

Motif 7
         TGATAATAAAACTCGTTAAAGTCTTCATTC	0	1	1
TCTCCACAATCAGAGAAAAGTTTCCAAGAACTGTTAAAA	2	45	1
CTTTAAACCCAAGTTCCCACCTCTAAAAAATCTCTCTTC	3	20	1
TAAGCTATGCAATTTTCTATCTTTTAACATATTGATATA	3	75	1
CTTTTAACATATTGATATAGGTTGTAAAATTTTCAACTG	3	95	1
ATTGCCTTTAATTTTAGCATTTTGATATACTAATAATTT	4	30	0
       GTTAAGCTTAAATTTTAAAATAAGTACCTAGA	5	21	0
  GAACCTCCCATATTTTACATTTATAAAATAAAAATTA	7	8	1
AAAGATATTTATATTTAGAGTTTCGAAGAAAAAATTTGG	7	50	1
  CTCTTTTCCATATGGTAGTTCACAAAAGAGATGATAA	8	8	1
AAATAAATAAGTTATGTGATATTTGAATATAAGGAATTT	9	37	1
TGTATCAATGCATATTGCATGTTAATAAATTCCTTATAT	9	63	0
AAAAAATGTTCATATGCCTATTTTTAAAATATTGTTTTG	9	107	1
CCTTTCAAATCATGAAAAAATTTAAAAAAAAGACAAAAT	9	149	0
          AATGTAGGATATTCTAATAAAAACTTA  	12	8	0
          *** *   *  **  ** *
MAP Score: 0.190448

Motif 8
AGTGTCTCCCTTTTTAGAGCCGATAAGGAA	0	131	1
TATAACTTTCATTTTACAACCTCTGTAAGG	1	29	1
TTAAGCTTAAATTTTAAAATAAGTACCTAG	5	22	0
         GATTTTAAAACTCCTAAGGAA	6	1	1
AACCTCCCATATTTTACATTTATAAAATAA	7	11	1
AATTTGGAGAATTTTAAACTTTCGT     	7	82	1
          TTTTTCGAACATTTTCATTG	9	0	1
CATATGCCTATTTTTAAAATATTGTTTTGA	9	117	1
TTTTGTCTTTTTTTTAAATTTTTTCATGAT	9	150	1
          **********
MAP Score: 0.0932857