AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons008_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944235085
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	ileS	38	isoleucyl-tRNA synthetase
#1	leuA1	81	2-isopropylmalate synthase
#2	aspC3	31	aminotransferase (AspC family)
#3	nlpD1	256	lipoprotein
#4	rplT	54	ribosomal protein L20
#5	metG	293	methionyl-tRNA synthetase alpha subunit
#6	nuoA2	300	NADH dehydrogenase I chain A
#7	spoU	254	rRNA methylase SpoU
#8	leuS'	300	leucyl-tRNA synthetase beta subunit
#9	folC	29	folylpolyglutamate synthetase
#10	aq_2113	291	putative protein

Motif 1
TCTACGAGTATTTCAACCCTTCCGTCGGGAA	3	137	0
ATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGTT	1	31	1
AAACAATCCTTTTGAGCCCCTTCCCTTGTTT	10	145	0
TAAAGTCCTTTTCCAGTCCCTCATAATTGAA	7	141	1
CTAGATACTCTTCCAGTCCTTCAAGTATGTG	10	56	0
TTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTCCCCTCCT	5	101	1
CTTTTCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATTTT	5	201	1
CCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACCATT	6	203	1
CTCTACCATTTTCTACCTCCTTTCGTGAAAT	5	220	1
AGAAAAGCCTTTTTACCTCTTCGTACTCCTT	7	54	1
ATTTCTACTTTATCAACCCTTGCCGCGGGAG	3	218	0
CAAAAATTTATTTGATCTCCTTAAGAAGGAG	5	19	0
GAATAAGAAATTCTTTTCCTTCTTTTAAGCC	5	189	1
CTATAAGTTCTTCGTCTCCCTCTACGAGTAT	3	157	0
CATCCTTGATTTTCAATCTTTTTAGCTATGT	8	125	1
GATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATC	6	142	0
GGGTTTTTGATTTTTTCCTTTACTTCCCTGA	7	173	1
AGAGCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTTTA	6	187	1
TGTAAGCTTTTTCCACTTCTTCTTTTGAGGC	7	84	1
CATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAGTC	6	46	1
CACTTCTTCTTTTGAGGCTTTTTCAAGGAGT	7	97	1
CTTTATAAAATTTCCATCCTTGATTTTCAAT	8	111	1
TTTTGCCCTTTTCCCCTCCTTCAGTCCCATG	5	112	1
          ***** *****
MAP Score: 18.7999

Motif 2
TAACATTCGTTTCGTGAAGGTTAGGTGTCT	8	43	0
TAAGTACCGCTCCGGAAAGGTAAAGCTGGA	10	22	1
AGAGTATAATTCCGGGAAGGATAGTGAGAC	10	114	1
TATAGGACACTTCATAAAGGACATACTCAA	3	183	1
AATAACCTCTCTCGTAAAAGGAGGCATCGC	4	34	1
 TTAGCCCACCTCGTAAAGTTTCCTAAGAA	7	9	1
GGTTGAAATACTCGTAGAGGGAGACGAAGA	3	150	1
CAACCCTTCCGTCGGGAAGGTTCCTGACCC	3	125	0
CGCTATTCTCTTCGTGTAGGCTCTGAAGCC	3	73	0
TTTAAACCATTTCGTAAAATAATCCTT   	0	21	1
GTTGAGGATTTTCGTAGAAGGTCTGGTGCA	3	36	1
TCTACCTCCTTTCGTGAAATAAAGATACAA	5	231	1
AGGTTCCCGTCTTGTAAAGGAGTTTATAAC	10	198	0
GGAACCTCAGTTCAGGAAGTATTCGTGGTT	10	221	1
TTCTTCTATTTCCATAAAGTCCTTTTCCAG	7	127	1
TCAACGTTTCTCCAGAAAAGCCTTTTTACC	7	41	1
GGATGGAAATTTTATAAAGGTATACTCAAG	8	100	0
GGTGGAGAAACTCAGGGAAGTAAAGGAAAA	7	185	0
TAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGATTATAA	1	16	0
          **********
MAP Score: 14.8916

Motif 3
AGGCTTTTTCAAGGAGTTCTTCTATTTCCATAAAGTCC	7	111	1
AGTGTCCTATAAGTTCTTCGTCTCCCTCTACGAGTATT	3	156	0
TATTTCCATAAAGTCCTTTTCCAGTCCCTCATAATTGA	7	133	1
TTCTCCAGAAAAGCCTTTTTACCTCTTCGTACTCCTTG	7	48	1
CGTTCTTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTCCCCTCCTTC	5	96	1
TCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATTTTCTACCTCCTTT	5	205	1
          AAGTAATTATTCTATATCTAGAATAGTT	2	0	1
TTTGAATTACAGGATTTTCTTCGTTTTCGTATCCGAGA	5	153	1
AAAGTTTCCTAAGAATTTCAACGTTTCTCCAGAAAAGC	7	24	1
CTCCCTCTACGAGTATTTCAACCCTTCCGTCGGGAAGG	3	135	0
GTGCTTCACCAAACGATCTAGCTTTTTCTGTAGCT   	6	7	0
    AAGAAAGAAAATTTAAACCATTTCGTAAAATAAT	0	6	1
TACTCCTTGTAAGCTTTTTCCACTTCTTCTTTTGAGGC	7	77	1
ATCCGAGAATAAGAAATTCTTTTCCTTCTTTTAAGCCC	5	183	1
TCATAATTGAAAGGGTTTTTGATTTTTTCCTTTACTTC	7	161	1
AGTTATAGACAAAAATTTATTTGATCTCCTTAAGAAGG	5	21	0
AAACTTCTTTAAACTTTTTCTCAAACTCCTCGTAGTCT	10	256	0
GTTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCG	6	141	0
CAATAAAACAGAGCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTT	6	178	1
CGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGT	1	23	1
          ***   **   *  ****
MAP Score: 10.7015

Motif 4
TAATCGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAAC	1	19	1
AGAGGTTATTTTAACATAAAATTTTAAGTCTGGA  	4	8	0
ACCCTTCCGTTCTTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTC	5	89	1
CTCTTTGGACTTGACACAAAGATTTTGAGATTGTAT	5	255	0
TTGTGTCAAGTCCAAAGAGCATTATTGTAAA     	5	272	1
GGTGAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAG	6	35	1
GTTTTATTGTTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTT	6	151	0
GGCTCGTTTTTCTTGACACAATTTTAAAACACTGGT	6	240	1
CACTGGTATATCTTTACATAGTTTTTGCGGAGGGCA	6	269	1
TCAACGTTTCTCCAGAAAAGCCTTTTTACCTCTTCG	7	41	1
CTCTTCGTACTCCTTGTAAGCTTTTTCCACTTCTTC	7	70	1
TTCCACTTCTTCTTTTGAGGCTTTTTCAAGGAGTTC	7	94	1
TTCTTCTATTTCCATAAAGTCCTTTTCCAGTCCCTC	7	127	1
TAATAAGTTATTGATAAAGCGTTATTTTTTGGAC  	8	8	0
AAACTTCGGGTCAATATAAAATTTTTAATT      	8	280	1
TCCGAAAACTTCTTTAAACTTTTTCTCAAACTCCTC	10	263	0
          ** * * *   *****
MAP Score: 6.50572

Motif 5
GGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGTT	1	24	1
         AAGTAATTATTCTATATCTAGAATAGTTT	2	1	1
GTCTCCCTCTACGAGTATTTCAACCCTTCCGTCGGGAA	3	137	0
GAAGTGTCCTATAAGTTCTTCGTCTCCCTCTACGAGTA	3	158	0
TTATAGACAAAAATTTATTTGATCTCCTTAAGAAGGAG	5	19	0
TCCGTTCTTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTCCCCTCCT	5	94	1
TCCGAGAATAAGAAATTCTTTTCCTTCTTTTAAGCCCT	5	184	1
TAAGCCCTCTACCATTTTCTACCTCCTTTCGTGAAATA	5	214	1
TTGGTGAAGCACTCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAG	6	33	1
TTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACTTTATATACTGG	6	77	1
TTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACCATTTAAGTTGGCTC	6	207	1
TTTCTCCAGAAAAGCCTTTTTACCTCTTCGTACTCCTT	7	47	1
TACTCCTTGTAAGCTTTTTCCACTTCTTCTTTTGAGGC	7	77	1
ATTTCCATAAAGTCCTTTTCCAGTCCCTCATAATTGAA	7	134	1
TCATAATTGAAAGGGTTTTTGATTTTTTCCTTTACTTC	7	161	1
CGCTTTATCAATAACTTATTAGACACCTAACCTTCACG	8	23	1
AGGGCTACAGAGCCCTACTTTGCTCCTTGGCAACTGAA	8	218	0
CTTTAAAAACAATCCTTTTGAGCCCCTTCCCTTGTTTT	10	144	0
GTTTATAACCAGTAATGGTTCTGTACTTTAAAAACAAT	10	169	0
ACTTCTTTAAACTTTTTCTCAAACTCCTCGTAGTCTTT	10	254	0
          *    ** **   *****
MAP Score: 6.24181

Motif 6
ATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGTTAAAACTT	1	31	1
TCGTTAAAACTTTTCCTATTTTATTATTCCTATC    	1	57	1
TCCTTTATTATTTCTACTTTATCAACCCTTGCCGCGGG	3	220	0
TCAAATAAATTTTTGTCTATAACTATTCTTGTATTGTC	5	35	1
TTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTCCCCTCCTTCAGTCC	5	101	1
ATTACAGGATTTTCTTCGTTTTCGTATCCGAGAATAAG	5	158	1
TAAGAAATTCTTTTCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATT	5	192	1
AGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACTTTATATA	6	73	1
TTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCGTGC	6	138	0
AGCTGTTGTATTTTCCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTT	6	189	1
AGAAAAGCCTTTTTACCTCTTCGTACTCCTTGTAAGCT	7	54	1
CCTTGTAAGCTTTTTCCACTTCTTCTTTTGAGGCTTTT	7	81	1
GGGTTTTTGATTTTTTCCTTTACTTCCCTGAGTTTCTC	7	173	1
CTTTATAAAATTTCCATCCTTGATTTTCAATCTTTTTA	8	111	1
TTTTCAATCTTTTTAGCTATGTTGCATCATGATTTCAA	8	134	1
          ****  * ***     **
MAP Score: 6.21231

Motif 7
TATTATAATCGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAAC	1	14	1
ACTTATAGGACACTTCATAAAGGACATACTCAAA	3	180	1
CCCGCGGCAAGGGTTGATAAAGTAGAAATAATAA	3	220	1
AAATTTATTTGATCTCCTTAAGAAGGAGGCTCAC	5	13	0
AAAGCTAGATCGTTTGGTGAAGCACTCATTATTT	6	20	1
TTTATATACTGGCTTATTGATGTAAGGCAAATGT	6	103	1
    TTAGCCCACCTCGTAAAGTTTCCTAAGAAT	7	6	1
CTTCTTTTGAGGCTTTTTCAAGGAGTTCTTCTAT	7	102	1
TGAAAGTTCCGATTTAATAAATTAAATGAAACTG	7	214	0
CAAAAAATAACGCTTTATCAATAACTTATTAGAC	8	13	1
AATTAACATTCGTTTCGTGAAGGTTAGGTGTCTA	8	42	0
CAAGGATGGAAATTTTATAAAGGTATACTCAAGT	8	99	0
TCCAATTAAAAGTTTACTAAAGTAAAAACTTCGG	8	255	1
CTGAGGTTCCCGTCTTGTAAAGGAGTTTATAACC	10	197	0
          *****  * *** *
MAP Score: 5.47193

Motif 8
   AAGAAAGAAAATTTAAACCATTTCGTAAAATAATC	0	7	1
TTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGTTAAA	1	27	1
AACCCTTAACAATCGTTAAAACTTTTCCTATTTTATTA	1	45	1
TCCCTCTACGAGTATTTCAACCCTTCCGTCGGGAAGGT	3	134	0
TATTATTTCTACTTTATCAACCCTTGCCGCGGGAGGTC	3	215	0
GTCAACTTTCAGAAGGTAAACCCTTCCGTTCTTCATAA	5	70	1
GTTCTTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTCCCCTCCTTCA	5	97	1
TCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATTTTCTACCTCCTTT	5	205	1
AAGTTTCCTAAGAATTTCAACGTTTCTCCAGAAAAGCC	7	25	1
GGCTTTTTCAAGGAGTTCTTCTATTTCCATAAAGTCCT	7	112	1
TATTTCCATAAAGTCCTTTTCCAGTCCCTCATAATTGA	7	133	1
TACTTCCCTGAGTTTCTCCACCAGTTTCATTTAATTTA	7	193	1
TATGTGGTGTTCCAGCTTTACCTTTCCGGAGCGGTACT	10	24	0
TATTTCATCTAGATACTCTTCCAGTCCTTCAAGTATGT	10	57	0
 TTTCCGAAAACTTCTTTAAACTTTTTCTCAAACTCCT	10	264	0
          **    *  *** ** **
MAP Score: 4.96065

Motif 9
TATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGTT	1	30	1
TCTTTTCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATTTT	5	200	1
TAAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTAC	6	71	1
TTCCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACCAT	6	201	1
CCAGAAAAGCCTTTTTACCTCTTCGTACTCCT	7	52	1
CTTCGTACTCCTTGTAAGCTTTTTCCACTTCT	7	72	1
GATTTTCAATCTTTTTAGCTATGTTGCATCAT	8	132	1
          ***** **** *
MAP Score: 2.99547

Motif 10
TATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATCGTT	1	30	1
CTTAACAATCGTTAAAACTTTTCCTATTTTAT	1	49	1
TCTACGAGTATTTCAACCCTTCCGTCGGGAAG	3	136	0
TTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTCCCCTCCTT	5	101	1
CTTTTCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATTTTC	5	201	1
CCTCTACCATTTTCTACCTCCTTTCGTGAAAT	5	219	1
CATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAGTCT	6	46	1
AAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTTACT	6	72	1
TCCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACCATT	6	202	1
CACTTCTTCTTTTGAGGCTTTTTCAAGGAGTT	7	97	1
CATCCTTGATTTTCAATCTTTTTAGCTATGTT	8	125	1
AAACAATCCTTTTGAGCCCCTTCCCTTGTTTT	10	144	0
          *** ** *****
MAP Score: 2.50476

Motif 11
TTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAATC	1	29	1
TTCGTGTAGGCTCTGAAGCCCACTCCCTGC	3	63	0
TCTTTTCCTTCTTTTAAGCCCTCTACCATT	5	200	1
TACAATAATGCTCTTTGGACTTGACACAAA	5	271	0
ATCTAGCTTTTTCTGTAGCT          	6	0	0
TAAGTCTTATTTATTTAGCTTTTGTTGTTT	6	71	1
TTCCCCTTTGTTTTTTAGCCTTTCTTCACC	6	201	1
CTTCGTACTCCTTGTAAGCTTTTTCCACTT	7	72	1
TCCACTTCTTCTTTTGAGGCTTTTTCAAGG	7	95	1
GATTTTCAATCTTTTTAGCTATGTTGCATC	8	132	1
CAAAGTAGGGCTCTGTAGCCCTCCAATTAA	8	234	1
AAAAACAATCCTTTTGAGCCCCTTCCCTTG	10	148	0
          **********
MAP Score: 2.49727

Motif 12
TTTCGTAGAAGGTCTGGTGCAGGGAGTGGG	3	45	1
CTTCGTGTAGGCTCTGAAGCCCACTCCCTG	3	64	0
TAAACGGTTGGGTCAGGAACCTTCCCGACG	3	116	1
TAATTCAAAAGCTCAGGTCCATGGGACTGA	5	132	0
AATCTTTTTAGCTATGTTGCATCATGATTT	8	139	1
CTATTCAGTTGCCAAGGAGCAAAGTAGGGC	8	215	1
GCAAAGTAGGGCTCTGTAGCCCTCCAATTA	8	233	1
          **********
MAP Score: 0.437139

Motif 13
TCGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTT	1	22	1
AACATGAAGTTGAGGATTTTCGTAGAAGGT	3	28	1
CCGTTCTTCATAAGTATTTTTGCCCTTTTC	5	95	1
CTTTTGAATTACAGGATTTTCTTCGTTTTC	5	151	1
AAAAGAAGGAAAAGAATTTCTTATTCTCGG	5	185	0
TAAAGTTTCCTAAGAATTTCAACGTTTCTC	7	23	1
GAAGAGGTAAAAAGGCTTTTCTGGAGAAAC	7	46	0
AAAAAGCTTACAAGGAGTACGAAGAGGTAA	7	66	0
CTTCTTCTTTTGAGGCTTTTTCAAGGAGTT	7	99	1
CTATTTCCATAAAGTCCTTTTCCAGTCCCT	7	132	1
CTCATAATTGAAAGGGTTTTTGATTTTTTC	7	160	1
CCCGTCTTGTAAAGGAGTTTATAACCAGTA	10	193	0
GCAAAGACTACGAGGAGTTTGAGAAAAAGT	10	252	1
GAAAAAGTTTAAAGAAGTTTTCGGAAA   	10	274	1
          **********
MAP Score: 0.159669