AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AA/AA_operons012_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944235314 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 hisS1 81 histidyl-tRNA synthetase #1 folK 300 folate biosynthesis 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase #2 bioA 197 DAPA aminotransferase #3 panD 300 aspartate 1-decarboxylase #4 gidA1 152 glucose inhibited division protein A #5 ftsH 49 cell division protein FtsH #6 alaS 68 alanyl-tRNA synthetase #7 clpC 96 ATP-dependent Clp protease #8 aq_1333 275 hypothetical protein #9 folP 300 dihydropteroate synthase #10 clpB_aspS 104 clpB: ATPase subunit of ATP-dependent protease, aspS: aspartyl-tRNA synthetase #11 aq_1884 226 hypothetical protein Motif 1 AGGCTACAGATATCCCCATCTAGTAAAGAG 1 34 0 GGGATATCTGTAGCCTGTTCCACAGCGGAA 1 48 1 ACGACACCAATAGCACCTTCTCTTGCAACG 1 78 1 ATAAGGAAGTTTGCCTCATCCCTGTACACC 2 45 1 ACCACATAGCCCCTTCCTTCCATCTG 3 6 1 CCCTTTTCCTTAGCCTCTTCGCAAAGTGCC 3 172 1 ATATTTTTATTAGCATATTCTTAATTAATC 3 267 1 TAATAGAATTTAGCCTCTTTAGCAAAATAG 4 126 0 TTCTCTTCTCTCGCACCTTCGTAAGACTGG 8 132 0 ATTTCGAGCCTCGCCTCTTCAATAGGAAGA 8 168 0 TTCTCGGATATCGCCTTATCCACACCCTTC 11 139 0 ********** MAP Score: 15.0113 Motif 2 AAAGATAAATATTAAAGGTTTTTTGTGGTAAACT 0 57 0 TAAAAATTGGAAGGATTGAAGTAGATATACCCATAATT 1 155 0 TCTCCTTAGAATATCTTAAAACAAATTTTAAGATAGAA 1 216 1 ATTTTTACAAAAACACTCAAGTATTTGTGGTGTTTCTT 2 153 1 GCTTTCATAGAAAAGATTATACACTTATGATTTAAACA 3 220 1 TTAATTAAGAATATGCTAATAAAAATATAAGGCAAGCT 3 257 0 TTCTTATCATAAAACTTTATAAAATTGTATTAAGACTT 4 77 1 AAAGACATTATAAAGATATATAACACTGT 7 1 1 ATAGCCTTGAAAAAGCTTAGGTTTTTTTTATTTTATAA 7 46 1 TTCGAAGTTTAAATACTTATATTCATTTTCTT 8 253 1 AGCTAAATTCAAAATATTAGAATATTCTTATATCCTTA 9 15 1 GAATATTCTTATATCCTTAAAAACTTATAAGGAGGTAC 9 34 1 GAAAGGTATAAAAGGTTGACACAATTATACTCAAGAAA 10 41 1 AGCTCAATAAAAAGATTAAAGCTTTTTTCATGG 11 5 0 AAGCTCGAAGAAATGGTAAAAGAGATGTTCTAAAA 11 201 1 *** * * * * ** * MAP Score: 14.7045 Motif 3 AGTTTACCACAAAAAACCTTTAATATTTATCTTT 0 57 1 GTTCATACTAACCTCTCCTTAGAATATCTTAAAACAAATT 1 203 1 AGCTTACTGGACTTTACGTTCAATAATTCTATCTTAAAAT 1 240 0 CTATTACGGAACAAATCCTTTCCAGCTTCTCGTGCATCAT 2 109 1 ACGCTTTCATAGAAAAGATTATACACTTATGATTTAAACA 3 218 1 TGATTTAAACAGCTTGCCTTATATTTTTATTAGCATATTC 3 247 1 TAATTTTATTATATTCCTTTTAAAAATTTTTGCAATAATT 4 39 1 AATTCTTATCATAAAACTTTATAAAATTGTATTAAGACTT 4 75 1 AAACAGTGTTATATATCTTTATAATGTCTTT 7 1 0 TAGAATATTCTTATATCCTTAAAAACTTATAAGGAGGTAC 9 32 1 CTTCTGGTGTAGTACTGCTTATAGTGTTCTTATTCGGAAT 9 104 1 GCACCTGCTGATTTTCCTTTAAAATATTCTTTTAA 9 275 1 ACTTTTACCTCCCGTTTAATTTTCCTTTAATAATAT 10 78 0 CCATGAAAAAAGCTTTAATCTTTTTATTGAGCTTG 11 5 1 TTTTAGAACATCTCTTTTACCATTTCTTCGAGCTTTA 11 199 0 * * * *** * ** * MAP Score: 13.0643 Motif 4 GAAAATTTACGGAGGTACGGGAAA 0 3 0 CATCTAGTAAAGAGGGACAAGTTCGGAAGAC 1 17 0 CGGAAGCGTTGCAAGAGAAGGTGCTATTGGT 1 83 0 TGCAATAAAGGAAAGTTCAAGT 1 288 1 GATATTTTGGGAAGGATAAGGGTGTACAGGG 2 64 0 GCGAGCAGATGGAAGGAAGGGGCTATGTGGT 3 10 0 TTGACGCGGAGGACGTTAAAGTCTTCAAAAG 3 58 0 CACTTTGCGAAGAGGCTAAGGAAAAGGGAAT 3 169 0 AAAAACTGAGAGAGGTAAGAGAC 7 83 1 AGGAGGTAAAAAATGGACAGGT 8 1 1 GCGATACGGGAGAGGTTCACGTCTTTAAGTG 8 47 1 CCAGTCTTACGAAGGTGCGAGAGAAGAGAAG 8 132 1 AAGGTGCGAGAGAAGAGAAGGAGTGTCTTCC 8 143 1 AAACTTATAAGGAGGTACGGACATGACTATG 9 54 1 ACAGAGCTCTGGGGGTGAAAGAGTGCACCTG 9 251 1 AAATTAAACGGGAGGTAAAAGT 10 92 1 GCAGGAATTAAAAGGCTCAAGCTCAATAAAA 11 31 0 TACACTTACGAGAAGTACAAGAAGTACAAGA 11 102 1 AAGTACAAGAAAAAGAGAAGGGTGTGGATAA 11 123 1 ACTGACGCACACAGGGTAAAGCTCGAAGAAA 11 183 1 ***** ***** MAP Score: 12.173 Motif 5 CTACTTCAATCCTTCCAATTTTTAGCTTTGGTAAGTT 1 169 1 TGCTGATTTTCCTTTAAAATATTCTTTTAA 9 280 1 TTATCCACACCCTTCTCTTTTTCTTGTACTTCTTGTA 11 117 0 CTCAGGTTCTCCTTCACTCTTTTGAAGACTTTAACGT 3 40 1 CCACAAAAAACCTTTAATATTTATCTTT 0 63 1 CGGAACAAATCCTTTCCAGCTTCTCGTGCATCATTAC 2 115 1 ACACCCTTATCCTTCCCAAAATATCCGAGAGGTAGTG 2 70 1 TTATTATATTCCTTTTAAAAATTTTTGCAATAATTCT 4 44 1 AGGGAATAGACCTTTACATACTTGAGGCAGATGAGAA 3 139 0 ATTGTGTCAACCTTTTATACCTTTCGTGCACACTCCC 10 29 0 ATACAGTCGGCCTTCACTAACTGGTGTCCCGTAGTCA 9 208 1 GTCCGTACCTCCTTATAAGTTTTTAAGGATATAAGAA 9 39 0 TGAGCTTGAGCCTTTTAATTCCTGCGTTTAGCGAAGC 11 37 1 ATAGCCCCTTCCTTCCATCTGCTCGCTCAGGTTCTCC 3 15 1 AAACAGCTTGCCTTATATTTTTATTAGCATATTCTTA 3 253 1 CTTTTACCTCCCGTTTAATTTTCCTTTAATAATATTT 10 76 0 TAAGGGAGTGCCGTAGAAGTTTAGCTTCTCATCTGCC 3 114 1 TTTCCCGTACCTCCGTAAATTTTCGGACGAA 0 4 1 ***** ** * * * MAP Score: 11.5253 Motif 6 TGTATGGGACAAAGTCTTAATACAATTTTATAAAG 4 91 0 GGAGGACGTTAAAGTCTTCAAAAGAGTGAAGGAGA 3 47 0 TTGTTTGATTAAACTCTTCGAAGTTTAAATACTTA 8 237 1 ACAATTTTATAAAGTTTTATGATAAGAATTATTGC 4 70 0 ATTATTGCAAAAATTTTTAAAAGGAATATAATAAA 4 43 0 TATCAAAATTTTACAATGAGCTGAGTACC 6 4 1 AAATTATATGTAAACCTTAATAGGAGGTGGGTAAG 4 10 0 TTACCACAAAAAACCTTTAATATTTATCTTT 0 60 1 GAATATTCTTATATCCTTAAAAACTTATAAGGAGG 9 34 1 TTTCGGACGAATAATTTTAACACAATAAGTTTACC 0 30 1 AGCTTGCCTTATATTTTTATTAGCATATTCTTAAT 3 257 1 ACAGTGTTATATATCTTTATAATGTCTTT 7 4 0 TAAAGTCCAGTAAGCTTTATCAGGTGCAATAAAGG 1 264 1 AGGTTTACATATAATTTTATTATATTCCTTTTAAA 4 28 1 CGTACCTCCGTAAATTTTCGGACGAATAATTTTAA 0 15 1 CTGTACACCCTTATCCTTCCCAAAATATCCGAGAG 2 66 1 AAGCCAAACCCAAGTCTTCAAAGAAGAAGTACTAC 11 70 1 ATATCTACTTCAATCCTTCCAATTTTTAGCTTTGG 1 165 1 CTCCTGAAGATTACTTTTAAAAAATAGTTAAACTG 5 18 0 TGCATCATTACTATTTTTACAAAAACACTCAAGTA 2 141 1 *** ***** * * MAP Score: 11.4078 Motif 7 CTAGTAAAGAGGGACAAGTTCGGAAGACCGA 1 14 0 GGTATATCCTGGGAAAAGCTCGCCGGAAGCG 1 106 0 AGGTGCAATAAAGGAAAGTTCAAGT 1 285 1 TACAGGGATGAGGCAAACTTCCTTATACCTT 2 40 0 AATATCCGAGAGGTAGTGTTCTATTACGGAA 2 89 1 GAGTTCTGCAAGGAGGAACTCTTTGACGCGG 3 80 0 GCAGATGAGAAGCTAAACTTCTACGGCACTC 3 119 0 TGCCTCAAGTATGTAAAGGTCTATTCCCTTT 3 147 1 TGAAAGCGTGGGGGAAAGTACTTCAGGCACT 3 196 0 AATAGTGTATGGGACAAAGTCTTAATACAAT 4 100 0 AGTAATCTTCAGGAGGAGGTC 5 38 1 TAAGCGATACGGGAGAGGTTCACGTCTTTAA 8 44 1 GTCTTTAAGTGTGAAGAGCTCTCCGAAGCAG 8 67 1 GTTTCCACAAAGGGAGACTTCTTCACATTTA 8 102 0 CCTATTGAAGAGGCGAGGCTCGAAATCGCAA 8 172 1 GGAATTAAAAGGCTCAAGCTCAATAAAAAGA 11 28 0 GACGCACACAGGGTAAAGCTCGAAGAAATGG 11 186 1 *** ******* MAP Score: 9.23371 Motif 8 TAGTAAAGAGGGACAAGTTCGGAAGACCGA 1 14 0 TTCCGCTGTGGAACAGGCTACAGATATCCC 1 48 0 GATATTCTAAGGAGAGGTTAGTATGAACTT 1 201 0 CCAAAATATCCGAGAGGTAGTGTTCTATTA 2 85 1 TAATGATGCACGAGAAGCTGGAAAGGATTT 2 121 0 GGCACTTTGCGAAGAGGCTAAGGAAAAGGG 3 172 0 CTATTTTGCTAAAGAGGCTAAATTCTATTA 4 126 1 TATATTAGAGAAACAGGTACTCAGCTCATT 6 24 0 TAAAAAACTGAGAGAGGTAAGAGAC 7 81 1 GGTAAAAAATGGACAGGTACTCCCTCAGGA 8 14 1 AAGCGATACGGGAGAGGTTCACGTCTTTAA 8 45 1 CTATTGAAGAGGCGAGGCTCGAAATCGCAA 8 173 1 ACATGACTATGGACAGACTCCTCAGACTCA 9 74 1 AGTCTTCAAAGAAGAAGTACTACACTTACG 11 82 1 ACTACACTTACGAGAAGTACAAGAAGTACA 11 100 1 AAATGGTAAAAGAGATGTTCTAAAA 11 211 1 ********** MAP Score: 8.80042 Motif 9 CCTGCTGATTTTCCTTTAAAATATTCTTTTAA 9 278 1 AGTTTAACTATTTTTTAAAAGTAATCTTCAGGAGGAGG 5 19 1 CTGGTGTAGTACTGCTTATAGTGTTCTTATTCGGAATA 9 107 1 GCTAAATTCAAAATATTAGAATATTCTTATATCCTTAA 9 16 1 ACCACAAAAAACCTTTAATATTTATCTTT 0 62 1 TTACATATAATTTTATTATATTCCTTTTAAAAATTTTT 4 32 1 TCGAAGTTTAAATACTTATATTCATTTTCTT 8 254 1 TCAATAATTCTATCTTAAAATTTGTTTTAAGATATTCT 1 223 0 CATTATAAAGATATATAACACTGTTTTTGTCATAGCCT 7 15 1 GTAAACTTATTGTGTTAAAATTATTCGTCCGAAAATTT 0 26 0 TTTAAACAGCTTGCCTTATATTTTTATTAGCATATTCT 3 250 1 CGTTTAATTTTCCTTTAATAATATTTCTTGAGTATAAT 10 64 0 AGCTCAATAAAAAGATTAAAGCTTTTTTCATGG 11 5 0 AATTGTGTCAACCTTTTATACCTTTCGTGCACACTCCC 10 29 0 * *** * * **** MAP Score: 5.55869 Motif 10 TTCCCGTACCTCCGTAAATTTTCGGACGAATAATTTTA 0 11 1 TGGGTATATCTACTTCAATCCTTCCAATTTTTAGCTTT 1 160 1 GCTCAGGTTCTCCTTCACTCTTTTGAAGACTTTAACGT 3 39 1 AGTTCCTCCTTGCAGAACTCCTTTAAGGGAGTGCCGTA 3 91 1 GCTTCTCATCTGCCTCAAGTATGTAAAGGTCTATTCCC 3 137 1 CCTTAGCCTCTTCGCAAAGTGCCTGAAGTACTTTCCCC 3 179 1 TGAAGTACTTTCCCCCACGCTTTCATAGAAAAGATTAT 3 202 1 CTTACCCACCTCCTATTAAGGTTTACATAT 4 2 1 TAAGAATTATTGCAAAAATTTTTAAAAGGAATATAATA 4 45 0 GACAAAGTCTTAATACAATTTTATAAAGTTTTATGATA 4 81 0 AAGAGTTTAATCAAACAATCTCTGCAGGGTTTATCTCC 8 217 0 CATAGTCATGTCCGTACCTCCTTATAAGTTTTTAAGGA 9 47 0 TTATTCGGAATACTGCCAGCTCAGGATGTGCACTGGTT 9 133 1 AAAGAAGAAGTACTACACTTACGAGAAGTACAAGAAGT 11 89 1 * * ***** * * * MAP Score: 4.95378