AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons016_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944235567
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	mog	36	molybdenum cofactor biosynthesis MOG
#1	lpdA	85	dihydrolipoamide dehydrogenase
#2	aq_737	63	hypothetical protein
#3	nifU	186	NifU protein
#4	fadD	300	long-chain-fatty-acid CoA ligase
#5	nifS1	111	FeS cluster formation protein NifS
#6	hypD	276	hydrogenase expression/formation protein HypD
#7	aq_1857	216	hypothetical protein
#8	acs	300	acetyl-coenzyme A synthetase
#9	ssf	300	Na(+):solute symporter (Ssf family)

Motif 1
TAATAATTTGCCTTAAAAGGAGGAAGCGA     	1	5	0
 GAAGCTCCTCCTGAAAAGGGGTTTTAATTGCCT	1	62	0
CTCATTGTTTATTCAAAGGGAATACTCATATTTC	2	22	1
GCCGGGCACACTTATCAAGGTGCTGAG       	3	3	0
TCAGTAATAAACTATCAAGGAGGTGCTAAA    	3	166	1
GCAATCCCTCACTATTAGGGCGTAACCCTGCGTG	4	71	0
ATTTCTGTTTCTTCTGATGGAACAACTTGGACCG	4	111	1
GCAATCCCTCACTATTAGGGCGTAACCGGTCCAA	4	137	0
GGATTGCGACCTTTTGATGGGACTTGTGATAGGA	4	164	1
ACAATCCCTTATTGTTAGGGCGTAACTGACACCA	4	203	0
ACGATAGCGTATTTCCAAGGAACAATCCCTTATT	4	224	0
ACTTCCACAACTTTAGAAGGTATAGCCAAGCACA	6	46	0
AGTAAATTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT   	7	195	1
ACATAACAAAATTCCAAGGGAGGTGTGTTATGGA	8	29	0
CGTTTTAAAAATTTAAAAGGAATTTAAGGTTTTA	8	210	0
TAATTTTATTCCTCAAAAGGAAATTTTTCAAAAT	8	252	0
AAATTAAGTGATTAAAAAGGAGGTGGTGAC    	8	280	1
AATAGTTGCCCTTTTTATGGCGATAGCTATTTAC	9	186	1
          *** * **** * *
MAP Score: 22.2311

Motif 2
TTGAATAAACAATGAGTGGTGTCAAGTT   	2	7	0
ATATTTCCTAAAGGAGGTAAGTAA       	2	49	1
ATAAACTATCAAGGAGGTGCTAAA       	3	172	1
ACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCAT	4	82	1
ACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTT	4	148	1
ACGCCCTAACAATAAGGGATTGTTCCTTGGA	4	214	1
         AAGGGAGAGGTTGGCCGGCTGG	5	1	1
TTGGCGGGAGAGGGAGGGAATCGAACCCTCC	5	81	0
ATGGAAAAAGAGGAAGGTATGT         	6	264	1
TTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT      	7	201	1
CAAAATTCCAAGGGAGGTGTGTTATGGATAA	8	26	0
AGTGATTAAAAAGGAGGTGGTGAC       	8	286	1
CTTATCCAGTAGTGAGCGGGGAATCCGAATA	9	26	0
TCCGTTCCAGAAGGCGGGAATTCTCATACCG	9	254	0
          ********* *
MAP Score: 18.7249

Motif 3
TATACTAATAATTTGCCTTAAAAGGAGGAAGCGA    	1	6	0
AAGGCAATTAAAACCCCTTTTCAGGAGGAGCTTC    	1	61	1
AGGGAATACTCATATTTCCTAAAGGAGGTAAGTAA   	2	38	1
ATAATTCAGTAATAAACTATCAAGGAGGTGCTAAA   	3	161	1
TTTGCCATACAAAAGCTGGATGAAGAGGAAGCCCTCAA	6	192	1
GAAATAATAGAAGAAATGGAAAAAGAGGAAGGTATGT 	6	249	1
GACTTTGCAAAATTCGTGGTGGAGGAGGTTAAATCCAA	7	25	0
GAAGAGAAAAAAGAAGCTAAAAAAGAGAGTGAGACTTG	7	62	0
GGATAAATTTAAAAGTTAAATGAAGAGAAAAAAGAAGC	7	83	0
TCTTTAGTAAATTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT  	7	190	1
GAATAAAATTAAGTGATTAAAAAGGAGGTGGTGAC   	8	275	1
          **    *  *  ******
MAP Score: 13.8787

Motif 4
CGGGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGCCGGGCACACTTATCAAGGT	3	16	0
GACAGAGCACGGGGCTCCGGACCCCGGGGTCGCGGGTTCAAGT	3	40	0
TTCTTCTGATGGAACAACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTG	4	119	1
ACTTGTGATAGGACCTGCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATA	4	185	1
TTGAAGTCCCGGGGCGGCACCAGCCGGCCAACCTCTCCCTT  	5	8	0
GTGCCGCCCCGGGACTTCAAATCCCGTGGGAGGTCCCGCAAGG	5	31	1
GGAGAGGGAGGGAATCGAACCCTCCGGAGCTCCCTTGCGGGAC	5	63	0
    AAAGCGGGAACTACTATATTCGGATTCCCCGCTCACTAC	9	6	1
TTTACGTACCGGTATGAGAATTCCCGCCTTCTGGAACGGAATG	9	245	1
CTTCTGGAACGGAATGGCAGTAGCCGCTGACTGGATGA     	9	272	1
          **  *  *     ****   * *
MAP Score: 13.5091

Motif 5
TATTCTAACCTAAACGTTAAAATGTATTCCC       	0	15	1
CTTATCCAGATTTAGCTTTAAAGTATTTAT        	4	280	1
TTCTCTTCATTTAACTTTTAAATTTATCCCCGATTTAG	7	92	1
TTTAATTTACTAAAGATTAAAAGTATACAACTTCCGAA	7	168	0
CTTTAGTAAATTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT   	7	191	1
TTTTGTTATGTAAATACTGAAACAAATTTTTAACAATT	8	52	1
AAAACGGTGTTTTATTTTAAAACTATTGAAATTGTTAA	8	81	0
ATTTCAAGTGTTAAGGTTAAAACTTTTTGTGTAAAAGT	8	159	1
ACTTTTTGTGTAAAAGTTTAAAAATATTAGTAAAACCT	8	180	1
AAAATATTAGTAAAACCTTAAATTCCTTTTAAATTTTT	8	200	1
AAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTTGAATTTT	8	219	1
AAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTTTGAGGA	8	239	1
          * **  ** ***    **
MAP Score: 12.9383

Motif 6
GGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCAT	4	78	1
GGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTT	4	144	1
AGTTACGCCCTAACAATAAGGGATTGTTCCTTGGA	4	210	1
TTACATAACAAAATTCCAAGGGAGGTGTGTTATGG	8	30	0
TTGAGCTTGTTAATACACAAGGATTTCAAGTGTTA	8	137	1
AGCGTTTTAAAAATTTAAAAGGAATTTAAGGTTTT	8	211	0
CACTCATTGTTTATTCAAAGGGAATACTCATATTT	2	20	1
ACAACCTTGATAAAAAATACGGAGTGGAGGAGTAA	9	116	1
ATTCAGTAATAAACTATCAAGGAGGTGCTAAA   	3	164	1
TTAGTAAATTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT  	7	193	1
TTTTGAGGAATAAAATTAAGTGATTAAAAAGGAGG	8	268	1
TCAAAATGCTAAAATTAAAGGCAATTAAAACCCCT	1	44	1
GCGTTATTTTTTAGACACAGGCACGCAGGGTTACG	4	50	1
          *** *   ***** *
MAP Score: 9.35528

Motif 7
CGCGGGTTCAAGTCCCGCCGGGCACACTTAT	3	22	0
AGGCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGG	4	68	1
AAACAGAAATGGTGTCGCAATCCCTCACTAT	4	90	0
AACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGG	4	134	1
TGCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGG	4	200	1
TTGGCCGGCTGGTGCCGCCCCGGGACTTCAA	5	20	1
TCCCGTGGGAGGTCCCGCAAGGGAGCTCCGG	5	52	1
CCACAAGGGCTGTTCCGTCCTCGTAAACTTC	6	75	0
TACGTTTACAGGTTCTGGCATGAGTTCGAGG	6	134	0
GGAATGGTTGGGTTACGTAATAGTCTTTGGA	9	156	1
GTTGTAAATAGCTATCGCCATAAAAAGGGCA	9	192	0
CCAGTCAGCGGCTACTGCCATTCCGTTCCAG	9	275	0
          *** *******
MAP Score: 6.37412

Motif 8
TATTCTAACCTAAACGTTAAAATGTATTCCC       	0	15	1
AGTCATAACGTAAACCTTGCAAATGAATGAATTTATAA	3	127	1
TGTGCTTGGCTATACCTTCTAAAGTTGTGGAAGTTTAC	6	46	1
AGAGTGAGACTTGACTTTGCAAAATTCGTGGTGGAGGA	7	37	0
TTTCTCTTCATTTAACTTTTAAATTTATCCCCGATTTA	7	91	1
TATCCCCGATTTAGCATTTGAAAAGCATTTATGAATTT	7	116	1
TCCTTTAAAGTTTAATTTACTAAAGATTAAAAGTATAC	7	178	0
TTTAAAACTATTGAAATTGTTAAAAATTTGTTTCAGTA	8	66	0
AGTTTTAACCTTAACACTTGAAATCCTTGTGTATTAAC	8	145	0
ACTTTTTGTGTAAAAGTTTAAAAATATTAGTAAAACCT	8	180	1
TAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTTTTGAATTT	8	218	1
AAAACGCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTTTGAGG	8	238	1
          ** ** **  ***    *
MAP Score: 5.99207

Motif 9
CCGGACCCCGGGGTCGCGGGTTCAAGTCCCGCCGGGCACACTTA	3	23	0
ACTTGAACCCGCGACCCCGGGGTCCGGAGCCCCGTGCTCTGTCC	3	40	1
TATTTTTTAGACACAGGCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAG	4	54	1
TCTTCTGATGGAACAACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAG	4	120	1
CTTGTGATAGGACCTGCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAG	4	186	1
    AAGGGAGAGGTTGGCCGGCTGGTGCCGCCCCGGGACTTCA	5	6	1
CCCGCAAGGGAGCTCCGGAGGGTTCGATTCCCTCCCTCTCCCGC	5	65	1
TTACGAGGACGGAACAGCCCTTGTGGATACCCTCGGAGTCAAAA	6	80	1
TGCCATACAAAAGCTGGATGAAGAGGAAGCCCTCAAGAGTCTTG	6	194	1
   AAAGCGGGAACTACTATATTCGGATTCCCCGCTCACTACTG	9	7	1
CCCGCCTTCTGGAACGGAATGGCAGTAGCCGCTGACTGGATGA 	9	267	1
          *     *  *    **   *****
MAP Score: 5.63013

Motif 10
GGACTTGAACCCGCGACCCCGGGGTCCGGAGCCCCG	3	38	1
ACCCCGGGGTCCGGAGCCCCGTGCTCTGTCCACCTG	3	53	1
TATTAGACACCCGATCCTCCCGAAACG         	4	1	0
CAGGCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATT	4	67	1
CAACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATT	4	133	1
CTGCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGATT	4	199	1
GGTTGGCCGGCTGGTGCCGCCCCGGGACTTCAAATC	5	18	1
AGCTCCCTTGCGGGACCTCCCACGGGATTTGAAGTC	5	43	0
ATCGAACCCTCCGGAGCTCCCTTGCGGGACCTCCCA	5	57	0
TCCACAAGGGCTGTTCCGTCCTCGTAAACTTCCACA	6	71	0
CTACTATATTCGGATTCCCCGCTCACTACTGGATAA	9	20	1
ATCCAGTCAGCGGCTACTGCCATTCCGTTCCAGAAG	9	272	0
          *** * *****    *
MAP Score: 5.26088