AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons016_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944235605
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	mog	36	molybdenum cofactor biosynthesis MOG
#1	lpdA	85	dihydrolipoamide dehydrogenase
#2	aq_737	63	hypothetical protein
#3	nifU	186	NifU protein
#4	fadD	300	long-chain-fatty-acid CoA ligase
#5	lysR2	50	transcriptional regulator (LysR family)
#6	fdoG	212	formate dehydrogenase alpha subunit
#7	gcsH1	98	glycine cleavage system protein H
#8	nifS1	111	FeS cluster formation protein NifS
#9	hypD	276	hydrogenase expression/formation protein HypD
#10	aq_1857	216	hypothetical protein
#11	acs	300	acetyl-coenzyme A synthetase
#12	ssf	300	Na(+):solute symporter (Ssf family)

Motif 1
ATAATTTGCCTTAAAAGGAGGAAGCGA     	1	5	0
AAGCTCCTCCTGAAAAGGGGTTTTAATTGCCT	1	62	0
TCATTGTTTATTCAAAGGGAATACTCATATTT	2	23	1
ACTCATATTTCCTAAAGGAGGTAAGTAA    	2	45	1
AGTAATAAACTATCAAGGAGGTGCTAAA    	3	168	1
GATAGCGTATTTCCAAGGAACAATCCCTTATT	4	224	0
TTTCATGATTTGAAAGGGGAATAAACTAAAAA	6	171	1
       CTGTGAAAAGGAGAACGTTTTTAGA	7	3	1
CTTTTTTTAATAAAAACGGGTTTTAGTATGGA	7	48	1
TGGGAGGTCCCGCAAGGGAGCTCCGGAGGGTT	8	57	1
ACCCTCGGAGTCAAAAGGAAAATTTCCCTCGA	9	108	1
TAAATTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT   	10	197	1
ATAACAAAATTCCAAGGGAGGTGTGTTATGGA	11	29	0
TTTTAAAAATTTAAAAGGAATTTAAGGTTTTA	11	210	0
ATTTTATTCCTCAAAAGGAAATTTTTCAAAAT	11	252	0
ATTAAGTGATTAAAAAGGAGGTGGTGAC    	11	282	1
          * ******** *
MAP Score: 18.6198

Motif 2
TTTGTCTTTTTTTTAAATTTTTTCATGATTTG	6	151	1
TTACTAATATTTTTAAACTTTTACACAAAAAG	11	181	0
CTTAAATTCCTTTTAAATTTTTAAAACGCTTT	11	216	1
AGTTGTATACTTTTAATCTTTAGTAAATTAAA	10	174	1
 GGGAATACATTTTAACGTTTAGGTTAGAATA	0	15	0
ATATGCCTATTTTTAAAATATTGTTTTGAAAA	6	118	1
TTGCCTTTAATTTTAGCATTTTGATATACTAA	1	36	0
TGAAACAAATTTTTAACAATTTCAATAGTTTT	11	69	1
AAAATATTGTTTTGAAAATTTTGTCTTTTTTT	6	132	1
TTTAAAAGGAATTTAAGGTTTTACTAATATTT	11	201	0
CTCCTACCTCCTTTAAAGTTTAATTTACTAAA	10	192	0
CCAGATTTAGCTTTAAAGTATTTAT       	4	285	1
CATTCTTAGTTTTTAGTTTATTCCCCTTTCAA	6	180	0
TCACTCTCTTTTTTAGCTTCTTTTTTCTCTTC	10	68	1
ACCACCTCCTTTTTAATCACTTAATTTTATTC	11	275	0
CTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTTTGAGG	11	244	1
TTTTCTCTTCATTTAACTTTTAAATTTATCCC	10	90	1
CACATGTCTACTTTAATAATTATATTCCTTCG	9	18	0
          ******  ****
MAP Score: 17.0283

Motif 3
ACGGGCACTATTATAAATAAATTACTTTGATTTCAGTC	3	93	1
TATTACTGAATTATAAATTCATTCATTTGCAAGGTTTA	3	137	0
ATAACTTTTCTTATCCAGATTTAGCTTTAAAGTATTTA	4	271	1
       CTCTTTTCCATATGGTAGTTCACAAAAGAGA	5	29	0
CATATGCCTATTTTTAAAATATTGTTTTGAAAATTTTG	6	117	1
AAATTTTGTCTTTTTTTTAAATTTTTTCATGATTTGAA	6	147	1
TTTTAGAATCTCTTCTATTTCTTTTTTTAATAAAAACG	7	28	1
CTTTTTCCATTTCTTCTATTATTTCTTCGAAAAGCTCA	9	236	0
AGTCTCACTCTCTTTTTTAGCTTCTTTTTTCTCTTCAT	10	64	1
AGCTTCTTTTTTCTCTTCATTTAACTTTTAAATTTATC	10	82	1
AACTCCTACCTCCTTTAAAGTTTAATTTACTAAAGATT	10	188	0
ACTATTGAAATTGTTAAAAATTTGTTTCAGTATTTACA	11	60	0
ATAACCATCGTTTTTAAAACGGTGTTTTATTTTAAAAC	11	96	0
GCTTTTTGAATTTTGAAAAATTTCCTTTTGAGGAATAA	11	243	1
ACCACCTCCTTTTTAATCACTTAATTTTATTCCTCAAA	11	269	0
ATTACCTTTGTTGTGGAGATTTTCGTTTACGCTTGGAT	12	73	1
CACTCCGTATTTTTTATCAAGGTTGTTCATAATCCAAG	12	104	0
          ** *  * *  **  ***
MAP Score: 16.8329

Motif 4
       GAAGCTCCTCCTGAAAAGGGGTTTTAA	1	68	0
TTAGACACCCGATCCTCCCGAAACG         	4	1	0
GGCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATT	4	69	1
GGTCCAAGTTGTTCCATCAGAAGAAACAGAAATG	4	110	0
ACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGATT	4	135	1
GCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGATT	4	201	1
AATATGCATTGATACACAATAAAAAAATGTTCAT	6	86	1
TCTATCTTTCGTTCCATACTAAAACCCGTTTTTA	7	58	0
          GGTACATCCTAAAACGTCTATCTT	7	84	0
          * *** ** *** *
MAP Score: 11.6655

Motif 5
CAAGGTTTACGTTATGACTGAAATCAAAGTAA	3	114	0
TCCTTGATAGTTTATTACTGAATTATAAATTC	3	155	0
GGCACGCAGGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGA	4	69	1
ACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGAGGGA	4	135	1
GCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAAGGGA	4	201	1
ATTTTGTTATGTAAATACTGAAACAAATTTTT	11	51	1
TCTTGAGCTTGTTAATACACAAGGATTTCAAG	11	135	1
AAAAATATTAGTAAAACCTTAAATTCCTTTTA	11	199	1
ATCACTTAATTTTATTCCTCAAAAGGAAATTT	11	260	0
CACCTCCTTTTTAATCACTTAATTTTATTCCT	11	273	0
CACAACAAAGGTAATTACCGAAAGCTGTGCAC	12	56	0
          ****  ******
MAP Score: 5.59705

Motif 6
TTTGCCTTAAAAGGAGGAAGCGA       	1	3	0
ATATTTCCTAAAGGAGGTAAGTAA      	2	49	1
ATAAACTATCAAGGAGGTGCTAAA      	3	172	1
TCATGATTTGAAAGGGGAATAAACTAAAAA	6	173	1
      CTGTGAAAAGGAGAACGTTTTTAG	7	4	1
          AAGGGAGAGGTTGGCCGGCT	8	0	1
TTATTGGCGGGAGAGGGAGGGAATCGAACC	8	85	0
AAAGCTGGATGAAGAGGAAGCCCTCAAGAG	9	203	1
AGAAGAAATGGAAAAAGAGGAAGGTATGT 	9	257	1
AAAATTCGTGGTGGAGGAGGTTAAATCCAA	10	25	0
AAATGAAGAGAAAAAAGAAGCTAAAAAAGA	10	74	0
TTAAACTTTAAAGGAGGTAGGAGTT     	10	201	1
AGTGATTAAAAAGGAGGTGGTGAC      	11	286	1
AAAATACGGAGTGGAGGAGTAAGCCATGGA	12	129	1
          **********
MAP Score: 4.18624

Motif 7
CGCGACCCCGGGGTCCGGAGCCCCGTGCTCTGTC	3	49	1
ATTTATAATAGTGCCCGTAGCTCAGGTGGACAGA	3	77	0
CGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACACCATTTCT	4	83	1
GGAACAACTTGGACCGGTTACGCCCTAATAGTGA	4	129	1
CGCCCTAATAGTGAGGGATTGCGACCTTTTGATG	4	149	1
GGACCTGCTGGTGTCAGTTACGCCCTAACAATAA	4	195	1
        AAGGGAGAGGTTGGCCGGCTGGTGCC	8	2	1
TTGAAGTCCCGGGGCGGCACCAGCCGGCCAACCT	8	17	0
TTCAAATCCCGTGGGAGGTCCCGCAAGGGAGCTC	8	46	1
TGGCGGGAGAGGGAGGGAATCGAACCCTCCGGAG	8	77	0
AATACGGAGTGGAGGAGTAAGCCATGGAATGGTT	12	131	1
TTACAACAGGGCGACCGAAGCGGAAGAGTTTTAC	12	216	1
AGAGTTTTACGTACCGGTATGAGAATTCCCGCCT	12	240	1
CCCGCCTTCTGGAACGGAATGGCAGTAGCCGCTG	12	267	1
          *** *** * * **
MAP Score: 3.58083

Motif 8
GATAAGTGTGCCCGGCGGGACTTGAACCCGCGACCCC	3	21	1
TGAACCCGCGACCCCGGGGTCCGGAGCCCCGTGCTCT	3	43	1
TAGGGCGTAACCCTGCGTGCCTGTGTCTAAAAAATAA	4	53	0
GATTTGAAGTCCCGGGGCGGCACCAGCCGGCCAACCT	8	17	0
CTTGTGGATACCCTCGGAGTCAAAAGGAAAATTTCCC	9	99	1
AAGAGGAAGCCCTCAAGAGTCTTGAGCTTTTCGAAGA	9	214	1
AGCTATTTACAACAGGGCGACCGAAGCGGAAGAGTTT	12	210	1
CGCCTTCTGGAACGGAATGGCAGTAGCCGCTGACTGG	12	269	1
          *** * * * *   ***
MAP Score: 2.21703