AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944235633
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	glmS	29	glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
#1	purD	35	phosphoribosylamine-glycine ligase
#2	aq_765	33	putative protein
#3	aq_1104	45	putative protein
#4	aq_1173	115	hypothetical protein
#5	purF	27	amidophosphoribosyltransferase
#6	purL	52	phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
#7	hemN	300	oxygen-independent coproporphyrinogen II

Motif 1
        TTAAACAAGAATTATAATTGAAGTTAG	0	2	1
CTTACCACTTATATAATAAGTTTAAC         	1	19	1
          AAGTCTAAATTTTAAAGTTAAACTT	2	0	1
         CAGGAAAAAAGTTTAACTTTAAAATT	2	17	0
TTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT   	3	23	1
TATAAGGTTAAAATAAAAACTCTAAA         	6	36	1
GCCTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCTCTATAC	7	10	1
TTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGTATA	7	40	0
TATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGAT	7	97	1
ATTTCTTGCAAATAAACAATTAAAAGCCTCAGGAA	7	210	1
TAAAAGCCTCAGGAAAGAAGTAAAAATAGATGATA	7	230	1
AAGTAAAAATAGATGATAACTCTATTATCCAATAT	7	247	1
AGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATTGGATAA	7	271	0
          **  ** ** * ***
MAP Score: 13.8106

Motif 2
CTCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATA	7	266	1
 GTCTAACTTCAATTATAATTCTTGTTTAA   	0	7	0
TTTATTATTGCTTTAATAAGTATCTTTTTTGGT	7	56	1
GTAATGATAGCTGTTATAACTATCGTAGTTTTA	4	47	1
TTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT 	3	23	1
GGTGAAAAGGCATTACTAATTGTATACCTTGCT	7	139	1
CTTACCACTTATATAATAAGTTTAAC       	1	19	1
TATAAGGTTAAAATAAAAACTCTAAA       	6	36	1
TGCAAATAAACAATTAAAAGCCTCAGGAAAGAA	7	216	1
AAAAAAGTTTAACTTTAAAATTTAGACTT    	2	6	0
     CTTAACAAGTTTAAATATACACCTTTT 	5	9	0
CCACCTAATACTACAATAAATATGAAAAGAGCA	7	168	0
ACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGATCTTTG	7	104	1
CTTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGT	7	43	0
TTTTATTTTAACCTTATAATTTTACTTACCGAA	6	21	0
          ** ****** * *
MAP Score: 11.1817

Motif 3
GAAAAAAGTTTAACTTTAAAATTTAGACTT          	2	0	0
TACCTCTTTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT 	3	16	1
AAAACTACGATAGTTATAACAGCTATCATTACGTCGCCCA	4	39	0
       TTTAGAGTTTTTATTTTAACCTTATAATTTTAC	6	29	0
CCCCAGTATAGAGAGATCCAATTTATCCTTCGCCAGAGGC	7	10	0
CTCTCTATACTGGGGATAGGATTTATTATTGCTTTAATAA	7	35	1
ATTGCTTTAATAAGTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATTA	7	62	1
AAGGCATTACTAATTGTATACCTTGCTCTTTTCATATTTA	7	145	1
TATTGGATAATAGAGTTATCATCTATTTTTACTTCTTTCC	7	241	0
GAGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATTGGATAATAGA	7	267	0
          *** * *     ***   **
MAP Score: 4.76823

Motif 4
CCTTACCACTTATATAATAAGTTTAAC         	1	18	1
     AAGTCTAAATTTTAAAGTTAAACTTTTTTCC	2	5	1
TTTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT   	3	22	1
AAAACTACGATAGTTATAACAGCTATCATTACGTCG	4	43	0
TTCGGTAAGTAAAATTATAAGGTTAAAATAAAAACT	6	21	1
CCAAAAAAGATACTTATTAAAGCAATAATAAATCCT	7	52	0
TACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGATCTTTGAG	7	103	1
TTTAATTGTTTATTTGCAAGAAATAAGGCAGCCCCA	7	198	0
GAAGTAAAAATAGATGATAACTCTATTATCCAATAT	7	246	1
GAGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATTGGATAA	7	271	0
          **  * ****   ***
MAP Score: 2.73392