AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons017_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944235643
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	glmS	29	glucosamine-fructose-6-phosphate aminotransferase
#1	purD	35	phosphoribosylamine-glycine ligase
#2	aq_765	33	putative protein
#3	aq_1104	45	putative protein
#4	carB1	300	carbamoyl-phosphate synthase large subunit
#5	aq_1173	115	hypothetical protein
#6	purF	27	amidophosphoribosyltransferase
#7	purL	52	phosphoribosylformylglycinamidine synthase II
#8	hemN	300	oxygen-independent coproporphyrinogen II

Motif 1
    TTAAACAAGAATTATAATTGAAGTTAG	0	6	1
CCACTTATATAATAAGTTTAAC         	1	23	1
     CAGGAAAAAAGTTTAACTTTAAAATT	2	17	0
TAACTCTACAAAGAGGTAAAAGCC       	3	3	0
TACGGAGGAGAATAAGTATAATCTTTCTTA 	4	280	1
       CTTAACAAGTTTAAATATACACCT	6	13	0
CTTCGGTAAGTAAAATTATAAGGTTAAAATA	7	20	1
AATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGAT	8	101	1
CTTGCAAATAAACAATTAAAAGCCTCAGGAA	8	214	1
AGCCTCAGGAAAGAAGTAAAAATAGATGATA	8	234	1
          ** ********
MAP Score: 15.0077

Motif 2
TAAAGTTAAACTTTTTTCCTG         	2	22	1
        GGCTTTTACCTCTTTGTAGAGT	3	2	1
ACTTCACAGCCTTCTTCCTTCACAACATCG	4	63	0
TCGGGTGGTATTTCTATCTTCTTCTCAAAA	4	165	0
TACAAATTCCTTTATTTCTTTAATGTCTTT	4	205	0
ACGCTGTCTATTTCTTCCATAAATTGTTCT	4	246	0
GTCGCCCATCCTTCCACCTCCTGTTAGGAT	5	17	0
ATTCTCAAAGCTTCTTCCCGCTTAAGCC  	5	97	1
       TCGCTTCCTCCTTCGGTAAGTAA	7	3	1
TAGTAATGCCTTTTCACCCTCAAAGATCAT	8	127	0
GTGGGGCTGCCTTATTTCTTGCAAATAAAC	8	197	1
TCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCTTTTA	8	230	0
          **********
MAP Score: 10.5941

Motif 3
   CAGGAAAAAAGTTTAACTTTAAAATTTAGACTT          	2	0	0
GGCTTTTACCTCTTTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT 	3	10	1
CCGGTCGGTGTAGATATTGACTTGGAAGTTTGTTTTGACGATGTTG	4	25	1
TTATTTCTTTAATGTCTTTTTTGAGTATTTCGGGTGGTATTTCTAT	4	178	0
CCACGCTGTCTATTTCTTCCATAAATTGTTCTATTGCAAAGGTTAC	4	232	0
       TTTAGAGTTTTTATTTTAACCTTATAATTTTACTTACCG	7	23	0
ATTGCTTTAATAAGTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATTAATACGA	8	62	1
TGAAAAGAGCAAGGTATACAATTAGTAATGCCTTTTCACCCTCAAA	8	133	0
CATCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCTTTTAATTGTTTATTTGCA	8	216	0
AAATAGATGATAACTCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATA	8	253	1
          **  * *    *  *   **    **
MAP Score: 5.07855

Motif 4
    TTAAACAAGAATTATAATTGAAGTTAGAC     	0	6	1
          AAGTCTAAATTTTAAAGTTAAACTTTTT	2	0	1
TTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT      	3	23	1
ACTTACCGGTCGGTGTAGATATTGACTTGGAAGTTTGT	4	20	1
TGAAGGAAGAAGGCTGTGAAGTTGACTTAACACCCGGT	4	71	1
TTCTATTGCAAAGGTTACAAATTCCTTTATTTCTTTAA	4	212	0
TGGAGTACGGAGGAGAATAAGTATAATCTTTCTTA   	4	275	1
    CTTAACAAGTTTAAATATACACCTTTT       	6	3	0
TTTTTATTTTAACCTTATAATTTTACTTACCGAAGGAG	7	17	0
GAAAAGAGCAAGGTATACAATTAGTAATGCCTTTTCAC	8	140	0
TTAAAAGCCTCAGGAAAGAAGTAAAAATAGATGATAAC	8	229	1
AGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATTGGATAATAG	8	268	0
          ***   * ** ** *  *
MAP Score: 2.4644

Motif 5
CACTTATATAATAAGTTTAAC         	1	24	1
AGTCTAAATTTTAAAGTTAAACTTTTTTCC	2	11	1
GAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT   	3	28	1
ACGGAGGAGAATAAGTATAATCTTTCTTA 	4	281	1
AAGTAAAATTATAAGGTTAAAATAAAAACT	7	27	1
          **********
MAP Score: 1.47128

Motif 6
          AAGTCTAAATTTTAAAGTTAAACTT	2	0	1
  CAGGAAAAAAGTTTAACTTTAAAATTTAGACTT	2	10	0
TTGTAGAGTTAAGTATTAAATTTAATTTAACT   	3	23	1
        AAAAGGTGTATATTTAAACTTGTTAAG	6	2	1
CTCCTTCGGTAAGTAAAATTATAAGGTTAAAATAA	7	17	1
GTAAAATTATAAGGTTAAAATAAAAACTCTAAA  	7	29	1
TTATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGA	8	96	1
TGAAAAGAGCAAGGTATACAATTAGTAATGCCTTT	8	144	0
AGCCTCAGGAAAGAAGTAAAAATAGATGATAACTC	8	234	1
          ***    * ******
MAP Score: 0.0862281