AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AA/AA_operons018_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944235684 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 aq_142 300 putative protein #1 leuB 300 3-isopropylmalate dehydrogenase #2 leuA1 81 2-isopropylmalate synthase #3 ilvB 300 acetolactate synthase large subunit #4 ftsH 49 cell division protein FtsH #5 ilvC 66 acetohydroxy acid isomeroreductase #6 leuD 300 3-isopropylmalate dehydratase #7 icd 113 isocitrate dehydrogenase #8 metE 44 tetrahydropteroyltriglutamate methyltransferase #9 aco 52 aconitase #10 aq_1791 40 putative protein #11 ntrC2 209 transcriptional regulator (NtrC family) #12 ilvH 27 acetolactate synthase #13 aq_2088 28 putative protein #14 leuA2 53 2-isopropylmalate synthase Motif 1 AGATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTCGAAAAGGAAAAGTAT 0 33 1 ATAGAAGGGGAAGGTTTAGTAATAGAATTTAAAAACGGGGAGAT 0 152 1 GTGAGGGTCAGAAGTTTAATAAGTTATTGATAAAGCGTTATTTT 1 18 0 GAGGTTCTGCAAACTTGAGTATACCTTTATAAAATTTTTACCCT 1 89 1 TAGGGCTGAAGGGATTGAAAATCAAGGGTAAAAATTTTATAAAG 1 113 0 GGGCTTTGTAGCCCTTAAACATAATTATAATAAATTCGTCTAAG 1 243 1 ACGATTGTTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGATTATA 2 17 0 AGGAAGCTTTCAAGTACATAAGCGTTGTGGAAAAGGAAGACGGG 3 82 1 AAATTAATATAAAGTTTACAAATTTATTTAAATATCAAAAGCAC 3 248 1 GACCTCCTCCTGAAGATTACTTTTAAAAAATAGTTAAAC 4 20 0 TCAAAATAAGGCAGCTGAGAAGATGTCTTTAAAACTCGCAGAAT 6 206 0 TTTACCTCTAGAGATTTATAACAAAAATCAAAAAGTGTTTTAAA 7 20 1 AAAAGATATTTTAAAATAAGAAGTTCTAAAAGGAGGAGAAA 8 7 1 CCTTTCAAAACAATTTTAAAACTTCATTTTAAAATTAGAAACCT 9 10 0 TTACCTTTTCACTGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTTCGGATAG 11 128 0 TCCGAAGAAAGTTCTTGAAAAGCTAAATTAAAAATAA 11 182 1 GGTTATTGAAAATATTTCTCAAATAAGAAAAGTCA 14 28 0 * ** * * * **** MAP Score: 21.7701 Motif 2 AAAGTTTTCCTTTACAAAAATTGTCCCGTCTTCCT 3 115 0 GTCAAGTTAATTTAAAACACTTTTTGATTTTTGTT 7 39 0 ATAATCGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTA 2 18 1 AACTTCTTATTTTAAAATATCTTTT 8 0 0 TTAATTTAGCTTTTCAAGAACTTTCTTCGGAACGA 11 178 0 CTTTTCACTGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTTCG 11 133 0 ATTCTGCGAGTTTTAAAGACATCTTCTCAGCTGCC 6 206 1 CCTCTAGAGATTTATAACAAAAATCAAAAAGTGTT 7 24 1 AATTTACAAACCTTCTTCTTGTACTTC 6 2 1 CTCTTTTGCTTTTACAAAGCCTATCCGAACTTTGT 11 108 1 TTAACTATTTTTTAAAAGTAATCTTCAGGAGGAGG 4 22 1 GGTTATTGAAAATATTTCTCAAATAAGAAA 14 33 0 GGTAATCCGTTTTATCAAAGTTTTCCTTTACAAAA 3 131 0 TGAGTATACCTTTATAAAATTTTTACCCTTGATTT 1 104 1 GGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTCGAAAAGGAAA 0 37 1 ATTTGTAAACTTTATATTAATTTTCAATGTTTTAG 3 236 0 CAATTTGTTCTTTATAATAAATCCTTCAGGAGGTC 5 37 1 TAAAATGAAGTTTTAAAATTGTTTTGAAAGGAGGT 9 23 1 AATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTT 0 162 0 ATTTTATTCATTTTGAAGAAGTGTGTCAAGTTAAT 7 63 0 TAATATAAAGTTTACAAATTTATTTAAATATCAAA 3 252 1 TCCTTTATACTTAATAAAAATTCCCTATGGGAGGT 0 270 1 **** ** * * ** MAP Score: 20.2445 Motif 3 TACATTCAAGAATAAGGAGTGGAAGATG 0 4 1 TTAAAAATACCTCTCGAAAAGGAAAAGTATGAGA 0 47 1 TAAAGGAATATCCTGAAACGGGAACGATGTTAAT 0 81 1 CCAGATTACTCTATAGAAGGGGAAGGTTTAGTAA 0 140 1 AGTAATAGAATTTAAAAACGGGGAGATTTACACA 0 169 1 GATAGGAATAATAAAATAGGAAAAGTTTTAAC 2 59 0 TACATAAGCGTTGTGGAAAAGGAAGACGGGACAA 3 96 1 GACGGGACAATTTTTGTAAAGGAAAACTTTGATA 3 120 1 AGCTCTGGCTTTGAAAAAGAAGTACAAGAAGAAG 6 21 0 AGCTGCCTTATTTTGAAAGAAGTACAAATCCTCC 6 234 1 AAAAGATATTTTAAAATAAGAAGTTCTAAAAG 8 8 1 AAATAAGAAGTTCTAAAAGGAGGAGAAATCC 8 23 1 TAAAACTTCATTTTAAAATTAGAAACCT 9 4 0 TTTAAAATTGTTTTGAAAGGAGGTCAGT 9 34 1 TATCCGAACTTTGTGAAAAAGGTTTTAAACAGTG 11 129 1 CCGAAGAAAGTTCTTGAAAAGCTAAATTAAAAAT 11 183 1 AATAAATTATTAAACAGGAGGATTGTA 12 6 1 TTGAAAATATTTCTCAAATAAGAAAAGTCAACAG 14 24 0 ** * *** *** * MAP Score: 15.3941 Motif 4 TATTTTTTAAAAGTAATCTTCAGGAGGAGGTC 4 27 1 TTATTTAAATATCAAAAGCACCGGAGGTATTGAAGAG 3 271 1 AATAAATTATTAAACAGGAGGATTGTA 12 4 1 GTTCTTTATAATAAATCCTTCAGGAGGTCACGC 5 43 1 ATATTAGTCCACCACACGAAACGGAGGTTCGGAA 10 16 1 AAGTTTTAAAATTGTTTTGAAAGGAGGTCAGT 9 30 1 AAATTGTAAGATAATAATGTCGGGAGGTAGGTT 5 6 0 TTTAAAATAAGAAGTTCTAAAAGGAGGAGAAATCC 8 19 1 AAATAAGAAAAGTCAACAGAAAAGAGGAAAAAT 14 6 0 TTCAAAACAAGGCTCTGGCTCAGGAAGCTTTCAAGTA 3 61 1 TCTCTCTCCAGAAAGAAGTTAAGGAAGGAAATAAACA 6 133 1 ACGCAGGCAAGAACCATAAACCAGAGGGCGTGGTAAT 3 160 0 ACACAATAGACGTTTATGATCCGGAAGTGGCAAGAAA 0 198 1 CTGGCTTTGAAAAAGAAGTACAAGAAGAAGGTTTGTA 6 14 0 TGGGTGAAAGAAAGAATACTCCAGAAGGTTCAAAACA 3 33 1 CGGAAGTGGCAAGAAAAATTAAGCAGGAGCTTGTTCT 0 219 1 AGTACATAAGCGTTGTGGAAAAGGAAGACGGGACAAT 3 94 1 TACATTCAAGAATAAGGAGTGGAAGATGGA 0 3 1 AAAAGGAAAAGTATGAGATAAAGGAATATCCTGAAAC 0 63 1 * * ******** MAP Score: 13.8138 Motif 5 TTTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGGTA 0 54 0 CCCGTTTCAGGATATTCCTTTATCTCATACT 0 72 0 TAGTACTTTAAACTTTCCTTTATACTTAATA 0 255 1 TGCAAACTTGAGTATACCTTTATAAAATTTT 1 96 1 AATCGTTAAAACTTTTCCTATTTTATTATTC 2 55 1 TTCCTATTTTATTATTCCTATC 2 69 1 GTTTTATCAAAGTTTTCCTTTACAAAAATTG 3 127 0 ATTACGTAAAGGTTGACCTTTCGAACAAAAA 6 85 0 ACTTAAAGATTTTACCTCTAGAGATTTAT 7 8 1 TGATTTGCGGAGTTATCCTTTCAATATTCGG 11 22 1 GGAACGAAGCGCCTTACCTTTTCACTGTTTA 11 154 0 TTATTTTTAATTTAGCTTTTCAAGAACTT 11 190 0 ATTTTTCCTCTTTTCTGTTGA 14 0 1 * ********* MAP Score: 13.4379 Motif 6 TTAAATTCTATTACTAAACCTTCCCCTTCTATAGAG 0 148 0 TGAGTATACCTTTATAAAATTTTTACCCTTGATTTT 1 104 1 AATTTAGCTTTTCAAGAACTTTCTTCGGAACGAAGC 11 175 0 AAGTTTTCCTTTACAAAAATTGTCCCGTCTTCCTTT 3 113 0 GATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTCGAAAAGGA 0 34 1 TATCAATAACTTATTAAACTTCTGACCCTCACGAAA 1 30 1 TTGTTAAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGAT 2 21 0 TTCAAAACAATTTTAAAACTTCATTTTAAAATTAGA 9 15 0 TTTAAATAAATTTGTAAACTTTATATTAATTTTCAA 3 244 0 GGTTATTGAAAATATTTCTCAAATAAGA 14 35 0 CCTTTTCACTGTTTAAAACCTTTTTCACAAAGTTCG 11 133 0 GTTTAACTATTTTTTAAAAGTAATCTTCAGGAGGAG 4 20 1 AATTTACAAACCTTCTTCTTGTACTTCT 6 2 1 TTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCTTATTTTAAAATAT 8 15 0 TCCTTTATACTTAATAAAAATTCCCTATGGGAGGTA 0 270 1 GTGTCTAAAAAATAACGCTTTATCAATA 1 2 1 AATTTGTTCTTTATAATAAATCCTTCAGGAGGTCAC 5 38 1 GGTAATCCGTTTTATCAAAGTTTTCCTTTACAAAAA 3 130 0 ATACTCAAGTTTGCAGAACCTCAGGTTAGCGGAAAT 1 75 0 TTAAACATAATTATAATAAATTCGTCTAAGTTTTTA 1 257 1 GTTTATTTCCTTCCTTAACTTCTTTCTGGAGAGAGA 6 133 0 ** ***** * * * MAP Score: 13.3151 Motif 7 CCTTTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGGT 0 55 0 TACTATTAACATCGTTCCCGTTTCAGGATATT 0 87 0 TCTATTACTAAACCTTCCCCTTCTATAGAGTA 0 146 0 CTAGTACTTTAAACTTTCCTTTATACTTAATA 0 254 1 AAGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGATT 2 20 0 ACAATCGTTAAAACTTTTCCTATTTTATTATT 2 53 1 CCGTTTTATCAAAGTTTTCCTTTACAAAAATT 3 128 0 ATAAATTTGTAAACTTTATATTAATTTTCAAT 3 243 0 AATTTACAAACCTTCTTCTTGTACTTCTTT 6 8 1 CCTTCTTCTTGTACTTCTTTTTCAAAGCCAGA 6 20 1 TCGCAACGACGAACTTTTTGTTCGAAAGGTCA 6 71 1 TCGAAAGGTCAACCTTTACGTAATTCACACTT 6 92 1 CCTCCTTTTAGAACTTCTTATTTTAAAATATC 8 14 0 AACAATTTTAAAACTTCATTTTAAAATTAGAA 9 14 0 ******* * ** MAP Score: 12.8449 Motif 8 GTGGAAGATGGAGCTGTTATTAAAAATACCTCTC 0 28 1 AAGGTTTAGTAATAGAATTTAAAAACGGGGAGAT 0 162 1 CTCCCATAGGGAATTTTTATTAAGTATAAAGGAA 0 269 0 ACGCTTTATCAATAACTTATTAAACTTCTGACCC 1 24 1 ATCAAGGGTAAAAATTTTATAAAGGTATACTCAA 1 103 0 AGGGTTAAAAAACTTCTTATAAAAGCCGATTATA 2 17 0 GATAGGAATAATAAAATAGGAAAAGTTTTAACG 2 58 0 GGAAGACGGGACAATTTTTGTAAAGGAAAACTTT 3 116 1 AAAACATTGAAAATTAATATAAAGTTTACAAATT 3 238 1 TTGATATTTAAATAAATTTGTAAACTTTATATTA 3 252 0 TTTGCAGTTTAACTATTTTTTAAAAGTAATCTTC 4 14 1 CCTCCTGAAGGATTTATTATAAAGAACAAATTGT 5 36 0 TTCTTCTTGTACTTCTTTTTCAAAGCCAGAGCTA 6 22 1 GGCAGCTGAGAAGATGTCTTTAAAACTCGCAGAA 6 207 0 CTTCTCAGCTGCCTTATTTTGAAAGAAGTACAAA 6 228 1 ACAAAAATCAAAAAGTGTTTTAAATTAACTTGAC 7 40 1 AGTGTAATTTTATTCATTTTGAAGAAGTGTGTCA 7 70 0 AAAAGATATTTTAAAATAAGAAGTTC 8 2 1 ATTTTAAAATAAGAAGTTCTAAAAGGAGGAGAAA 8 17 1 CAATTTTAAAACTTCATTTTAAAATTAGAAACCT 9 10 0 ACCTCCTTTCAAAACAATTTTAAAACTTCATTTT 9 24 0 GAACTTTGTGAAAAAGGTTTTAAACAGTGAAAAG 11 134 1 TCGTTCCGAAGAAAGTTCTTGAAAAGCTAAATTA 11 178 1 AATAAATTATTAAACAGGAGGATT 12 0 1 GGTTATTGAAAATATTTCTCAAATAAGAAAAGT 14 30 0 ** * **** *** MAP Score: 11.4426 Motif 9 AATAACAGCTCCATCTTCCACTCCTTATTCTTGAA 0 14 0 TCAGGATATTCCTTTATCTCATACTTTTCCTTTTC 0 62 0 GTAAATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAAC 0 165 0 TTAAGCAGGAGCTTGTTCTAGTACTTTAAACTTTC 0 237 1 GACCCATAAACCATATTCAATTGCCAAGGAGCCAG 1 205 1 AAAAATTGTCCCGTCTTCCTTTTCCACAACGCTTA 3 100 0 AATTTACAAACCTTCTTCTTGTACTTCTTTTTCAA 6 10 1 CTGTTTATTTCCTTCCTTAACTTCTTTCTGGAGAG 6 136 0 GAAGTACAAATCCTCCTCGTCTCCTACGTCTGCTA 6 252 1 TCCGTCAAGCCCCTTTTTCATTCCTGCGCTCTTTT 11 80 1 ** * *** * * ** MAP Score: 9.21983 Motif 10 GAAATTAACGTTCGTTTCGTGAGGGTCAGAAG 1 48 0 AGTTTCTTTACGTGATTTGCGGAGT 11 3 1 CTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGGTATTTTTA 0 48 0 TTCCGAACCTCCGTTTCGTGTGGTGGACTAA 10 19 0 CCCGCTGAATTCCCTTACGTATTCTGCGAGTT 6 186 1 CGAAAGGTCAACCTTTACGTAATTCACACTTC 6 93 1 GACTGTTTATTTCCTTCCTTAACTTCTTTCTG 6 141 0 ATCAAAGTTTTCCTTTACAAAAATTGTCCCGT 3 121 0 GGTAAGGCGCTTCGTTCCGAAGAAAGTTCTTG 11 167 1 *** ** ***** MAP Score: 4.08458 Motif 11 ACAGCTCCATCTTCCACTCCTTATTCTTGAATGTA 0 4 0 TACTTTTCCTTTTCGAGAGGTATTTTTAATAACAGCTCCAT 0 35 0 TAATCTGGCTCTCCTCTCAAGTCTTTATGTACTATTAACAT 0 107 0 GTGTAAATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTTC 0 161 0 GTACTTTAAACTTTCCTTTATACTTAATAAAAATTCCCTAT 0 257 1 AAAAATAACGCTTTATCAATAACTTATTAAACTTCTGACCC 1 17 1 GGCTTTGTAGCCCTTAAACATAATTATAATAAATTCGTCTA 1 244 1 TTATAATCGGCTTTTATAAGAAGTTTTTTAACCCTTAACAA 2 16 1 TGGTAATCCGTTTTATCAAAGTTTTCCTTTACAAAAATTGT 3 126 0 AACCTACCTCCCGACATTATTATCTTACAATTTGTTC 5 6 1 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TCTGGAGTATTCTTTCTTTCACCCAGTCGG 3 28 0 AATTGTCCCGTCTTCCTTTTCCACAACGCT 3 102 0 AATTTACAAACCTTCTTCTTGTACTTCTT 6 9 1 CTTCTTCTTGTACTTCTTTTTCAAAGCCAG 6 21 1 TTCCTTCCTTAACTTCTTTCTGGAGAGAGA 6 133 0 CGGACTGTTTATTTCCTTCCTTAACTTCTT 6 145 0 GGAGGATTTGTACTTCTTTCAAAATAAGGC 6 238 0 CGTATCTTCTTTCCTCGAAGTAA 6 287 0 GGATTTCTCCTCCTTTTAGAACTTCTT 8 27 0 ACTGACCTCCTTTCAAAACAATTT 9 38 0 TTCCGAACCTCCGTTTCGTGTGGTGG 10 24 0 ATTTGCGGAGTTATCCTTTCAATATTCGGA 11 24 1 AATTCCGTCAAGCCCCTTTTTCATTCCTGC 11 77 1 TACAATCCTCCTGTTTAATAATTTA 12 12 0 ATTTTTCCTCTTTTCTGTTGACTT 14 4 1 ********** MAP Score: 1.35194