AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AA/AA_operons025_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944235927 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 thrC2 26 threonine synthase #1 aq_428 274 hypothetical protein #2 aq_609 300 hypothetical protein #3 ilvD 79 dihydroxyacid dehydratase #4 dapB 287 dihydrodipicolinate reductase #5 dapA 41 dihydrodipicolinate synthase #6 lysC 35 aspartokinase #7 thrB 300 homoserine kinase #8 thrA 168 homoserine dehydrogenase #9 asd 300 aspartate-semialdehyde dehydrogenase Motif 1 CCAAAGCGTTTTAACACCCATGGTAAAATTCTACCAAG 1 23 0 GAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATC 2 43 0 TTGTAAGGGCATAACATTGATTGGGAAATTTTTTTAAA 2 67 0 GAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATC 2 110 0 TTGTAAGGGCATAACATTGATTGGGAAATTTTTTTAAA 2 134 0 TTATCGCTTATTAAGTATTATAAAGCAAAGTCGCAATC 2 177 0 TTTATACTTGTTAATTAAAAGGAGGAAAGG 5 21 1 AATTAATAAATTTTAAGGTAAAATATTACTTTC 6 5 1 AGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAACAGC 7 8 1 TTGGAAAAACTTAATCAAAAACAATAAAACAGAGCTGT 7 41 0 TTGCACGATATAAAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCA 7 62 0 AAGCCAGTATATAAAGTAAACAACAAAAGCTAAATAAA 7 118 1 AAGACTTACTATAAAGACAAAAACAAAATAATGAGTGC 7 157 1 CAAGTATAAAAGATACAGGACAAAGGGTTAAAG 8 5 1 GACAAAGGGTTAAAGGACTATTAAGAAATACTTATGAA 8 28 1 GAGCAGGATTTTAAGCCCCAGGAGAAAAGAAATTATTG 9 62 1 GCTCAGATTTTAAAAAGGGACTACAAAAACGTCTATAA 9 141 1 TTTCTTGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAAACCTAAAACC 9 207 1 **** * * **** MAP Score: 22.6619 Motif 2 GTACCTCAGGACTCCGTCCTGAATCAAAACC 1 117 0 CAAACGTACCACCCCTCCCTGGAAGGGTACC 1 143 0 AAATGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGGCATA 2 25 0 AAATGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGGCATA 2 92 0 CAAAGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGGCATA 2 159 0 GGCGTAACGTATGCCTTATCGCTTATTAAGT 2 199 0 TTTTATCACGATCCCTTACTGTTAGGGCGTA 2 224 0 TCCCTTGCCTCCTTTGAGGTTTATA 3 4 1 TCTTCCATAATCTCCTCCTTTAGAGTTATCT 4 20 0 AGCCACTCTGACGCCTTCCTTAAACAAGAAC 4 177 0 CCTTTCCTCCTTTTAATTAACAA 5 28 0 AGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCGTGCA 7 68 1 CATTTATAAAATACCTTATTTGATTCTATAA 7 277 0 TTTTAGGTTTTTCCCTTCTTTTTTAAGTTCA 9 212 0 ** ******** MAP Score: 19.1691 Motif 3 ACTTTATCCACCCCTTGGTAGAATTTTACCATG 1 6 1 GCGTGCAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 14 1 GAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAAT 2 44 0 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 81 1 GAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAAT 2 111 0 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 148 1 AAGGCATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGA 2 213 1 TACCCTTCGGTGGTACCCCCTGAGCAAGCCTCAGAAG 4 211 1 TCAGAAGCCGTTAAGGAACTTGAACAATTAATCTTCG 4 241 1 CTGTAGCTGCTGCCGCAATTATAAAAATCAAGATATA 7 218 1 GACAAAGGGTTAAAGGACTATTAAGAAATACTTATGA 8 28 1 CTTAAGTCCTTGTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAA 8 134 1 TCCTGCTCAATTCTTCCACTGAATTAAAAGATACATA 9 33 0 GAGCAGGATTTTAAGCCCCAGGAGAAAAGAAATTATT 9 62 1 GATTGTACTTTTTAACCACATCAATAATTTCTTTTCT 9 84 0 AAAGCAGGATTTCTTGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAA 9 198 1 CTAAAACCTGTGGTGCCATATGAAGAAATAGAAGTGA 9 237 1 TTTATTAAGATTTACCCACTTTAACGATCACTTCTAT 9 264 0 * ***** ** ** MAP Score: 17.3572 Motif 4 TCCTGAGGTACCCTTCCAGGGAGGGGTGGTACGTT 1 137 1 CAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 19 1 CAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 86 1 CAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACTT 2 153 1 ATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAA 2 218 1 GTGGGCTTTTTCGTAACAGACAGGGACGTTGAAGA 4 82 1 **** ** **** MAP Score: 17.1547 Motif 5 TTCCTTGAACTTTAATCCTCTCGCTTCGGCATCCTCTTTA 1 174 0 GCGTGCAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 14 1 CAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATTTAAAAA 2 35 1 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 81 1 CAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATTTAAAAA 2 102 1 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACTT 2 148 1 CAATAAGGGATTGCGACTTTGCTTTATAATACTTAATAAG 2 169 1 AAGGCATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAA 2 213 1 GAACAAAGATTTGTAGCAGTTCCTTTTGCGCTGGTGGGCT 4 49 1 ATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAGTCTTATTTATTT 7 149 0 ** * * ** * * * * MAP Score: 14.8495 Motif 6 TAAGACTTACTATAAAGACAAAAACAAAATAATGAGTG 7 156 1 CCTTATAAGCTACAAAGATATCATTAAACTAATAGAAG 1 219 1 TTGTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAATTCTCTT 8 143 1 TTTCTTGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAAACCTAAAACC 9 207 1 TTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCCCTTATTG 2 102 0 TTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCCCTTATTG 2 35 0 GTGGTACGTTTGTAAAGAGGATGCCGAAGCGAGAGGAT 1 162 1 AGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAACAG 7 7 1 TTTCTGTGCATTTAAAAAAATTTCCCAATCAATGTTAT 2 124 1 TTTCTGTGCATTTAAAAAAATTTCCCAATCAATGTTAT 2 57 1 AAAAAGGGACTACAAAAACGTCTATAAAGACGTAATTT 9 152 1 ACCTTTGATAAGATAACTCTAAAGGAGGAGATT 4 5 1 TAAGCCAGTATATAAAGTAAACAACAAAAGCTAAATAA 7 117 1 TATTAAGTATTATAAAGCAAAGTCGCAATCCCTTATTG 2 169 0 AAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAACAATAAAA 7 50 0 * ***** ** ** MAP Score: 13.2157 Motif 7 CACCCATGGTAAAATTCTACCAAGGGGTGGATA 1 14 0 TAATCCGAGGAAAAGTCTCCCAGTTTCCTCACG 1 63 0 ATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCCCTTATTG 2 35 0 GTGCATTTAAAAAAATTTCCCAATCAATGTTAT 2 62 1 ATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCCCTTATTG 2 102 0 GTGCATTTAAAAAAATTTCCCAATCAATGTTAT 2 129 1 GGATCGTGATAAAATTTCCCCAAATTTACTTGT 2 241 1 TCTGTTACGAAAAAGCCCACCAGCGCAAAAGGA 4 69 0 AGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAACAATAAA 7 51 0 AATTCAGTGGAAGAATTGAGCAGGATTTTAAGC 9 45 1 CCTCTATAAGAGAACTCGCTCAGATTTTAAAAA 9 124 1 TAATTTTATTAAGATTTACCCACTTTAACGATC 9 272 0 **** * ***** MAP Score: 11.6779 Motif 8 AGACTTTTCCTCGGATTACCTCGGCGAGGACG 1 78 1 ACAAACGTACCACCCCTCCCTGGAAGGGTACC 1 143 0 AGCTTATAAGGACCTCTTCCTTGAACTTTAAT 1 198 0 GAAAGAAATGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGG 2 29 0 GAAAGAAATGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGG 2 96 0 TAAAGCAAAGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGG 2 163 0 CAAAGATTTGTAGCAGTTCCTTTTGCGCTGGT 4 52 1 CCTGAAGCTTTTCCAGTTCCTCGGGAGTCATG 4 132 0 AGAACCTTGCGAGGAGTTCCTGAAGCTTTTCC 4 150 0 TAGCCACTCTGACGCCTTCCTTAAACAAGAAC 4 177 0 AGATTAATTGTTCAAGTTCCTTAACGGCTTCT 4 243 0 TTTTCTCCCTCTTCCTCACCGAAGATT 4 270 0 GATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCG 7 63 1 ATAGACGTTTTTGTAGTCCCTTTTTAAAATCT 9 145 0 * *** ****** MAP Score: 11.2461 Motif 9 CAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 19 1 TTCTTTCTGTGCATTTAAAAAAATTTCCCAAT 2 54 1 CAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 86 1 TCTTTCTGTGCATTTAAAAAAATTTCCCAATC 2 122 1 CAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 153 1 ATTAATATAGTCGTTAGAAAAAGCACAAATAC 2 272 0 ACTTTTGGGTCAAGTATAATAAAAAACGTTAT 3 32 0 TTTTAATTAACAAGTATAAAATTTTTGTGCT 5 9 0 CCTTTCCTCCTTTTAATTAACAAGTATAAA 5 21 0 CATCAATAAGCCAGTATATAAAGTAAACAACA 7 111 1 ATTGCGGCAGCAGCTACAGAAAAAGCTAGATC 7 205 0 GCTGCTGCCGCAATTATAAAAATCAAGATATA 7 223 1 ATATTGCTATAATTTACAATAACCATTATAGA 7 252 1 TTTACAATAACCATTATAGAATCAAATAAGGT 7 264 1 TACATTTATAAAATACCTTATTTG 7 286 0 AAAATGTCTTAATTTTCAAAAATGATAAAATG 8 71 1 GTCCTTGTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAA 8 139 1 TTTTGTAGTCCCTTTTTAAAATCTGAGCGAGT 9 137 0 GGATTTCTTGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAAA 9 204 1 ** *** ***** MAP Score: 7.99384 Motif 10 ATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTT 2 26 1 ATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTT 2 93 1 ATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACTTTGCTTT 2 160 1 TATAATACTTAATAAGCGATAAGGCATACGTTAC 2 193 1 ACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAAAATTTC 2 225 1 * ******** * MAP Score: 7.83169 Motif 11 CTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCT 2 31 1 CTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCT 2 98 1 CTTACAATAAGGGATTGCGACTTTGCTTTAT 2 165 1 *** ******* MAP Score: 4.18316 Motif 12 AGGAAACTGGGAGACTTTTCCTCGGATTACCTC 1 67 1 ATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATTT 2 37 1 ATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATTT 2 104 1 ATAAGGGATTGCGACTTTGCTTTATAATACTTA 2 171 1 AAAAGTTCCAAAAACCTTACCTTAATACATT 3 58 1 AAAAGGAACTGCTACAAATCTTTGTTCTTCCAT 4 43 0 CGTCAGAGTGGCTATTTACCCTTCGGTGGTACC 4 195 1 ATTTTAAGGTAAAATATTACTTTCCG 6 19 1 GCTTCACCAAACGATCTAGCTTTTTCTGTAGCT 7 193 1 GTAAATTATAGCAATATATCTTGATTTTTATAA 7 236 0 AAGAGAATTATCCTTTATTTTTAAA 8 153 0 GTTAAACTCGAATATGTATCTTTTAATTCAGTG 9 21 1 TTAAGTTCAAGAAATCCTGCTTTCTTCAGTAAA 9 188 0 ** ** ** **** MAP Score: 4.01842 Motif 13 AGAGTATACGTGAGAAAATAGTTTTT 0 8 1 CGCTTTGGCTCGTGAGGAAACTGGGAGACT 1 53 1 GCCGAGGTAATCCGAGGAAAAGTCTCCCAG 1 73 0 CATCGTCCTCGCCGAGGTAATCCGAGGAAA 1 83 0 AGGACGGAGTCCTGAGGTACCCTTCCAGGG 1 128 1 GGACATGACTCCCGAGGAACTGGAAAAGCT 4 129 1 GGTGGTACCCCCTGAGCAAGCCTCAGAAGC 4 219 1 ATTAATCTTCGGTGAGGAAGAGGGAGAAAA 4 267 1 ********** MAP Score: 2.80543 Motif 14 TTTGTAGCTTATAAGGACCTCTTCCTTGAA 1 205 0 ATCCCTTATTGTAAGGGCATAACCCTGCAC 2 16 0 TGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTC 2 27 1 TTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCC 2 42 0 ATCCCTTATTGTAAGGGCATAACATTGATT 2 83 0 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