AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AA/AA_operons025_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944235959 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 thrC2 26 threonine synthase #1 aq_428 274 hypothetical protein #2 aq_609 300 hypothetical protein #3 ilvD 79 dihydroxyacid dehydratase #4 aq_914 33 putative protein #5 dapB 287 dihydrodipicolinate reductase #6 dapA 41 dihydrodipicolinate synthase #7 lysC 35 aspartokinase #8 thrB 300 homoserine kinase #9 thrA 168 homoserine dehydrogenase #10 asd 300 aspartate-semialdehyde dehydrogenase Motif 1 GAGGATGCCGAAGCGAGAGGATTAAAGTTCAAGGAAG 1 178 1 GTGCAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACA 2 16 1 ATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCCC 2 41 0 AATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACA 2 83 1 ATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAATCCC 2 108 0 AATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACT 2 150 1 GGCATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATA 2 215 1 AGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACA 8 4 1 CGATATAAAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAA 8 58 0 TTACATCAATAAGCCAGTATATAAAGTAAACAACAAA 8 108 1 AGAATCAAATAAGGTATTTTATAAATGTA 8 281 1 CAAGTATAAAAGATACAGGACAAAGGGTTAAAGGAC 9 9 1 GCAGGATTTTAAGCCCCAGGAGAAAAGAAATTATTGA 10 64 1 AGATTTTAAAAAGGGACTACAAAAACGTCTATAAAGA 10 145 1 * ** * * * *** * MAP Score: 24.8579 Motif 2 GCGAGAGGATTAAAGTTCAAGGAAGAGGTCCTTATA 1 190 1 AATTAATAAATTTTAAGGTAAAATATTACTTT 7 6 1 TCGCAATCCCTTATTGTAAGGGCATAACATTGATTG 2 82 0 TCGCAATCCCTTATTGTAAGGGCATAACATTGATTG 2 149 0 TCGCAATCCCTTATTGTAAGGGCATAACCCTGCACG 2 15 0 TAATACTTAATAAGCGATAAGGCATACGTTACGCCC 2 195 1 TTCTTGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAAACCTAAAAC 10 208 1 TTTGATAAGATAACTCTAAAGGAGGAGATTATGGAA 5 13 1 TCACGATCCCTTACTGTTAGGGCGTAACGTATGCCT 2 214 0 GCCGCAATTATAAAAATCAAGATATATTGCTATAAT 8 229 1 TTTATACTTGTTAATTAAAAGGAGGAAAGG 6 21 1 TAAATAAGACTTACTATAAAGACAAAAACAAAATAA 8 152 1 AGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAACAGC 8 10 1 TAATCTTCGGTGAGGAAGAGGGAGAAAA 5 269 1 GTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAATTCTCTT 9 145 1 ATTCTTCCACTGAATTAAAAGATACATATTCGAGTT 10 25 0 AACTTAAAAATTTTAAGATATAATTAAGTTTT 4 11 0 AGCAGGATTTTAAGCCCCAGGAGAAAAGAAATTATT 10 63 1 CAAGTATAAAAGATACAGGACAAAGGGTTAAAGG 9 8 1 GACGTTGAAGAGAGCATAAGGACGGACATGACTCCC 5 106 1 *** * **** * * MAP Score: 22.1352 Motif 3 AAATTCTACCAAGGGGTGGATAAAGT 1 2 0 AAACTAATAGAAGAGGCGGATAAAATAGTGGTCT 1 244 1 CCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTG 2 29 1 CCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTG 2 96 1 CCCTTACAATAAGGGATTGCGACTTTGCTTTATA 2 163 1 CCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAAAATTTCCCC 2 228 1 ACCAGCGCAAAAGGAACTGCTACAAATCTTTGTT 5 50 0 CATGACTCCCGAGGAACTGGAAAAGCTTCAGGAA 5 132 1 AGAAGCCGTTAAGGAACTTGAACAATTAATCTTC 5 243 1 CTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAACAGCTCTGT 8 17 1 CGATATAAAGAAGGAATTGGAAAAACTTAATCAA 8 61 0 CCAGTATATAAAGTAAACAACAAAAGCTAAATAA 8 121 1 AGATTTTAAAAAGGGACTACAAAAACGTCTATAA 10 145 1 TGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAAACCTAAAACCT 10 212 1 GAAGAAATAGAAGTGATCGTTAAAGTGGGTAAAT 10 258 1 ****** * *** MAP Score: 19.6596 Motif 4 CGGCGAGGACGATGTAGTGGTTTTGATTCAGGACGGAGTCCT 1 99 1 AAGCGTGCAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 12 1 TACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATTTAAAAA 2 33 1 GCATAACATTGATTGGGAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGA 2 55 0 TCCCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 79 1 TACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATTTAAAAA 2 100 1 GCATAACATTGATTGGGAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGA 2 122 0 TCCCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACTT 2 146 1 ATAAGGCATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAA 2 211 1 AGAACAAAGATTTGTAGCAGTTCCTTTTGCGCTGGTGGGCTT 5 48 1 GCGAGGAGTTCCTGAAGCTTTTCCAGTTCCTCGGGAGTCATG 5 132 0 TATTGTTTTTGATTAAGTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCG 8 53 1 TCATTATTTTGTTTTTGTCTTTATAGTAAGTCTTATTTATTT 8 149 0 TTCACCAAACGATCTAGCTTTTTCTGTAGCTGCTGCCGCAAT 8 195 1 GTTAAAGGACTATTAAGAAATACTTATGAATGCATAAAATGT 9 36 1 GCACCACAGGTTTTAGGTTTTTCCCTTCTTTTTTAAGTTCAA 10 211 0 * ** * ** * * ** MAP Score: 18.7718 Motif 5 TCCTGAGGTACCCTTCCAGGGAGGGGTGGTACGTT 1 137 1 CAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 19 1 CAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACAT 2 86 1 CAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACTT 2 153 1 ATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAA 2 218 1 GTGGGCTTTTTCGTAACAGACAGGGACGTTGAAGA 5 82 1 **** ** **** MAP Score: 17.0864 Motif 6 ACTTTATCCACCCCTTGGTAGAATTTTACCATG 1 6 1 GCGTGCAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 14 1 GAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAAT 2 44 0 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 81 1 GAAATTTTTTTAAATGCACAGAAAGAAATGTCGCAAT 2 111 0 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 148 1 AAGGCATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGA 2 213 1 TACCCTTCGGTGGTACCCCCTGAGCAAGCCTCAGAAG 5 211 1 TCAGAAGCCGTTAAGGAACTTGAACAATTAATCTTCG 5 241 1 AAGGCAAATGTTGCACGATATAAAGAAGGAATTGGAA 8 73 0 CTGTAGCTGCTGCCGCAATTATAAAAATCAAGATATA 8 218 1 GACAAAGGGTTAAAGGACTATTAAGAAATACTTATGA 9 28 1 CTTAAGTCCTTGTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAA 9 134 1 TCCTGCTCAATTCTTCCACTGAATTAAAAGATACATA 10 33 0 GAGCAGGATTTTAAGCCCCAGGAGAAAAGAAATTATT 10 62 1 GATTGTACTTTTTAACCACATCAATAATTTCTTTTCT 10 84 0 AAAGCAGGATTTCTTGAACTTAAAAAAGAAGGGAAAA 10 198 1 CTAAAACCTGTGGTGCCATATGAAGAAATAGAAGTGA 10 237 1 TTTATTAAGATTTACCCACTTTAACGATCACTTCTAT 10 264 0 * ***** ** ** MAP Score: 17.0061 Motif 7 ATTATAAAGCAAAGTCGCAATCCCTTATTGT 2 168 0 AGTCGTTAGAAAAAGCACAAATACAAGTAAA 2 265 0 AAAAACGTTATAAACCTCAAAGGAGGCAAGG 3 12 0 AAAAACTTAATTATATCTTAA 4 0 1 AAAACTTAATTATATCTTAAAATTTTTAAGT 4 11 1 AGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGG 8 2 1 GCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAACAGCT 8 16 1 AAGGAATTGGAAAAACTTAATCAAAAACAAT 8 54 0 AGTAAACAACAAAAGCTAAATAAATAAGACT 8 132 1 GACTTACTATAAAGACAAAAACAAAATAATG 8 159 1 GATACAGGACAAAGGGTTAAAGGACTATTAA 9 21 1 GAATGCATAAAATGTCTTAATTTTCAAAAAT 9 63 1 CAAAAATGATAAAATGGTAAATTAAACATAT 9 87 1 GACAAGGACTTAAGACTTAAACTAATTTTTA 9 117 0 CTTTTAAAAATAAAGGATAATTCTCTT 9 151 1 CCGGAAAAAATGTTAAACTCGAATATG 10 6 1 AAACGTCTATAAAGACGTAATTTTACTGAAG 10 167 1 AAAGAAGGGAAAAACCTAAAACCTGTGGTGC 10 222 1 TTAAAGTGGGTAAATCTTAATAAAATTACTT 10 277 1 **** ****** MAP Score: 11.0373 Motif 8 GGTACCCTTCCAGGGAGGGGTGGTACGTTTGTAAAGAGGA 1 143 1 AGGTCCTTATAAGCTACAAAGATATCATTAAACTAATAGA 1 215 1 CCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATT 2 29 1 AAGGGCATAACATTGATTGGGAAATTTTTTTAAATGCACA 2 61 0 CCCTTACAATAAGGGATTGCGACATTTCTTTCTGTGCATT 2 96 1 AAGGGCATAACATTGATTGGGAAATTTTTTTAAATGCACA 2 128 0 AAGTATTATAAAGCAAAGTCGCAATCCCTTATTGTAAGGG 2 163 0 CCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAAAATTTCCCCAAATTT 2 228 1 AATGTATTAAGGTAAGGTTTTTGGAACTTT 3 59 0 ACCAGCGCAAAAGGAACTGCTACAAATCTTTGTTCTTCCA 5 44 0 TCCTCCTTTTAATTAACAAGTATAAAATTTTTGTGCT 6 7 0 TAAACAACAAAAGCTAAATAAATAAGACTTACTATAAAGA 8 134 1 GCAGCAGCTACAGAAAAAGCTAGATCGTTTGGTGAAGCAC 8 191 0 TATAAAAATCAAGATATATTGCTATAATTTACAATAACCA 8 237 1 TTATATGTTTAATTTACCATTTTATCATTTTTGAAAATTA 9 80 0 CTTAAGACTTAAACTAATTTTTATATGTTTAATTTACCAT 9 100 0 AAGAGAATTATCCTTTATTTTTAAAAGGGG 9 148 0 CGTCCTCTATAAGAGAACTCGCTCAGATTTTAAAAAGGGA 10 121 1 AGATTTTAAAAAGGGACTACAAAAACGTCTATAAAGACGT 10 145 1 AAAAGTAATTTTATTAAGATTTACCCACTTTA 10 278 0 *** * * ** *** MAP Score: 9.6844 Motif 9 GCTAAAAAACAAAGGGGAAAATACAACAGCT 8 16 1 TTGTTAATTAAAAGGAGGAAAGG 6 28 1 GATACAGGACAAAGGGTTAAAGGACTATTAA 9 21 1 AGAAAGGCTAAAAAACAAAGGGG 8 2 1 TATAAACCTCAAAGGAGGCAAGGGA 3 4 0 TCGGTGAGGAAGAGGGAGAAAA 5 275 1 TGCCGAAGCGAGAGGATTAAAGTTCAAGGAA 1 183 1 AACTTAAAAAAGAAGGGAAAAACCTAAAACC 10 214 1 TTATTTTTAAAAGGGGGACAAGGACTTAAGA 9 133 0 AGATAACTCTAAAGGAGGAGATTATGGAAGA 5 20 1 GTGATCGTTAAAGTGGGTAAATCTTAATAAA 10 270 1 AACTAATAGAAGAGGCGGATAAAATAGTGGT 1 245 1 TAATTTTCAAAAATGATAAAATGGTAAATTA 9 80 1 AGTCGTTAGAAAAAGCACAAATACAAGTAAA 2 265 0 TCAGATTTTAAAAAGGGACTACAAAAACGTC 10 143 1 AGGGACGTTGAAGAGAGCATAAGGACGGACA 5 103 1 ******* *** MAP Score: 9.16195 Motif 10 AACGCTTTGGCTCGTGAGGAAACTGGGAGA 1 51 1 CTGAGGTACCCTTCCAGGGAGGGGTGGTAC 1 139 1 ATCTTTGTAGCTTATAAGGACCTCTTCCTT 1 208 0 ACGGACATGACTCCCGAGGAACTGGAAAAG 5 127 1 AAACAAGAACCTTGCGAGGAGTTCCTGAAG 5 157 0 TCCTTAACGGCTTCTGAGGCTTGCTCAGGG 5 228 0 AATTTCTTTTCTCCTGGGGCTTAAAATCCT 10 66 0 ********** MAP Score: 4.18167 Motif 11 AGTTCAAGGAAGAGGTCCTTATAAGCTACAAAGATATCATT 1 203 1 GCGTGCAGGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACATT 2 14 1 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACATT 2 81 1 CCAATCAATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGACTTT 2 148 1 AGGGATTGCGACTTTGCTTTATAATACTTAATAAGCGATAA 2 174 1 AAGGCATACGTTACGCCCTAACAGTAAGGGATCGTGATAAA 2 213 1 TCCCTTGCCTCCTTTGAGGTTTATAACGTTTTTTA 3 4 1 AAAAACTTAATTATATCTTAAAATTTTTAAGTT 4 9 1 GTACCCCCTGAGCAAGCCTCAGAAGCCGTTAAGGAACTTGA 5 223 1 CCTTTCCTCCTTTTAATTAACAAGTATAAAATT 6 18 0 GGAAAGTAATATTTTACCTTAAAATTTATTAATT 7 3 0 GTTTTTCCAATTCCTTCTTTATATCGTGCAACATTTGCCTT 8 69 1 CTTAAGTCCTTGTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAATTCT 9 134 1 ** ***** ** * MAP Score: 3.04876 Motif 12 CAAAGATATCATTAAACTAATAGAAGAGGC 1 231 1 GGGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 21 1 CTTTCTGTGCATTTAAAAAAATTTCCCAAT 2 56 1 ATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 88 1 ATGTTATGCCCTTACAATAAGGGATTGCGA 2 155 1 TGGGTCAAGTATAATAAAAAACGTTATAAA 3 29 0 CCTTTCCTCCTTTTAATTAACAAGTATAA 6 22 0 ATTGGAAAAACTTAATCAAAAACAATAAAA 8 50 0 ATAAATAAGACTTACTATAAAGACAAAAAC 8 151 1 TGCTGCCGCAATTATAAAAATCAAGATATA 8 225 1 ATTGCTATAATTTACAATAACCATTATAGA 8 254 1 TACATTTATAAAATACCTTATTT 8 287 0 GTAAATTAAACATATAAAAATTAGTTTAAG 9 103 1 GGACTTAAGACTTAAACTAATTTTTATATG 9 113 0 CCTTGTCCCCCTTTTAAAAATAAAGGATAA 9 141 1 ACTCGCTCAGATTTTAAAAAGGGACTACAA 10 137 1 GTGGGTAAATCTTAATAAAATTACTTTT 10 282 1 ********** MAP Score: 0.183045