AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons027_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236020
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	pkcI	300	protein kinase C inhibitor (HIT family)
#1	aq_284	28	hypothetical protein
#2	aq_288	28	hypothetical protein
#3	aq_474	300	hypothetical protein
#4	aq_632	22	hypothetical protein
#5	hemF	38	oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase
#6	hemN	300	oxygen-independent coproporphyrinogen II
#7	aq_2159	49	putative protein

Motif 1
TTTTAAATTCTATTACTAAACCTTCCCCTTCTATAGAG	0	80	1
CGTTCCCGTTTCAGGATATTCCTTTATCTCATACTTTT	0	159	1
TTCCTTTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGGTATTT	0	177	1
AGATTGAACTTATCCCTTAACCTCTTTGCAACGTCGAG	3	21	0
AGGGATAAGTTCAATCTCCACCTTCACGTCTTTTATAC	3	42	1
TCACGTCTTTTATACTTAGCCCTCCTCCTCTCCTTGTA	3	65	1
CCTCCTCCTCTCCTTGTAAACCTCTTGCCTGCACTCCC	3	85	1
TATTCTGGTTTCTTTCATAACCTCTCCCTACGAGAATT	3	256	1
TATAGAGAGATCCAATTTATCCTTCGCCAGAGGC    	6	6	0
AAGGCATTACTAATTGTATACCTTGCTCTTTTCATATT	6	145	1
AGAGTTATCATCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCTTT	6	232	0
          **    *   ***** **
MAP Score: 11.462

Motif 2
TTGTGTAAATCTCCCCGTTTTTAAATTCTA	0	62	1
ATTACTAAACCTTCCCCTTCTATAGAGTAA	0	91	1
CCTCTCAAGTCTTTATGTACTATTAACATC	0	130	1
TTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGGTA	0	182	1
TTAATAACAGCTCCATCTTCCACTCCTTAT	0	215	1
CCATCTTCCACTCCTTATTCTTGAATGTAA	0	227	1
AATGTAATTTCTTTTCATACATGTTTAGAC	0	250	1
TAAGTTCAATCTCCACCTTCACGTCTTTTA	3	47	1
CCCTCCTCCTCTCCTTGTAAACCTCTTGCC	3	84	1
CCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTAGTAAA	3	120	1
GTACTACAAACTTCCCATAAACGTCCCGTC	3	152	0
TTATGAGACTCTTTATGTACTTTATTATTC	3	231	1
CTTTCATAACCTCTCCCTACGAGAATTATA	3	267	1
TAAATTGGATCTCTCTATACTGGGGATAGG	6	25	1
ATACCTTGCTCTTTTCATATTTATTGTAGT	6	162	1
          **********
MAP Score: 10.909

Motif 3
TTCCGGATCATAAACGTCTATTGTGTAAATC	0	42	1
CTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCT	0	72	1
TTATGTACTATTAACATCGTTCCCGTTTCAG	0	142	1
AACTTATCCCTTAACCTCTTTGCAACGTCGA	3	22	0
AATCTCCACCTTCACGTCTTTTATACTTAGC	3	54	1
CCTCTCCTTGTAAACCTCTTGCCTGCACTCC	3	91	1
CACTCCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTAGT	3	116	1
TACCTTGCTCTTTTCATATTTATTGTAGTAT	6	163	1
ATCATCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCTT	6	233	0
GATAATAGAGTTATCATCTATTTTTACTTCT	6	245	0
TATTAAGTTTTTCACCTATATTATTCTCATA	6	279	1
      GTCTTTAAAATATATACGCCCTTTT	7	4	1
          ***** *****
MAP Score: 8.78649

Motif 4
 TCCTGCGAAAACTATAAATTAATAATCT         	1	9	1
AAAGAGGTTAAGGGATAAGTTCAATCTCCACCTTCACG	3	32	1
TCCCTACGAGAATTATAATTTATATTCCTT        	3	280	1
GCCTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCTCTATACTGG	6	10	1
TTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGTATAGAG	6	37	0
TATCACTCGTATTAATAAGTGCAACACCAAAAAAGATA	6	76	0
TATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGATCTT	6	97	1
GGAAAGAAGTAAAAATAGATGATAACTCTATTATCCAA	6	241	1
TCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATATTATTC	6	267	1
          **  **** *   *  **
MAP Score: 7.8615

Motif 5
GCGAAAACTATAAATTAATAATCT      	1	14	1
AAAAACATTCTAAGTTAAAATTACACTT  	2	10	1
  AAGGAATATAAATTATAATTCTCGTAGG	3	282	0
   ACAGAATTAAATTAATAAAATC     	4	7	1
ATTTAGGTTGTATATTAAAAAATCACT   	5	7	0
ATATACAACCTAAATTTAAAGTTTTG    	5	22	1
ATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGAT	6	102	1
AAAGGGCGTATATATTTTAAAGAC      	7	4	0
          **********
MAP Score: 7.83683

Motif 6
CAGGATATTCCTTTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGGTA	0	170	1
TATTCTTGAATGTAATTTCTTTTCATACATGTTTAGACGACA	0	242	1
   GTAATGTTATTTTATCCTAGTATTCATGTCGTCTAAACA	0	271	0
AAGGGATAAGTTCAATCTCCACCTTCACGTCTTTTATACTTA	3	41	1
ACTTAGCCCTCCTCCTCTCCTTGTAAACCTCTTGCCTGCACT	3	78	1
CCTGCACTCCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTAGTAAACGGA	3	112	1
ACTTTATTATTCTGGTTTCTTTCATAACCTCTCCCTACGAGA	3	249	1
TTAATAAGTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATTAATACGAGT	6	68	1
AGATGATAACTCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATA	6	257	1
          * *  * ** *     ** * *
MAP Score: 7.46752

Motif 7
TCTCAAGTCTTTATGTACTATTAACATCGTTCCCGTTTCAGGA	0	132	1
ATAATTTATCACTCGTATTAATAAGTGCAACACCAAAAAAGAT	6	77	0
AGATACTTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGTATAGA	6	38	0
TTGAGGGTGAAAAGGCATTACTAATTGTATACCTTGCTCTTTT	6	134	1
TTCCTTTTCGAGAGGTATTTTTAATAACAGCTCCATCTTCCAC	0	195	1
CCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTTCCCCTTCTATAGAG	0	75	1
CTTATTATCTTCTTGTACTTGTAGTAAACGGACGGGACGTTTA	3	122	1
TTTTCATATTTATTGTAGTATTAGGTGGGGCTGCCTTATTTCT	6	173	1
GATAACTCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATATTATT	6	261	1
          AAGTGTAATTTTAACTTAGAATGTTTTT     	2	5	0
ATATACGCCCTTTTGTATGATTAAGAGCAAAAGAAGCA     	7	21	1
TCCTCAGTTGTGAGGTACTTGTGATTCCTTATGAGACTCTTTA	3	203	1
ATGGGAAGTTTGTAGTACTTTTCGAGGAGTAGCATTATGTCCT	3	164	1
          *   *** ** ***        *
MAP Score: 5.97764

Motif 8
ATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTTCCC	0	70	1
CAGCTCCATCTTCCACTCCTTATTCTTGAATGTAATT	0	222	1
ATCTCCACCTTCACGTCTTTTATACTTAGCCCTCCTC	3	55	1
TTGCCTGCACTCCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTAG	3	109	1
ATGAGACTCTTTATGTACTTTATTATTCTGGTTTCTT	3	233	1
TTCTGGTTTCTTTCATAACCTCTCCCTACGAGAATTA	3	258	1
CCTACGAGAATTATAATTTATATTCCTT         	3	282	1
CCCTCAAAGATCATACGGTTTATAATTTATCACTCGT	6	104	0
TGAAAAGGCATTACTAATTGTATACCTTGCTCTTTTC	6	141	1
AATATTAAGTTTTTCACCTATATTATTCTCATA    	6	277	1
          ** *    * *** ***
MAP Score: 3.85241

Motif 9
CCTCTCAAGTCTTTATGTACTATTAACATCG	0	130	1
CAGGATATTCCTTTATCTCATACTTTTCCTT	0	170	1
 GTAATGTTATTTTATCCTAGTATTCATGTC	0	280	0
      TTGACTTTATGCTCGACGTTGCAAA	3	4	1
TGCACTCCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTA	3	114	1
CGAGGAGTAGCATTATGTCCTCAGTTGTGAG	3	186	1
TTATGAGACTCTTTATGTACTTTATTATTCT	3	231	1
ATGATAACTCTATTATCCAATATTAAGTTTT	6	259	1
          ******** **
MAP Score: 3.08185

Motif 10
CGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTTCCCCTTCTAT	0	77	1
ACTTTTCCTTTTCGAGAGGTATTTTTAATAACAGCTC	0	191	1
TGAATGTAATTTCTTTTCATACATGTTTAGACGACAT	0	248	1
       TCCTGCGAAAACTATAAATTAATAATCT  	1	3	1
TCTCCACCTTCACGTCTTTTATACTTAGCCCTCCTCC	3	56	1
CCCGTCCGTTTACTACAAGTACAAGAAGATAATAAGG	3	121	0
AATGCTACTCCTCGAAAAGTACTACAAACTTCCCATA	3	163	0
AACCTCTCCCTACGAGAATTATAATTTATATTCCTT 	3	274	1
TTAATATACAACCTAAATTTAAAGTTTTG        	5	19	1
CACTTATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATG	6	93	1
GAAAAGGCATTACTAATTGTATACCTTGCTCTTTTCA	6	142	1
AGGCAGCCCCACCTAATACTACAATAAATATGAAAAG	6	172	0
TAGAGTTATCATCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCT	6	234	0
          * *** *  ** *  **
MAP Score: 1.38667