AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons027_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236037
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	pkcI	300	protein kinase C inhibitor (HIT family)
#1	aq_284	28	hypothetical protein
#2	aq_288	28	hypothetical protein
#3	aq_474	300	hypothetical protein
#4	aq_632	22	hypothetical protein
#5	hemF	38	oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase
#6	hemN	300	oxygen-independent coproporphyrinogen II
#7	aq_2159	49	putative protein

Motif 1
 AGAACAAGCTCCTGCTTAATTTTTCTTGCCACTTCC	0	9	1
GTAATCTGGCTCTCCTCTCAAGTCTTTATGTACTATT	0	117	1
GATATTCCTTTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAGAGG	0	173	1
TAATAACAGCTCCATCTTCCACTCCTTATTCTTGAAT	0	216	1
AGATTGAACTTATCCCTTAACCTCTTTGCAACGTCGA	3	22	0
AAGTTCAATCTCCACCTTCACGTCTTTTATACTTAGC	3	48	1
TTTATACTTAGCCCTCCTCCTCTCCTTGTAAACCTCT	3	73	1
CTTGTAAACCTCTTGCCTGCACTCCCTTATTATCTTC	3	97	1
TATTCTGGTTTCTTTCATAACCTCTCCCTACGAGAAT	3	256	1
CTACGAGAATTATAATTTATATTCCTT          	3	283	1
TGATAAATTATAAACCGTATGATCTTTGAGGGTGAAA	6	109	1
TTACTAATTGTATACCTTGCTCTTTTCATATTTATTG	6	151	1
AGAGTTATCATCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGCTT	6	233	0
AACTCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATATT	6	264	1
          ***  * *    *****
MAP Score: 11.1036

Motif 2
TATTGTGTAAATCTCCCCGTTTTTAAATTCTAT	0	60	1
CTATTACTAAACCTTCCCCTTCTATAGAGTAAT	0	89	1
CTATAGAGTAATCTGGCTCTCCTCTCAAGTCTT	0	110	1
ATATTCCTTTATCTCATACTTTTCCTTTTCGAG	0	174	1
TAACAGCTCCATCTTCCACTCCTTATTCTTGAA	0	219	1
CGTCTTTTATACTTAGCCCTCCTCCTCTCCTTG	3	68	1
CTCCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTAGTAAAC	3	118	1
ACAACTGAGGACATAATGCTACTCCTCGAAAAG	3	181	0
TTCTTTCATAACCTCTCCCTACGAGAATTATAA	3	265	1
GATAAATTGGATCTCTCTATACTGGGGATAGGA	6	23	1
CTAATTGTATACCTTGCTCTTTTCATATTTATT	6	154	1
AGGCAGCCCCACCTAATACTACAATAAATATGA	6	176	0
TAGAGTTATCATCTATTTTTACTTCTTTCCTGA	6	238	0
          ****  * *****
MAP Score: 9.8179

Motif 3
 TCCTGCGAAAACTATAAATTAATAATCT         	1	9	1
AAAGAGGTTAAGGGATAAGTTCAATCTCCACCTTCACG	3	32	1
TCCCTACGAGAATTATAATTTATATTCCTT        	3	280	1
GCCTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCTCTATACTGG	6	10	1
TTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGTATAGAG	6	37	0
TATCACTCGTATTAATAAGTGCAACACCAAAAAAGATA	6	76	0
TATTAATACGAGTGATAAATTATAAACCGTATGATCTT	6	97	1
GGAAAGAAGTAAAAATAGATGATAACTCTATTATCCAA	6	241	1
TCTATTATCCAATATTAAGTTTTTCACCTATATTATTC	6	267	1
          **  **** *   *  **
MAP Score: 7.8615

Motif 4
AATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAACCTT	0	69	1
ATACTTTTCCTTTTCGAGAGGTATTTTTAATAACA	0	189	1
TATGAGACTCTTTATGTACTTTATTATTCTGGTTT	3	232	1
CCCTACGAGAATTATAATTTATATTCCTT      	3	281	1
       GATTTTATTAATTTAATTCTGT      	4	4	0
AAACTTTAAATTTAGGTTGTATATTAAAAAATCAC	5	11	0
TTATTATTGCTTTAATAAGTATCTTTTTTGGTGTT	6	57	1
CGGTTTATAATTTATCACTCGTATTAATAAGTGCA	6	91	0
ATACCTTGCTCTTTTCATATTTATTGTAGTATTAG	6	162	1
TTCCTGAGGCTTTTAATTGTTTATTTGCAAGAAAT	6	210	0
CAATATTAAGTTTTTCACCTATATTATTCTCATA 	6	276	1
          ****  *  * ****
MAP Score: 7.71986

Motif 5
CTCTATAGAAGGGGAAGGTTTAGTAATAGAATTTA	0	83	0
AGGAGTGGAAGATGGAGCTGTTATTAAAAATACCT	0	207	0
GTTGCAAAGAGGTTAAGGGATAAGTTCAATCTCCA	3	27	1
TACAAGGAGAGGAGGAGGGCTAAGTATAAAAGACG	3	68	0
TACTTTTCGAGGAGTAGCATTATGTCCTCAGTTGT	3	179	1
    GCCTCTGGCGAAGGATAAATTGGATCTCTCT	6	6	1
CTCTATACTGGGGATAGGATTTATTATTGCTTTAA	6	37	1
TATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATTAATACGAGTG	6	76	1
AGTATTAGGTGGGGCTGCCTTATTTCTTGCAAATA	6	189	1
          ** * ***  ** **
MAP Score: 7.37172

Motif 6
ACAATAGACGTTTATGATCCGGAAGTGGCAA	0	35	0
ATCTCCCCGTTTTTAAATTCTATTACTAAAC	0	70	1
   GTAATGTTATTTTATCCTAGTATTCATG	0	282	0
TGCACTCCCTTATTATCTTCTTGTACTTGTA	3	114	1
CTTTATGTACTTTATTATTCTGGTTTCTTTC	3	241	1
AGGAATATAAATTATAATTCTCGTAGGGAGA	3	278	0
 GATTTTATTAATTTAATTCTGT        	4	2	0
AGAGATCCAATTTATCCTTCGCCAGAGGC  	6	8	0
CGGTTTATAATTTATCACTCGTATTAATAAG	6	95	0
TTATCATCTATTTTTACTTCTTTCCTGAGGC	6	235	0
GTTTTTCACCTATATTATTCTCATA      	6	285	1
          ***** *****
MAP Score: 5.58974

Motif 7
CACAATAGACGTTTATGATCCGGAAGTGGC	0	37	0
ATCTTCCACTCCTTATTCTTGAATGTAATT	0	229	1
      TTGACTTTATGCTCGACGTTGCAA	3	4	1
GCCTGCACTCCCTTATTATCTTCTTGTACT	3	111	1
TCTTTATGTACTTTATTATTCTGGTTTCTT	3	240	1
TGGGGATAGGATTTATTATTGCTTTAATAA	6	45	1
AAATTATAAACCGTATGATCTTTGAGGGTG	6	113	1
TAGATGATAACTCTATTATCCAATATTAAG	6	256	1
AGTTTTTCACCTATATTATTCTCATA    	6	284	1
          **********
MAP Score: 4.09175

Motif 8
GATTACTCTATAGAAGGGGAAGGTTTAGTAATAGAATTTAA	0	82	0
ACATAAAGACTTGAGAGGAGAGCCAGATTACTCTATAGAAG	0	107	0
CTTTTCCTTTTCGAGAGGTATTTTTAATAACAGCTCCATCT	0	192	1
CGACATGAATACTAGGATAAAATAACATTAC          	0	279	1
CGACGTTGCAAAGAGGTTAAGGGATAAGTTCAATCTCCACC	3	23	1
GGTTTACAAGGAGAGGAGGAGGGCTAAGTATAAAAGACGTG	3	66	0
CTACAAGTACAAGAAGATAATAAGGGAGTGCAGGCAAGAGG	3	105	0
ATGCTACTCCTCGAAAAGTACTACAAACTTCCCATAAACGT	3	158	0
GTAGTACTTTTCGAGGAGTAGCATTATGTCCTCAGTTGTGA	3	175	1
ATGTCCTCAGTTGTGAGGTACTTGTGATTCCTTATGAGACT	3	200	1
AAAAGATACTTATTAAAGCAATAATAAATCCTATCCCCAGT	6	43	0
GTATCTTTTTTGGTGTTGCACTTATTAATACGAGTGATAAA	6	75	1
CGTATGATCTTTGAGGGTGAAAAGGCATTACTAATTGTATA	6	124	1
ATGAGAATAATATAGGTGAAAAACTTAATATTGGATAATAG	6	268	0
          * **** * *      * * *
MAP Score: 2.98801

Motif 9
TATGATCCGGAAGTGGCAAGAAAAATTAAGC	0	23	0
AGAATTTAAAAACGGGGAGATTTACACAATA	0	60	0
TACTCTATAGAAGGGGAAGGTTTAGTAATAG	0	89	0
AATATCCTGAAACGGGAACGATGTTAATAGT	0	148	0
TACCTCTCGAAAAGGAAAAGTATGAGATAAA	0	181	0
CAAAGAGGTTAAGGGATAAGTTCAATCTCCA	3	31	1
AAAAGACGTGAAGGTGGAGATTGAACTTATC	3	45	0
AAGAGGTTTACAAGGAGAGGAGGAGGGCTAA	3	80	0
ACTTGTAGTAAACGGACGGGACGTTTATGGG	3	138	1
ATAATTCTCGTAGGGAGAGGTTATGAAAGAA	3	265	0
CTCTCTATACTGGGGATAGGATTTATTATTG	6	35	1
          ****** ****
MAP Score: 1.64683