AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons030_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236109
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	aq_394	147	putative protein
#1	hdrA	57	heterodisulfide reductase subunit A
#2	aq_401	74	putative protein
#3	aq_402	27	putative protein
#4	aq_943	300	putative protein
#5	gcsH3	72	glycine cleavage system protein H
#6	fdoG	212	formate dehydrogenase alpha subunit
#7	gcsH1	98	glycine cleavage system protein H
#8	gcsH4	269	glycine cleavage system protein H
#9	gcvT	144	aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)
#10	fucA1	48	fuculose-1-phosphate aldolase
#11	putative	27	putative protein

Motif 1
GGCGGGCTTTAAAAATAAAAAAAATTAATGGAG	2	29	1
AAAAAAAATTAATGGAGATATAAATAGAGGTAA	2	45	1
AATCAAGGGTAAAAATTTTATAAAGGCATACTC	4	20	1
GGCTCTCTGCAATGATAACAAAAAGCGTTGAAA	4	197	1
TAAGTTTATGAAATGAGAAAGAAAAACCTCTTA	4	243	0
CATTTCATAAACTTAATAAATAAACACTCACTT	4	261	1
ATTTTCATTGAATAATTAAATAAATAAGTTATG	6	20	1
CCTTATATTCAAATATCACATAACTTATTTATT	6	38	0
ATGCATTGATACACAATAAAAAAATGTTCATAT	6	89	1
AAAAATTTAAAAAAAAGACAAAATTTTCAAAAC	6	140	0
TCCCCTTTCAAATCATGAAAAAATTTAAAAAAA	6	158	0
TTGAAAGGGGAATAAACTAAAAACTAAGAATGC	6	180	1
TTTTATTAAAAAAAGAAATAGAAGAGATTCTAA	7	30	0
AGTACACCTCAATAATAGAAGAAGTAAGGGCTG	9	105	1
       ACAAATTAAGATAAAATACTTCTTCT	11	11	0
          *** ** *** **
MAP Score: 7.87573

Motif 2
 ATGTTTCCAACGTAAGGGTTGCTATACACAA	0	9	1
CAATAAATTTAAGGGAGGTGTGCT        	3	13	1
GTCAGAAGTCTAATAAGTTATTTATAAAGCGT	4	102	1
TACGCCCTAATAATGAGGGATTGCGACTATAA	4	159	1
TGCCCTAAGTAAATAAGAGGTTTTTCTTTCTC	4	230	1
TATTAATTATAAGTGAGTGTTTATTTATTAAG	4	272	0
TTATAATGATAAGTAAGTGTTGATTTACTTTG	5	25	1
ATAATTAAATAAATAAGTTATGTGATATTTGA	6	31	1
AAAAAAAGAAATAGAAGAGATTCTAAAAACGT	7	24	0
CGGTAAAGAAAAGGAAGAGTTTGAGTTTGAAG	8	63	1
TGGACATAGTAAAGGGGAGTTTGCATAAAGTA	9	20	0
ATAATAGAAGAAGTAAGGGCTGTAAGGGAAGA	9	116	1
          ******* * **
MAP Score: 7.67307

Motif 3
GTCTTTTGCCCGCCTTTTGGCGGGCTTTAAAAA	2	11	1
CTATTTATATCTCCATTAATTTTTTTTATTTTT	2	39	0
   AGCACACCTCCCTTAAATTTATTGAAA   	3	7	0
TAAAGGCATACTCAATTTTGCAGAACCTCGGGT	4	40	1
TTTGCAGAACCTCGGGTTAGCGGAAATTAACAT	4	56	1
          CTCCTTTAAGCATTCTTAGTTTT	6	199	0
TAAAAACGTTCTCCTTTTCACAG          	7	0	0
ATATATTGAACTCCGTTAAGTTTGCCGTTAACG	8	149	1
GCTTTAATACCTCCAGTTAGCGGTGGTTAAAAC	8	229	1
GACAATGCCACTCCAGTACACCTCAATAATAGA	9	91	1
          **** *** ** *
MAP Score: 7.38017

Motif 4
TGTTTCCAACGTAAGGGTTGCTATACACAA	0	11	1
TCCAGGTGTGGCAAGCGTTGTGTATAGCAA	0	28	0
AATGATAACAAAAAGCGTTGAAATGCCCTA	4	207	1
ATAATGATAAGTAAGTGTTGATTTACTTTG	5	27	1
CTCCGACGGGGATAGGGTTGCTTTAATACC	8	210	1
AATACCTCCAGTTAGCGGTGGTTAAAACTT	8	234	1
AATAGAAGAAGTAAGGGCTGTAAGGGAAGA	9	118	1
          **********
MAP Score: 6.52718

Motif 5
TTGGCGGGCTTTAAAAATAAAAAAAATTAATGGAGATAT	2	27	1
    TTGATATTAATATTATGACCTTTATCAAAGTAAAT	5	47	0
ATGTGATATTTGAATATAAGGAATTTATTAACATGCAAT	6	50	1
TATGCATTGATACACAATAAAAAAATGTTCATATGCCTA	6	88	1
ATGAAAAAATTTAAAAAAAAGACAAAATTTTCAAAACAA	6	138	0
TTATTCCCCTTTCAAATCATGAAAAAATTTAAAAAAAAG	6	156	0
GGGAATAAACTAAAAACTAAGAATGCTTAAAGGAG    	6	187	1
       CTGTGAAAAGGAGAACGTTTTTAGAATCTCTT	7	3	1
TATCTTTCGTTCCATACTAAAACCCGTTTTTATTAAAAA	7	51	0
AGAAGCTCGGTAAAGAAAAGGAAGAGTTTGAGTTTGAAG	8	56	1
          * ** *  * ***    **
MAP Score: 6.11674

Motif 6
CGCCTTTTGGCGGGCTTTAAAAATAAAAAAAATTAATGG	2	21	1
ATTGAAAATCAAGGGTAAAAATTTTATAAAGGCATACTC	4	14	1
TCGTTTCATTAAGGTCAGAAGTCTAATAAGTTATTTATA	4	89	1
CACAGGCGTGCAGGGTTACGCCCTAATAATGAGGGATTG	4	143	1
TTTTCTTTCTCATTTCATAAACTTAATAAATAAACACTC	4	251	1
ACTTACTTATCATTATAAGGATATAAGAATTTC      	5	4	0
TACTTTGATAAAGGTCATAATATTAATATCAA       	5	50	1
ATGCAATATGCATTGATACACAATAAAAAAATGTTCATA	6	82	1
CCTTTCAAATCATGAAAAAATTTAAAAAAAAGACAAAAT	6	149	0
CATGATTTGAAAGGGGAATAAACTAAAAACTAAGAATGC	6	174	1
   CTGTGAAAAGGAGAACGTTTTTAGAATCTCTTCTAT	7	7	1
TTAATACCTCCAGTTAGCGGTGGTTAAAACTTCTTGGAG	8	232	1
          ****     *   *** **
MAP Score: 3.4911

Motif 7
TGTTTCCAACGTAAGGGTTGCTATACACAACGCTTGCCAC	0	11	1
CTTCGGGGTCGTAGGGGTAGTCGTCAGCTATCATCTTCCA	0	54	0
AGGATTTATAGAAGGGGGCAAGAGCCCCCATGTATGTGTG	1	11	0
TGATTGAAAATCAAGGGTAAAAATTTTATAAAGGCATACT	4	12	1
ATTCGTTTCATTAAGGTCAGAAGTCTAATAAGTTATTTAT	4	87	1
GACACAGGCGTGCAGGGTTACGCCCTAATAATGAGGGATT	4	141	1
TTCATGATTTGAAAGGGGAATAAACTAAAAACTAAGAATG	6	172	1
ATGGACATAGTAAAGGGGAGTTTGCATAAAGTAGAATAAT	9	13	0
AATAGAAGAAGTAAGGGCTGTAAGGGAAGAGCCGGA    	9	118	1
          * *****  *    *  * *
MAP Score: 1.59234