AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_operons043_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236469
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	aq_1166	113	putative protein
#1	forB2	23	ferredoxin oxidoreductase beta subunit
#2	fdx3	74	ferredoxin

Motif 1
         GGGATCTTTACGACCTTAAATT	0	1	1
CTTCCTCATAAACTTTTTAAGCTTAAATTAT	0	71	1
AGCTTAAATTATATCTTTAGGTAACAAATTC	0	90	1
         AAAAACTTTAAGGAGGTGTTGA	1	1	1
GACCCTTGTAAAATTATTAAGGAATTTTTAT	2	16	1
AATTATTAAGGAATTTTTATATTTTAATTCA	2	27	1
          ********* *
MAP Score: 4.59969