AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AA/AA_sum_all084_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944240815
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	hfq	196	host factor I
#1	iclR	33	transcriptional regulator (IclR family)
#2	miaA	40	tRNA delta-2-isopentenylpyrophosphate (IPP) transferase
#3	purL	52	phosphoribosylformylglycinamidine synthase II

Motif 1
TATTCTGAAATTGGCACGGAAATTGCATAATAAC	0	28	0
CGCTTTTACAAAGGTATGGAAATTTTTCGTGTTT	0	62	1
AATTGTAAACATGTTAACAAAATTGTAAACACGA	0	88	0
ATTTTAGCTCAACTCAAGGAAATTAAGCTGATTT	0	135	0
AATTTCCTTGAGTTGAGCTAAAATGTTTATTTAA	0	145	1
TGAGCTAAAATGTTTATTTAAATTCCAACAATAA	0	158	1
CCAACAATAAAAAGGAGGTAAAAA          	0	182	1
        AATTCTTAATTATACTCGTGGAACTA	2	2	1
         AAGTTTATATAAAATAGTTCCACGA	2	25	0
GCTTCCTCCTTCGGTAAGTAAAATTATAAGGTTA	3	12	1
          *  ***  ******
MAP Score: 3.25693

Motif 2
CAATTTTGTTAACATGTTTACAATTGAACA	0	97	1
     CAGGAAAAAAGTTTAACTTTAAAAT	1	5	1
GAGTTGAGCTAAAATGTTTATTTAAATTCC	0	154	1
ATACTCGTGGAACTATTTTATATAAACTT 	2	21	1
AGGTTAAAATAAAAACTCTAAA        	3	40	1
          **********
MAP Score: 2.99366

Motif 3
TTGTAAACACGAAAAATTTCCATACCTTTGTA	0	68	0
AACATGTTAACAAAATTGTAAACACGAAAAAT	0	83	0
TGTTCAATTGTAAACATGTTAACAAAATTGTA	0	95	0
TTGAGTTGAGCTAAAATGTTTATTTAAATTCC	0	152	1
ATTTAAATTCCAACAATAAAAAGGAGGTAAAA	0	173	1
       CAGGAAAAAAGTTTAACTTTAAAAT	1	3	1
      AAGTCTAAATTTTAAAGTTAAACTTT	1	17	0
CCTTCGGTAAGTAAAATTATAAGGTTAAAATA	3	19	1
AATTATAAGGTTAAAATAAAAACTCTAAA   	3	33	1
          ******* * **
MAP Score: 1.61841