AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions005_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241159
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0094	300	conserved hypothetical protein
#1	AF0986	30	phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA-2)
#2	AF0987	109	conserved hypothetical protein
#3	AF1136	103	ABC transporter, ATP-binding protein
#4	AF1139	47	ABC transporter, ATP-binding protein
#5	AF1608	59	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)

Motif 1
AAAAATTCGACTTTAAATGTCGAATAAATCAA	0	16	0
TGTTTTTGTAATTAAAAATTCGACTTTAAATG	0	29	0
AAATTTATTAAACTAAAATTCGATGAGGACTT	0	61	1
TGAGGACTTTCTGAACAATTCGGTTGGCTCCG	0	84	1
TCGGTTGGCTCCGAACAATTCGGAATTAATCG	0	103	1
TCGAAAATATATTAAAAATTCGATTAATTCCG	0	123	0
GAATTCAGTGAGCTAACATGCGTATTATAAAA	0	164	0
TGTCGCAAACCCTAACATTTGGTTTAGGGGGA	0	244	0
TAGGAAGCTGAGAAAAAATGGGAAATAGC   	3	7	0
 AGTTGATTGAGGTAAAAGGCGTCTCCAAAAG	4	9	1
       TAGATAAAAAATTGGGCTGACACGA	5	3	1
CATTTTGTATAAAAAACTTTCGTGTCAGCCCA	5	22	0
          *  *********
MAP Score: 16.9115

Motif 2
CGACATTTAAAGTCGAATTTTTAATTACAAAAACAA	0	26	1
TTAATTACAAAAACAAAATTTATTAAACTAAAATTC	0	46	1
GTTCGGAGCCAACCGAATTGTTCAGAAAGTCCTCAT	0	83	0
ATTCGATTAATTCCGAATTGTTCGGAGCCAACCGAA	0	102	0
ATTCGGAATTAATCGAATTTTTAATATATTTTCGAA	0	120	1
ATATTTTCGAAAACAAAAATTTTATAATACGCATGT	0	145	1
AGGGGGAATAATTCAAACGTTTACAAACTCGTTTTG	0	215	0
ATTCCCCCTAAACCAAATGTTAGGGTTTGCGACACT	0	242	1
TTGCGACACTTCACAAAAGTTAAATATCCGATATGA	0	268	1
AAGGAGTGGGAAGAAAAGGTTAAAAAA         	1	1	0
TTGATTTATCAATAAAAAGTTTTTCAAAATAGTTAT	2	23	1
GTAGGGGAGAATATAAATGTTACCAAATGAGATGTG	3	66	0
  TGCCTTATTGCCAAAGCTTTTGGAGACGCCTTTT	4	23	0
AATTGGGCTGACACGAAAGTTTTTTATACAAAATGG	5	19	1
          *  **** ****   *
MAP Score: 15.2065

Motif 3
   CGATTATTGATTTATTCGACATTTAAAG	0	7	1
GTTTTTGTAATTAAAAATTCGACTTTAAATG	0	29	0
GAGGACTTTCTGAACAATTCGGTTGGCTCCG	0	85	1
CGGTTGGCTCCGAACAATTCGGAATTAATCG	0	104	1
CGAAAATATATTAAAAATTCGATTAATTCCG	0	123	0
TGTAAACGTTTGAATTATTCCCCCTAAACCA	0	226	1
TTCACAAAAGTTAAATATCCGATATGAACAG	0	277	1
          **** ******
MAP Score: 10.1611

Motif 4
TTTAAATGTCGAATAAATCAATAATCG   	0	7	0
TTTTTGTAATTAAAAATTCGACTTTAAATG	0	29	0
GGAGCCAACCGAATTGTTCAGAAAGTCCTC	0	85	0
GATTAATTCCGAATTGTTCGGAGCCAACCG	0	104	0
GAACAATTCGGAATTAATCGAATTTTTAAT	0	115	1
GGTTTAGGGGGAATAATTCAAACGTTTACA	0	226	0
AACTTTTTATTGATAAATCAATCTTCATTA	2	14	0
CCGGAGGTAGGGATTGATGGTTTCAATAAC	2	54	0
  AAAACTGATAATAAATCACTTATAAATA	2	91	0
AGGAAGCTGAGAAAAAATGGGAAATAGC  	3	8	0
TATACAAAATGGATTGATTGTGTTCT    	5	43	1
          **********
MAP Score: 8.03006