AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions005_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241169
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0094	300	conserved hypothetical protein
#1	AF0986	30	phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA-2)
#2	AF0987	109	conserved hypothetical protein
#3	AF1127	213	LSU ribosomal protein L18E (rpl18E)
#4	AF1131	75	DNA-directed RNA polymerase, subunit K (rpoK)
#5	AF1132	108	enolase (eno)
#6	AF1134	74	A. fulgidus predicted coding region AF1134
#7	AF1135	99	A. fulgidus predicted coding region AF1135
#8	AF1136	103	ABC transporter, ATP-binding protein
#9	AF1139	47	ABC transporter, ATP-binding protein
#10	AF1608	59	spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein (potA)

Motif 1
TCGGAGCCAACCGAATTGTTCAGAAAGTCC	0	87	0
TCGATTAATTCCGAATTGTTCGGAGCCAAC	0	106	0
TTCGTGTCAGCCCAATTTTTTATCTA    	10	6	0
   GCTATTTCCCATTTTTTCTCAGCTTCC	8	7	1
TCGGAATTAATCGAATTTTTAATATATTTT	0	122	1
ACATTTAAAGTCGAATTTTTAATTACAAAA	0	28	1
GGAAAAACAACCCATTTGGCGTAAGGTAAG	7	18	0
    TGGCGCCTCATTTTTTGCTGACTCGC	3	197	0
AGTGAACGTCCTCAATTATCAAGCTACCAC	5	11	0
TTCTCAGCTTCCTAATTGTCATCATAATGT	8	25	1
CATATCACATCTCATTTGGTAACATTTATA	8	61	1
TTTTTGTTATCCTAATTATCACCATTAATT	6	16	1
TTGTAAACGTTTGAATTATTCCCCCTAAAC	0	225	1
ACACAATCAATCCATTTTGTATAAAAAACT	10	36	0
    CGATTATTGATTTATTCGACATTTAA	0	6	1
TTAATGAAGATTGATTTATCAATAAAAAGT	2	13	1
         GTTTATTTTTTGTTATCCTAA	6	1	1
          **********
MAP Score: 13.4492

Motif 2
CCAAAACGAGTTTGTAAACGTTTGAATTATTCCCCCT	0	214	1
TCACATCTCATTTGGTAACATTTATATTCTCCCCTAC	8	65	1
          TTTTTTAACCTTTTCTTCCCACTCCTT	1	0	1
CGAATTTTAGTTTAATAAATTTTGTTTTTGTAATTAA	0	46	0
CAATAACTATTTTGAAAAACTTTTTATTGATAAATCA	2	24	0
CGATGAGGACTTTCTGAACAATTCGGTTGGCTCCGAA	0	81	1
CTAACATGCGTATTATAAAATTTTTGTTTTCGAAAAT	0	147	0
TTTTCGAAAATATATTAAAAATTCGATTAATTCCGAA	0	121	0
TCACCATTAATTTGTAGAAAATTATATAATTATCTTA	6	34	1
ATCCATTTTGTATAAAAAACTTTCGTGTCAGCCCAAT	10	20	0
          ***   *** ***   *
MAP Score: 8.81514

Motif 3
ATTAATCGAATTTTTAATATATTTTCGAAAA	0	127	1
TCATATCGGATATTTAACTTTTGTGAAGTGT	0	273	0
         TTTTTTAACCTTTTCTTCCCAC	1	1	1
ATCGAAATCGTTTTTAGCCTTCCGCGGAAGG	3	15	1
CGCATGTTAATTTTTAATGTTCCTTCCGCGG	3	36	0
CTCAGCGTAGTTTTGACCGTTACATTACGTA	3	81	0
         CTTTTTAACTTACCTTACGCCA	7	1	1
AAATGGGTTGTTTTTCCCTTAGGTAAAGACG	7	31	1
        GCTATTTCCCATTTTTTCTCAGC	8	2	1
CATCATAATGTATTTACCATATCACATCTCA	8	44	1
          ******** **
MAP Score: 7.73146

Motif 4
GACATTTAAAGTCGAATTTTTAATTACAAAAACAAAATTT	0	27	1
AATTACAAAAACAAAATTTATTAAACTAAAATTCGATGAG	0	48	1
TCGAATTTTTAATATATTTTCGAAAACAAAAATTTTATAA	0	132	1
GTTAGGGTTTGCGACACTTCACAAAAGTTAAATATCCGAT	0	260	1
GATTAATGAAGATTGATTTATCAATAAAAAGTTTTTCAAA	2	11	1
CAAATTAATGGTGATAATTAGGATAACAAAAAATAAAC  	6	8	0
TAAGATAATTATATAATTTTCTACAAATTAATGGTGATAA	6	31	0
CGACAACACGGAACAATTTTATAAGCAAAAGTCATTTGCT	7	60	1
TTATAAGCAAAAGTCATTTGCTAACAATAAG         	7	78	1
ACCATATCACATCTCATTTGGTAACATTTATATTCTCCCC	8	59	1
GAACACAATCAATCCATTTTGTATAAAAAACTTTCGTGTC	10	28	0
          *    ****   *  * ***
MAP Score: 6.61948

Motif 5
ATCGTTTTTAGCCTTCCGCGGAAGGAACATTAAA	3	21	1
GTTTGGATTTGACTTCCTCCTCTGCCAGCTTCCT	3	135	0
ATTTTTTGCTGACTCGCTCAGCAGTACATCGATG	3	180	0
TTCAAATCTCGGCGGCCCCATCTGCTTTAAGGGG	4	49	1
GATAATTGAGGACGTTCACTACAGAGTCGTTTTC	5	21	1
TCACTACAGAGTCGTTTTCGACAGCAGGGGAAAC	5	36	1
       GCAGTCTGTAACCTAAGATAATTATAT	6	57	0
CCGTGTTGTCGTCTTTACCTAAGGGAAAAACAAC	7	37	0
TGAGGTAAAAGGCGTCTCCAAAAGCTTTGGCAAT	9	17	1
TAAAAAATTGGGCTGACACGAAAGTTTTTTATAC	10	14	1
          * *** * * ****
MAP Score: 6.39367

Motif 6
TGAGGACTTTCTGAACAATTCGGTTGGCTCCGA	0	84	1
TCGGTTGGCTCCGAACAATTCGGAATTAATCGA	0	103	1
CCAGCCTTTCCAAAACGAGTTTGTAAACGTTTG	0	205	1
GCGGAAGGCTAAAAACGATTTCGATATGAG   	3	7	0
ATGTAACGGTCAAAACTACGCTGAGGTGTAGTT	3	87	1
CGATGTACTGCTGAGCGAGTCAGCAAAAAATGA	3	183	1
TCACGGCGTCCCGAACGCCGCAGGATCACCAGG	4	10	0
CCCTGCTGTCGAAAACGACTCTGTAGTGAACGT	5	32	0
CGACAGCAGGGGAAACGAGACGGTTGAGTGTGA	5	54	1
          * ****** ** *
MAP Score: 5.42821

Motif 7
TTAAAGTCGAATTTTTAATTACAAAAACAAAATTTA	0	32	1
ACAAAAACAAAATTTATTAAACTAAAATTCGATGAG	0	52	1
TTTTTAATATATTTTCGAAAACAAAAATTTTATAAT	0	137	1
TAAACGTTTGAATTATTCCCCCTAAACCAAATGTTA	0	228	1
TAAATTACGTAATGTAACGGTCAAAACTACGCTGAG	3	76	1
TAATGGTGATAATTAGGATAACAAAAAATAAAC   	6	7	0
AACACGGAACAATTTTATAAGCAAAAGTCATTTGCT	7	64	1
CTGACACGAAAGTTTTTTATACAAAATGGATTGATT	10	26	1
          *****      *****
MAP Score: 5.24141

Motif 8
ACTAAAATTCGATGAGGACTTTCTGAACAA	0	72	1
TCAAAACTACGCTGAGGTGTAGTTGATATG	3	96	1
AAGGAAGCTGGCAGAGGAGGAAGTCAAATC	3	134	1
ATCCTGCGGCGTTCGGGACGCCGTGACCCG	4	17	1
CCTTAAAGCAGATGGGGCCGCCGAGATTTG	4	51	0
TAGCTTGATAATTGAGGACGTTCACTACAG	5	15	1
GTTTTCGACAGCAGGGGAAACGAGACGGTT	5	49	1
TGAAGTCGTTGCTGGGGAGGTTGTTGCGAA	5	84	1
CTGGAGCTTGGTAGGGGAGAATATAAATGT	8	82	0
          **********
MAP Score: 2.76008

Motif 9
TAAATTTTGTTTTTGTAATTAAAAATTCGACTTTA	0	33	0
AAAAACAAAATTTATTAAACTAAAATTCGATGAGG	0	54	1
TTTAATATATTTTCGAAAACAAAAATTTTATAATA	0	139	1
ATAGTCTGAATTCAGTGAGCTAACATGCGTATTAT	0	168	0
TTTGCGACACTTCACAAAAGTTAAATATCCGATAT	0	267	1
TTAATGAAGATTGATTTATCAATAAAAAGTTTTTC	2	13	1
GACCGTTACATTACGTAATTTAAATCTTTGCCGCA	3	63	0
ATGGTGATAATTAGGATAACAAAAAATAAAC    	6	6	0
AATTATATAATTATCTTAGGTTACAGACTGC    	6	53	1
      CTTTTTAACTTACCTTACGCCAAATGGGT	7	4	1
TGGGTTGTTTTTCCCTTAGGTAAAGACGACAACAC	7	34	1
CACGGAACAATTTTATAAGCAAAAGTCATTTGCTA	7	66	1
GCAAAAGTCATTTGCTAACAATAAG          	7	84	1
        AGTTGATTGAGGTAAAAGGCGTCTCCA	9	2	1
          **   * * ******
MAP Score: 0.843611