AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions010_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241313
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0288	300	adenylylsulfate 3-phosphotransferase (cysC)
#1	AF0289	92	polysaccharide ABC transporter, permease protein (rfbA-2)
#2	AF0393	24	ABC transporter, ATP-binding protein
#3	AF0396	154	A. fulgidus predicted coding region AF0396
#4	AF1006	300	ABC transporter, ATP-binding protein
#5	AF1021	57	ABC transporter, ATP-binding protein
#6	AF2364	102	ABC transporter, ATP-binding protein

Motif 1
ATCTTAAAGAAAAATTTAAATATCGTCAGT	3	42	0
CTTTAAGATAAAAACTTAAAACTAATTTGC	3	63	1
TGTACGTCGGAAAATTTATATTGCAATATT	3	120	1
TTCAACTATTAAACTTTATATCCTCAAGTT	5	26	1
TTTTAATATCAAAACTTATACAAAATAACA	4	76	0
AAAACTCACGAAACATTAAATAGCTCAGGA	6	68	1
GATTTAATGGAAAATTTAATTTAATAAATT	4	277	0
         CAAAATTTTTATCCACATAAT	4	1	1
TGACTTCTAAAAACTTTTTATCTGTTATCA	0	197	0
GTTGAACGACAAAAATTCAAAT        	5	2	0
CGACGTACAGAAAAATTCAAGCTACAAACT	3	99	0
TTCAAGCTACAAACTTAAAAAGCAAATTAG	3	84	0
TAGTCAGTGAAAAACTAAAACTCACAAAAT	4	134	1
CCAGATTTATAAAATTTCATTTTAACACAA	4	40	0
GCAGCTAAAGAAACCTGAAATAAAGAGAGG	0	34	0
CTCTAATTCGAAACTTTTTTATCAACTCGT	1	56	1
ACACTCAGGAAAAATTGCTTCG        	6	2	0
          **********
MAP Score: 16.2096

Motif 2
GATAGCTACTAGAAGTTCCCAAAATATAGGGGATGCAT	0	138	1
TCCATAGTGTTTGACTTCTAAAAACTTTTTATCTGTTA	0	200	0
ACTATGGAGAATTATCTCATAACGTTATTTTTTAATAC	0	230	1
TTGGGCTATCTCTAATTCGAAACTTTTTTATCAACTCG	1	47	1
AAATTTTTCTTTAAGATAAAAACTTAAAACTAATTTGC	3	55	1
ACAGAAAAATTCAAGCTACAAACTTAAAAAGCAAATTA	3	85	0
TGAATTTTTCTGTACGTCGGAAAATTTATATTGCAATA	3	110	1
CGTAAGCTTTTTAATATCAAAACTTATACAAAATAACA	4	76	0
AGTGAAAAACTAAAACTCACAAAATATTCTTACAGAAC	4	139	1
CAAGGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAAATTACCAAATC	4	211	1
AATGGAAAATTTAATTTAATAAATTGTTGTCACTGGGG	4	264	0
ATTTTTGTCGTTCAACTATTAAACTTTATATCCTCAAG	5	16	1
          *  *  **  *** * **
MAP Score: 10.7432

Motif 3
CTTTAAGATAAAAACTTAAAACTAATTTGCTTTTTA	3	63	1
TTTTAATATCAAAACTTATACAAAATAACATGAAAC	4	70	0
TTGATATTAAAAAGCTTACGCTGCATGAGATGTAGT	4	94	1
GTGAAAAACTAAAACTCACAAAATATTCTTACAGAA	4	140	1
GGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAAATTACCAAATCC	4	214	1
TTTGTCGTTCAACTATTAAACTTTATATCCTCAAGT	5	19	1
CAACCTTATTAACACTCAGGAAAAATTGCTTCG   	6	7	0
TGACTGAGGCAATCCTTACACTCCAGGAAAACTCAC	6	41	1
ACACTCCAGGAAAACTCACGAAACATTAAATAGCTC	6	58	1
          **  **** **   **
MAP Score: 10.6789

Motif 4
AGTCAATGGCAGCTAAAGAAACCTGAAATAA	0	41	0
GCAAGCTCTCAGCTTGCGACAGAGTGGGCGA	0	83	0
AACTTCTAGTAGCTATCAACACTCCGCGTGT	0	124	0
AGCTACTAGAAGTTCCCAAAATATAGGGGAT	0	141	1
AGAAGTCAAACACTATGGAGAATTATCTCAT	0	219	1
TTTTAACACAAACTCGGGAGATTATGTGGAT	4	20	0
GAAAAACTAAAACTCACAAAATATTCTTACA	4	142	1
GGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAAATTACCA	4	214	1
ACCTTATTAACACTCAGGAAAAATTGCTTCG	6	10	0
ACTCCAGGAAAACTCACGAAACATTAAATAG	6	60	1
AACATTAAATAGCTCAGGAAAGCGTTAACCA	6	79	1
          ***** *****
MAP Score: 8.62552

Motif 5
CATCTCACCCATTTAAACCTCTCTTTATTTCAGG	0	17	1
ACCTCTCTTTATTTCAGGTTTCTTTAGCTGCCAT	0	33	1
TAACGTTATTTTTTAATACTCTATGGAACCAGAA	0	249	1
GCTATCTCTAATTCGAAACTTTTTTATCAACTCG	1	51	1
CACTGACGATATTTAAATTTTTCTTTAAGATAAA	3	41	1
AGCAAATTAGTTTTAAGTTTTTATCTTAAAGAAA	3	60	0
CTAATTTGCTTTTTAAGTTTGTAGCTTGAATTTT	3	84	1
ATAAATCTGGGTTTCATGTTATTTTGTATAAGTT	4	60	1
TAAGTAGCCTTTTCCATGTTCTGTAAGAATATTT	4	160	0
AATTTATTAAATTAAATTTTCCATTAAATCAAT 	4	277	1
          ATTTGAATTTTTGTCGTTCAACTA	5	0	1
TCGTTCAACTATTAAACTTTATATCCTCAAGTTG	5	23	1
TTCCTGAGCTATTTAATGTTTCGTGAGTTTTCCT	6	65	0
          ******  ** * *
MAP Score: 7.01007

Motif 6
AGAAACCTGAAATAAAGAGAGGTTTAAATGGG	0	24	0
ATGCATTCCTAAGAAACCGAGGTGTCATGATA	0	170	1
GCGTAATCGAAAGAAGGTGATGTAG       	0	285	1
        GGAGGAAGTAGAAGCAGTCTTGAA	1	2	1
AGCAGTCTTGAAGAAGTTGATGGAATTGGGCT	1	22	1
TATCAACTCGTAGAAAGGGAGGCAGAG     	1	75	1
AATTTAATTTAATAAATTGTTGTCACTGGGGT	4	263	0
          ******  ****
MAP Score: 3.96152