AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241329
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0288	300	adenylylsulfate 3-phosphotransferase (cysC)
#1	AF0289	92	polysaccharide ABC transporter, permease protein (rfbA-2)
#2	AF0393	24	ABC transporter, ATP-binding protein
#3	AF0396	154	A. fulgidus predicted coding region AF0396
#4	AF1006	300	ABC transporter, ATP-binding protein
#5	AF1021	57	ABC transporter, ATP-binding protein
#6	AF2364	102	ABC transporter, ATP-binding protein

Motif 1
GCAGCTAAAGAAACCTGAAATAAAGAGAGG	0	34	0
TGACTTCTAAAAACTTTTTATCTGTTATCA	0	197	0
CTCTAATTCGAAACTTTTTTATCAACTCGT	1	56	1
ATCTTAAAGAAAAATTTAAATATCGTCAGT	3	42	0
CTTTAAGATAAAAACTTAAAACTAATTTGC	3	63	1
TTCAAGCTACAAACTTAAAAAGCAAATTAG	3	84	0
CGACGTACAGAAAAATTCAAGCTACAAACT	3	99	0
TGTACGTCGGAAAATTTATATTGCAATATT	3	120	1
         CAAAATTTTTATCCACATAAT	4	1	1
CCAGATTTATAAAATTTCATTTTAACACAA	4	40	0
TTTTAATATCAAAACTTATACAAAATAACA	4	76	0
TAGTCAGTGAAAAACTAAAACTCACAAAAT	4	134	1
GATTTAATGGAAAATTTAATTTAATAAATT	4	277	0
GTTGAACGACAAAAATTCAAAT        	5	2	0
TTCAACTATTAAACTTTATATCCTCAAGTT	5	26	1
ACACTCAGGAAAAATTGCTTCG        	6	2	0
AAAACTCACGAAACATTAAATAGCTCAGGA	6	68	1
          **********
MAP Score: 16.2096

Motif 2
GAGTCAATGGCAGCTAAAGAAACCTGAAATAA	0	41	0
GGAGTGTTGATAGCTACTAGAAGTTCCCAAAA	0	130	1
TAGAAGTCAAACACTATGGAGAATTATCTCAT	0	218	1
ACTTTTTTATCAACTCGTAGAAAGGGAGGCAG	1	68	1
ATTTTAACACAAACTCGGGAGATTATGTGGAT	4	20	0
TGAAAAACTAAAACTCACAAAATATTCTTACA	4	141	1
AGGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAAATTACCA	4	213	1
AACCTTATTAACACTCAGGAAAAATTGCTTCG	6	10	0
GGCAATCCTTACACTCCAGGAAAACTCACGAA	6	48	1
CACTCCAGGAAAACTCACGAAACATTAAATAG	6	59	1
AAACATTAAATAGCTCAGGAAAGCGTTAACCA	6	78	1
          ******  ****
MAP Score: 8.80101

Motif 3
ATGGAAAAGGCTACTTATCACCAGACCGAGTTG	4	177	1
AGCTTGCTGACTACGTAACACGCGGAGTGTTGA	0	107	1
CTCAGTCAACCTTATTAACACTCAGGAAAAATT	6	16	0
GACTATTACACTACATCTCATGCAGCGTAAGCT	4	106	0
     ATATGCTACAGCACACCACTTGAC    	2	5	1
TATAAAATTTCATTTTAACACAAACTCGGGAGA	4	30	0
CAGTGAAAAACTAAAACTCACAAAATATTCTTA	4	138	1
TTTTTATCCACATAATCTCCCGAGTTTGTGTTA	4	15	1
          CTACATCACCTTCTTTCGATTAC	0	287	0
AAGGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAAATTACCA	4	212	1
AACTATTAAACTTTATATCCTCAAGTTGAGATA	5	29	1
          CTTTGTATCTCAACTTGAGGATA	5	44	0
AAAACTTATACAAAATAACATGAAACCCAGATT	4	63	0
TTTTAATACTCTATGGAACCAGAAGAGCGTAAT	0	259	1
          ***  ****** *
MAP Score: 4.17933

Motif 4
TCACCCATTTAAACCTCTCTTTATTTCAGGTTTCTT	0	21	1
TCTAATTCGAAACTTTTTTATCAACTCGTAGAAAGG	1	57	1
GACGTACAGAAAAATTCAAGCTACAAACTTAAAAAG	3	92	0
        CAAAATTTTTATCCACATAATCTCCCGA	4	2	1
CAGATTTATAAAATTTCATTTTAACACAAACTCGGG	4	33	0
TTTTAATATCAAAACTTATACAAAATAACATGAAAC	4	70	0
TTGATATTAAAAAGCTTACGCTGCATGAGATGTAGT	4	94	1
GTGAAAAACTAAAACTCACAAAATATTCTTACAGAA	4	140	1
GGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAAATTACCAAATCC	4	214	1
GATTTAATGGAAAATTTAATTTAATAAATTGTTGTC	4	271	0
CAACCTTATTAACACTCAGGAAAAATTGCTTCG   	6	7	0
ACACTCCAGGAAAACTCACGAAACATTAAATAGCTC	6	58	1
          *** ****    * **
MAP Score: 3.23814

Motif 5
AGTTGATAAAAAAGTTTCGAATTAGAGATAGCCCAATT	1	45	0
GACGATATTTAAATTTTTCTTTAAGATAAAAACTTAAA	3	45	1
AGAAAAATTCAAGCTACAAACTTAAAAAGCAAATTAGT	3	83	0
TGTACGTCGGAAAATTTATATTGCAATATTGCCACTTG	3	120	1
         CAAAATTTTTATCCACATAATCTCCCGAG	4	1	1
CAGATTTATAAAATTTCATTTTAACACAAACTCGGGAG	4	31	0
TATTTTGTATAAGTTTTGATATTAAAAAGCTTACGCTG	4	79	1
CTCTCAAAATAAATTACCAAATCCAATCAATTAACCGA	4	226	1
GATTTAATGGAAAATTTAATTTAATAAATTGTTGTCAC	4	269	0
     ATTTGAATTTTTGTCGTTCAACTATTAAACTTT	5	5	1
          *** ***    * * * *
MAP Score: 0.34856

Motif 6
TTTCTTTAGCTGCCATTGACTCAATTTGGCG	0	51	1
TCAAGACTGCTTCTACTTCCTCC        	1	2	0
GATAGCCCAATTCCATCAACTTCTTCAAGAC	1	26	0
TTCGAAACTTTTTTATCAACTCGTAGAAAGG	1	62	1
ACTGCTACTGTGCCTCTCACTGACGATATTT	3	24	1
ATTGCAATATTGCCACTTGCTCACA      	3	139	1
AGTTTTAGTTTTTCACTGACTATTACACTAC	4	125	0
TTGGCAAGGTTCCTTCTAACTCTCAAAATAA	4	207	1
AAATTAAATTTTCCATTAAATCAAT      	4	285	1
          ******* ***
MAP Score: 0.0625168