AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions013_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241405
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0220	180	biotin carboxylase (acc)
#1	AF1252	194	oxaloacetate decarboxylase, subunit alpha (oadA)
#2	AF1954	68	Glu-tRNA amidotransferase, subunit A (gatA-1)
#3	AF2086	41	protease inhibitor, putative
#4	AF2089	111	conserved hypothetical protein
#5	AF2219	137	methylmalonyl-CoA mutase, subunit alpha, C-terminus (mcmA2)
#6	AF2328	116	Glu-tRNA amidotransferase, subunit C (gatC)

Motif 1
    AAAACCAAAGCTTTTTAATCATAAAG	3	6	1
AACCTTTTGAAAAGCGTTTTTAAACTTGAA	4	77	1
CTATTTGAAAAAAGGTTTTTAAATCGGTGG	0	142	1
GCTAAGCTGTAAATCGTTTTCGGTGCCTTA	0	13	1
ACGCTATATTAAAGCTTTTAGCTAATGACC	4	31	1
GGTGGGTAATAAATGGTTTTTCTAGTTTTG	6	82	0
AATTAATCCGAAAAATTTTTACCTATATGA	5	99	1
ATTAAAAACAAAAAATTTTTGTATTTCCCA	1	95	1
TGAGTAGTAGAAATGTTTTAAAGTGTTTCT	2	14	1
AGTTCATTCCAAATAATTTTAAATAAGTTG	5	26	0
          **********
MAP Score: 12.8638

Motif 2
TGCCTTAGATAACAATTTATCGAAATAAATAAAATT	0	36	1
GTATTCTTGTTGCAATTACTTGGATTTTACGTATTC	0	98	1
TTCTATTTGAAAAAAGGTTTTTAAATCGGTGGCTTT	0	140	1
TGGGAAATACAAAAATTTTTTGTTTTTAATATTGCT	1	89	0
ATGGCAAAAGTAAAAATTGTTGACTTAACTCTTAGA	1	138	1
GCTGAGTAGTAGAAATGTTTTAAAGTGTTTCTTCAG	2	12	1
AGAGATATTAAACAATTAATTGAGGTGGTTAG    	2	46	1
ACTTTATGATTAAAAAGCTTTGGTTTT         	3	1	0
CCAACTCCCTTAAAAGTAATTACGCTATATTAAAGC	4	10	1
CCAACTTATTTAAAATTATTTGGAATGAACTTCTCA	5	25	1
TCATATAGGTAAAAATTTTTCGGATTAATTCCGCTA	5	93	0
          ***** *  ***   *
MAP Score: 9.64741

Motif 3
AAATAGAACTGCAAGAATACGTAAAATCCAAGTAAT	0	112	0
TAAGGCTAAAGCCACCGATTTAAAAACCTTTTTTCA	0	147	0
ATTTGATACTGCCATCAACCTAAATAAACTTTCCTG	1	22	1
CTTTTGAGGTGCAAGCAATATTAAAAACAAAAAATT	1	76	1
ATGGTCATTAGCTAAAAGCTTTAATATAGCGTAATT	4	27	0
ATAGTTATAAGGCAACCTTTTGAAAAGCGTTTTTAA	4	64	1
GTTAGACCGAGCCAACTTATTTAAAATTATTTGGAA	5	14	1
GGGAGTAGTTGTCATATAGGTAAAAATTTTTCGGAT	5	104	0
ACCCCCAGCCCCCAAAACTAGAAAAACCATTTATTA	6	70	1
          **** *    * ****
MAP Score: 7.6095

Motif 4
ATAACAATTTATCGAAATAAATAAAATTCTC	0	44	1
GGCTAAAGCCACCGATTTAAAAACCTTTTTT	0	149	0
ACTGCCATCAACCTAAATAAACTTTCCTGAA	1	29	1
TTGAGGTGCAAGCAATATTAAAAACAAAAAA	1	79	1
GTGTTTCTTCAGAGATATTAAACAATTAATT	2	36	1
    CTAACCACCTCAATTAATTGTTTAATA	2	51	0
GCTTTAATATAGCGTAATTACTTTTAAGGGA	4	15	0
CCTTTTGAAAAGCGTTTTTAAACTTGAAATC	4	79	1
GAAGGCATTTAGCGGAATTAATCCGAAAAAT	5	84	1
AAAAATTTTTACCTATATGACAACTACTCCC	5	109	1
TGGTTAAGGGTGGGTAATAAATGGTTTTTCT	6	89	0
          **** ******
MAP Score: 0.365657

Motif 5
TGCCTTAGATAACAATTTATCGAAATAAATAAAATT	0	36	1
ATCAAATACGTATTCTTGTTGCAATTACTTGGATTT	0	89	1
CCGATTTAAAAACCTTTTTTCAAATAGAACTGCAAG	0	133	0
ATACTGCCATCAACCTAAATAAACTTTCCTGAAGAA	1	27	1
GGGAAATACAAAAATTTTTTGTTTTTAATATTGCTT	1	88	0
GAGTTAAGTCAACAATTTTTACTTTTGCCATGTCTC	1	133	0
    AAAACCAAAGCTTTTTAATCATAAAGTTTAGG	3	6	1
ACCTTTTGAAAAGCGTTTTTAAACTTGAAATCGAAA	4	78	1
TAGACCGAGCCAACTTATTTAAAATTATTTGGAATG	5	16	1
TCATATAGGTAAAAATTTTTCGGATTAATTCCGCTA	5	93	0
GTGGGTAATAAATGGTTTTTCTAGTTTTGGGGGCTG	6	75	0
          **   *****  * **
MAP Score: 0.0689215