AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions015_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241448
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0163	157	A. fulgidus predicted coding region AF0163
#1	AF0164	60	ferredoxin-nitrite reductase (nirA)
#2	AF0254	272	NADH oxidase (noxA-1)
#3	AF0400	84	NADH oxidase (noxA-3)
#4	AF0950	177	carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit (cooF)
#5	AF1858	145	NADH oxidase (noxA-5)
#6	AF2220	137	A. fulgidus predicted coding region AF2220

Motif 1
AAAATCGATAAAGTAAAACTGAAAGTCCAGAATCCA	0	30	1
AACTCGTTTACGGAAAATTTTAAACACTCTCCATCC	0	119	1
TGCCTTAACTCTGTTAAATTTATAAA          	1	0	0
TTAATTAACACTGTTAAGTTAATAAATCTTTTGCCT	1	31	0
TGCTAAGCCTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGGATTT	2	236	1
GAAGTACGGCTCGAAAACTTAACATTTTTGGGTAAG	3	14	1
TTAACATTTTTGGGTAAGCTGAAAATAGCAAGCCAT	3	32	1
CGCTTGCCTGCAGGTAATTTAACAAATCCCCTTGAA	4	31	0
AGGCAAGCGTAGGTAAATCTGAAAAATCTTCACCAA	4	58	1
TGTATCCTGACGGTAAGGTTTAAATACACTTAGAGT	4	143	1
GAAACAGAAAAAGAAATATTCACAAAAGGTTTATAA	5	66	1
TATTAATATTCTTATAAGTTTAAATATTCATCGAGA	5	117	1
ATCGCCCAAAATTCAAACCTCACAGAAGGCATTTAG	6	61	0
AAGTTCATTCCAAATAATTTTAAATAAGTTGGCTCG	6	100	1
          * * *** ** * * *
MAP Score: 14.164

Motif 2
ACTGGACTATCTTAAAAGTTGGAATAGACGCAGG	0	74	1
AACTCGTTTACGGAAAATTTTAAACACTCTCCAT	0	119	1
AATCTTTTGCCTTAACTCTGTTAAATTTATAAA 	1	9	0
GATTTATTAACTTAACAGTGTTAATTAACCT   	1	39	1
ACATCCGTGACCAAAATCCTTAAATTGCTCGTTG	2	68	1
TGCTAAGCCTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGGAT	2	236	1
TTTCAGCTTACCCAAAAATGTTAAGTTTTCGAGC	3	22	0
CATACCAATACAAACCAATTTTAACAACACAAAT	4	104	1
TTATAATGCTCTAAATATTTTCAACGGAACGCAA	5	22	0
TATTAATATTCTTATAAGTTTAAATATTCATCGA	5	117	1
GGAATTAATCCGAAAAATTTTTACCTATATGACA	6	26	0
GAAGTTCATTCCAAATAATTTTAAATAAGTTGGC	6	99	1
          *  **** *** **
MAP Score: 13.2932

Motif 3
CTGGACTTTCAGTTTTACTTTATCGATTTTCTTT	0	26	0
GAGTGTTTAAAATTTTCCGTAAACGAGTTAATTA	0	114	0
TTAACACTGTTAAGTTAATAAATCTTTTGCCTTA	1	29	0
TTAACTTAACAGTGTTAATTAACCT         	1	45	1
TACATTGGCAAAATTTAATTTAACTCTTTCCCAC	2	18	1
CTTACCCAAAAATGTTAAGTTTTCGAGCCGTACT	3	16	0
TGCCTGCAGGTAATTTAACAAATCCCCTTGAATG	4	29	0
AAGATTTTTCAGATTTACCTACGCTTGCCTGCAG	4	54	0
AATACAAACCAATTTTAACAACACAAATCCTCAT	4	110	1
CCTGACGGTAAGGTTTAAATACACTTAGAGTTGA	4	148	1
ATATTCTTATAAGTTTAAATATTCATCGAGAGC 	5	122	1
CATTCCAAATAATTTTAAATAAGTTGGCTCGGTC	6	105	1
          ** ***** **  *
MAP Score: 9.3902

Motif 4
TTTATAACTGAAAGATTTTATTTATTAATATTCTTA	5	95	1
CTCGTTTACGGAAAATTTTAAACACTCTCCATCCAA	0	121	1
AATTAATCCGAAAAATTTTTACCTATATGACAACTA	6	22	0
GAGAATTGGTGAAGATTTTTCAGATTTACCTACGCT	4	63	0
 GCTCTCGATGAATATTTAAACTTATAAGAATATTA	5	120	0
AGTTAAGGCAAAAGATTTATTAACTTAACAGTGTTA	1	26	1
GTTCCGTTGAAAATATTTAGAGCATTATAATTAATC	5	26	1
    TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAAGGGGAT	4	6	1
       TTTATAAATTTAACAGAGTTAAGGCAAAA	1	3	1
AATAAAATCCGAATTTTTTAAGGTTTTCTGAGGCTT	2	240	0
AACCTTTTGTGAATATTTCTTTTTCTGTTTCGATAG	5	61	0
CAGCTTACCCAAAAATGTTAAGTTTTCGAGCCGTAC	3	17	0
ATAGTCCAGTACATATTTTGGATTCTGGACTTTCAG	0	48	0
TTCATTCCAAATAATTTTAAATAAGTTGGCTCGGTC	6	103	1
          *** ******     *
MAP Score: 7.22587

Motif 5
AAGTCCAGAATCCAAAATATGTACTGGACTATC	0	52	1
ACTGTTAAGTTAATAAATCTTTTGCCTTAACTC	1	25	0
         CTCAAAAATACATTGGCAAAATTT	2	1	1
CACATCCGTGACCAAAATCCTTAAATTGCTCGT	2	67	1
CTGCTAAGCCTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGG	2	235	1
    AACCTCAATAAAATCCGAATTTTTTAAGG	2	253	0
TTTTCAGCTTACCCAAAAATGTTAAGTTTTCGA	3	24	0
CCTTGAATGCAAAAAAATATATATCGAA     	4	5	0
GCAGGTAATTTAACAAATCCCCTTGAATGCAAA	4	25	0
CGTAGGTAAATCTGAAAAATCTTCACCAATTCT	4	65	1
CTTCACCAATTCTCAAATACATACCAATACAAA	4	85	1
AATTTTAACAACACAAATCCTCATGTATCCTGA	4	120	1
TTGCGTTCCGTTGAAAATATTTAGAGCATTATA	5	22	1
CGAAACAGAAAAAGAAATATTCACAAAAGGTTT	5	65	1
GCGGAATTAATCCGAAAAATTTTTACCTATATG	6	29	0
          **  ****** **
MAP Score: 5.41372

Motif 6
TGGAATAGACGCAGGAGGAGATAATTAACTC	0	93	1
GAAAAGTTGAGCCGGGGTTGCCGAGCGGTAA	2	106	1
GGGTTGCCGAGCGGTAAGGCGACGGCCTGCT	2	120	1
GGCCTGCTAAGCCGTTGGGCGTTGCCCGCGT	2	143	1
GTTGGGCGTTGCCCGCGTGGGTTCGAATCCC	2	156	1
AAGTTTCAGCGCCGGGGGTGGGATTCGAACC	2	175	0
AATAAGCGCTGCAGTCGGGGGTCC       	3	70	1
TAAATTACCTGCAGGCAAGCGTAGGTAAATC	4	46	1
          CCCGTAGGGGAGTAGTTGTCA	6	0	1
          ***** *****
MAP Score: 3.91007

Motif 7
AGAAAAGTTGAGCCGGGGTTGCCGAGCGGTAA	2	105	1
CCAACGGCTTAGCAGGCCGTCGCCTTACCGCT	2	129	0
CCTGCTAAGCCGTTGGGCGTTGCCCGCGTGGG	2	145	1
GGGCGTTGCCCGCGTGGGTTCGAATCCCACCC	2	159	1
AAAGTTTCAGCGCCGGGGGTGGGATTCGAACC	2	175	0
TAAGCGCTGCAGTCGGGGGTCC          	3	72	1
TAAATGCCTTCTGTGAGGTTTGAATTTTGGGC	6	62	1
          *** ****** *
MAP Score: 0.0342185