AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AG/AG_fusions015_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241464 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 AF0154 139 conserved hypothetical protein #1 AF0155 62 A. fulgidus predicted coding region AF0155 #2 AF0157 99 molybdopterin oxidoreductase, iron-sulfur binding subunit #3 AF0162 241 A. fulgidus predicted coding region AF0162 #4 AF0163 157 A. fulgidus predicted coding region AF0163 #5 AF0164 60 ferredoxin-nitrite reductase (nirA) #6 AF0254 272 NADH oxidase (noxA-1) #7 AF0400 84 NADH oxidase (noxA-3) #8 AF0950 177 carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit (cooF) #9 AF1858 145 NADH oxidase (noxA-5) #10 AF1860 282 A. fulgidus predicted coding region AF1860 #11 AF1868 51 A. fulgidus predicted coding region AF1868 #12 AF1869 78 A. fulgidus predicted coding region AF1869 #13 AF2220 137 A. fulgidus predicted coding region AF2220 Motif 1 TTTTGATGGTTTCCACAACCTCTTTATCTGCCCTGCTTT 3 175 0 ATTTTCAGCTTACCCAAAAATGTTAAGTTTTCGAGCCGT 7 19 0 ATAAATCTTTTGCCTTAACTCTGTTAAATTTATAAA 5 7 0 GTTTAAAATTTTCCGTAAACGAGTTAATTATCTCCTCCT 4 105 0 CATCTACCTTTTCCCTAAAATCTTCGAATATGAAAAAAA 1 10 0 ATTTTAGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGGCTATC 0 98 1 AGCGGAATTAATCCGAAAAATTTTTACCTATATGACAAC 13 24 0 CCCATCACCACCCCAAACACTGTTACCTAACAGTGTTT 0 9 1 CGGTGTTAATTTCCAAAACCCTTATATTTTATCAAGTAG 2 26 1 ACAATCCAGTTACCGGAAAGTATTATGCTGTAAGACAAA 3 119 1 AGCCTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGGATTTTATTGAGG 6 241 1 AAAAGGTTTATAACTGAAAGATTTTATTTATTAATATTC 9 89 1 GTCACATCCGTGACCAAAATCCTTAAATTGCTCGTTGCG 6 65 1 AAAGATTTATTAACTTAACAGTGTTAATTAACCT 5 36 1 CACCTCCTCTTGCCAGAACCTTTCTGGCTAACAATGTTT 2 66 0 TGCCCTGCTTTTCCTGAACTGATAGTCCTTTGTCTTACA 3 147 0 TTACAGTAAATCCCATATCGATTTCTTTTCTCTCTTTTT 3 211 0 * ** *** ** * * MAP Score: 19.475 Motif 2 TTTAGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGGCT 0 100 1 GTGTTAATTTCCAAAACCCTTATATTTTATCAAG 2 28 1 GGATGTTTCCGTTAACCTTAGATTAAAAGCGG 3 8 1 AACTCGTTTACGGAAAATTTTAAACACTCTCCAT 4 119 1 TGCCTTAACTCTGTTAAATTTATAAA 5 2 0 TTAATTAACACTGTTAAGTTAATAAATCTTTTGC 5 33 0 ACATCCGTGACCAAAATCCTTAAATTGCTCGTTG 6 68 1 TGCTAAGCCTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGGAT 6 236 1 GAAGTACGGCTCGAAAACTTAACATTTTTGGGTA 7 14 1 CCCTTGAATGCAAAAAAATATATATCGAA 8 5 0 TGTATCCTGACGGTAAGGTTTAAATACACTTAGA 8 143 1 TGCGTTCCGTTGAAAATATTTAGAGCATTATAAT 9 23 1 AGAAATATTCACAAAAGGTTTATAACTGAAAGAT 9 77 1 ATTTTATTTATTAATATTCTTATAAGTTTAAATA 9 109 1 TAAAGCGAGTTTGAAAAATTTATAGAAATGAATG 10 19 1 TGAGCACATTTCGAAAGCTTAATATTTTCCTTTG 11 20 1 ATATTGGTAGCAGAAAGATTTATATTAAATGAAG 12 11 0 CGGAATTAATCCGAAAAATTTTTACCTATATGAC 13 27 0 AAGTTCATTCCAAATAATTTTAAATAAGTTGGCT 13 100 1 * **** **** * MAP Score: 17.4501 Motif 3 GAAATTAACACCGTAAAAAAAACGAAAAA 2 0 0 AGATTAAAAGCGGTAGAAATTTAAAAAGTAATGAAAAAA 3 29 1 AAATGACCAGCGAGAGAAAGAGAAAAAAGAGAATATACA 3 83 1 GATAAAGAGGTTGTGGAAACCATCAAAAAAGAGAGAAAA 3 186 1 GTGGAGCTGGTAAAGAAAATCGATAAAGTAAAACTGAAA 4 15 1 ATTAACTCGTTTACGGAAAATTTTAAACACTCTCCATCC 4 116 1 CTTGATAAAATGTGGGAAAGAGTTAAATTAAATTTTGCC 6 24 0 GTCACATCCGTGACCAAAATCCTTAAATTGCTCGTTGCG 6 65 1 ATCTTTGTGGCTCAGAAAAGCACCAAAGTTTCAGCGCCG 6 192 0 ACTGCTAAGCCTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGGATTTT 6 234 1 ACTTAACATTTTTGGGTAAGCTGAAAATAGCAAGCCATA 7 30 1 TGCAGGCAAGCGTAGGTAAATCTGAAAAATCTTCACCAA 8 55 1 TCATGTATCCTGACGGTAAGGTTTAAATACACTTAGAGT 8 140 1 TATAATTAATCTATCGAAACAGAAAAAGAAATATTCACA 9 51 1 TGGCTATCAAAGGAAAATATTAAGCTTTCGAAATGT 11 25 0 TACCAATATACATCGGAAAAGGCTAAATATTGCTTTCAA 12 36 1 * ***** *** * MAP Score: 15.4899 Motif 4 AGCCTAAATTTAAAAAGTTTTTGGTTGGCCT 0 103 0 TATCAAGTAGTAAACATTGTTAGCCAGAAAG 2 55 1 TTCATTACTTTTTAAATTTCTACCGCTTTTA 3 33 0 TGGAGAGTGTTTAAAATTTTCCGTAAACGAG 4 121 0 ATTTATTAACTTAACAGTGTTAATTAACCT 5 40 1 GCTCGAAAACTTAACATTTTTGGGTAAGCTG 7 22 1 TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAA 8 5 1 TGAGAATTGGTGAAGATTTTTCAGATTTACC 8 69 0 TATAATGCTCTAAATATTTTCAACGGAACGC 9 24 0 AAACCTTTTGTGAATATTTCTTTTTCTGTTT 9 67 0 ATTTTATTTATTAATATTCTTATAAGTTTAA 9 109 1 AAACTCGCTTTAAAAATTCTT 10 0 0 CATTCATTTCTATAAATTTTTCAAACTCGCT 10 22 0 TTTCGAAAGCTTAATATTTTCCTTTGATAGC 11 28 1 CGGAAAAGGCTAAATATTGCTTTCAAATTAA 12 49 1 GTCATATAGGTAAAAATTTTTCGGATTAATT 13 27 1 GCCAACTTATTTAAAATTATTTGGAATGAAC 13 102 0 **** ****** MAP Score: 14.7817 Motif 5 GGTTGGCCTAAAATCGGTTTTGAAAATGCAATCAAA 0 76 0 TTGATAAAATATAAGGGTTTTGGAAATTAACACCGT 2 25 0 ATTGTTAGCCAGAAAGGTTCTGGCAAGAGGAGGTGG 2 70 1 CGCTTTTAATCTAAGGTTAACGGAAACATCC 3 5 0 GTAGAAATTTAAAAAGTAATGAAAAAACAAAAGTGG 3 41 1 AAATGACCAGCGAGAGAAAGAGAAAAAAGAGAATAT 3 83 1 AGAATATACAATCCAGTTACCGGAAAGTATTATGCT 3 112 1 CAGGGCAGATAAAGAGGTTGTGGAAACCATCAAAAA 3 179 1 AACCATCAAAAAAGAGAGAAAAGAAATCGATATGGG 3 203 1 CTGGTAAAGAAAATCGATAAAGTAAAACTGAAAGTC 4 21 1 GGAGATAATTAACTCGTTTACGGAAAATTTTAAACA 4 109 1 TATAAATTTAACAGAGTTAAGGCAAAAGATTTATTA 5 12 1 TATAATTAATCTATCGAAACAGAAAAAGAAATATTC 9 51 1 AAGAATTTTTAAAGCGAGTTTGAAAAATTTATAGAA 10 10 1 AGCCTATCCACAATCGTAAATGAAAACTTCAGACCG 10 58 1 TTTCCGATGTATATTGGTAGCAGAAAGATTTATATT 12 19 0 * * * ** ***** MAP Score: 12.3953 Motif 6 GTAAGACAAAGGACTATCAGTTCAGGAAAAGCAG 3 148 1 TATCAGTTCAGGAAAAGCAGGGCAGATAAAGAGG 3 162 1 GATTGGTGGAGCTGGTAAAGAAAATCGA 4 4 1 AATATGTACTGGACTATCTTAAAAGTTGGAATAG 4 67 1 AACGCCCAACGGCTTAGCAGGCCGTCGCCTTACC 6 132 0 GGTTTTCTGAGGCTTAGCAGTGCCATCTTTGTGG 6 221 0 TAACATTTTTGGGTAAGCTGAAAATAGCAAGCCA 7 33 1 GGCAAGCGTAGGTAAATCTGAAAAATCTTCACCA 8 59 1 CACTATACGAGGCAAATCTTGCAAGGGACGATGT 10 98 1 AGTAATGATGGGAGTATCTGGACATAAAGCCCGT 10 222 1 ** ****** ** MAP Score: 7.61525 Motif 7 CCCATCACCACCCCAAACACTGTTACCTAACAGTGTTTATA 0 9 1 TTTCCACCTCCTCTTGCCAGAACCTTTCTGGCTA 2 75 0 TTTGATGGTTTCCACAACCTCTTTATCTGCCCTGCTTTTCCT 3 171 0 TTCGAATCCCACCCCCGGCGCTGAAACTTTGGTGCTTTTCTG 6 177 1 AAAACTTCAGACCGCCTGCACTATACGAGGCAAATCTTGCAA 10 80 1 AAAAACTCAATCCTCATTCACTGTAAGGATGAAAAGAGGGAG 10 170 1 ATTACTCTGTTCCACCCTCCCTCTTTTCATCCTTACAGTGAA 10 186 0 ACCTCAACCTCCTCATTCTCTCGTAGTACTCGTGATACGGG 10 251 0 *** ** * ** * * MAP Score: 7.37935 Motif 8 TTTGATTGCATTTTCAAAACCGATTTTAGGC 0 76 1 TTTTTTTCATATTCGAAGATTTTA 1 3 1 ACGGTGTTAATTTCCAAAACCCTTATATTTT 2 25 1 CCACCTCCTCTTGCCAGAACCTTTCTGGCTA 2 75 0 TTTCCACCTCCTCTTGCCAGA 2 88 0 TTTTTGATGGTTTCCACAACCTCTTTATCTG 3 184 0 TCGATTTTCTTTACCAGCTCCACCAATC 4 7 0 GTCACATCCGTGACCAAAATCCTTAAATTGC 6 65 1 TGCAGGTAATTTAACAAATCCCCTTGAATGC 8 28 0 GCCGAAAGCCTATCCACAATCGTAAATGAAA 10 52 1 ACGGGCTTTATGTCCAGATACTCCCATCATT 10 225 0 ****** **** MAP Score: 5.93947 Motif 9 CTAAAATCGGTTTTGAAAATGCAATCAAAAA 0 74 0 AACCAAAAACTTTTTAAATTTAGGCTATCCT 0 108 1 AATATAAGGGTTTTGGAAATTAACACCGTAA 2 23 0 AGATTAAAAGCGGTAGAAATTTAAAAAGTAA 3 29 1 ACAAAAGTGGTGGTTAAAATGACCAGCGAGA 3 67 1 GGATGGAGAGTGTTTAAAATTTTCCGTAAAC 4 124 0 TGCCTTAACTCTGTTAAATTTATAAA 5 5 0 CAAAAATACATTGGCAAAATTTAATTTAACT 6 12 1 ATGTGACGGCTTGATAAAATGTGGGAAAGAG 6 41 0 CTCAGAAAACCTTAAAAAATTCGGATTTTAT 6 244 1 AGGATTTGTGTTGTTAAAATTGGTTTGTATT 8 110 0 TATAAACCTTTTGTGAATATTTCTTTTTCTG 9 70 0 TTCAAACTCGCTTTAAAAATTCTT 10 3 0 TTAAAGCGAGTTTGAAAAATTTATAGAAATG 10 18 1 AAATATTAAGCTTTCGAAATGTGCTCATTTT 11 16 0 **** ****** MAP Score: 5.34141 Motif 10 GTTGGCCTAAAATCGGTTTTGAAAATGCAATCAAAAATGCATAA 0 67 0 GATAAAATATAAGGGTTTTGGAAATTAACACCGTAAAAAAAACG 2 15 0 GATTAAAAGCGGTAGAAATTTAAAAAGTAATGAAAAAACAAAAG 3 30 1 AAAAAACAAAAGTGGTGGTTAAAATGACCAGCGAGAGAAAGAGA 3 62 1 GGGCAGATAAAGAGGTTGTGGAAACCATCAAAAAAGAGAGAAAA 3 181 1 GATTGGTGGAGCTGGTAAAGAAAATCGATAAAGTAAAA 4 4 1 ATCTTGGATGGAGAGTGTTTAAAATTTTCCGTAAACGAGTTAAT 4 116 0 GAGCCACAAAGATGGCACTGCTAAGCCTCAGAAAACCTTAAAAA 6 218 1 TAACATTTTTGGGTAAGCTGAAAATAGCAAGCCATATAATAAGC 7 33 1 TTTGCATTCAAGGGGATTTGTTAAATTACCTGCAGGCAAGCGTA 8 25 1 GGCAAGCGTAGGTAAATCTGAAAAATCTTCACCAATTCTCAAAT 8 59 1 CTTCAACTCTAAGTGTATTTAAACCTTACCGTCAGGATACATGA 8 140 0 GCTCTCGATGAATATTTAAACTTATAAGAATATTAATAAA 9 115 0 AGAATTTTTAAAGCGAGTTTGAAAAATTTATAGAAATGAATGCC 10 11 1 GGATGAAAAGAGGGAGGGTGGAACAGAGTAATGATGGGAGTATC 10 196 1 ** * ** *** * * MAP Score: 3.07879