AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions017_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241513
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0196	131	medium-chain acyl-CoA ligase (alkK-1)
#1	AF0262	189	medium-chain acyl-CoA ligase (alkK-2)
#2	AF0366	218	acetyl-CoA synthetase (acs-2)
#3	AF1287	300	acetyl-CoA synthetase (acs-6)
#4	AF1928	142	tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D (fwdD-2)
#5	AF1932	84	long-chain-fatty-acid--CoA ligase (fadD-8)

Motif 1
ATTTCGTATGAGTATTCATAAATACTTTATCATCATAAAT	0	73	0
CCTCAGAAGCAACAATCTTAAATAATTGTTTAGTAAATAT	1	154	1
AATTGTGAGCAAATTTGCGCAAAAGTGTTTTAATTTTCGC	2	84	1
AAAGTGTTTTAATTTTCGCAAAAATTTTCATTTTTAATCG	2	105	1
TCCGTCATCTATTCATCACCAAAAATAGGTTAAATTATTG	2	169	0
CGGATAGCCGATGTCTCTCACAAAGTCTATGTGTTCAATG	3	16	1
ATGGGAAGAGAAATGTCTCAAACCGTGGTTGCAAAAAGCT	3	124	0
AATTCGAATCAAAATTCTTAAATACTATGTAAAAGATGTG	3	240	1
AGCGCGCTGGATATATAAAAAAAACTTTTAATAAACACTA	4	25	1
ACTTTTAATAAACACTACGAAAGACTATTATTTTTCTCCT	4	48	1
TTTTTGAGGAAGTCTTAACAAATACTATTTAACCGTTCTC	4	98	0
TGAGCTTTTTACAATTAAGAGACAATTTATAAAACAAAAA	5	18	0
          *    **  *** * * * *
MAP Score: 8.61493

Motif 2
ATGAGTATTCATAAATACTTTATCATCATAAATAAACAA	0	67	0
TGCCCTCAGAAGCAACAATCTTAAATAATTGTTTAGTAA	1	151	1
CACTGCAGTGCACAACAATGTACCTTGTTGTACCATCGA	2	44	0
AGCAAATTTGCGCAAAAGTGTTTTAATTTTCGCAAAAAT	2	91	1
TTTTAATTTTCGCAAAAATTTTCATTTTTAATCGTTAAT	2	111	1
AAAGTTAAATATCAATAATTTAACCTATTTTTGGTGATG	2	157	1
ATTGAATTAAATGAAAAGTTTTAAGTTTTCAGAACAATG	3	204	0
TTCAATTCGAATCAAAATTCTTAAATACTATGTAAAAGA	3	237	1
CGAGGAGAAAAATAATAGTCTTTCGTAGTGTTTATTAAA	4	51	0
GGAAGTCTTAACAAATACTATTTAACCGTTCTCTTTTTG	4	92	0
TTAAGACTTCCTCAAAAACTTTTGGTGATAGG       	4	120	1
          * *** * * **   *  *
MAP Score: 7.58696

Motif 3
AAACAAATCGTGCTCATTTCGTCAGTTGTT	0	43	0
CGGCGGCTCTTGCTCTCCTTGTCGGTATAG	1	109	1
          TGTTCCTTTTTAATATCGCT	2	0	1
CGCAAAAGTGTTTTAATTTTCGCAAAAATT	2	101	1
TTCGCAAAAATTTTCATTTTTAATCGTTAA	2	119	1
TGTCTCGAACTTTTCTTCTCTCTGCCCAGC	3	97	1
TTTGAGACATTTCTCTTCCCATTCTTTCCT	3	142	1
TTCTTTCCTTTTCTCATTTATATTCGTCAT	3	163	1
AACTTAAAACTTTTCATTTAATTCAATTCG	3	216	1
AGACTATTATTTTTCTCCTCGCCCAAAAAG	4	69	1
TATTTAACCGTTCTCTTTTTGGGCGAGGAG	4	83	0
        TTTTTTCTTTTTTGTTTTATAA	5	2	1
          **********
MAP Score: 5.76313

Motif 4
AATTGAAAAGGTTCACAAAAACCGGCGACAA	1	10	1
TTGCACTGCAGTGCACAACAATGTACCTTGT	2	55	0
TTGCGCAAATTTGCTCACAATTGCACTGCAG	2	75	0
GTGAGCAAATTTGCGCAAAAGTGTTTTAATT	2	88	1
GTGTTTTAATTTTCGCAAAAATTTTCATTTT	2	108	1
ATAGCCGATGTCTCTCACAAAGTCTATGTGT	3	19	1
    TTAAACTTTGCCAAAAGCGCGCTGGAT	4	6	1
ATTTTTCTCCTCGCCCAAAAAGAGAACGGTT	4	77	1
TTGTTAAGACTTCCTCAAAAACTTTTGGTGA	4	117	1
          **** ******
MAP Score: 5.64652

Motif 5
CGTATGAGTATTCATAAATACTTTATCATCAT	0	77	0
CCTTTTTTATTGAATAATAATTTCGTATGAGT	0	100	0
ATTGAAAAGGTTCACAAAAACCGGCGACAATA	1	11	1
 GATTGATATTTACTAAACAATTATTTAAGAT	1	168	0
TTAATATCGCTGATTAATTACTCTTTCGATGG	2	19	1
TGCACTGCAGTGCACAACAATGTACCTTGTTG	2	53	0
AGTGCAATTGTGAGCAAATTTGCGCAAAAGTG	2	79	1
TGTTTTAATTTTCGCAAAAATTTTCATTTTTA	2	109	1
CAATGACATATGAACAATGACGAATATAAATG	3	177	0
CGAATCAAAATTCTTAAATACTATGTAAAAGA	3	244	1
AAAAGATGTGTGATTAAAAATGTAGGTAAGGG	3	270	1
AAAAAAACTTTTAATAAACACTACGAAAGACT	4	42	1
TGAGGAAGTCTTAACAAATACTATTTAACCGT	4	102	0
TGTTAAGACTTCCTCAAAAACTTTTGGTGATA	4	118	1
          *** **** ***
MAP Score: 4.51817

Motif 6
TTCACAAAAACCGGCGACAATACGCCGCCGGCAGG	1	21	1
AGGATTCGAACCTGCGACCGTCCGGTTAACAGCCG	1	53	1
GGACGCTCTACCAGCTAAGCTACGGCGGCTCTTGC	1	87	1
AGTGCAATTGTGAGCAAATTTGCGCAAAAGTGTTT	2	79	1
AAGAAAAGTTCGAGACACTATCCGGCATTGAAGTT	3	79	0
          ** ** **  * ***
MAP Score: 0.838602