AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_fusions026_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944241649
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0196	131	medium-chain acyl-CoA ligase (alkK-1)
#1	AF0197	86	acetyl-CoA synthetase (acs-1)
#2	AF0568	300	A. fulgidus predicted coding region AF0568
#3	AF1261	133	medium-chain acyl-CoA ligase (alkK-4)

Motif 1
TCGTCAGTTGTTGTTCGGGGGAAAACGGTAACTTC	0	20	0
ACGATTTGTTTATTTATGATGATAAAGTATTTATG	0	62	1
CCACCACCCCTTTTTTATTGAATAATAATTTCGTA	0	105	0
ATAATTCAATTTTTTAAGATGATAATGAATTTAAA	1	26	1
TTCAAGAAGCATGTTCAGCTAAAAAT         	2	1	0
AACTTTTTTGTTTTTCAGCAGATTATAACTGAAAA	3	31	1
ACTTTCAGGATTCTTAAGTAAATTAATTCGAAAAA	3	69	1
ATTCGAAAAATTATTATGTCGATTAAACTTGATTG	3	94	1
TTAAACTTGATTGATTGGTGAAAAACT        	3	116	1
          ** **  *  *****
MAP Score: 7.79672

Motif 2
AAAACAGGAAGTTACCGTTTTCCCCCGAACAACAACTG	0	13	1
GCTTCTTGAAGCTTTCAAACTCCTCCAAAACCGAATTC	2	26	1
TCGAGGGTTCGAATCCCTCCCCCCGCACTGAATTCGGT	2	55	0
GGAGGGATTCGAACCCTCGAACCCCTACGGGACGGGAC	2	73	1
CTACGGGACGGGACCCTGAATCCCGCGCCTTTGTCCGC	2	97	1
GCGCCTTTGTCCGCTCGGCAACCCCCGCTCAGGGCCTA	2	121	1
          *   **     *******
MAP Score: 4.3016

Motif 3
ACGATTTGTTTATTTATGATGATAAAGTAT	0	62	1
GATGATAAAGTATTTATGAATACTCATACG	0	79	1
TACTCATACGAAATTATTATTCAATAAAAA	0	99	1
TTAAAAAATTGAATTATGCTCAAAGTGTGA	1	13	0
AGCAAATTTAAATTCATTATCATCTTAAAA	1	37	0
TGATTAATTGGATTTATGAGGTTTGTGGTG	2	160	1
ACACAATTCTAAATTATGATAGACGAGGAC	2	249	1
TTAATTCGAAAAATTATTATGTCGATTAAA	3	91	1
          **********
MAP Score: 4.13492

Motif 4
AAGTTACCGTTTTCCCCCGAACAACAACTGACGAAA	0	21	1
CACGATTTGTTTATTTATGATGATAAAGTATTTATG	0	61	1
TGAATAATAATTTCGTATGAGTATTCATAAATACTT	0	86	0
CACCACCCCTTTTTTATTGAATAATAATTTCGTATG	0	103	0
CATAATTCAATTTTTTAAGATGATAATGAATTTAAA	1	25	1
        ATTTTTAGCTGAACATGCTTCTTGAAGC	2	2	1
CTGAATTCGGTTTTGGAGGAGTTTGAAAGCTTCAAG	2	30	0
GAGGACTCGTATTTTAAAGAGCAATCCAGAAAATGG	2	273	1
CTTTTTTGTTTTTCAGCAGATTATAACTGAAAATAA	3	33	1
AACTTTCAGGATTCTTAAGTAAATTAATTCGAAAAA	3	68	1
          ****  * **  ** *
MAP Score: 3.02064