AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AG/AG_operons004_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944241981 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 AF0025 300 cyanate transport protein (cynX) #1 AF0074 261 biotin operon repressor/biotin--[acetyl CoA carboxylase] ligase (birA) #2 AF0075 26 conserved hypothetical protein #3 AF0154 139 conserved hypothetical protein #4 AF0155 62 A. fulgidus predicted coding region AF0155 #5 AF0157 99 molybdopterin oxidoreductase, iron-sulfur binding subunit #6 AF0176 58 molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin binding subunit #7 AF0177 300 tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit E (fwdE) #8 AF0499 300 molybdopterin oxidoreductase, iron-sulfur binding subunit #9 AF0813 72 phosphoglycerate dehydrogenase (serA) #10 AF0950 177 carbon monoxide dehydrogenase, iron sulfur subunit (cooF) #11 AF1186 139 conserved hypothetical protein #12 AF1205 53 pantothenate permease (panF-2) #13 AF1208 165 conserved hypothetical protein #14 AF1778 105 stage V sporulation protein (spoVG) #15 AF1779 57 2-hydroxyacid dehydrogenase, putative #16 AF1822 49 serine/threonine phosphatase (ppa) #17 AF1823 73 F420H2:quinone oxidoreductase, 16.5 kDa subunit, putative #18 AF1928 142 tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit D (fwdD-2) #19 AF2278 49 pyruvate formate-lyase activating enzyme (act-4) #20 AF2281 66 aldehyde ferredoxin oxidoreductase (aor-4) #21 AF2384 190 molybdopterin oxidoreductase, molybdopterin binding subunit Motif 1 TCAGTAAGTCAATAACTTTTATCAATATTT 0 264 1 TAATCTTAATAAACCCTTTTTTCCTCAAGC 1 225 0 TCACCACCCCAAACACTGTTACCTAACAGT 3 14 1 TGTTAAATATAAACACTGTTAGGTAACAGT 3 28 0 TAGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGG 3 102 1 TTAATTTCCAAAACCCTTATATTTTATCAA 5 31 1 ATTTTAGGGAAAAACCTTATGACCTTGCCA 6 24 1 TACATAAGCCAAAATCTTATAATAACCATT 8 120 1 CTTTTACGATAAAAACTTTTACTCGTCCAC 9 22 0 GGGCAGAGCTAAAAACTTTTACGATAAAAA 9 37 0 GCTGAGGTATATAAACTTTTGTAATGTTTG 11 105 0 AACAATTCGAAAAATCTGTTAAAGAAAAGG 13 31 0 ACATACTTAAATTAACTTTTTTGAAGCTAA 13 142 1 CTTTTGCTTCAAAACCTTTTTATCTTTTCT 15 22 1 GATATATAAAAAAAACTTTTAATAAACACT 18 34 1 AGACTTCCTCAAAAACTTTTGGTGATAGG 18 123 1 GTAATAACCTATAAACTTTTTGCAATTTCC 21 107 1 ********** MAP Score: 27.6756 Motif 2 CTTCAAAACCTTTTTATCTTTTCTGGGTTCAAT 15 28 1 ACCTATAAACTTTTTGCAATTTCCACGTTATTT 21 113 1 CTATTTGTAGTATTTACCTTTTCTTTAACAGAT 13 15 1 ATTTCCACGTTATTTATAATTTCATCAGCACCG 21 131 1 TTTTTCGTTTTTTTTACGGTGTT 5 0 1 ACAGTGTTTTTTTGATTTTATTTAATAAG 21 171 0 GCTTTATGAGTATTTACTTTTTTGTAATACAAA 1 57 0 AATAATTTTCTTTTTGTCTTTTAAGTGATTAGC 21 42 1 ATTAAAAGTTTTTTTTATATATCCAGCGCGCTT 18 24 0 AAAATTTTTAGTATATCCTTTTACCA 2 4 1 GGCAATATTATTTTTATTATATCACACTTCTTT 11 15 1 TTGGTGAAGATTTTTCAGATTTACCTACGCTTG 10 61 0 TATCGGAAATTATATATTTTTTCAAATCAAATG 20 29 1 ATCAGCAAACTATTTTAATTTGCCTTAAACATT 19 16 0 CTCTCTTCGATTTTTAATTTTGTATTACAAAAA 1 39 1 TCAAGTAGCATTTATTAAATTTTCAGTCAACTA 16 21 1 TTTTTTTCATATTCGAAGATTTT 4 0 1 CTTTAACAGATTTTTCGAATTGTTCAAGCGAAG 13 37 1 TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAAGG 10 5 1 CACTCAGCAGTATATCTTTTTTATTGTCGGACT 0 70 1 GTCTGCTGTATATTTAGCTTATATTAACCTTTT 8 232 0 TTGCAAAAAGTTTATAGGTTATTACCTAAAATT 21 99 0 AATACTGAGTTATATTTAATTGCTAATCACTTA 21 63 0 ***** ***** MAP Score: 14.5384 Motif 3 CACTCAGCAGTATATCTTTTTTATTGTCGGAC 0 70 1 TCAGTAAGTCAATAACTTTTATCAATATTTAA 0 264 1 TCTCTTCGATTTTTAATTTTGTATTACAAAAA 1 40 1 CTTTATGAGTATTTACTTTTTTGTAATACAAA 1 57 0 TTTTTCGTTTTTTTTACGGTGTT 5 1 1 ACTCATTAGCTTTAAATTATTTTTGAACGGTG 7 266 0 TATATTAACCTTTTGCTTTTTTATTCGATTCT 8 214 0 CTGCTGTATATTTAGCTTATATTAACCTTTTG 8 231 0 TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAAG 10 5 1 TTCTTGGCAATATTATTTTTATTATATCACAC 11 10 1 ATTTGTAGTATTTACCTTTTCTTTAACAGATT 13 17 1 ACATACTTAAATTAACTTTTTTGAAGCTAAAT 13 142 1 TCAAAACCTTTTTATCTTTTCTGGGTTCAATT 15 30 1 TTATTAAAAGTTTTTTTTATATATCCAGCGCG 18 27 0 TACGAAAGACTATTATTTTTCTCCTCGCCCAA 18 63 1 TATCGGAAATTATATATTTTTTCAAATCAAAT 20 29 1 AATTTAATAATTTTCTTTTTGTCTTTTAAGTG 21 37 1 ACAGTGTTTTTTTGATTTTATTTAATAAGAA 21 169 0 **** ***** * MAP Score: 14.2605 Motif 4 GCAGTATATCTTTTTTATTGTCGGACTGCGGTTTTATTTCACTGA 0 76 1 TTTTTCGTTTTTTTTACGGTGTTAATTTCCAAAAC 5 0 1 CAATTTTTCCTAATATTTTAGGGAAAAACCTTATGACC 6 3 1 AAAATCATCATTTTTCGATATATTTTGGCTCTCCTAAGTCCGCAG 8 162 1 TTATATTAACCTTTTGCTTTTTTATTCGATTCTGAGCCGTCTGCG 8 202 0 ATCGTAAAAGTTTTTAGCTCTGCCCCTGAGCGTGAGAGGT 9 42 1 CGATATATATTTTTTTGCATTCAAGGGGATTTGTTAAATTACCTG 10 12 1 TGGTGAAGATTTTTCAGATTTACCTACGCTTGCCTGCAGGTAATT 10 48 0 CTTTAACAGATTTTTCGAATTGTTCAAGCGAAGCTCGTTTAAACG 13 37 1 GCTTCAAAACCTTTTTATCTTTTCTGGGTTCAATTCTGTC 15 27 1 TTTTTTCATGTAATAAAGCTGAAATACTATCGATT 17 0 1 AAATTATATATTTTTTCAAATCAAATGGTATTGGTGATTTT 20 35 1 TAATAATTTTCTTTTTGTCTTTTAAGTGATTAGCAATTAAATATA 21 41 1 AACCTATAAACTTTTTGCAATTTCCACGTTATTTATAATTTCATC 21 112 1 ***** * * * * * MAP Score: 8.98679 Motif 5 AAATTAAAAATCGAAGAGAGGAGAAATCGATTAAGGCAGCTT 1 17 0 CAAAACCGATTTTAGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGG 3 90 1 ACTTTTTAAATTTAGGCTATCCTAAACATAACG 3 116 1 ATACACAATTTCCATGATTTTTCAAACCAAACGCTGTATTTA 7 173 1 TTAACACCGTTCAAAAATAATTTAAAGCTAATGAGTTTTTAA 7 262 1 AGTTTTCCTCTATACATAAGCCAAAATCTTATAATAACCATT 8 108 1 AATTCTCAAATACATACCAATACAAACCAATTTTAACAACAC 10 92 1 GGGCTTCAACTCTAAGTGTATTTAAACCTTACCGTCAGGATA 10 145 0 CCAACAGTAATTTAAAGCAGCTCAAACATTACAAAAGTTTAT 11 83 1 GAAAAATCTGTTAAAGAAAAGGTAAATACTACAAATAGAAAT 13 11 0 TATAATGATATGTAATGATATTGAAAACATACTTAAATTAAC 13 116 1 TTTTTTCATGTAATAAAGCTGAAATACTATCGATTTAGTA 17 8 1 AAAAGCGCGCTGGATATATAAAAAAAACTTTTAATAAACACT 18 22 1 ATAGTATTTGTTAAGACTTCCTCAAAAACTTTTGGTGATAGG 18 110 1 GCTCTAATGTTTAAGGCAAATTAAAATAGTTTGCTGATAAGA 19 11 1 TATCGGAAATTATATATTTTTTCAAATCAAATGGTATTGGTG 20 29 1 CTCAGTATTCTCAATTTTAGGTAATAACCTATAAACTTTTTG 21 87 1 * * * *** * *** MAP Score: 8.72391 Motif 6 TGGTAAAAGGATATACTAAAAATTTT 2 1 0 TTCTCAAGTAGCATTTATTAAATTTTCAGTCAACTAC 16 18 1 CGGTTAAATAGTATTTGTTAAGACTTCCTCAAAAACT 18 103 1 CTTTCGTAGTGTTTATTAAAAGTTTTTTTTATATATC 18 34 0 TCATAATAATGGTTATTATAAGATTTTGGCTTATGTA 8 120 0 TGTATATTTAGCTTATATTAACCTTTTGCTTTTTTAT 8 222 0 TTCTTTAACAGATTTTTCGAATTGTTCAAGCGAAGCT 13 35 1 ATGTATTTGAGAATTGGTGAAGATTTTTCAGATTTAC 10 70 0 TTTGGCTTATGTATAGAGGAAAACTTTAAATATAATG 8 96 0 ACTTAAAGGGGCATTGGCCAAAAGTTCAGGCATTCTT 0 175 1 TTTTTTTCATATTCGAAGATTTTAGGGAAAAGG 4 6 1 GAGTAAAAGTTTTTATCGTAAAAGTTTTTAGCTCTGC 9 28 1 AGGATAGCCTAAATTTAAAAAGTTTTTGGTTGGCCTA 3 102 0 TATCCAGCGCGCTTTTGGCAAAGTTTAA 18 1 0 CAATTTTTCCTAATATTTTAGGGAAAAAC 6 2 1 AATGTTTAAGGCAAATTAAAATAGTTTGCTGATAAGA 19 16 1 AAATAACGTGGAAATTGCAAAAAGTTTATAGGTTATT 21 109 0 ACGTATTACAGGATTTAAAAACAAATTAGATTGCACA 0 120 1 * **** ** *** MAP Score: 8.63498 Motif 7 AAAGGGGCATTGGCCAAAAGTTCAGGCATT 0 179 1 TAATTTTGTATTACAAAAAAGTAAATACTC 1 53 1 AGTTTTTGGTTGGCCTAAAATCGGTTTTGA 3 89 0 CATCTACCTTTTCCCTAAAATCTTCGAATA 4 19 0 CATAAGGTTTTTCCCTAAAATATTAGGAAA 6 15 0 CCTTATGACCTTGCCAAAAAGACACTATTT 6 38 1 AAAAATAATATTGCCAAGAA 11 0 0 TTAAACTTTGCCAAAAGCGCGCTGGAT 18 7 1 CTATTTTAATTTGCCTTAAACATTAGAGCG 19 10 0 TTATAGGTTATTACCTAAAATTGAGAATAC 21 91 0 AACGTGGAAATTGCAAAAAGTTTATAGGTT 21 112 0 ********** MAP Score: 8.33924 Motif 8 TCGCACTATGTGCAATCTAATTTGTTTTTA 0 135 0 ATAGTGCGAATGCAATTTAACTTAAAGGGG 0 156 1 GTTTTGAAAATGCAATCAAAAATGCATAAT 3 66 0 AATCGAATTAGGCAACTTAACACCGTTCAA 7 246 1 CTACAGAGAGGACAATTAAATCTTTAATCT 8 17 1 CTTGCCTGCAGGTAATTTAACAAATCCCCT 10 35 0 AATTACTGTTGGTAATCAAATTCTTAAGGA 11 65 0 GATTACCAACAGTAATTTAAAGCAGCTCAA 11 78 1 ATGAGAGCGTGGTAATTTAATCTAACGTTT 14 19 1 TAACGTTTCCTGCAATCAAAATTCTTATAT 14 41 1 TAATGTTTAAGGCAAATTAAAATAGTTTGC 19 15 1 TTAAGTGATTAGCAATTAAATATAACTCAG 21 62 1 ********** MAP Score: 7.83145 Motif 9 ATACTCATAAAGCTCATACCTAAGCAATCC 1 77 1 CGAACCCCGGACCTCTCGCTTATCAGGCGA 1 159 1 GCCTGGTTAGAGCGCTCGCCTGATAAGCGA 1 174 0 ATCAACATCTACCTTTTCCCTAAAATCTTC 4 24 0 TTTCCACCTCCTCTTGCCAGAACCTTTC 5 81 0 CAGCCTTATAAGCTCAGGCTTCCCCTTCTC 7 26 1 CCCCTTCTCAACCTCACGCCTCTCATCTGC 7 47 1 CCTGTAGCTGACCTTATCCTTCTTCACCTC 7 110 1 TCTCTTTCCCAGCTCTTCCCAATACACAAT 7 152 1 GCTTATATTAACCTTTTGCTTTTTTATTCG 8 219 0 AAAAGTTTTTAGCTCTGCCCCTGAGCGTGA 9 47 1 AAGTTTATATACCTCAGCCCACTTCACATT 11 117 1 ********** MAP Score: 7.59239 Motif 10 TAAAGCTCATACCTAAGCAATCCCAATCTTGGAAAAGC 1 84 1 GGGGGTTCGAACCCCGGACCTCTCGCTTATCAGGCGAG 1 152 1 GGAATCCTGCCACTCTCAGCCTTATAAGCTC 7 3 1 CAGCCTTATAAGCTCAGGCTTCCCCTTCTCAACCTCAC 7 26 1 CCCCTTCTCAACCTCACGCCTCTCATCTGCGACGAGAA 7 47 1 CCTGTAGCTGACCTTATCCTTCTTCACCTCGAAACTTC 7 110 1 TTCACCTCGAAACTTCCCAGTCTCTTTCCCAGCTCTTC 7 132 1 GAGGACAATTAAATCTTTAATCTCAATTACAGGTCTTA 8 24 1 TACAGGTCTTATCTCCATACTCATCACCAGATTATACT 8 51 1 CTTTTCTGTAAACTTCAAATTCTCTGTCTGCTGTATAT 8 252 0 GCGTAGGTAAATCTGAAAAATCTTCACCAATTCTCAAA 10 64 1 TATTTTTATTATATCACACTTCTTTGCTCAATCTTATC 11 23 1 AATTAAATATAACTCAGTATTCTCAATTTTAGGTAATA 21 75 1 * ** * **** ** MAP Score: 6.37124 Motif 11 ATGACCACTACCATAAAAACCGCTTTTTGATAA 0 217 1 CCCATCACCACCCCAAACACTGTT 3 1 1 TCAGGCTTCCCCTTCTCAACCTCACGCCTCTCA 7 39 1 CTGACCTTATCCTTCTTCACCTCGAAACTTCCC 7 117 1 GGTCTTATCTCCATACTCATCACCAGATTATAC 8 55 1 ACTCTACATATCAGCCACACCTCGTTTAAACGA 13 71 0 CAATCAAAATTCTTATATACCACTTTGTTTGAG 14 53 1 ATTTATAATTTCATCAGCACCGCAAAGTTCTTA 21 142 1 ***** **** * MAP Score: 4.63712 Motif 12 TCTTAATAAACCCTTTTTTCCTCAAGCTGACTGAG 1 217 0 CCCATCACCACCCCAAACACTGTTA 3 0 1 TTTCCACCTCCTCTTGCCAGAACCTTTCTGGC 5 77 0 CTCAGGCTTCCCCTTCTCAACCTCACGCCTCTCAT 7 38 1 CTCAACCTCACGCCTCTCATCTGCGACGAGAACCT 7 53 1 CAGTCTCTTTCCCAGCTCTTCCCAATACACAATTT 7 149 1 ATCTCAATTACAGGTCTTATCTCCATACTCATCAC 8 43 1 TCAGATTTACCTACGCTTGCCTGCAGGTAATTTAA 10 45 0 TATTATATCACACTTCTTTGCTCAATCTTATCTCA 11 29 1 ATCAGTATATCCCATCTTGCCTCCAAAATACCACC 12 18 0 AAAACTTCTTATCAGCAAACTATTTTA 19 32 0 * * **** * *** MAP Score: 4.46442 Motif 13 CAGTAAGTCAATAACTTTTATCAATATTTAATCAA 0 265 1 TTATGAGTATTTACTTTTTTGTAATACAAAATTAA 1 52 0 TTGGGATTGCTTAGGTATGAGCTTTATGAGTATTT 1 75 0 AAAATTTTTAGTATATCCTTTTACC 2 0 1 TTTAACATTATAAGCATTATGCATTTTTGATTGCA 3 51 1 GGACTCTTAAAAACTCATTAGCTTTAAATTATTTT 7 275 0 ATGGTTATTATAAGATTTTGGCTTATGTATAGAGG 8 114 0 TCATTTTTCGATATATTTTGGCTCTCCTAAGTCCG 8 169 1 TTAGCTTATATTAACCTTTTGCTTTTTTATTCGAT 8 217 0 TTTTATCGTAAAAGTTTTTAGCTCTGCCCCTGAGC 9 38 1 TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAAGGGGATT 10 8 1 GCTGAGGTATATAAACTTTTGTAATGTTTGAGCTG 11 100 0 TTAAGAGTTTGGCTTTTGCTTCAAAA 15 1 1 GTAAAATTTATTAGTGTGTGGCTGTGACTTCGGGA 17 47 1 TTAAACTTTGCCAAAAGCGCGCTGG 18 0 1 GAGAAAAATAATAGTCTTTCGTAGTGTTTATTAAA 18 51 0 TTTTGTCTTTTAAGTGATTAGCAATTAAATATAAC 21 53 1 TAATAACCTATAAACTTTTTGCAATTTCCACGTTA 21 108 1 *** *** *** * MAP Score: 0.399119