AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AG/AG_operons006_100.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944242291 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 AF0006 104 corrinoid methyltransferase protein (mtaC-1) #1 AF0008 73 oxalate/formate antiporter (oxlT-1) #2 AF0014 95 A. fulgidus predicted coding region AF0014 #3 AF0016 54 A. fulgidus predicted coding region AF0016 #4 AF0018 22 3-ketoacyl-CoA thiolase (acaB-1) #5 AF0033 36 acyl carrier protein synthase (acaA-1) #6 AF0135 59 conserved hypothetical protein #7 AF0136 103 A. fulgidus predicted coding region AF0136 #8 AF0196 131 medium-chain acyl-CoA ligase (alkK-1) #9 AF0197 86 acetyl-CoA synthetase (acs-1) #10 AF0283 168 3-ketoacyl-CoA thiolase (acaB-7) #11 AF0438 79 3-ketoacyl-CoA thiolase (acaB-8) #12 AF0439 82 transcriptional regulatory protein, AsnC family #13 AF0442 300 succinoglycan biosynthesis regulator (exsB) #14 AF0968 205 3-ketoacyl-CoA thiolase (acaB-10) #15 AF1065 51 conserved hypothetical protein #16 AF1066 57 N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin reductase (mer-1) #17 AF1196 65 N5,N10-methylenetetrahydromethanopterin reductase (mer-2) #18 AF1197 300 3-ketoacyl-CoA thiolase (fadA-2) #19 AF1289 300 conserved hypothetical protein #20 AF2409 42 iron-sulfur cluster binding protein #21 AF2410 43 A. fulgidus predicted coding region AF2410 #22 AF2411 41 conserved hypothetical protein #23 AF2412 39 thiamine biosynthesis protein (thiC) #24 AF2414 67 conserved hypothetical protein #25 AF2416 115 3-ketoacyl-CoA thiolase (acaB-12) Motif 1 ACAAATCATTTTATAAAATTTTTTTTAATTAAC 2 15 1 AAATTTTTTTTAATTAACTTTTTGTTGTTAATT 2 30 1 TTTTTGTTGTTAATTAATTATTTATCAGGATAT 2 48 1 TAATGAGCAAATATTAAATTTTTAAGGAATTTA 6 25 0 TATTTGCTCATTAATAATTGTTAC 6 45 1 ATTGTTATGTTCAATAAATGTTTCGTAAAATTG 7 69 0 ATTTTTGATTAATTGTTATGTTCAATAA 7 85 0 TTATTTATGATGATAAAGTATTTATGAATACTC 8 71 1 ACTTTGAGCATAATTCAATTTTTTAAGATGATA 9 17 1 TTAAATTTGCTCATTAAATGTTATAAATTGGAG 9 56 1 TGGCAGAGCAAACTTAAATTTTTTGGATATATA 10 88 1 TTTCACGAAAACATTAAATATTACACGACTACT 11 49 1 TTAATGGCAAACATAAAATTTTTATATTTTTAG 12 45 1 TTTGCTCTCGTAATTAATTATTGACATTAAAGC 14 65 0 AATACTTGATATATTCAATTTTTACGCGTTTAG 14 106 0 TTCGTTAATACTTAAATTTTACGTAATGTGC 14 184 0 AATACACCTCCTTCACTTTTTTCTTATTAAA 18 279 0 AGATGGGGGTTGATGAAGTGTTTATTCCCGGCA 19 216 1 ATTTCATACTATATGAACTTTTTTAAAAA 22 6 0 * ***** * *** MAP Score: 17.724 Motif 2 AGGATATTTTTTCTGAACAAATGGTGGTTGT 2 74 1 AGCTAATAGAAGGAGATTGAGTAGGGGTTGAAGGAACACC 7 12 1 CGAAATTATTATTCAATAAAAAAGGGGTGGTGGT 8 107 1 GTAAGTTGAAATCAGACCAAAATGGGATTGAAAGTGGACG 13 19 1 AAACTCAACGAACAGAACTAAATGCGGGGGGAGGGATTCG 13 120 1 GGGGTTGCCGAGCGGACAAAGGCGCAGGATTGAGGGTCCT 13 182 0 CCTCGACGGTAGCAGAGAAAGTTCTGGACTTCCGGAAGGC 18 24 1 TGGTATTTTAATAAGAAAAAAGTGAAGGAGGTGTATT 18 273 1 CGATGGCTGCAGTGGATGAAGACGTGGATGTTGTGGGCAT 19 39 1 GATATTGTCGAGCTGAAAAAGATGGGGGTTGATGAAGTGT 19 197 1 ATCAAAACCAAGCTGCCAGAAAAGAGGAAGAAAGA 19 275 1 ATTGAAAATTATCCGAGGGAGCCGAAGGTTTGGGAGAAGA 25 24 1 AAGGTTTGGGAGAAGATTGAGAGGAAGGCGTATGTGGATT 25 48 1 TATGCAATATATCTGAAGCACAGGAGGAAGATAAAGGC 25 87 1 ** ** ** * ** * MAP Score: 15.4565 Motif 3 CAAGAAGCATGTCCAAGTAAAAGATATCTCTGATGA 13 76 0 GGCAACCCCCGCTCAGATGAAAAATTCTGCATAGGA 13 213 1 AAAACAGCGTGTTAAAAACAAAAATATAAAAATAAA 14 13 0 ACTATCTGTTGGAAAAAATAAAAATTAAAA 17 4 0 CATATTTCACGAAAACATTAAATATTACACGACTAC 11 45 1 AGTATGAAAGTAAACTAAAAATATAAAAATTTTAT 12 57 0 TATATCTGAAGCACAGGAGGAAGATAAAGGC 25 94 1 ATCTAAACGCGTAAAAATTGAATATATCAAGTATTA 14 104 1 TTATGAATCAGTTCATAACAAAATTATCTGACTTTT 0 31 0 TTATTAATGAGCAAATATTAAATTTTTAAGGAATTT 6 26 0 GCCATTTAATGGCAAACATAAAATTTTTATATTTTT 12 40 1 TTAATTACGAGAGCAAATGAAAAATCTAAACGCGTA 14 81 1 ACCACCATTTGTTCAGAAAAAATATCCTGATAAATA 2 66 0 GGGAAAACAGGAAGTTACCGTTTTCCC 8 1 1 TAATGTTTTCGTGAAATATGAATTTTGCCTTGCAGC 11 29 0 GCTTGGTTTTGATAAACTCAACAATTTCCGAAATGG 19 252 0 TCTGCCAATAGTCCAGAACGACCATTAAAGATTTTG 10 59 0 GGCACATTACGTAAAATTTAAGTATTAACGAA 14 183 1 ATAACTTGGAGGGAAAAATAACTTTTG 15 1 0 ATCAAAAAAGGCAAATCTTAAATAAAATC 5 17 1 ACAACAAAAAGTTAATTAAAAAAAATTTTATAAAAT 2 22 0 * ** * *** *** MAP Score: 13.2069 Motif 4 GATAAATAATTAATTAACAACAAAAAGTTAATTAA 2 39 0 TGTTAATTAATTATTTATCAGGATATTTTTTCTGA 2 55 1 TTAATAACGATAATTGACAAAGAAAAGTTAAAAA 3 9 0 TCAATTATCGTTATTAAAAAGAGAACTTACTGGTA 3 27 1 GTAACAATTATTAATGAGCAAATATTAAATTT 6 37 0 TACGAAACATTTATTGAACATAACAATTAATCAAA 7 75 1 CACGATTTGTTTATTTATGATGATAAAGTATTTAT 8 61 1 TACGAAATTATTATTCAATAAAAAAGGGGTGGTGG 8 105 1 CATAATTCAATTTTTTAAGATGATAATGAATTTAA 9 25 1 TTGCCTTTATTTACTCAACATAAAAGCCTTTCTTT 10 141 0 GCAAAATTCATATTTCACGAAAACATTAAATATTA 11 37 1 TTAATGTCAATAATTAATTACGAGAGCAAATGAAA 14 68 1 ACCCGGATGGTATTTTAATAAGAAAAAAGTGAAGG 18 266 1 TTAGTGAATGTTATGAAACAGGAGATTGCGAAA 21 20 1 ***** * * ** * MAP Score: 11.6563 Motif 5 ACAACTCCCGGATACCTCGACGGTAGCA 18 6 1 AGTGTTTATTCCCGGCACCCCCATTTCGGAAA 19 232 1 GTTCGGTGTACTCGACTTCCTCCGGGATGATA 18 195 0 CCTTTGTCCGCTCGGCAACCCCCGCTCAGATG 13 200 1 CTCCCAAACCTTCGGCTCCCTCGGATAATTTT 25 28 0 GGTTCGAGGGTTCGAATCCCTCCCCCCGCATT 13 140 0 ACAGGAAGTTACCGTTTTCCCCCGAACAACAA 8 16 1 GGGATTCGAACCCTCGAACCCCTACGGGACAG 13 152 1 CTGGATTGCCCCCGTATTCCCTTATGTAGTTT 19 124 0 TATTTGCTTTCCTGCTTTCCCCCAAATGGTGA 16 31 1 CTTTAAGTGTGTCGATTTCCTCTCTTGTTGGT 18 228 0 TATAGGGTGTTCCTTCAACCCCTACTCAATCT 7 25 0 ATAATCCACATACGCCTTCCTCTCAATCTTCT 25 58 0 TTGGACATGCTTCTTGAACCTCCCAAACTCAA 13 96 1 TCTTTCTTCCTCTTTTCTGGCA 19 288 0 **** ****** MAP Score: 10.9053 Motif 6 TATTTTTTCTGAACAAATGGTGGTTGT 2 78 1 AATTATTAATGAGCAAATATTAAATTTTTAAGG 6 31 0 AGAGCTAATAGAAGGAGATTGAGT 7 1 1 AACATTTAATGAGCAAATTTAAATTCATTATCA 9 45 0 ACTATTGGCAGAGCAAACTTAAATTTTTTGGAT 10 83 1 CTTTTATGTTGAGTAAATAAAGGCAAAA 10 150 1 CAAACTCAACGAACAGAACTAAATGCGGGGGGA 13 119 1 GGGGGTTGCCGAGCGGACAAAGGCGCAGGATTG 13 190 0 TTAATTACGAGAGCAAATGAAAAATCTAAACGC 14 81 1 CTATCTGTTGGAAAAAATAAAAATTAAAA 17 6 0 CGGTTTTGATGAGCAAACGAAGAGAATGAAGCT 18 102 1 ATTTTAATAAGAAAAAAGTGAAGGAGGTGTATT 18 277 1 CGATATTGTCGAGCTGAAAAAGATGGGGGTTGA 19 196 1 CAAGCTGCCAGAAAAGAGGAAGAAAGA 19 283 1 TTAAAAAAAGGCGCAAAGGCAAAAAAACTTTGC 23 13 0 GAAGGTTTGGGAGAAGATTGAGAGGAAGGCGTA 25 47 1 ******* *** MAP Score: 10.7093 Motif 7 TTTTTTCTTATTTATGAACCAGT 1 1 1 TTTATAAAATTTTTTTTAATTAACTTTTTGTT 2 24 1 TTTAATTAACTTTTTGTTGTTAATTAATTATT 2 38 1 ATACCAGTAAGTTCTCTTTTTAATAACGATAA 3 31 0 ATGAGCACGATTTGTTTATTTATGATGATAAA 8 56 1 CATAAAAGCCTTTCTTTATTTTGAGTGGTTTG 10 126 0 ACATAAAATTTTTATATTTTTAGTTTACTTTC 12 55 1 ATTTTTATTTTTATATTTTTGTT 14 1 1 TATTTTTATATTTTTGTTTTTAACACGCTGTT 14 15 1 ACAGGCGGATTATCTATTTTTAAATCGGCACA 14 157 1 TTTTAATTTTTATTTTTTCCAACAGATA 17 6 1 CTCCTTCACTTTTTTCTTATTAAAATACCATC 18 271 0 *** * ****** MAP Score: 10.2002 Motif 8 AATTTTTTTTAATTAACTTTTTGTTGTTAATTAAT 2 31 1 TTTTTAACTTTTCTTTGTCAATTAT 3 0 1 GATTTTATTTAAGATTTGCCTTTTTTGATAG 5 15 0 TTCCTTAAAAATTTAATATTTGCTCATTAATAATT 6 29 1 GAAAACAGGAAGTTACCGTTTTCCCCCGAACAACA 8 12 1 GATGATAATGAATTTAAATTTGCTCATTAAATGTT 9 43 1 ATATCCAAAAAATTTAAGTTTGCTCTGCCAATAGT 10 83 0 GTCGTGTAATATTTAATGTTTTCGTGAAATATGAA 11 43 0 GATACTTACACTTTAATTGCAATTAAAA 12 3 1 AAATATAAAAATTTTATGTTTGCCATTAAATGGCA 12 39 0 AAATTTTTATATTTTTAGTTTACTTTCATACT 12 60 1 TCGTCATCAGAGATATCTTTTACTTGGACATGCTT 13 73 1 ACGCGTTTAGATTTTTCATTTGCTCTCGTAATTAA 14 81 0 TTCGTTAATACTTAAATTTTACGTAATGTGCCGA 14 181 0 CAAAAGTTATTTTTCCCTCCAAGTTATA 15 3 1 TTTTAATTTTTATTTTTTCCAACAGATAG 17 4 1 GGGCAAAGTTTTTTTGCCTTTGCGCCTTTTTTTAA 23 11 1 * *** *** *** MAP Score: 8.52339 Motif 9 ATAGGGTGTTCCTTCAACCCCTACTCAATCTC 7 24 0 ACCACCACCCCTTTTTTATTGA 8 119 0 CTGCCAATAGTCCAGAACGACCATTAAAGATT 10 62 0 TGGACATGCTTCTTGAACCTCCCAAACTCAAC 13 97 1 GGATTCGAACCCTCGAACCCCTACGGGACAGG 13 153 1 CTTTGTCCGCTCGGCAACCCCCGCTCAGATGA 13 201 1 AAGTCGAGTACACCGAACCACCAACAAGAGAG 18 209 1 AAGACTTATGCCCACAACATCCACGTCTTCAT 19 54 0 AATAAACACTTCATCAACCCCCATCTTTTTCA 19 210 0 AGTGTTTATTCCCGGCACCCCCATTTCGGAAA 19 232 1 ** ******** MAP Score: 7.25695 Motif 10 CTATTTTCTAATTTGGAGGTGTTTAG 0 88 1 ATCTCTGCTTAAGAGGGGATTCGCG 1 58 1 TTTTCTGAACAAATGGTGGTTGT 2 82 1 AGAGCTAATAGAAGGAGATTGAGTAGGGGT 7 9 1 AAGGAGATTGAGTAGGGGTTGAAGGAACACC 7 21 1 TTCAATAAAAAAGGGGTGGTGGT 8 118 1 AAATGTTATAAATTGGAGGTGAACT 9 71 1 GTTCGTTGAGTTTGGGAGGTTCAAGAAGCAT 13 102 0 CAGAACTAAATGCGGGGGGAGGGATTCGAAC 13 132 1 TTTTCATCTGAGCGGGGGTTGCCGAGCGGAC 13 205 0 GTAGAAGGTGGATTTCAAAGTTA 13 287 0 TAGCGCTTCATGAAGGACGTAACGTTGAGGA 18 137 1 GGACGTAACGTTGAGGACGTGTTGAATAACA 18 151 1 TTTCCTCTCTTGTTGGTGGTTCGGTGTACTC 18 214 0 AAGAAAAAAGTGAAGGAGGTGTATT 18 285 1 CACCGCACACCGCAGGAGGTGGCGATGGCTG 19 17 1 GAGCTGAAAAAGATGGGGGTTGATGAAGTGT 19 206 1 ACAATTTCCGAAATGGGGGTGCCGGGAATAA 19 237 0 AATGTTATGAAACAGGAGATTGCGAAA 21 26 1 ** ******** MAP Score: 4.8798 Motif 11 TTAGAAGGCCTATTTTCTAATTTGGAGGTGT 0 79 1 TTTTTTCTTATTTATGAACCA 1 0 1 TTTTATAAAATTTTTTTTAATTAACTTTTTG 2 23 1 TTTAATTAACTTTTTGTTGTTAATTAATTAT 2 38 1 TATCAGGATATTTTTTCTGAACAAATGGTGG 2 70 1 GCATTTATGCTCATGTAAATTCCT 6 3 1 AAAAATTTAATATTTGCTCATTAATAATTGT 6 35 1 ATTTTTATTTTTATATTTTTGTTT 14 3 1 TATTTTTATATTTTTGTTTTTAACACGCTGT 14 15 1 CCTCCTTCACTTTTTTCTTATTAAAATACCA 18 273 0 GTTGAAAAGGTTTATGTTGATGCTGCAAGAA 20 14 1 GGGCAAAGTTTTTTTGCCTTTGCGCCTTTTT 23 11 1 ******** ** MAP Score: 4.07718 Motif 12 TGATGTATAGGGTGTTCCTTCAACCCCTACTCAATCTCCTTCTA 7 18 0 GTTCGAGGGTTCGAATCCCTCCCCCCGCATTTAGTTCTGTTCGT 13 127 0 GGGGAGGGATTCGAACCCTCGAACCCCTACGGGACAGGACCCTC 13 147 1 CTGCGCCTTTGTCCGCTCGGCAACCCCCGCTCAGATGAAAAATT 13 195 1 GATTATTTGCTTTCCTGCTTTCCCCCAAATGGTGATATT 16 28 1 TGGACTTCCGGAAGGCACTGGCCCCTACAGGGTGATAACGCAGA 18 48 1 ACGAAGAGAATGAAGCTCTTAGCGCTTCATGAAGGACGTAACGT 18 118 1 TGGTGGTTCGGTGTACTCGACTTCCTCCGGGATGATAATTTCAA 18 188 0 TGGCCTTCACCGCACACCGCAGGAGGTGGCGATGGC 19 2 1 CTCATCTGGATTGCCCCCGTATTCCCTTATGTAGTTTATGACCT 19 117 0 TGATGAAGTGTTTATTCCCGGCACCCCCATTTCGGAAATTGTTG 19 226 1 * * * *** ** * * MAP Score: 1.11459