AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_operons007_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944242374
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0154	139	conserved hypothetical protein
#1	AF0155	62	A. fulgidus predicted coding region AF0155
#2	AF0355	51	ferredoxin (fdx-3)
#3	AF0471	125	2-ketoglutarate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (korG)
#4	AF0688	228	iron-sulfur cluster binding protein
#5	AF0748	47	A. fulgidus predicted coding region AF0748
#6	AF0923	217	ferredoxin (fdx-5)
#7	AF1263	74	iron-sulfur cluster binding protein
#8	AF1489	166	indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit alpha (iorA)
#9	AF1643	50	conserved hypothetical protein
#10	AF1644	35	tungsten formylmethanofuran dehydrogenase, subunit F (fwdF)
#11	AF1699	102	pyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (porG)
#12	AF2029	95	conserved hypothetical protein
#13	AF2030	31	indolepyruvate ferredoxin oxidoreductase, subunit beta (iorB)
#14	AF2055	32	2-ketoisovalerate ferredoxin oxidoreductase, subunit gamma (vorG)
#15	AF2056	35	conserved hypothetical protein
#16	AF2145	74	glutaredoxin (grx-2)
#17	AF2146	44	GTP-binding protein
#18	AF2147	96	A. fulgidus predicted coding region AF2147

Motif 1
AGGTTTTGAGGAAATTTTTCAATTCCACGGAGGAAA	6	155	0
GACAGAAGGGGAAACGTTTTAATTCCTCTTATAAAC	8	133	1
CTCAACTCTAAAACCTTTTAAACACCCTTGCCGAAG	9	17	0
AAAGCTAAAAAAATATTTTAAATGCCGATTCTGGTT	11	25	0
AATTAACGGAAAAGGTTTTGAAAGCTAAAAAAATAT	11	45	0
AAGTTGCCGGGAACTTTTAAAAATCTCGCCCGAACT	5	16	0
TATTCCGCATGAAATTTTATAAATCTTTCCTATATA	3	92	0
         TGAATGCTCTAAAATCCTGCGGATTTA	18	1	1
TCAAAAAGGTAATTACTTTTAAATCCGCAGGATTTT	18	20	0
         CAAAGGGTTAAAAGGCTAAGAATAAAG	10	1	1
CATCGCAAATGAAGAATATAAACCCCACCGGAAACG	12	38	1
TCAGAGAACCGATAACTTAAAATACCTCTCCACTAC	8	62	0
TTCCACGGAGGAAAATTTTTAATGTTTAAGAAAGAA	6	133	0
TTGCTCAGATAAAGGATTTTAATCCGATTTTCCTTA	17	18	1
TCAATATAGTAAATTTTTTTAAAATTAAAAATTGAC	4	18	0
AGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGGCTATCCT	0	103	1
CTTCATTTGCGATGTATTCAAAAACTCGAAAATTTT	12	16	0
GTTTAAGAAAGAACAATTCTATGGCCGTTGTCTATG	6	110	0
AACCCCACCGGAAACGTTTAATACTTCCTCGATTTT	12	58	1
CCTTTTCCCTAAAATCTTCGAATATGAAAAAAA   	1	7	0
       ACCAAAACCTTATATTTTCTGCGTGTTAA	15	3	1
          ***   *** **  **
MAP Score: 24.0279

Motif 2
ATAAGAGGAATTAAAACGTTTCCCCTTCTGTCT	8	132	0
TTTTTAGCTTTCAAAACCTTTTCCGTTAATTTT	11	50	1
 GCTTTCACCTCATAGCCTTTTCTCCACAAATT	7	52	0
 GCTTTCACCTCATAGCCTTTTCTCCGCAAATT	4	206	0
TTTTTAATTTTAAAAAAATTTACTATATTGATT	4	23	1
TTCTTAAACATTAAAAATTTTCCTCCGTGGAAT	6	137	1
CTATATAAATCTATAGCATTTGCGATATTGTTA	7	16	1
CTATACAAATCTATAGCATTTGCGATATAGTTA	4	170	1
TCGCTCAACTCTAAAACCTTTTAAACACCCTTG	9	23	0
TTAGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGGCT	0	101	1
CGTCCATATATAAATGCTTTTACCGGTTTTGAC	16	24	0
TATGCATTTTTGATTGCATTTTCAAAACCGATT	0	68	1
TAGGAAAGATTTATAAAATTTCATGCGGAATAT	3	96	1
CTCCGTGGAATTGAAAAATTTCCTCAAAACCTC	6	159	1
        ATATAAAAAATTTTCGAGTTTTTGA	12	2	1
GAATAATAGTAAATAAATTTTACTTGCAAAGTT	2	22	1
TTCAAAAAGGTAATTACTTTTAAATCCGCAGGA	18	24	0
TAAACCCCACCGGAAACGTTTAATACTTCCTCG	12	56	1
TGCGATATAGTTATATAATTTGCGGAGAAAAGG	4	190	1
TGAAATGGGCAGATAAAATTTCAAAATTAAAAA	8	95	1
          * ***** *** *
MAP Score: 20.8716

Motif 3
AGGATAGCCTAAATTTAAAAAGTTTTTGGTTGGCCTAAA	0	100	0
TGCAAGTAAAATTTATTTACTATTATTCGCAATTTATTT	2	11	0
TATATAGGAAAGATTTATAAAATTTCATGCGGAATATTT	3	92	1
AATATAGTAAATTTTTTTAAAATTAAAAATTGACACCAA	4	13	0
CTATATCGCAAATGCTATAGATTTGTATAGTATATGATG	4	161	0
CATTTGCGATATAGTTATATAATTTGCGGAGAAAAGGCT	4	186	1
AGTTCGGGCGAGATTTTTAAAAGTTCCCGGCAACTTTAT	5	16	1
CCACGGAGGAAAATTTTTAATGTTTAAGAAAGAACAATT	6	128	0
CAATATCGCAAATGCTATAGATTTATATAGTATGGG   	7	7	0
CATTTGCGATATTGTTATATAATTTGTGGAGAAAAGGCT	7	32	1
TGTGCTTTTTAATTTTGAAATTTTATCTGCCCATTTCAG	8	94	0
GGGTGTTTAAAAGGTTTTAGAGTTGAGCGAATTT     	9	26	1
CATTTAAAATATTTTTTTAGCTTTCAAAACCTTTTCCGT	11	37	1
CTTTTCCGTTAATTTTTTATTCTTTTAAGCATCCTCAGT	11	67	1
CCCCACCGGAAACGTTTAATACTTCCTCGATTTTTTGAT	12	60	1
          ATTTTTATATCTGCTACCGTTCTGTATCC	14	0	1
        TGAATGCTCTAAAATCCTGCGGATTTAAAAG	18	2	1
          *  *** ** * **    *
MAP Score: 13.1547

Motif 4
GTTTAAATATTCCGCATGAAATTTTATAAAT	3	104	0
CTGGAAGAAATGGGCAGGAAAATTGATGTTT	4	98	0
TTATATAATTTGCGGAGAAAAGGCTATGAGG	4	200	1
TTATATAATTTGTGGAGAAAAGGCTATGAGG	7	46	1
TTCTCTGAAATGGGCAGATAAAATTTCAAAA	8	90	1
TCAACCAGAATCGGCATTTAAAATATTTTTT	11	23	1
CTTTTAAGCATCCTCAGTTAAGAG       	11	88	1
AGTTTTGAACTGGGCATTTAAAT        	13	2	0
 TATTAAGATTGCTCAGATAAAGGATTTTAA	17	9	1
TCTAAAATCCTGCGGATTTAAAAGTAATTAC	18	17	1
          ******* ***
MAP Score: 10.3693

Motif 5
TATGCATTTTTGATTGCATTTTCAAAACCGAT	0	68	1
TATTTACTATTATTCGCAATTTATTTT     	2	5	0
 GCTTTCACCTCATAGCCTTTTCTCCGCAAAT	4	207	0
 GCTTTCACCTCATAGCCTTTTCTCCACAAAT	7	53	0
ACACCTTTATTCTTAGCCTTTTAACCCTTTG 	10	9	0
TTTTTAGCTTTCAAAACCTTTTCCGTTAATTT	11	50	1
TCAAAACCGGTAAAAGCATTTATATATGGACG	16	25	1
GATTTAAAAGTAATTACCTTTTTGAACTTTCT	18	31	1
          * ** *******
MAP Score: 4.68521

Motif 6
AAATAAATTTTACTTGCAAAGTTGAAATA    	2	32	1
       GTATTGGTGTCAATTTTTAATTTTAA	4	3	1
AACATCAATTTTCCTGCCCATTTCTTCCAGCCT	4	99	1
TTTGAAATTTTATCTGCCCATTTCAGAGAACCG	8	87	0
AAAAATATTTTAAATGCCGATTCTGGTTGAATT	11	20	0
       ATTTAAATGCCCAGTTCAAAACTGAG	13	3	1
          TTTTTACCGATTTTGTCAAAACC	16	0	1
GATTTAAAAGTAATTACCTTTTTGAACTTTCTT	18	31	1
          **  **** ****
MAP Score: 2.75813

Motif 7
AGGCCAACCAAAAACTTTTTAAATTTAGGCTATCC	0	103	1
GAAATTTTATAAATCTTTCCTATATATTACTCCCA	3	83	0
TTAATTTTAAAAAAATTTACTATATTGATTCGTAC	4	26	1
TATACTATACAAATCTATAGCATTTGCGATATAGT	4	166	1
GGAAAATTTTTAATGTTTAAGAAAGAACAATTCTA	6	125	0
CATACTATATAAATCTATAGCATTTGCGATATTGT	7	12	1
AATGGGCAGATAAAATTTCAAAATTAAAAAGCACA	8	98	1
AGGGTGTTTAAAAGGTTTTAGAGTTGAGCGAATTT	9	25	1
AGGATGCTTAAAAGAATAAAAAATTAACGGAAAAG	11	67	0
     ATATAAAAAATTTTCGAGTTTTTGAATACA	12	5	1
ACCCCACCGGAAACGTTTAATACTTCCTCGATTTT	12	59	1
AAAACCGGTAAAAGCATTTATATATGGACGTCTCA	16	27	1
          ***  ****  * **
MAP Score: 0.370176