AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i AG/AG_operons013_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944242769 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 AF0212 25 histidinol dehydrogenase (hisD) #1 AF0372 300 conserved hypothetical protein #2 AF0409 74 aspartate aminotransferase (aspB-4) #3 AF0590 185 ATP phosphoribosyltransferase (hisG) #4 AF0818 102 acylphosphatase (acyP) #5 AF0986 30 phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase (hisA-2) #6 AF0987 109 conserved hypothetical protein #7 AF1622 78 leucine responsive regulatory protein (lrp) #8 AF1942 201 A. fulgidus predicted coding region AF1942 #9 AF1946 136 cysteine proteinase, putative #10 AF1948 152 A. fulgidus predicted coding region AF1948 #11 AF1950 54 phosphoribosyl-AMP cyclohydrolase/phosphoribosyl-ATP pyrophosphohydrolase (hisIE) #12 AF2002 88 histidinol-phosphate aminotransferase (hisC-1) #13 AF2004 48 group II decarboxylase #14 AF2037 54 translation initiation factor eIF-2B, subunit delta (eif2BD) #15 AF2128 104 riboflavin synthase, subunit beta (ribE) #16 AF2265 48 imidazoleglycerol-phosphate synthase, subunit H (hisH) #17 AF2366 300 aspartate aminotransferase (aspB-1) Motif 1 ACTATTTTGAAAAACTTTTTATTGATAAAT 6 26 0 TCTTAGTCGCCAAACTTTTTTAACACCTGT 1 265 1 TTGGATTCTGCAAGCTTTTTCCTCAATTTT 17 77 0 GCTATGCAGGCAAACTATTTATATGATTTC 4 17 1 TACAACACAAAAACCTATTTTTACCACCCG 11 21 1 AAACTTTTCGAAACCTATTTAAAGAAAAAG 10 119 1 ACCTCCGGACAAAGCTATTTATAAGTGATT 6 76 1 TGGTTTTAAAATTTTTTGAATTTTTAT 15 7 1 TTATTTTAGTAAAATTTTTTTACTTATAAA 8 101 0 AAAAGCCCACAAAACTTTTCGAAACCTATT 10 108 1 AACCTTAATTAATCCTTTTTCTCAAGCCCT 16 24 1 GCTTCAGGTTAAAATTCTTTAACCTTTGAA 14 22 1 AGAAAAAGTTAAAAATTTTTC 10 141 1 TAACCTCCTCAATGCTCTTTCCCGGAATGT 12 45 0 GTTTTTTGCTCATGCTCTTTAAAAATCAAG 8 14 1 ********** MAP Score: 11.562 Motif 2 GATGAATTACTTTATAAAATTTGCCTTTAAAAC 9 64 0 TAAAGTTAGCTTTATGAAGCTTGTAGTCCCTAC 17 40 0 AGATTAATGAAGATTGATTTATCAAT 6 3 1 AGAAAAAGGATTAATTAAGGTTGTTCTACTCGA 16 13 0 GGCACAGGTGTTAAAAAAGTTTGGCGACTAAGA 1 265 0 TAGTTAGTTATTTATTACACTTTTCCGAGGTTT 13 21 1 TTCTTTAACCTTTGAAAAAATTGAACAC 14 36 1 CAAAACAAATTTTATATATGTTGGTACAGACTA 7 18 0 CAATAACTATTTTGAAAAACTTTTTATTGATAA 6 28 0 TTTTTTAACCTTTTCTTCCCACT 5 0 1 GTTTTAAAATTTTTTGAATTTTTATTATCCGTG 15 12 1 AATTCATCCCTTAAAAACTGTTGGAACGGCCCG 9 89 1 AATTTTTATTTTAGTAAAATTTTTTTACTTATA 8 103 0 TCTTTTATTTATTTTTATCAATGTAT 9 3 1 GGGAGTAATTTTAAATACAATTTCCCCGAAGCG 7 50 1 TAACTTTTTCTTTAAATAGGTTTCGAAAAGTTT 10 119 0 GAAAAATTTTTAACTTTTTCTTTAAATAG 10 133 0 TATAAGTGATTTATTATCAGTTTT 6 95 1 ***** ** *** MAP Score: 10.5517 Motif 3 TTTATTCCACCCGCCTACTTAAA 0 0 1 TCCTCGGCGGTTTTCATCACCGCCATGATTCTT 1 215 0 TCGCCAAACTTTTTTAACACCTGTGCCAAAACT 1 271 1 TTTTTTAACCTTTTCTTCCCACTCC 5 2 1 AAACCATCAATCCCTACCTCCGGACAAAGCTAT 6 61 1 TACTTATAAATTTTATCCTTCAGATTATTGTGA 8 78 0 GGCCCGACTGTTCTGACCATCGGTGGTTTG 9 116 1 AAAGTATGATTTTCGAACTTCGGAACGTGTGAA 10 46 0 CAAAAACCTATTTTTACCACCCGGCCAATTTAA 11 28 1 CCGTACTTCCTCTTAACCTCCTCAATGCTCTTT 12 55 0 GTTCCCACCTCTGCTTCAGGTTAA 14 1 1 TTGAAACCACCTGACAAGAATCT 15 91 0 CGCAAATTACTCTGCATCACCAGACACTATGCA 17 109 1 CTCAGCTCTTTCTCCACCTTCTCTGTAGTAAAC 17 151 0 *** ****** * MAP Score: 9.45652 Motif 4 AATTAGCCTGAAAGAGGGGTCGATCACGAA 1 163 0 TAGTGTTAAAGCGGTGGGTTTTATAAGC 3 8 0 TTGGAAAGACGGAGAGGGGATACCTCATTG 3 133 1 CCGCAGGCAAAAGGTGGGGTT 4 91 1 CTTAAGGAGTGGGAAGAAAAGGTTA 5 15 0 GCTTTGTCCGGAGGTAGGGATTGATGGTTT 6 61 0 GTGGTTGAATGAGGTAGTTAATTCCGTTAA 8 164 1 GAGGTTGCTGAGGAAGTGTGCAGAACTCT 12 9 1 AAAGAGCATTGAGGAGGTTAAGAGGAAGTA 12 55 1 ACCTGAAGCAGAGGTGGGAAC 14 1 0 CTTTGAGAGAAAAGTAGGGACTACAAGCTT 17 27 1 TACTACAGAGAAGGTGGAGAAAGAGCTGAG 17 154 1 TCGAACTGACAAAGAAGGGAGAGGTAGCCG 17 197 1 TTTTGTGTGGGGAGTGGGTTATTTAAAGGT 17 277 0 ********** MAP Score: 6.87906 Motif 5 TTCTTCTCAACTACCTTTATCTCAGCGGCCT 1 130 0 GATTCTTGGGCTACTTTTCCCCCTGGCGCAA 1 191 0 TCGAATATATCAACTTTTACCCGAATAACGT 2 36 0 AACCCCACCTTTTGCCTGCGGTATAT 4 86 0 ATTCTATTTTTTACAACACAAAAA 11 3 1 ACACAAAAACCTATTTTTACCACCCGGCCAA 11 25 1 CTTGTAGTCCCTACTTTTCTCTCAAAGGAAG 17 23 0 AAAATGTCGGCTACCTCTCCCTTCTTTGTCA 17 203 0 ******** ** MAP Score: 5.86615 Motif 6 ACTCTTAGTCGCCAAACTTTTTTAACACCTGTG 1 263 1 TTTTATTTTAGTAAAATTTTTTTACTTATAAAT 8 100 0 TAACTATTTTGAAAAACTTTTTATTGATAAATC 6 25 0 TAATCTGAAGGATAAAATTTATAAGTAAAAAAA 8 84 1 GGGTTTTAAAGGCAAATTTTATAAAGTAATTCA 9 62 1 TCTGCTTCAGGTTAAAATTCTTTAACCTTTGAA 14 19 1 TAAAGAAAAAGTTAAAAATTTTTC 10 138 1 CTCCGCTTCGGGGAAATTGTATTTAAAATTACT 7 53 0 TTGCTATGCAGGCAAACTATTTATATGATTTCA 4 15 1 CGTTATTCGGGTAAAAGTTGATATATTCGAAAG 2 37 1 TGGTTTTAAAATTTTTTGAATTTTTAT 15 4 1 TTACTCCCAAAACAAATTTTATATATGTTGGTA 7 25 0 * *** ****** MAP Score: 5.72112 Motif 7 GAGATTCTTGTCAGGTGGTTTCAA 15 90 1 GAAAGAGCATTGAGGAGGTTAAGAGGAAGT 12 54 1 GGTGGTTGAATGAGGTAGTTAATTCCGTTA 8 163 1 AACCTGAAGCAGAGGTGGGAAC 14 2 0 CAGTTTTGGCACAGGTGTTAAAAAAGTTTG 1 275 0 AATAGCTTTGTCCGGAGGTAGGGATTGATG 6 65 0 TTAGTGTTAAAGCGGTGGGTTTTATAAGC 3 9 0 GTTCTCAACTAAGGGTGGTTGAATGAGGTA 8 150 1 CTATGCAACTTCAGGAGTTTACTACAGAGA 17 135 1 CTTAAATTGGCCGGGTGGTAAAAATAGGTT 11 32 0 GAGGAGGTTAAGAGGAAGTACGGCCTTGAA 12 65 1 TGGGTTATTTAAAGGTGTTTGGTTTTGTTT 17 263 0 CCGCTGAGATAAAGGTAGTTGAGAAGAACG 1 133 1 AAGATGACCGTCAGGAAGTAGACCTTGACC 3 60 0 TGTTCTGACCATCGGTGGTTTG 9 124 1 TGAAAACCGCCGAGGAGTTTCTTAGCATAT 1 232 1 AAAACCAGCTTGGGGTGGTCAACGTCAATG 3 158 0 ********** MAP Score: 5.65424 Motif 8 AACCATCAATCCCTACCTCCGGACAAAGCTATTTATAAG 6 62 1 CTTTAAATAACCCACTCCCCACACAAAACCA 17 279 1 TGAGGTATCCCCTCTCCGTCTTTCCAAGCCTGTATCCAG 3 121 0 CCTATTTTTACCACCCGGCCAATTTAAGGC 11 34 1 CATTAAAAGCCCACAAAACTTTTCGAAACCTATTTAAAG 10 104 1 TTTATTCCACCCGCCTACTTAAAGC 0 6 1 GTAGTATCTGACACCATCCCAAACAAAACCAAACACCTT 17 243 1 CCCTAAACCTCCAATTTTCCATTAAAAGCCCACAAAACT 10 85 1 GCTTGTAGTCCCTACTTTTCTCTCAAAGGAAGACTCTGA 17 16 0 GGCCGTACTTCCTCTTAACCTCCTCAATGCTCTTTCCCG 12 51 0 AAAAGTAGGGACTACAAGCTTCATAAAGCTAACTTTAAA 17 36 1 CGAAAATCATACTTTAGACTTCCCTAAACCTCCAATTTT 10 64 1 CAAGCTTTTTCCTCAATTTTCCTTTAAAGTTAGCTTTAT 17 58 0 ** * ** * **** MAP Score: 5.51487 Motif 9 CAACAGCGCAGGAAACGAGGGGCAGAAGCCATCACAAC 1 51 1 CGACATTTTTGGAGTTGTGTAGTATCTGACACCATCCC 17 225 1 AGGTTGCTGAGGAAGTGTGCAGAACTCTCAAAATACAT 12 11 1 GAACTGACAAAGAAGGGAGAGGTAGCCGACATTTTTGG 17 199 1 TAACTTTAAAGGAAAATTGAGGAAAAAGCTTGCAGAAT 17 65 1 CTTAAGGAGTGGGAAGAAAAGGTTAAAAAA 5 8 0 TAGCTAGAATGTAACCGAGAAGCAGAATCAGGCCGCTG 1 101 1 GTTTACTACAGAGAAGGTGGAGAAAGAGCTGAGATTGG 17 151 1 GGCTTTTAATGGAAAATTGGAGGTTTAGGGAAGTCTAA 10 77 0 TGAGATAAAGGTAGTTGAGAAGAACGTTCGTGATCGAC 1 137 1 CGTAAATATCAGAAGCTTGAGGTTCTTGC 2 1 0 GCTTTAAGTAGGCGGGTGGAATAAA 0 0 0 **** * * ** * * MAP Score: 4.91802 Motif 10 TTATAATCGCGGGAGTGATGATTAGGGATAAAACGTAGGC 1 12 1 AAACGTAGGCAACAGCGCAGGAAACGAGGGGCAGAAGCCA 1 42 1 AGCAGAATCAGGCCGCTGAGATAAAGGTAGTTGAGAAGAA 1 121 1 TTAGCCTGAAAGAGGGGTCGATCACGAACGTTCTTCTCAA 1 151 0 CAAGAATCATGGCGGTGATGAAAACCGCCGAGGAGTTTCT 1 214 1 GGTGTTAAAAAAGTTTGGCGACTAAGAGTGATATGCTAAG 1 252 0 CTTAAGGAGTGGGAAGAAAAGGTTAAAAAA 5 4 0 TTCTCAACTAAGGGTGGTTGAATGAGGTAGTTAATTCCGT 8 151 1 GAGGTTGCTGAGGAAGTGTGCAGAACTCTC 12 0 1 AGAGCATTGAGGAGGTTAAGAGGAAGTACGGCCTTGAAAG 12 57 1 GGGTCGAGTAGAACAACCTTAATTAATCCTT 16 1 1 ACTTTAAAGGAAAATTGAGGAAAAAGCTTGCAGAATCCAA 17 67 1 TTACTACAGAGAAGGTGGAGAAAGAGCTGAGATTGGCAGA 17 153 1 CTCTCGAACTGACAAAGAAGGGAGAGGTAGCCGACATTTT 17 194 1 TGGTTTTGTGTGGGGAGTGGGTTATTTAAAG 17 279 0 ** * * ** *** * MAP Score: 4.0189 Motif 11 GTTCCCACCTCTGCTTCAGGTTAAAAT 14 6 1 CTTCTCAACTACCTTTATCTCAGCGGCCTGA 1 128 0 TTTTTTAACCTTTTCTTCCCACTCCTTA 5 7 1 AATGTCGGCTACCTCTCCCTTCTTTGTCAGT 17 201 0 ATGAGGTATCCCCTCTCCGTCTTTCCAAGCC 3 130 0 TGCCAATCTCAGCTCTTTCTCCACCTTCTCT 17 160 0 TTCGTGATCGACCCCTCTTTCAGGCTAATTG 1 163 1 CCTTAATTAATCCTTTTTCTCAAGCCCTTGC 16 26 1 GAAACCATCAATCCCTACCTCCGGACAAAGC 6 60 1 GTAGACCTTGACCTTTTCGTTCTGCATCATG 3 42 0 TGTAGTCCCTACTTTTCTCTCAAAGGAAGAC 17 21 0 AAAATTTTTAACTTTTTCTTTAAATAGGTTT 10 129 0 GATTCTGCAAGCTTTTTCCTCAATTTTCCTT 17 73 0 TTCTTGGGCTACTTTTCCCCCTGGCGCAATT 1 189 0 ****** **** MAP Score: 3.91758 Motif 12 TCTAGCTATTGGTTGGTTTCGTTGTGATGGC 1 78 0 AGGCGTCCCAGATTGGCTTTTCAAGATGACC 3 81 0 CGGTATATAAGTTTGAATTCTTTTGTATGAA 4 63 0 GATTAATGAAGATTGATTTATCAATAAAAAG 6 11 1 GGTTGTTTTTTGCTCATGCTC 8 0 1 ACACCGAATCGCTTGATTTTTAAAGAGCATG 8 24 0 GTAATTTGCGGTTTGGATTCTGCAAGCTTTT 17 88 0 ATTTAAAGGTGTTTGGTTTTGTTTGGGATGG 17 256 0 * ********* MAP Score: 3.41614 Motif 13 TGTTAAAGCGGTGGGTTTTATAAGC 3 3 0 GGCGTCCCAGATTGGCTTTTCAAGATGACCGT 3 79 0 ACCACCCCAAGCTGGTTTTTAAGCAG 3 169 1 CTGTGTTAATGAGGGTTTTAAAGGCAAATTTT 9 50 1 TTTAAAATCAGTGGACTTTTAACAAGTTCACA 10 20 1 GAAAAGTTTTGTGGGCTTTTAATGGAAAATTG 10 96 0 TGTGTGGGGAGTGGGTTATTTAAAGGTGTTTG 17 272 0 * ******** * MAP Score: 3.03091 Motif 14 GCTTTAAGTAGGCGGGTGGAATAAA 0 4 0 TAACCGAGAAGCAGAATCAGGCCGCTGAGATAAAGGTAGTT 1 112 1 CCCTCTTTCAGGCTAATTGCGCCAGGGGGAAAAGTAGCCCA 1 175 1 AGTAGCCCAAGAATCATGGCGGTGATGAAAACCGCCGAGGA 1 207 1 TAATTAAGGCGTCCCAGATTGGCTTTTCAAGATGACCGTCA 3 77 0 CTTAATTACCGCTGGATACAGGCTTGGAAAGACGGAGAGGG 3 110 1 CAATGTGACTGTGTTAATGAGGGTTTTAAAGGCAAATTTTA 9 42 1 GCCTTAAATTGGCCGGGTGGTAAAAATAGGT 11 33 0 AGGAGGTTAAGAGGAAGTACGGCCTTGAAAGA 12 66 1 TATTATCCGTGACAGATTGAGGCAATGCGAATCCCTAAATT 15 34 1 CTTCCTTTGAGAGAAAAGTAGGGACTACAAGCTTCATAAAG 17 23 1 * * *** ** *** MAP Score: 1.68737 Motif 15 GGCACAGGTGTTAAAAAAGTTTGGCGACTAA 1 267 0 TTGATTTATCAATAAAAAGTTTTTCAAAATA 6 23 1 GTACCAACATATATAAAATTTGTTTTGGGAG 7 24 1 GAGTAATTTTAAATACAATTTCCCCGAAGCG 7 52 1 AATTTATAAGTAAAAAAATTTTACTAAAATA 8 99 1 AATTTTACTAAAATAAAAATTGAGGATAGCT 8 115 1 ATGAATTACTTTATAAAATTTGCCTTTAAAA 9 65 0 TCAGTGGACTTTTAACAAGTTCACACGTTCC 10 27 1 TTAAAGAAAAAGTTAAAAATTTTTC 10 137 1 TGGTTTTAAAATTTTTTGAATTTT 15 3 1 CTGTCACGGATAATAAAAATTCAAAAAATTT 15 18 0 ******** ** MAP Score: 1.65286 Motif 16 TTTTGGCACAGGTGTTAAAAAAGTTTGGCG 1 272 0 AAAGCGGTGGGTTTTATAAGC 3 1 0 ACCCCAAGCTGGTTTTTAAGCAG 3 172 1 TTTTGCCTGCGGTATATAAGTTTGAATTCT 4 73 0 AATGAAGATTGATTTATCAATAAAAAGTTT 6 15 1 ATCAATAAAAAGTTTTTCAAAATAGTTATT 6 30 1 GAATCGCTTGATTTTTAAAGAGCATGAGCA 8 20 0 TGAAGGATAAAATTTATAAGTAAAAAAATT 8 89 1 TGTTAATGAGGGTTTTAAAGGCAAATTTTA 9 53 1 TTAAAGGCAAATTTTATAAAGTAATTCATC 9 67 1 CCGTTCCAACAGTTTTTAAGGGATGAATTA 9 88 0 CTTTTCATTTTTTAAAATCAGTGGAC 10 6 1 TGGTTTTAAAATTTTTTGAAT 15 1 1 TGGGGAGTGGGTTATTTAAAGGTGTTTGGT 17 270 0 ********** MAP Score: 0.973945