AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_operons018_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944243019
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0167	123	flavoprotein (fprA-1)
#1	AF0169	83	A. fulgidus predicted coding region AF0169
#2	AF0270	158	alkyl hydroperoxide reductase
#3	AF0271	101	heterodisulfide reductase, subunit B, putative
#4	AF0272	137	conserved hypothetical protein
#5	AF0342	137	nigerythrin, putative
#6	AF0344	239	desulfoferrodoxin, putative
#7	AF0345	120	A. fulgidus predicted coding region AF0345
#8	AF0346	152	mercuric transport protein periplasmic component (merP)
#9	AF0880	62	rubredoxin (rd-1)
#10	AF1348	67	A. fulgidus predicted coding region AF1348
#11	AF1520	27	flavoprotein (fprA-2)
#12	AF1638	31	ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit (rbcL-2)
#13	AF1639	30	signal-transducing histidine kinase
#14	AF1640	49	rubrerythrin (rr3)
#15	AF2310	46	conserved hypothetical protein
#16	AF2311	108	conserved hypothetical protein

Motif 1
        GTTTTTCCATTTTTGTTATCTCAAGTTCGAA	2	2	1
TTATATTGTCTGATTAGAATTTAGAATATCTCTTTAACG	2	56	1
GCAAAGAAACTAGTTGGTATTTAAAAAATTTTTTAATGG	3	10	0
CCAACTAGTTTCTTTGCAGTTTATTATTTAAGATTTCAA	3	32	1
ATAAGCATTCTAATTCACGATTTTAAAATACTTGTTGCA	4	21	0
TTAGAATGCTTATTTAAACTTTCCTAAGTTTTTTATCTA	4	47	1
          ACTTTACCGTTTGCAATTTTTACCTTTTC	5	0	1
GACAGGCAAATGGTTCGAATTTCGTAAATTTGGATTTTT	5	54	1
TTTCGAAATTTTTCTGGATTTTGAAAAATCCAAATTTAC	5	77	0
AAACCTTTCTATGTTCGAATTTCGTATTTACGAATTAAT	6	172	0
 GCTATCACCTCCCTTACCTTTAAAATTTCTTCCCTAAT	6	211	0
GCTTAATAGTTTTTTGCGGTTTTGAAATTAAAAAGAAAA	8	31	1
AGCAATCGAATTTTTCTTTTTTCTAATATTAAGCTTTCC	10	26	0
        AATTTTTTAAATTTTTTGAGTACTTTTACC 	13	2	1
        ATTTTTTATTCTTTTAAACATTGTGTTGTTC	14	2	1
          *  **    ***  *** *
MAP Score: 13.7756

Motif 2
ATAACCTTTTATTACGGAATTCGAACTTGAGATAA	2	25	0
TGGGGGATAATTCCCGGAAATTGAAGTCGTTACAA	2	122	1
GCAAAGAAACTAGTTGGTATTTAAAAAATTTTTTA	3	14	0
AGCATTCTAATTCACGATTTTAAAATACTTGTTGC	4	22	0
AAAATCCAAATTTACGAAATTCGAACCATTTGCCT	5	57	0
TTTCGAAATTTTTCTGGATTTTGAAAAATCCAAAT	5	81	0
GGTGTTAATCTGGTTGGAGATGGAAAGGCTGCTCG	6	29	0
GAAGCTCAGCTTGTTGGACTCAGAAACCAGGGTAC	6	79	1
GTAAATACGAAATTCGAACATAGAAAGGTTTATTA	6	180	1
TTAATAGTTTTTTGCGGTTTTGAAATTAAAAAGAA	8	33	1
CATTGTGTTGTTCATGGTTGTGAAAAAGCAG    	14	28	1
TTTTAATGCGATTCCGAAAGTAAAAATTTTTGCTC	15	19	0
TCTAAAATTTTTTCCGAATATCGAACCTAAGCTTT	16	24	1
TTAAATATTATTTCCGATATTTAAAGCTTAGGTTC	16	46	0
          **  ****  * ***
MAP Score: 13.5683

Motif 3
GGAGATTGCTGAAAAAGTTTACTGGGTTGG	0	16	1
      CCATTAAAAAATTTTTTAAATACC	3	4	1
TTTAAGATTTCAAAATATTTCCACACAGTT	3	58	1
TTCACGATTTTAAAATACTTGTTGCAGAGG	4	17	0
ATAATTTAGATAAAAAACTTAGGAAAGTTT	4	62	0
TTATTAATAACAAATAATTTAGATAAAAAA	4	75	0
ATAACCAAAAGCAAAAATTTAAATTTATAG	4	101	1
GTTTATTAGGGAAGAAATTTTAAAGGTAAG	6	207	1
TTCAAAACCGCAAAAAACTATTAAGCTTAG	8	27	0
CTCTTTGAGTGAAAAAGCTTTTCAGGAGAA	8	118	1
TAAAAGTACTCAAAAAATTTAAAAAATT  	13	8	0
CTAAAACTGAGCAAAAATTTTTACTTTCGG	15	11	1
TCGATATTCGGAAAAAATTTTAGAGAATGT	16	18	0
          **********
MAP Score: 11.7861

Motif 4
TTGTTATCTCAAGTTCGAATTCCGTAATAAAAGGTTATAT	2	22	1
GAGATATTCTAAATTCTAATCAGACAATATAACCTTTTAT	2	48	0
 CCATTAAAAAATTTTTTAAATACCAACTAGTTTCTTTGC	3	9	1
TTGAAATCTTAAATAATAAACTGCAAAGAAACTAGTTGGT	3	31	0
CTGCAACAAGTATTTTAAAATCGTGAATTAGAATGCTTAT	4	20	1
TTAGATAAAAAACTTAGGAAAGTTTAAATAAGCATTCTAA	4	47	0
TTGCTTTTGGTTATTAATAACAAATAATTTAGATAAAAAA	4	75	0
GACAGGCAAATGGTTCGAATTTCGTAAATTTGGATTTTTC	5	54	1
TAAATTTGGATTTTTCAAAATCCAGAAAAATTTCGAAAGA	5	78	1
AATCCAGAAAAATTTCGAAAGACTTAAGTTAGAGTTTGGC	5	96	1
TCTATGTTCGAATTTCGTATTTACGAATTAATATCGCTAA	6	164	0
TTTTCTTTTTAATTTCAAAACCGCAAAAAACTATTAAGCT	8	30	0
TTTAAGCGAAAGGATTATAACTGAGAAGAAACATGATTGG	9	30	1
GGAAAGCTTAATATTAGAAAAAAGAAAAATTCGATTGCTG	10	26	1
  GGTAAAAGTACTCAAAAAATTTAAAAAATT        	13	2	0
GAACAACACAATGTTTAAAAGAATAAAAAAT         	14	1	0
      CTGCTTTTTCACAACCATGAACAACACAATGTTT	14	25	0
ATCGAACCTAAGCTTTAAATATCGGAAATAATATTTAACG	16	43	1
          *  ** * **     ** **
MAP Score: 5.29855

Motif 5
GTTTACTGGGTTGGTGCGAAGGACTGGAATCG	0	32	1
TCGGTGAAGCTTTGCGGGAAAATGGTAAAATA	1	15	0
TCACCGAAGATTTTAGTGGAAACTGATTTGTA	1	40	1
GAATATCTCTTTAACGAGGAGGTGATTGATTT	2	79	1
TTGGCGCCGCTTTTGGGGGATAATTCCCGGAA	2	109	1
AAATTTAAATTTATAGTGGAAGCTGAGCGATT	4	115	1
TAGAAAGGTTTATTAGGGAAGAAATTTTAAAG	6	200	1
CCATCATGCTTAGACGGGAAAAGCTAATTTAG	7	79	1
TGTGGTAAAGTTGTAGTGAAGTCAATCTGTAA	8	76	1
TGTTGAACTCTTTGAGTGAAAAAGCTTTTCAG	8	111	1
TTTCAGGAGAATGTGGTGAAGAAAA       	8	137	1
    TCAATGTTGTTGAGGCGATATTTAAGCG	9	6	1
TGAGGCGATATTTAAGCGAAAGGATTATAACT	9	20	1
    TACAACTGTTAGCGAAAGACCTTTTTG 	11	9	0
GTGTTGTTCATGGTTGTGAAAAAGCAG     	14	32	1
TCGGAAAAAATTTTAGAGAATGTTTTTAAAA 	16	9	0
          **** * *****
MAP Score: 3.92134

Motif 6
GGAGATTGCTGAAAAAGTTTACTGGGTTGG	0	16	1
      TCATCAACAATCAGGTAGCTGTTG	0	109	0
GAATTATCCCCCAAAAGCGGCGCCAAATCA	2	105	0
TTCACCTCTGCAACAAGTATTTTAAAATCG	4	13	1
TTATTAATAACCAAAAGCAAAAATTTAAAT	4	95	1
TCAGGCTAAGGAAAAGGTAAAAATTGCAAA	5	19	0
TCTGGATTTTGAAAAATCCAAATTTACGAA	5	74	0
AGAAAAATTTCGAAAGACTTAAGTTAGAGT	5	101	1
GCTGCTCGAAGAAAAAGCAATGATCTT   	6	7	0
GGTTGGAGATGGAAAGGCTGCTCGAAGAAA	6	23	0
CCATGCCTTCGAAAAAGGTGTTAATCTGGT	6	50	0
TTTCTGAGTCCAACAAGCTGAGCTTCCATG	6	75	0
TGCTTAGACGGGAAAAGCTAATTTAGATGC	7	85	1
TTCAAAACCGCAAAAAACTATTAAGCTTAG	8	27	0
TCAAAGAGTTCAACAGTCTTACAGATTGAC	8	96	0
CTCTTTGAGTGAAAAAGCTTTTCAGGAGAA	8	118	1
TTAGAAAAAAGAAAAATTCGATTGCTGGAG	10	39	1
         GCAACAAGTTGCTAAGGAGGT	12	20	0
TAAAAGTACTCAAAAAATTTAAAAAATT  	13	8	0
TCATGGTTGTGAAAAAGCAG          	14	39	1
TAAAACTGAGCAAAAATTTTTACTTTCGGA	15	12	1
TCGATATTCGGAAAAAATTTTAGAGAATGT	16	18	0
  CGCCTCAAGAACAAGTTGCTTTGGGTCG	16	90	0
          **********
MAP Score: 3.23213

Motif 7
TTAAATAATAAACTGCAAAGAAACTAGTTGGTA	3	30	0
AAATTAACCAAACTGTGTGGAAATATTTTGAAA	3	65	0
ATAACAAATAATTTAGATAAAAAACTTAGGAAA	4	66	0
GGATTTTTCAAAATCCAGAAAAATTTCGAAAGA	5	85	1
AGAAAGGTTTATTAGGGAAGAAATTTTAAAGGT	6	201	1
GCGGTTTTGAAATTAAAAAGAAAAATGGCGTGT	8	46	1
AAAGGATTATAACTGAGAAGAAACATGATTGGG	9	38	1
  AGGTTAGGAAATCGAGGGAAAGCTTAATATT	10	8	1
GGGAAAGCTTAATATTAGAAAAAAGAAAAATTC	10	25	1
CACAATGTTTAAAAGAATAAAAAAT        	14	2	0
     TCTAAAACTGAGCAAAAATTTTTACTTT	15	5	1
CTTAGGTTCGATATTCGGAAAAAATTTTAGAGA	16	22	0
CTAAGCTTTAAATATCGGAAATAATATTTAACG	16	50	1
          ****  * *****
MAP Score: 0.207123