AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_profile010_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944244593
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0645	232	translation initiation factor eIF-5A (eif5A)
#1	AF0647	132	isocitrate dehydrogenase, NADP (icd)
#2	AF1622	78	leucine responsive regulatory protein (lrp)
#3	AF2199	82	3-isopropylmalate dehydratase, large subunit (leuC)
#4	AF2269	80	nucleotide-binding protein
#5	AF2270	177	A. fulgidus predicted coding region AF2270
#6	AF2295	43	group II decarboxylase
#7	AF2297	126	cytochrome oxidase, subunit I (cydA-2)
#8	AF2298	34	conserved hypothetical protein
#9	AF2300	60	deoxyhypusine synthase (dys1-2)
#10	AF2301	278	conserved hypothetical protein

Motif 1
AAATTTTTCTGAAGAAGAGTTAAAAATGCGACTGAG	0	178	0
CCGCTTCGGGGAAATTGTATTTAAAATTACTCCCAA	2	48	0
       TTTGAGAGTTCATTAAAAAAGTATTTAAG	3	3	1
CTAAGAAACAAACGGTTAACTTAAAAAGCACCGAAC	3	45	1
GAAGTTTACAAACACATGAATTTAAAAAGCGAGTTT	4	40	1
         AAAAACAAAAGTGAAAACTCGCTTTTT	4	63	0
TTAAACAAAAAAGAAAAAGGTTAAAACTTAGTCAAC	5	23	0
TTTTTGTTTAACCATTAAAGTCAAAAATTTACCTTT	5	48	1
TTAACAATTAACTGCAGAAGTTAAAAAATTACCTGA	5	88	1
CCTGAGATATTAAATTTTAATCAAAACAAATAAAAA	5	119	1
ATTTTTTAATTAAAATCAATTTAAAAG         	6	26	1
AGAACCATGGAAGAGAAAAAGAAAAAGGAGTACTAC	7	23	0
TTCTACTAACAATAAATCGTTTAAAAAATTTGCTTT	7	55	1
TCGATAATCGAACGAAAAGATTAAATTTTATGTAGA	7	90	1
       GATTAAAGTTGGTTGAAATAATATAACAC	8	15	0
TTAAGAGATAAATAATAAAATTAAAATTAGGAAATT	10	91	0
ATCTGGAATAAAAATTTTGATTAAGAGATAAATAAT	10	111	0
ATTTTCGTGCAAAATATCGCTAAAAATGGCCTGATT	10	151	1
AAATCAAATTAAAGCAATGCTTAAATACTCAGCGTA	10	228	1
          ** * *  * * ****
MAP Score: 16.5756

Motif 2
CAGTCGCATTTTTAACTCTTCTTCAGAAAAATT	0	180	1
TTTGCGTTAATTTAAATTTTTCTGAAGAAGAGT	0	194	0
AAAAAGCGAGTTTTCACTTTTGTTTTT      	4	63	1
GTTGACTAAGTTTTAACCTTTTTCTTTTTTGTT	5	23	1
AAAGGTAAATTTTTGACTTTAATGGTTAAACAA	5	51	0
TACCTGAGATATTAAATTTTAATCAAAACAAAT	5	117	1
ATAAAAAATTTTTTTATTTGTTTTGATTAAAAT	5	132	0
AATCGAAACCTTTATTTTTTAATTAAAATCAAT	6	13	1
GTAGTACTCCTTTTTCTTTTTCTCTTCCATGGT	7	23	1
TACATAAAATTTAATCTTTTCGTTCGATTATCG	7	91	0
AATTTCCTAATTTTAATTTTATTATTTATCTCT	10	91	1
AATTTTATTATTTATCTCTTAATCAAAATTTTT	10	105	1
TTATTCCAGATTTTAATTTTCGTGCAAAATATC	10	136	1
          **** *****  *
MAP Score: 11.8319

Motif 3
GTACCAACATATATAAAATTTGTTTTGGGAG	2	24	1
ATGGTGGCATATAAAAAATTTTTTTATTTGT	5	144	0
AACCATTAAAGTCAAAAATTTACCTTTCAAG	5	57	1
TTTTGCGTTAATTTAAATTTTTCTGAAGAAG	0	197	0
TTATCTCTTAATCAAAATTTTTATTCCAGAT	10	116	1
CAATTATACCGTAAAAACTTTTGCACATTTT	1	52	1
AACTGCAGAAGTTAAAAAATTACCTGAGATA	5	97	1
TTTGACATTCGTATAAAAATTCTGAACCGAT	10	55	0
GGGAAATTGTATTTAAAATTACTCCCAAAAC	2	45	0
ATTACCTGAGATATTAAATTTTAATCAAAAC	5	115	1
AATAAATCGTTTAAAAAATTTGCTTTCGATA	7	65	1
TAATTTCCTAATTTTAATTTTATTATTTATC	10	90	1
TTTATTCCAGATTTTAATTTTCGTGCAAAAT	10	135	1
AAAGAAAAAGGTTAAAACTTAGTCAACCCAA	5	19	0
ATTGATTTTAATTAAAAAATAAAGGTTTCGA	6	15	0
TACACAGATGATATAAATCTTATCATCTGGT	10	23	1
TCTACATAAAATTTAATCTTTTCGTTCGATT	7	95	0
          ** ********
MAP Score: 10.393

Motif 4
AGTCGCATTTTTAACTCTTCTTCAGAAAAATTTAAA	0	181	1
         TTTGAGAGTTCATTAAAAAAGTATTTA	3	1	1
AAAAAAGTATTTAAGGCTTTTCTAAGAAACAAACGG	3	24	1
AAGAAAAAGGTTAAAACTTAGTCAACCCAATTTGAC	5	13	0
ATTTTTGACTTTAATGGTTAAACAAAAAAGAAAAAG	5	40	0
ACTTCTGCAGTTAATTGTTAACTTGAAAGGTAAATT	5	73	0
ACCTGAGATATTAAATTTTAATCAAAACAAATAAAA	5	118	1
ATCGAAACCTTTATTTTTTAATTAAAATCAATTTAA	6	14	1
AACGAAAAGATTAAATTTTATGTAGATTATAGTTAA	7	100	1
     GTTATTAAAGTCTTACACAGATGATATAAAT	10	5	1
AATTAATTATTTGACATTCGTATAAAAATTCTGAAC	10	59	0
ATTTTATTATTTATCTCTTAATCAAAATTTTTATTC	10	106	1
ATTCCAGATTTTAATTTTCGTGCAAAATATCGCTAA	10	138	1
CGCTGAGTATTTAAGCATTGCTTTAATTTGATTTGC	10	226	0
          ****   **   ****
MAP Score: 10.3248

Motif 5
CAACATATATAAAATTTGTTTTGGGAGTAATTTTAAATA	2	28	1
AAAAGCCTTAAATACTTTTTTAATGAACTCTCAAA    	3	6	0
TTTTTAAGTTAACCGTTTGTTTCTTAGAAAAGCCTTAAA	3	33	0
AACAAAAGTGAAAACTCGCTTTTTAAATTCATGTGTTTG	4	48	0
ACTAAGTTTTAACCTTTTTCTTTTTTGTTTAACCATTAA	5	27	1
TTGAAAGGTAAATTTTTGACTTTAATGGTTAAACAAAAA	5	48	0
TTCTGCAGTTAATTGTTAACTTGAAAGGTAAATTTTTGA	5	68	0
GCAGAAGTTAAAAAATTACCTGAGATATTAAATTTTAAT	5	101	1
GTGGCATATAAAAAATTTTTTTATTTGTTTTGATTAAAA	5	133	0
  CAAAATCGAAACCTTTATTTTTTAATTAAAATCAATT	6	8	1
AATCGTTTAAAAAATTTGCTTTCGATAATCGAACGAAAA	7	69	1
AATCGAACGAAAAGATTAAATTTTATGTAGATTATAGTT	7	95	1
ACGAATGTCAAATAATTAATTTCCTAATTTTAATTTTAT	10	74	1
ATCTGGAATAAAAATTTTGATTAAGAGATAAATAATAAA	10	108	0
          **   **  ***   ** *
MAP Score: 9.69463

Motif 6
CTCATGTGAGGCTTAAAGCAATTATACCGT	1	34	1
         TGATGAAAGCAGTTCTGCGAA	9	49	0
TATAATTACTCCTGAAAGCACCATGAAGTA	0	102	1
GAATTTCGATGCTGAAAGCTT         	1	1	0
TGGCAAATCAAATTAAAGCAATGCTTAAAT	10	224	1
GAAAAATTTAAATTAACGCAAAATTAGGCA	0	205	1
          GATTAAAGTTGGTTGAAATA	8	24	0
          **********
MAP Score: 3.40504