AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_sum_all020_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944246711
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF0442	300	succinoglycan biosynthesis regulator (exsB)
#1	AF0949	177	glutamine synthetase (glnA)
#2	AF0971	101	conserved hypothetical protein
#3	AF0973	108	bile acid-inducible operon protein F (baiF-1)
#4	AF0977	173	ammonium transporter (amt-1)
#5	AF1746	122	ammonium transporter (amt-2)
#6	AF1749	95	ammonium transporter (amt-3)

Motif 1
TTATATTGCCAGATTTGTTAATTATAAAAA   	2	81	1
TTTGTTAAATATTTTTTTAAATTCGGGCTTAAT	6	63	1
 TATTTCTACAATTTTTTAAAGTTTGAAATCGA	3	9	1
GCATTCAAGGGGATTTGTTAAATTACCTGCAGG	1	136	0
GTTATTCACAAAATTTTTAAACAGCCTTGTGTG	5	19	0
AAATATTAAAAGATTTTTAAAAACAACACTAAA	5	89	1
ATAACTCTCAATTTTTGTGAAGAAATCTTAGAA	5	47	1
AAAGTTATGAGTTTTTGTTAAATATTTTTTTAA	6	50	1
AAAAACTTATACATTTGAAAATTACCAAATTAT	3	41	1
TAGAAATTGAAGATTTCTCAAGAACGCGGCCAA	4	71	0
GTCGATTTTAACATTTTCTAAATTGGCCGCGTT	4	49	1
GAATTGGTGAAGATTTTTCAGATTTACCTACGC	1	100	1
AATTTCTACAAATTTTCTTAAAAATTCTTCAGT	4	96	1
TTTAAAAAGAATATTTTTTATTTTTTGATGTCG	4	20	1
      ATTTAAATTTTTTCATTTATGAACACA	2	4	1
TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAAGGGGATT	1	154	0
AAAACTCATAACTTTTCACAATTCTTCAGTTTT	6	32	0
TATTTTTTTGACATTTCTAAGATTTCTTCACAA	5	61	0
GTATTGGTATGTATTTGAGAATTGGTGAAGATT	1	82	1
        AAACTTTTTAGAAAAAAACTAAAAA	6	2	1
ATCCTATGCAGAATTTTTCATCTGAGCGGGGGT	0	217	0
CAAATGTATAAGTTTTTCGATTTCAAACTTTAA	3	25	0
 GTAGAAGGTGGATTTCAAAGTTATATGAAGTC	0	278	0
          * ****** ** *
MAP Score: 23.7083

Motif 2
       TATTTCTACAATTTTTTAAAGTTTGAAATC	3	3	1
TGAGTTTTTGTTAAATATTTTTTTAAATTCGGGCTTA	6	57	1
AGAAGGTGGATTTCAAAGTTATATGAAGTCATCGCCC	0	271	0
CACAAGGCTGTTTAAAAATTTTGTGAATAACTCTCAA	5	21	1
TATTGCCAGATTTGTTAATTATAAAAA          	2	84	1
TCATGCCAGATTTAAAAGTTTTTTGCATGAATTAGAG	4	134	0
  ATTTAAATTTTTTCATTTATGAACACAACTAATGT	2	8	1
CTGAAAAATCTTCACCAATTCTCAAATACATACCAAT	1	84	0
GTATTAATAATTTGGTAATTTTCAAATGTATAAGTTT	3	43	0
TTTGTAGAAATTGAAGATTTCTCAAGAACGCGGCCAA	4	71	0
TTAATATTTTTTTGACATTTCTAAGATTTCTTCACAA	5	61	0
TTGTGAATAACTCTCAATTTTTGTGAAGAAATCTTAG	5	41	1
AACTAAAAAACTGAAGAATTGTGAAAAGTTATGAGTT	6	26	1
ACGCGGCCAATTTAGAAAATGTTAAAATCGACATCAA	4	44	0
TCTTCAGTTTTTTAGTTTTTTTCTAAAAAGTTT    	6	6	0
          TTTTTCTTTTTTTAAAAAGAATATTTT	4	0	1
AACCACAATATTCATAAATCCTATGCAGAATTTTTCA	0	230	0
TTTGCATGAATTAGAGAATTTACTGAAGAATTTTTAA	4	113	0
TAGTGTTGTTTTTAAAAATCTTTTAATATTTTTTTGA	5	83	0
TGAAGAATTTTTAAGAAAATTTGTAGAAATTGAAGAT	4	90	0
TCAAGGGGATTTGTTAAATTACCTGCAGGCAAGCGTA	1	128	0
      TTCGATATATATTTTTTTGCATTCAAGGGGA	1	156	0
          **    * ** * ****
MAP Score: 22.6781

Motif 3
CGCTCAGATGAAAAATTCTGCATAGGATTTATGA	0	222	1
GAGAATTGGTGAAGATTTTTCAGATTTACCTACG	1	98	1
CTGGCAATATAAAGCTTTTGCAGATACACTCATT	2	59	0
TCAAACTTTAAAAAATTGTAGAAATA        	3	2	0
TTGAAATCGAAAAACTTATACATTTGAAAATTAC	3	32	1
GTAGAAATTGAAGATTTCTCAAGAACGCGGCCAA	4	71	0
AATTTTTAAGAAAATTTGTAGAAATTGAAGATTT	4	88	0
AAATTTTCTTAAAAATTCTTCAGTAAATTCTCTA	4	105	1
ATTCATGCAAAAAACTTTTAAATCTGGCATGAAA	4	139	1
AGTTATTCACAAAATTTTTAAACAGCCTTGTGTG	5	19	0
TGACATTTCTAAGATTTCTTCACAAAAATTGAGA	5	52	0
AAAAATATTAAAAGATTTTTAAAAACAACACTAA	5	87	1
          AAACTTTTTAGAAAAAAACTAAAA	6	0	1
TAAAAAACTGAAGAATTGTGAAAAGTTATGAGTT	6	29	1
CCGAATTTAAAAAAATATTTAACAAAAACTCATA	6	55	0
          **** ** * ** *
MAP Score: 21.8655

Motif 4
        TATTTCTACAATTTTTTAAAGTTTGAAAT	3	2	1
TTGATGTCGATTTTAACATTTTCTAAATTGGCCGCGT	4	44	1
ATCTTCAATTTCTACAAATTTTCTTAAAAATTCTTCA	4	90	1
TCATGCCAGATTTAAAAGTTTTTTGCATGAATTAGAG	4	134	0
CACAAGGCTGTTTAAAAATTTTGTGAATAACTCTCAA	5	21	1
TTTTTTGACATTTCTAAGATTTCTTCACAAAAATTGA	5	54	0
TTTAAAAATCTTTTAATATTTTTTTGACATTTCTAAG	5	73	0
ATTCTTCAGTTTTTTAGTTTTTTTCTAAAAAGTTT  	6	8	0
TATGAGTTTTTGTTAAATATTTTTTTAAATTCGGGCT	6	55	1
          ***  *  **** *  *
MAP Score: 16.0828

Motif 5
GATGACGAAAAGAAGATTTACACGTCCACTTTCAATC	0	44	0
CCTTTAAACCACAATATTCATAAATCCTATGCAGAAT	0	236	0
ATGACTTCATATAACTTTGAAATCCACCTTCTAC   	0	276	1
ATACCAATACAAACCAATTTTAACAACACAAATCCTC	1	55	0
GAATTGGTGAAGATTTTTCAGATTTACCTACGCTTGC	1	100	1
GTGTATCTGCAAAAGCTTTATATTGCCAGATTTGTTA	2	64	1
TACAATTTTTTAAAGTTTGAAATCGAAAAACTTATAC	3	16	1
CGAAAAACTTATACATTTGAAAATTACCAAATTATTA	3	39	1
AAAATAAAAAATATTCTTTTTAAAAAAAGAAAAA   	4	7	0
GCCAATTTAGAAAATGTTAAAATCGACATCAAAAAAT	4	39	0
AGGCTGTTTAAAAATTTTGTGAATAACTCTCAATTTT	5	25	1
AAAAAATATTAAAAGATTTTTAAAAACAACACTAAAA	5	86	1
          AAACTTTTTAGAAAAAAACTAAAAAAC	6	0	1
CAAAAACTCATAACTTTTCACAATTCTTCAGTTTTTT	6	30	0
GAATTTAAAAAAATATTTAACAAAAACTCATAACTTT	6	50	0
          * **  ** * **  **
MAP Score: 6.68169

Motif 6
GGAACACAGTAAGTTGAAATCAGACCAAAAT	0	11	1
TTGAAAGTGGACGTGTAAATCTTCTTTTCGT	0	46	1
TCCTATGCAGAATTTTTCATCTGAGCGGGGG	0	218	0
ACTTCATATAACTTTGAAATCCACCTTCTAC	0	279	1
CCTGACGGTAAGGTTTAAATACACTTAGAGT	1	18	0
ATATTGCCAGATTTGTTAATTATAAAAA   	2	83	1
AATTTTTTAAAGTTTGAAATCGAAAAACTTA	3	19	1
AAACTTATACATTTGAAAATTACCAAATTAT	3	43	1
AATTTAGAAAATGTTAAAATCGACATCAAAA	4	42	0
CATGCAAAAAACTTTTAAATCTGGCATGAAA	4	142	1
TTATTCACAAAATTTTTAAACAGCCTTGTGT	5	20	0
TGTTAAATATTTTTTTAAATTCGGGCTTAAT	6	65	1
          * *********
MAP Score: 4.92543

Motif 7
TACACGTCCACTTTCAATCCCATTTTGGTC	0	33	0
GGATTCGAACCCTCGAACCCCTACGGGACA	0	153	1
CGGGACAGGACCCTCAATCCTGCGCCTTTG	0	176	1
AAGTCATCGCCCTTTAAACCACAATATTCA	0	253	0
CTTCATATAACTTTGAAATCCACCTTCTAC	0	280	1
        GGGCTTCAACTCTAAGTGTATT	1	2	1
TAACAAATCCCCTTGAATGCAAAAAAATAT	1	149	1
ATTTTTTAAAGTTTGAAATCGAAAAACTTA	3	20	1
TCAATACAATCCCTCCATGCAGTATTAATA	3	71	0
ATGCAAAAAACTTTTAAATCTGGCATGAAA	4	143	1
TTTAAATCTGGCATGAAATCCTGAGTAC  	4	155	1
          **********
MAP Score: 0.525698

Motif 8
ACACAGTAAGTTGAAATCAGACCAAAATGGGA	0	14	1
CAAAATGGGATTGAAAGTGGACGTGTAAATCT	0	36	1
GTCATCGCCCTTTAAACCACAATATTCATAAA	0	249	0
TCATATAACTTTGAAATCCACCTTCTAC    	0	282	1
ACAAATCCCCTTGAATGCAAAAAAATATATAT	1	151	1
TTTTTAAAGTTTGAAATCGAAAAACTTATACA	3	22	1
TTTTCTTTTTTTAAAAAGAATATTTTTTATTT	4	11	1
TTAGAAAATGTTAAAATCGACATCAAAAAATA	4	38	0
CAAAAAACTTTTAAATCTGGCATGAAATCCTG	4	146	1
TAAAAGATTTTTAAAAACAACACTAAAACTTG	5	95	1
AAATATTTTTTTAAATTCGGGCTTAATTTCTG	6	69	1
          ****** *** *
MAP Score: 0.133315