AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i AG/AG_sum_all089_300.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944248363
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	AF1100	122	acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit alpha (cdhA-1)
#1	AF2397	204	acetyl-CoA decarbonylase/synthase, subunit alpha (cdhA-2)

Motif 1
 GAAGTTACTCCGCACAGCCCTTAAAATAGTAGCGG	0	9	1
AGCACCATAGCCGCAAAGGTTTATAAGGTATAAGTC	0	55	1
AAGGTATAAGTCGTAATTATGTTTTAATTGTTGGTT	0	79	1
CTTAGGTTAACCTAAATGTTATTAAAGCTTTCGGTT	1	15	1
CATTCCGGAGCTTTAATTTAGGACAACCGAAAGCTT	1	39	0
ATGGCAAAAATTGTAATGCTATATAATTTACTTTTG	1	72	1
TAACACTTTTTCGCAATTTTTTGTTACCAAAAGTAA	1	99	0
TCCGAGAAATTCGGAAATAAATCGAAAAGTTCTTAA	1	138	1
ATCGAAAAGTTCTTAATTACAGGAAAAAAGAGTAGC	1	158	1
          *** ****   *  **
MAP Score: 4.66733

Motif 2
CCTTAAAATAGTAGCGGTTTTTACCGGAGCACCA	0	28	1
CACCATAGCCGCAAAGGTTTATAAGGTATAAGTC	0	57	1
CACCAACTAACCAACAATTAAAACATAATTACGA	0	89	0
TTAGGTTAACCTAAATGTTATTAAAGCTTTCGGT	1	16	1
CTCCGGAATGGCAAAAATTGTAATGCTATATAAT	1	65	1
CTTTTGGTAACAAAAAATTGCGAAAAAGTGTTAT	1	102	1
TGTTATCCTCCGAGAAATTCGGAAATAAATCGAA	1	130	1
GGAAATAAATCGAAAAGTTCTTAATTACAGGAAA	1	150	1
          * *******   **
MAP Score: 3.72372

Motif 3
 GAAGTTACTCCGCACAGCCCTTAAAATAGTAGCG	0	9	1
TATGGTGCTCCGGTAAAAACCGCTACTATTTTAAG	0	29	0
AGCACCATAGCCGCAAAGGTTTATAAGGTATAAGT	0	55	1
CTTAGGTTAACCTAAATGTTATTAAAGCTTTCGGT	1	15	1
AATTAAAGCTCCGGAATGGCAAAAATTGTAATGCT	1	57	1
GTGTTATCCTCCGAGAAATTCGGAAATAAATCGAA	1	129	1
CGGAAATAAATCGAAAAGTTCTTAATTACAGGAAA	1	149	1
          *** **** *   **
MAP Score: 1.87547