AlignACE 3.0 10/20/99 AlignACE2 -i BB/BB_fusions001_300.orf Parameter values: expect = 10 gcback = 0.38 minpass = 200 seed = 944236780 numcols = 10 undersample = 1 oversample = 1 Input sequences: #0 BB0851 300 B. burgdorferi predicted coding region BB0851 #1 BBK02 300 B. burgdorferi predicted coding region BBK02 #2 BBK03 193 B. burgdorferi predicted coding region BBK03 #3 BBK04 300 B. burgdorferi predicted coding region BBK04 #4 BBK28 137 B. burgdorferi predicted coding region BBK28 #5 BBK30 127 B. burgdorferi predicted coding region BBK30 Motif 1 TAGGATATAAAGAAGATTTAGAAAAAATCTTAAC 0 12 1 CCCAAATGAAAGAATATTTTATAGAAGAATTGCA 0 61 1 GTGTTTCTATAAAATAGATATGAATTGTGAGAAA 0 150 1 ATTTTTTATAAAAAGATATTGGTATTTTCTCACA 0 175 0 GTGCATTGAAAATAGATATAATAAACAATTTTTT 0 202 0 GGTATTTTAAAACAAATCTTCTAATCATAAAATC 0 243 0 ATTGACAAAGAAATGATTTTACAATGTCGGTATT 0 271 0 AATTTTTATCAAAACATGTTCTTAACTACAGAAA 1 90 1 TATGAGGAAAAGAACAGTTTGAAAACTTTGAATA 1 200 1 TGAAAGCCGTAAAATATCTAAAAAGATTCGGACC 1 274 0 AAATGTTATTAATAAAGCTAAAAAATATAATATT 2 23 1 CAACTCCGTAAATACATTTTCCAAGCAACATTCT 2 90 0 GTTTCAAAAAAATAAAGGTATTAATCCATAAACC 2 159 0 TTTATTCTGAAGAAGAGCTTAAAAACAAGAAAGT 3 182 1 TATTGCCTTTATAATAGGTAGCAACTTTGTTTAC 3 214 0 TTCGTACCGAAGAAGAGCTTGCAAACAAGAAAGT 4 105 1 TGATAAATATAGTTAAGTTTATAATTAGCAAATA 5 75 0 TTTCAAAATCAAAAAAGATTTAAAGAT 5 110 1 **** ** ** ** MAP Score: 19.3508 Motif 2 ATTTTTATCAAAACATGTTCTTAACTACAGAAAACTA 1 91 1 GATGCAAGATAAATATTGCCTTTATAATAGGTAGCAA 3 224 0 GCTATGAGGAAAAGAACAGTTTGAAAACTTTGAATAA 1 198 1 TATTTATTCTGAAGAAGAGCTTAAAAACAAGAAAGTA 3 180 1 TTTATGATTAGAAGATTTGTTTTAAAATACCGACATT 0 246 1 TTTAGAACATGAATAATTATTTAATTACCAATATTAA 3 16 0 TATAATTAGCAAATATATGCTTTCTTAATGAACTAGA 5 53 0 ATTTTCCAAGCAACATTCTTTTAAGAACGGTCTTCCG 2 72 0 ATTTCAAAATCAAAAAAGATTTAAAGAT 5 109 1 CATTCGTACCGAAGAAGAGCTTGCAAACAAGAAAGTA 4 103 1 ATGTTGCTTGGAAAATGTATTTACGGAGTTGATATTG 2 93 1 TATATTTGCTAATTATAAACTTAACTATATTTATCAA 5 73 1 ATAGAAACACAATAATAATTTTTAGGAGATAAAGTGC 0 123 0 ATACTCAAAGGATGATTCTCTTTACTAAGTAGTTCTT 1 156 0 TACCCAAATGAAAGAATATTTTATAGAAGAATTGCAA 0 59 1 TAGATATAATAAACAATTTTTTATAAAAAGATATTGG 0 187 0 TAGGCCCAATAAAGAATATTTTGATCTATAAAGGACT 3 69 0 GACATTGACAAAGAAATGATTTTACAATGTCGGTATT 0 271 0 TAAAGCTAAAAAATATAATATTCAAGACAGTATAAGC 2 35 1 TCCATGGGAGAAAACTAAGTTTGATGAATCTGAATTT 1 58 1 GATAGGATATAAAGAAGATTTAGAAAAAATCTTAACT 0 10 1 TCCAGATATTCAAGAAGGATTTGATATTGTAATTGGA 1 16 1 TAGGTTTATGGATTAATACCTTTATTTTTTTGAAACG 2 157 1 *** ** *** * * MAP Score: 17.9419 Motif 3 GCTCTTCTTCAGAATAAATAAAATAAGTTCCATTTT 3 164 0 AGAAATGTTATTAATAAAGCTAAAAAATATAATATT 2 21 1 GAGCTTAAAAACAAGAAAGTAAACAAAGTTGCTACC 3 196 1 GAGCTTGCAAACAAGAAAGTAAACAAAG 4 119 1 ATATCTATTTTATAGAAACACAATAATAATTTTTAG 0 135 0 AATTGCAAGCAATACAAATGAAAGAACCATGATTAG 0 88 1 CAGTGCATTGAAAATAGATATAATAAACAATTTTTT 0 202 0 AAATCTTCTAATCATAAAATCAAATACAGTGCATTG 0 228 0 GTTGCTACCTATTATAAAGGCAATATTTATCTTGCA 3 223 1 ATATTTGCTAATTATAAACTTAACTATATTTATCAA 5 74 1 AAGGTATTAATCCATAAACCTAACATTGCGATTTGT 2 143 0 TGAGTTTCCAGATATTCAAGAAGGATTTGATA 1 6 1 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181 0 TCTTTTTATAAAAAATTGTTTATTATATCT 0 193 1 CAGTGCATTGAAAATAGATATAATAAACAA 0 208 0 AATTTTTATCAAAACATGTTCTTAACTACA 1 90 1 TAAAAGAACAAAATAAGATAAAACAAGAAC 1 132 1 GTAAAATATCTAAAAAGATTCGGACCCCCC 1 270 0 TAATAAAGCTAAAAAATATAATATTCAAGA 2 32 1 ACCGTTCTTAAAAGAATGTTGCTTGGAAAA 2 78 1 TAGGCCCAATAAAGAATATTTTGATCTATA 3 76 0 GTTCATTAAGAAAGCATATATTTGCTAATT 5 57 1 TTTCAAAATCAAAAAAGATTTAAAGAT 5 110 1 ********** MAP Score: 11.7544 Motif 7 ATGAAAGAATATTTTATAGAAGAATTGCAAG 0 66 1 ATTCATATCTATTTTATAGAAACACAATAAT 0 144 0 ATAATAAACAATTTTTTATAAAAAGATATTG 0 188 0 GAGTTTCCAGATATTCAAGAAGGATTTGATA 1 11 1 GAGAAAACTAAGTTTGATGAATCTGAATTTT 1 65 1 ATGAATCTGAATTTTTATCAAAACATGTTCT 1 81 1 CAACCTATACATATTATTCAAAGTTTTCAAA 1 217 0 AAAAAATATAATATTCAAGACAGTATAAGCC 2 42 1 TAATACCTTTATTTTTTTGAAACGCCACTAA 2 170 1 AATAAAGAATATTTTGATCTATAAAGGACTA 3 68 0 AATAAGTTCCATTTTTAAGAATGCGGTGAAT 3 148 0 TATTTTATTTATTCTGAAGAAGAGCTTAAAA 3 175 1 TTCTTAGGCCATATTCAAGTAGCGTTTCGTA 4 26 0 AATATTTTCAATTAAACTGATTAT 5 3 1 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3 6 1 GGTAATTAAATAATTATTCATGTTCTAAATC 3 24 1 TTTATAGATCAAAATATTCTTTATTGGGCCT 3 74 1 TACACTAGGATAGATATTGGTTTACTACTAT 3 119 1 AGATGCAAGATAAATATTGCCTTTATAATAG 3 231 0 CTAGAATTTAGTGATATTGCAGATATAATCA 5 27 0 TTGAAATTGATAAATATAGTTAAGTTTATAA 5 85 0 ATCTTTAAATCTTTTTTGATTTTGAA 5 111 0 ********* * MAP Score: 2.16278