AlignACE 3.0 10/20/99
AlignACE2 -i BB/BB_fusions002_100.orf 
Parameter values:
 expect =      	10
 gcback =      	0.38
 minpass =     	200
 seed =        	944236809
 numcols =     	10
 undersample = 	1
 oversample = 	1

Input sequences:
#0	BB0360	64	B. burgdorferi predicted coding region BB0360
#1	BB0420	300	sensory transduction histidine kinase, putative
#2	BB0551	220	chemotaxis response regulator (cheY-1)
#3	BB0767	148	UDP-N-acetylglucosamine--N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase (murG)

Motif 1
AATTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATATAATATTTTAAAA	0	30	1
TCTTTGGCCATATTTTTGTCTTCCTTGTAAAAACCCTGGTGG	1	68	1
TTATTGCCAGGGTTTTTGTTTTTATACTTTAAACCTTGAATT	1	201	1
TTGTGTATATTTATTTTTACACAGTGGTAAAACTGTTGTTTT	1	245	1
AAACTGTTGTTTTTAATAAGGGAATTTTAAAATAAC      	1	274	1
AAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTAAC	2	16	1
GTATTTTTGGTGGTATTTTACAGTTTGTATAGTAAAGTCGGT	2	66	0
CAAAAATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAAT	2	99	1
TGATTGATATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATA	2	121	0
CACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTGATATTTTTCTTT	2	145	0
AAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAA	2	179	1
TTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTGCAATATCAGTATT	3	67	0
AAATGCTTTATTGTTTTCATGAGTAAATAAAAAT        	3	124	1
          ** * ** *     *  *  **
MAP Score: 16.1868

Motif 2
GATAAAATAATAAAGAATATGTTAAATTTTACCCT	2	10	0
TATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATA	2	121	0
ATATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGA	2	153	1
TGCAAAAATTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATA	0	24	1
    AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAA	0	43	0
GTTGTTTTTAATAAGGGAATTTTAAAATAAC    	1	279	1
TTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA 	2	196	1
ATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTATT	3	82	1
TATAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAA	2	175	1
TAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATC	3	13	1
AAATACCACCAAAAATACATGCTATTTTATTTATG	2	90	1
AAGTGTAAGTATAGCAATATATTAAGCTGACTAAT	1	19	1
TCCCTTATTAAAAACAACAGTTTTACCACTGTGTA	1	262	0
ATATACACAATAAATTCAAGGTTTAAAGTATAAAA	1	220	0
          ****    ** ****
MAP Score: 13.8098

Motif 3
CCTAATGCAAAAATTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATAT	0	19	1
          AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAA	0	43	0
AGTATTAGTCAGCTTAATATATTGCTATACTTACACTTCTA	1	16	0
ATCATTCCGAACACAGAAGTTAAGCTCTTATTCGCTGATGG	1	135	1
TTGTTTTTATACTTTAAACCTTGAATTTATTGTGTATATTT	1	216	1
       GTTATTTTAAAATTCCCTTATTAAAAACAACAGT	1	276	0
    AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATCAA	2	6	1
ATTTGAACATAAATAAAATAGCATGTATTTTTGGTGGTATT	2	91	0
TATTTTATTTATGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAA	2	112	1
TATAATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTGATAT	2	153	0
ATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATTCACA	2	183	0
AATTGATTCAATCTTAAAAATTGAATTTAATGGAATTTAAA	3	11	0
TACAAAGGAAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAA	3	58	1
ATTTATTACAAAGTAAATGCTTTATTGTTTTCATGAGTAAA	3	110	1
          *  ** **  *    * ** *
MAP Score: 13.1184

Motif 4
AAATTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATATAATAT	0	29	1
       AGTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAA	0	45	0
ACTTTAAACCTTGAATTTATTGTGTATATTTATTTT	1	226	1
 AGGGTAAAATTTAACATATTCTTTATTATTTTATC	2	9	1
CCACCAAAAATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAA	2	95	1
TATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAA	2	120	0
AATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTGATTGAT	2	155	0
TATAAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAAA	2	175	1
TTAATTGTCGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA  	2	196	1
TAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCA	3	13	1
ATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGT	3	68	1
          *  **  **** * **
MAP Score: 13.0214

Motif 5
AAGTGTAAGTATAGCAATATATTAAGCTGACTAA	1	19	1
AAATACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAA	3	66	1
ATTCATTCCTAATGCAAAAATTAAAACTTGATTT	0	12	1
TACTATACAAACTGTAAAATACCACCAAAAATAC	2	74	1
          AGGGTAAAATTTAACATATTCTTT	2	0	1
TTTACTCATGAAAACAATAAAGCATTTACTTTGT	3	117	0
ATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAAATTTAT	3	82	1
TTATTTCCATAATATAATATTTTAAAACT     	0	45	1
ACAATTCTAACAAGCAAAAACCGACTTTACTATA	2	47	1
ATTGTTTGATAAAATAATAAAGAATATGTTAAAT	2	18	0
ATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAAATGTGAA	2	155	1
CAAGGTTTAAAGTATAAAAACAAAAACCCTGGCA	1	205	0
AATAATCTTTAAAGAAAAATATCAATCAAAAAGA	2	135	1
AACAAAAACCCTGGCAATAACCTACTCTCCCGCG	1	187	0
CGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA        	2	204	1
TCTTTAACGACAATTAAAATATAATTCACATTTT	2	179	0
GTTTTACCACTGTGTAAAAATAAATATACACAAT	1	244	0
          * ********   *
MAP Score: 11.6796

Motif 6
TAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATTAGGA	0	18	0
TTAAAACTTGATTTTATTTCCATAATATAA	0	32	1
GTTTTAAAATATTATATTATGGAAATAAAA	0	43	0
ATTGCCAGGGTTTTTGTTTTTATACTTTAA	1	203	1
TTATTGTGTATATTTATTTTTACACAGTGG	1	242	1
AAAACTGTTGTTTTTAATAAGGGAATTTTA	1	273	1
AACATATTCTTTATTATTTTATCAAACAAT	2	22	1
GCAAAAACCGACTTTACTATACAAACTGTA	2	60	1
AATACATGCTATTTTATTTATGTTCAAATT	2	103	1
TTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAAAT	2	118	0
AATTCACATTTTTATAATATTGTCTTTTTG	2	161	0
AAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTT	2	178	1
CGTTAAAGATATTTTAATATGCTAGA    	2	204	1
ACATTTTATTTTAATAATATATTGCAATAT	3	74	0
AATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAAATG	3	99	1
AGTAAATGCTTTATTGTTTTCATGAGTAAA	3	121	1
         ATTTTTATTTACTCATGAAAA	3	137	0
          **********
MAP Score: 5.83622

Motif 7
TGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTTTTGCATT	0	22	0
TTTCCATAATATAATATTTTAAAACT      	0	48	1
GGTTTTTGTTTTTATACTTTAAACCTTGAATT	1	211	1
CATATTCTTTATTATTTTATCAAACAATTCTA	2	24	1
TTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAATAT	2	125	1
AAAAATGTGAATTATATTTTAATTGTCGTTAA	2	178	1
TAGCATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAA	2	196	0
TTCCATTAAATTCAATTTTTAAGATTGAATCA	3	17	1
ATTTTTTCACATTTTATTTTAATAATATATTG	3	80	0
          ** ** ******
MAP Score: 3.30793

Motif 8
   TTATTCATTCCTAATGCAAAAATTAAAACTTGATTTT	0	7	1
TAAAATATTATATTATGGAAATAAAATCAAGTTTTAATTT	0	29	0
CCTTGTAAAAACCCTGGTGGTTAAAGAAAAGAGGAAACAC	1	90	1
AAATTCAAGGTTTAAAGTATAAAAACAAAAACCCTGGCAA	1	204	0
TGTAAAAATAAATATACACAATAAATTCAAGGTTTAAAGT	1	226	0
ACAACAGTTTTACCACTGTGTAAAAATAAATATACACAAT	1	244	0
ACAAACTGTAAAATACCACCAAAAATACATGCTATTTTAT	2	80	1
AAGATTATTTTAATTTGAACATAAATAAAATAGCATGTAT	2	104	0
ATTTTTCTTTAAAGATTATTTTAATTTGAACATAAATAAA	2	115	0
TGTTCAAATTAAAATAATCTTTAAAGAAAAATATCAATCA	2	123	1
TTTAAAGAAAAATATCAATCAAAAAGACAATATTATAAAA	2	142	1
ATATTAAAATATCTTTAACGACAATTAAAATATAATTCAC	2	184	0
        ATTTAAATTCCATTAAATTCAATTTTTAAGAT	3	2	1
GATTGAATCAATTTCTTGGTACAAAGGAAATACTGATATT	3	39	1
ACTGATATTGCAATATATTATTAAAATAAAATGTGAAAAA	3	70	1
AAAATGTGAAAAAATTTATTACAAAGTAAATGCTTTATTG	3	97	1
  ATTTTTATTTACTCATGAAAACAATAAAGCATTTACTT	3	120	0
          *   *     * *** ****
MAP Score: 2.20467